Identified Basepairs and Their Conformations and Conformational Parameters

PDB Id: 3BO1 BPC Identified: 35 Ambiguities: 0
RNA PDB Position bp bpC; LG [LW][Sanger] dCC <X ; <Y |<X - <Y| Torsion Z-Diff Buckle
rRNA 3BO1 81!D:105!D G:C WC [cWW][XIX] 10.66 55.68; 53.5 2.17 -3.04 0.42 13.18
rRNA 3BO1 82!D:104!D U:A sWC [---][-] 10.25 84.5; 41.17 43.33 -1.71 0.2 15.88
rRNA 3BO1 83!D:103!D A:A S [tSH][-] 9.19 91.34; 5.4 85.94 -45.83 0.4 3.58
rRNA 3BO1 84!D:98!D A:G rS [tSS][-] 8.09 65.31; 77.04 11.73 147.7 0.81 34.43
rRNA 3BO1 85!D:103!D G:A rS [tSS][-] 7.74 85.76; 60.87 24.89 -165.47 0.65 41.24
rRNA 3BO1 85!D:97!D G:C WC [cWW][XIX] 10.53 54.15; 56.54 2.39 -1.13 0.17 4.23
rRNA 3BO1 86!D:96!D G:C WC [cWW][XIX] 10.76 51.09; 53.48 2.38 3.19 0.17 6.4
rRNA 3BO1 87!D:95!D U:A WC [cWW][XX] 10.61 55.96; 51.77 4.19 5.84 0.34 8.53
rRNA 3BO1 97!D:103!D C:A rpS(ss:O2*-O2*)_1 [cSS][-] 5.73 101.62; 162.12 60.5 0.79 0.89 39.58
rRNA 3BO1 478!E:500!E A:G pfS(sb:O2*-N6) [---][-] 9.89 28.17; 170.28 142.11 162.91 0.04 16.08
rRNA 3BO1 479!E:503!E A:A rWb* [tWW][I] 13.46 34.7; 23.55 11.15 169.42 0.81 7.22
rRNA 3BO1 480!E:499!E A:U rpS(sb:O2*-N3) [cSS][-] 5.58 92.5; 148.83 56.33 12.14 0.65 22.56
rRNA 3BO1 483!E:497!E A:A S [tSH][-] 9.36 4.05; 88.21 84.16 18.5 0.04 1.18
rRNA 3BO1 484!E:496!E C:G WC [cWW][XIX] 10.72 53.22; 52.21 1.01 4.65 0.31 4.31
rRNA 3BO1 485!E:495!E C:G WC [cWW][XIX] 10.72 54.35; 53.84 0.51 5.75 0.21 1.86
rRNA 3BO1 486!E:494!E C:G WC [cWW][XIX] 10.64 56.02; 56.27 0.26 6.62 0.2 2.84
rRNA 3BO1 487!E:493!E C:G WC [cWW][XIX] 10.66 56.23; 52.93 3.3 13.79 0.32 5.96
rRNA 3BO1 488!E:492!E G:A S [tSH][XI] 8.75 105.74; 10.64 95.1 -60.48 0.24 19.49
rRNA 3BO1 488!E:491!E G:G S(sb:O2*-N7)_1 [---][-] 7.36 87.92; 33.33 54.6 -175.59 2.37 29.48
rRNA 3BO1 499!E:503!E U:A rH_1 [tWH][XXIV] 9.6 33.8; 20.78 13.02 -178.37 0.17 4.25
rRNA 3BO1 1385!F:1402!F A:U WC [cWW][XX] 10.27 58.73; 57.67 1.06 7.82 0.11 2.81
rRNA 3BO1 1386!F:1401!F C:G WC [cWW][XIX] 10.69 56.13; 53.23 2.91 -3.14 0.01 3.81
rRNA 3BO1 1387!F:1400!F A:U WC [cWW][XX] 10.88 53.06; 51.48 1.58 0.65 0.0 1.55
rRNA 3BO1 1388!F:1399!F G:C WC [cWW][XIX] 10.85 50.26; 52.46 2.21 -3.06 0.03 2.63
rRNA 3BO1 1389!F:1398!F G:C WC [cWW][XIX] 10.7 54.06; 52.85 1.21 -1.22 0.27 6.81
rRNA 3BO1 1390!F:1395!F U:A rH_1 [tWH][XXIV] 9.77 31.88; 20.37 11.52 169.61 0.01 0.82
rRNA 3BO1 1391!F:1393!F U:A S(sb:O2*-N7) [---][-] 6.74 80.07; 44.32 35.75 -178.43 0.94 14.56
rRNA 3BO1 1526!G:1546!G C:G WC [cWW][XIX] 10.47 55.54; 57.96 2.41 6.58 0.24 13.98
rRNA 3BO1 1527!G:1545!G G:A S [tSH][XI] 9.72 98.01; 10.03 87.98 -12.07 0.08 2.44
rRNA 3BO1 1528!G:1543!G A:G S [tSH][XI] 9.55 9.43; 95.06 85.63 -117.16 0.53 20.27
rRNA 3BO1 1529!G:1542!G G:U Wb [cWW][XXVIII] 10.52 42.45; 66.4 23.94 1.45 0.01 0.92
rRNA 3BO1 1530!G:1541!G G:C WC [cWW][XIX] 10.6 53.39; 55.98 2.59 -0.95 0.01 4.09
rRNA 3BO1 1531!G:1540!G C:G WC [cWW][XIX] 10.77 52.46; 52.26 0.2 -1.01 0.05 1.07
rRNA 3BO1 1532!G:1539!G A:U WC [cWW][XX] 10.23 58.84; 57.53 1.3 -1.46 0.02 2.76
rRNA 3BO1 1533!G:1538!G C:G WC [cWW][XIX] 10.71 54.8; 51.66 3.14 3.39 0.1 7.93