Triloop Frequency Tables for Lonepair Triloops in 23S rRNA

Last modified on April 19, 2002

{125:129}: 126 127 128     ({131:148}:132 133 147 in E. coli)
Aln AAC AAG AGA AUA AUG AUU CUA UCC UGA UGU UUU gap others N Seq
3 1.4 2.1 4.9 7.7 13.1 5.8 0.7 3.5 1.2 0.5 3.7  8.2 47.2  1 428
B  0.7  1.9  7.8 12.2  7.4 --  0.7 --  1.9  0.7  1.5  4.4 45.6  22 270
A  8.3 11.1 -- -- -- --  2.8 -- -- -- 27.8  8.3 41.7   8  36
C  8.3 11.1 -- -- -- --  2.8 --  9.1 10.1 --  8.3 37.4  16  99
E -- -- -- --  0.8 20.3  0.8 12.2 -- --  1.6 16.3 45.5  21 123
M -- -- -- -- -- -- -- -- -- --  0.4 97.4  2.1   4 234

{313:317}: 314 315 316     ({306:310}: 307 308 309 in E. coli)
Aln CGA GAA GGA GGG UGA UUC gap others N Seq
3  2.4  2.2 68.2 11.2 7.7 2.1  0.9  5.3   1 534
B  2.9  0.7 76.3 18.0 -- --  1.4  0.7   1 278
A --  8.3 91.7 -- -- -- -- -- --  36
C -- --  6.0 -- -- -- 92.0  2.0  2 100
E  2.3  3.2 54.1  4.5 18.6  5.0  0.5 11.8  16 220
M --  0.4  5.1 --  0.4 -- 90.9  3.1  6 254

{326:330}: 327 328 329     ({319:323}: 320 321 322 in E. coli)
Aln AAA ACA AGA AUA CUA GGA GUA GUG gap others N Seq
3 11.0  4.1  9.9 45.1 0.6 4.1 11.9 4.9 --  9.0  1 536
B 13.8  5.3  7.4 55.7 -- -- 15.2 -- --  2.5  4 282
A  5.6 --  8.3 38.9 -- -- 36.1 -- -- 8.3   2  36
C 15.0 -- -- 66.0 12.0 --  1.0 --  2.0 -- -- 100
E  8.3  3.2 13.3 33.0  0.5  9.2  3.7 11.9 -- 17.0  18 218
M  5.1  1.2  0.8  2.4 -- -- -- -- 87.8  2.8   5 254

{335:339}: 336 337 338     ({328:332}: 329 330 331 in E. coli)
Aln AAC GAA GAC GAG GAU GUC GUG UAA gap others N Seq
3 7.1  5.8 11.5 19.6 35.2 2.2 2.4  1.1 --  1.7   1 537
B 13.5  4.6 11.0  7.1 50.9 -- --  0.4 --  5.7   3 281
A -- 25.0 30.6 -- 36.1 -- --  8.3 -- -- --  36
C -- 76.0 --  5.0  6.0 -- --  1.0  2.0 10.0   6 100
E --  4.1  9.5 38.2 15.0  5.5  5.9  0.9  0.9 20.0  14 220
M --  3.1 -- --  3.5 -- --  0.4 87.8  5.1   8 254

{481:485}: 482 483 484     ({475:479}: 476 477 478 in E. coli)
Aln GAA GCA UAA gap others N Seq
3 85.4 2.4 3.9 7.3  0.9   1 536
B 98.9 -- -- --  1.1   3 280
A 86.5 13.5 -- -- -- --  37
C 89.0 --  3.0 --  8.0   2 100
E 68.0  3.7  9.6 17.8  0.9  2 219
M  8.6 -- -- 90.2  1.2   2 256

{482:486}: 483 484 485     ({476:480}: 477 478 479 in E. coli)
Aln AAA AUA CAA gap others N Seq
3 92.7 -- 2.4 4.1  0.8   1 536
B 99.3 -- -- --  0.7   2 280
A 86.5 -- 13.5 -- -- --  37
C 96.0  3.0 -- --  1.0   1 100
E 85.4 --  3.7 10.0  0.9   2 219
M  8.2 -- -- 90.2  1.6   3 256

{505:509}: 506 507 508     ({499:503}: 500 501 502 in E. coli)
Aln CAA GAA GCA GCC UAA UCA gap others N Seq
3 5.9 54.4 0.6 0.4  8.5 5.8 19.5  4.5   1 539
B -- 97.2 -- --  1.8 -- --  1.1   3 283
A -- 10.8  8.1  5.4 -- -- 73.0  2.7   1  37
C -- 99.0 -- -- -- --  1.0 -- -- 100
E 14.2  7.3 -- -- 19.2 14.2 35.6  9.6   5 219
M --  6.2  1.6 -- -- -- 89.1  3.1   6 256

{624:628}: 625 626 627     ({567:571}: 568 569 570 in E. coli)
Aln CUG GUG UAG UCG UUG gap others N Seq
3 0.8  0.2 0.6 1.9 96.4 --  0.2   1 527
B --  0.4 -- -- 99.3 --  0.4   1 283
A 10.8 --  8.1 13.5 67.6 -- -- --  37
C -- -- -- -- 100.0 -- -- -- 100
E -- -- --  2.4 97.6 -- -- -- 207
M  2.7  5.3  0.4  4.2 82.4  5.0  0.4   1 262

{1186:1190}: 1187 1188 1189     ({1082:1086}: 1083 1084 1085 in E. coli)
Aln AAA ACA AUA CAA GAA UAA UGA gap others N Seq
3  1.6 -- --  6.7  6.7 83.5 0.2 0.4  1.0   1 496
B  3.2 -- --  4.8 13.3 78.3 -- --  0.4   1 249
A -- -- -- 10.8 -- 89.2 -- -- -- --  37
C 14.0 -- --  9.0 32.0 43.0 -- --  2.0   2 100
E -- -- --  8.1 -- 88.6  0.5  1.0  1.9   2 210
M 13.8  6.9  7.6  2.5  1.4 36.6  5.4  7.6 18.1  23 276

{1388:1392}: 1389 1390 1391     ({1282:1286}: 1283 1284 1285 in E. coli)
Aln AAG GAA GAG GGA GUG UAG gap others N Seq
3 0.4 18.0 76.0 0.4 0.6 0.4 0.2  3.9   1 488
B -- 29.4 69.8 -- -- -- --  0.8   2 265
A  4.9 -- 78.0  4.9  7.3  4.9 -- -- --  41
C  5.0  3.0 83.0 --  4.0 -- --  5.0   5 100
E --  6.0 84.1 -- -- --  0.5  9.3  10 182
M  0.4  2.9  1.1  0.4 -- -- 64.1 31.2  31 276

{1651:1655}: 1652 1653 1654     ({1565:1568}: - 1566 1567 in E. coli)
Aln CAU CGU CUU gap others N Seq
3 -- -- -- 100.0 -- -- 484
B -- -- -- 100.0 -- -- 265
A 36.6 36.6 26.8 -- -- --  41
C -- -- -- 100.0 -- -- 100
E -- -- -- 100.0 -- -- 179
M -- -- -- 100.0 -- -- 276

{1808:1812}: 1809 1810 1811     ({1752:1756}: 1753 1754 1755 in E. coli)
Aln ACA CAA GAA GAG GCA GUA GUG UCA gap others N Seq
3 7.2 3.5 7.0 5.0 52.9 12.2 3.9  1.3  1.3  5.7   1 459
B 11.5 -- 11.5 -- 74.0 -- --  2.3  0.4  0.4   1 262
A -- -- -- -- 100.0 -- -- -- -- -- --  41
C -- --  2.0 -- 96.0 -- --  2.0 -- -- -- 101
E -- 10.3 -- 14.7  5.1 35.3 11.5 --  3.2 19.9  14 156
M  3.6 -- -- --  5.1 -- --  4.0 83.8  3.6   6 277

{1966:1970}: 1967 1968 1969     ({1925:1929}: 1926 1927 1928 in E. coli)
Aln AAA CAA GAA UAA gap others N Seq
3 -- 0.5 -- 98.9 0.2  0.4   1 437
B -- -- -- 99.6 --  0.4   1 241
A --  4.9 -- 95.1 -- -- --  41
C  1.0 -- -- 99.0 -- -- -- 101
E -- -- -- 98.7  0.6  0.6   1 155
M 65.9 -- 13.8 15.8 --  4.5   8 311

{2482:2486}: 2483 2484 2485     ({2447:2451}: 2448 2449 2450 in E. coli)
Aln AUA GUA UUA gap others N Seq
3 99.8 0.2 -- -- -- 1 425
B 100.0 -- -- -- -- -- 243
A 97.6  2.4 -- -- -- --  41
C 100.0 -- -- -- -- -- 101
E 100.0 -- -- -- -- -- 141
M 94.2  0.3  4.5  0.3  0.6   2 309

{2596:2600}: 2597 2598 2599     ({2562:2566}: 2563 2564 2565 in E. coli)
Aln AAA CAA GAA UAA UGA gap others N Seq
3 -- 12.8 -- 83.5 0.7 1.4 1.7 1 423
B --  0.4 -- 99.6 -- -- -- -- 243
A -- -- -- 100.0 -- -- -- --  41
C  2.0  1.0 31.3 63.6 --  1.0  1.0   1  99
E -- 38.1 -- 50.4  2.2  4.3  5.0   6 139
M  1.1 --  2.2 87.0  1.1  2.5  6.1  10 277