Lonepair Triloop: Base Triple Frequencies for Tertiary Interactions


Triple (68:94)64
Aln AUG AUU GAA GAG GCA GCG GCU UAA UAC UAU gap Other N CovT1 CovT2 Conservation Seq
T 0.1 *0.5 1.5 *65.7 0.5 2.2 0.3 0.3 0.8 12.1 14.0 1.8 39 0.77 -- 0.52/ 0.90/ 0.38 6650
3 0.1 *0.6 1.8 *75.0 0.6 2.4 0.4 0.4 0.9 14.4 1.6 1.9 36 0.77 -- 1.18/ 1.55/ 0.99 5555
B -- -- 1.9 *94.9 0.2 0.5 0.1 -- -- -- 0.8 1.7 24 -- -- 1.86/ 1.76/ 1.76 4386
A 2.0 *4.0 8.6 2.0 13.1 *57.1 9.1 -- -- -- 1.5 2.5 12 0.62 -- 1.45/ 0.91/ 0.65 198
C -- -- -- *92.7 0.6 1.2 -- 0.6 -- 1.2 -- 3.6 9 0.93 -- 1.78/ 1.65/ 1.77 165
E -- 2.6 0.1 0.1 -- -- -- 2.1 5.1 *82.3 5.4 2.4 16 -- -- 1.62/ 1.61/ 1.06 971
M 0.3 *0.1 0.2 *6.0 0.1 0.9 0.1 -- -- 0.3 90.6 1.4 13 0.65 -- -0.34/-0.43/-0.39 932

Triple (912:1362)1365
Aln AAC AUC AUU CGA CGC gap Other N CovT1 CovT2 Conservation Seq
T 0.4 *77.0 7.5 *5.3 8.2 0.6 1.0 29 0.83 -- 1.31/ 1.34/ 1.27 6171
3 -- 91.0 8.4 -- -- 0.2 0.4 12 -- -- 1.93/ 1.97/ 1.56 5050
B 0.1 88.5 10.9 -- -- 0.2 0.3 11 -- -- 1.94/ 1.97/ 1.48 3888
A -- 98.9 -- -- -- -- 1.1 2 -- -- 1.77/ 1.92/ 2.00 189
C -- 79.2 15.7 -- -- 1.9 3.1 6 -- -- 1.83/ 1.83/ 1.27 159
E -- 99.4 -- -- -- 0.2 0.4 4 -- -- 1.97/ 1.96/ 1.98 973
M 2.4 3.0 *1.1 34.2 *52.8 2.4 4.2 26 0.55 -- 1.45/ 1.25/ 0.80 963

Triple (961:1202)936
Aln CGA gap Other N CovT1 CovT2 Conservation Seq
T 83.7 15.8 0.5 9 -- -- 1.97/ 1.96/ 1.04 6711
3 99.2 0.2 0.5 9 -- -- 1.98/ 1.97/ 1.95 5402
B 99.4 0.1 0.5 7 -- -- 1.99/ 1.99/ 1.94 4216
A 100.0 -- -- 1 -- -- 2.00/ 2.00/ 2.00 185
C 97.6 1.2 1.2 3 -- -- 1.83/ 1.88/ 1.83 166
E 99.0 0.3 0.7 4 -- -- 1.94/ 1.95/ 1.97 995
M 8.7 91.3 0.1 2 -- -- 1.95/ 1.92/-0.25 1144

Triple (1037:1186)1181
Aln ACC AUC gap Other N CovT1 CovT2 Conservation Seq
T 2.7 96.5 0.3 0.6 11 -- -- 1.96/ 1.79/ 1.94 6904
3 3.1 96.3 0.2 0.3 8 -- -- 1.98/ 1.77/ 1.96 5593
B 3.9 95.5 0.1 0.4 8 -- -- 1.98/ 1.75/ 1.97 4392
A 1.0 99.0 -- -- 2 -- -- 2.00/ 1.92/ 2.00 198
C 0.6 97.6 1.2 0.6 3 -- -- 1.88/ 1.88/ 1.88 168
E -- 99.6 0.3 0.1 2 -- -- 1.98/ 1.98/ 1.99 999
M 0.8 97.1 0.3 1.8 9 -- -- 1.92/ 1.90/ 1.85 1144

Triple (1039:1184)1035
Aln CGA GAG GCG GUG UAA gap Other N CovT1 CovT2 Conservation Seq
T *14.9 2.5 *66.2 14.9 0.4 0.4 0.7 22 0.81 0.81 1.32/ 0.64/ 1.35 6780
3 -- 3.1 78.1 17.8 -- 0.3 0.6 13 -- -- 1.97/ 1.10/ 1.95 5470
B -- 0.1 98.2 0.8 -- 0.3 0.7 10 -- -- 1.98/ 1.88/ 1.95 4270
A -- -- 38.1 *61.4 -- -- 0.5 3 0.62 -- 1.96/ 1.05/ 1.96 197
C -- -- 92.3 6.5 -- 1.2 -- 2 -- -- 1.88/ 1.59/ 1.88 168
E -- 16.9 0.3 82.2 -- 0.4 0.2 5 -- -- 1.95/ 1.25/ 1.99 999
M *88.4 -- *5.9 2.1 2.4 0.2 1.1 12 0.94 0.94 1.37/ 1.30/ 1.55 1143

Triple (1158:1162)1140
Aln AGC GGC GGU CUU gap Other N CovT1 CovT2 Conservation Seq
T 1.5 *80.7 0.1 *0.3 15.6 1.8 29 -- -- 0.97/ 0.91/ 1.00 7127
3 1.8 *95.8 0.1 -- 0.4 2.0 19 -- -- 1.91/ 1.87/ 1.71 5813
B 0.1 99.5 -- -- 0.2 0.1 4 -- -- 1.98/ 1.98/ 1.97 4599
A -- *99.0 -- -- -- 1.0 3 1.00 1.00 1.95/ 1.95/ 1.92 194
C 0.6 *89.5 2.9 -- 5.2 1.7 6 0.95 -- 1.32/ 1.65/ 1.64 172
E 9.7 *78.8 0.1 -- 0.7 10.7 19 0.81 -- 1.71/ 1.56/ 1.00 1015
M 0.1 *2.6 -- *2.0 94.2 1.0 13 0.80 0.80 -0.33/-0.58/-0.01 1144

Triple (1296:1300)1342
Aln UAA UAC UAG UAU gap Other N CovT1 CovT2 Conservation Seq
T 2.3 1.9 *78.1 16.6 0.4 0.7 20 -- -- 1.95/ 1.94/ 1.03 7033
3 2.1 1.6 78.8 17.0 0.1 0.3 10 -- -- 1.99/ 1.97/ 1.07 5800
B 0.1 0.2 98.9 0.3 0.1 0.3 8 -- -- 1.99/ 1.97/ 1.92 4573
A 40.3 19.9 13.6 25.7 -- 0.5 5 -- -- 2.00/ 1.96/ 0.11 206
C 0.6 -- 95.9 1.7 1.2 0.6 4 -- -- 1.88/ 1.94/ 1.76 172
E 3.3 4.0 2.2 90.1 0.2 0.2 6 -- -- 1.98/ 1.99/ 1.38 1020
M 3.9 3.9 *71.5 16.5 1.7 2.6 18 -- -- 1.80/ 1.83/ 0.78 1063


Last modified on 18 September 2002.