Lonepair Triloop: 23S rRNA Base Pair Frequencies for Tertiary Interactions
| Base Pair (314:337)
|
| Aln
| GC | CG
| UA | AU
| GU | UG
| AA | AC
| AG | CA
| CC | CU
| GA | GG
| UC | UU
| gap | Seq
|
|---|
| T |
0.1 | 0.1 | 1.6 |
-- | 0.3 | -- |
0.8 | -- | -- | 1.0 | 0.2* |
0.2 | 52.0* | -- | -- | 5.6* |
36.8 | 888 |
| 3 |
0.2 | 0.2 | 2.1 |
-- | 0.6 | -- |
0.7 | -- | -- | 1.7 | 0.4* |
0.4 | 82.4* | -- | -- | 8.8* |
0.7 | 534 |
| B |
-- | -- | 0.7 |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | 2.9 | -- |
-- | 95.0 | -- | -- | -- |
1.4 | 278 |
| A |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 100.0 | -- | -- | -- |
-- | 36 |
| C |
-- | -- | 1.0 |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 7.0 | -- | -- | -- |
92.0 | 100 |
| E |
0.5 | 0.5 | 4.1 |
-- | 1.4 | -- |
1.8 | -- | -- | 0.5 | 0.9* |
0.9 | 63.6* | -- | -- | 21.4* |
-- | 220 |
| M |
-- | -- | 0.8 |
-- | -- | -- |
1.2 | -- | -- | -- | -- |
-- | 5.9* | -- | -- | 1.2* |
91.0 | 254 |
| |
| Base Pair (315:336)
|
| Aln
| GC | CG
| UA | AU
| GU | UG
| AA | AC
| AG | CA
| CC | CU
| GA | GG
| UC | UU
| gap | Seq
|
|---|
| T |
0.1 | 0.3 | 0.8* |
1.1* | 1.1 | 1.3 |
0.7 | -- | 1.3 | -- | -- |
-- | 8.0 | 58.2* | -- | 0.8 |
26.2 | 889 |
| 3 |
-- | 0.6 | 1.3* |
1.3* | 1.1 | 1.9 |
0.4 | -- | 1.7 | -- | -- |
-- | 12.9 | 77.6* | -- | 1.1 |
0.2 | 535 |
| B |
-- | -- | -- |
0.7* | 0.4 | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 24.4 | 74.2* | -- | -- |
0.4 | 279 |
| A |
-- | -- | -- |
-- | 8.3 | -- |
-- | -- | 8.3 | -- | -- |
-- | -- | 83.3 | -- | -- |
-- | 36 |
| C |
-- | -- | -- |
1.0 | 4.0 | -- |
2.0* | -- | 1.0 | -- | -- |
-- | 2.0 | 87.0* | -- | 1.0* |
2.0 | 100 |
| E |
-- | 1.4 | 3.2* |
2.3* | 0.9 | 4.5 |
0.9 | -- | 2.7 | -- | -- |
-- | 0.5 | 80.9* | -- | 2.7 |
-- | 220 |
| M |
0.4 | -- | -- |
0.8 | -- | 0.8 |
0.8* | -- | 0.8 | -- | -- |
-- | -- | 5.9* | -- | -- |
90.6 | 254 |
| |
| Base Pair (316:1314)
|
| Aln
| GC | CG
| UA | AU
| GU | UG
| AA | AC
| AG | CA
| CC | CU
| GA | GG
| UC | UU
| gap | Seq
|
|---|
| T |
0.4 | -- | 0.2 |
13.4 | 0.9 | 0.1 |
6.0 | 4.2 | 36.3* | 0.4 | -- |
0.1* | 4.4* | 3.2 | -- | -- |
30.2 | 801 |
| 3 |
0.2 | -- | -- |
23.0 | 1.3 | -- |
17.0 | 8.9 | 34.0* | -- | -- |
0.7* | 8.9* | 4.5 | -- | 0.7 |
0.6 | 447 |
| B |
0.4 | -- | -- |
19.7 | 0.4 | -- |
2.1 | 4.7 | 50.6* | -- | -- |
-- | 14.2* | 6.9 | -- | -- |
0.8 | 233 |
| A |
-- | -- | -- |
75.0 | -- | -- |
5.6 | 19.4 | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 36 |
| C |
-- | -- | -- |
11.0 | 2.0* | -- |
1.0 | -- | 84.0* | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
2.0 | 100 |
| E |
-- | -- | -- |
16.3 | 2.8* | -- |
37.6* | 11.8 | 21.3 | -- | -- |
1.7 | 3.9 | 2.2 | -- | 1.7 |
0.6 | 178 |
| M |
-- | -- | -- |
3.9* | 0.4 | -- |
1.2 | -- | 2.4 | 0.4* | -- |
-- | 0.4 | -- | -- | -- |
91.3 | 254 |
| |
| Base Pair (324:341)
|
| Aln
| GC | CG
| UA | AU
| GU | UG
| AA | AC
| AG | CA
| CC | CU
| GA | GG
| UC | UU
| gap | Seq
|
|---|
| T |
34.2* | 3.9* | 2.0* |
27.9* | 4.6 | 0.8 |
-- | 0.1 | 0.2 | -- | 0.4 |
0.1 | -- | -- | -- | 0.2 |
25.5 | 890 |
| 3 |
52.8* | 6.5* | 3.4* |
27.4* | 7.1 | 1.3 |
-- | 0.2 | 0.4 | -- | 0.7 |
0.2 | -- | -- | -- | -- |
-- | 536 |
| B |
57.8* | 0.4* | -- |
38.7* | 2.5 | 0.4 |
-- | -- | -- | -- | 0.4 |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 282 |
| A |
80.6* | -- | -- |
11.1* | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | 8.3 |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 36 |
| C |
6.0* | -- | -- |
90.0* | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | 1.0 |
3.0 | 100 |
| E |
42.2* | 15.6* | 8.3* |
15.1* | 14.2 | 2.8 |
-- | 0.5 | 0.9 | -- | -- |
0.5 | -- | -- | -- | -- |
-- | 218 |
| M |
5.9* | -- | -- |
4.3* | 1.2 | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | 0.4 |
88.2 | 254 |
| |
| Base Pair (325:340)
|
| Aln
| GC | CG
| UA | AU
| GU | UG
| AA | AC
| AG | CA
| CC | CU
| GA | GG
| UC | UU
| gap | Seq
|
|---|
| T |
1.8* | 56.1* | 9.8* |
1.8* | 0.2 | 3.0 |
0.7 | -- | 0.1 | 0.1 | 0.6 |
-- | -- | -- | -- | 0.4 |
25.4 | 890 |
| 3 |
3.0* | 71.3* | 15.7* |
2.6* | 0.4 | 4.9 |
0.6 | -- | 0.2 | -- | 0.6 |
-- | -- | -- | -- | 0.7 |
0.2 | 536 |
| B |
3.2* | 82.2* | 6.8* |
1.8* | -- | 6.0 |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 281 |
| A |
5.6* | 80.6* | 13.9* |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 36 |
| C |
-- | 92.0* | 2.0* |
-- | -- | -- |
1.0 | -- | -- | 1.0 | 2.0 |
-- | -- | -- | -- | -- |
2.0 | 100 |
| E |
2.3* | 56.2* | 26.9* |
4.1* | 0.9 | 4.1 |
1.4 | -- | 0.5 | -- | 1.4 |
-- | -- | -- | -- | 1.8 |
0.5 | 219 |
| M |
-- | 9.8* | 0.4* |
0.8* | -- | 0.4 |
0.8 | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
87.8 | 254 |
| |
| Base Pair (329:346)
|
| Aln
| GC | CG
| UA | AU
| GU | UG
| AA | AC
| AG | CA
| CC | CU
| GA | GG
| UC | UU
| gap | Seq
|
|---|
| T |
-- | -- | -- |
68.2 | 5.3 | -- |
0.2 | 0.2 | 0.1 | -- | -- |
0.2 | -- | -- | -- | 0.6 |
25.2 | 892 |
| 3 |
-- | -- | -- |
89.6 | 8.6 | -- |
0.2 | 0.4 | 0.2 | -- | -- |
0.2 | -- | -- | -- | 0.9 |
-- | 538 |
| B |
-- | -- | -- |
100.0 | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 282 |
| A |
-- | -- | -- |
100.0 | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 36 |
| C |
-- | -- | -- |
98.0 | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
2.0 | 100 |
| E |
-- | -- | -- |
75.0 | 20.5 | -- |
0.5 | 0.9 | 0.5 | -- | -- |
0.5 | -- | -- | -- | 2.3 |
-- | 220 |
| M |
-- | -- | -- |
11.0 | 0.4 | -- |
0.4 | -- | -- | -- | -- |
0.4 | -- | -- | -- | -- |
87.8 | 254 |
| |
| Base Pair (482:486)
|
| Aln
| GC | CG
| UA | AU
| GU | UG
| AA | AC
| AG | CA
| CC | CU
| GA | GG
| UC | UU
| gap | Seq
|
|---|
| T |
0.4 | -- | 2.3 |
-- | 0.6 | -- |
0.8 | -- | -- | -- | -- |
-- | 65.4* | 0.2 | -- | 0.2* |
30.1 | 895 |
| 3 |
-- | -- | 3.7 |
-- | -- | -- |
0.4 | -- | -- | -- | -- |
-- | 88.5 | -- | -- | -- |
7.5 | 539 |
| B |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- |
0.7 | -- | -- | -- | -- |
-- | 99.3 | -- | -- | -- |
-- | 283 |
| A |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 100.0 | -- | -- | -- |
-- | 37 |
| C |
2.0 | -- | 1.0 |
-- | 5.0 | -- |
5.0 | -- | -- | -- | -- |
-- | 83.0* | 2.0 | -- | 2.0* |
-- | 100 |
| E |
-- | -- | 9.1 |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 72.6 | -- | -- | -- |
18.3 | 219 |
| M |
0.8 | -- | -- |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 9.8 | -- | -- | -- |
89.4 | 256 |
| |
| Base Pair (506:511)
|
| Aln
| GC | CG
| UA | AU
| GU | UG
| AA | AC
| AG | CA
| CC | CU
| GA | GG
| UC | UU
| gap | Seq
|
|---|
| T |
-- | -- | 13.2 |
-- | 0.2 | -- |
0.3 | -- | 0.1* | 4.1 | -- |
-- | 53.9* | 0.2 | -- | -- |
27.9 | 895 |
| 3 |
-- | -- | 21.3 |
-- | 0.2 | -- |
0.2 | -- | 0.2* | 6.9 | -- |
-- | 67.2* | -- | -- | -- |
4.1 | 539 |
| B |
-- | -- | 1.8 |
-- | 0.4 | -- |
-- | -- | -- | 0.7 | -- |
-- | 97.2 | -- | -- | -- |
-- | 283 |
| A |
-- | -- | 2.7 |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 97.3 | -- | -- | -- |
-- | 37 |
| C |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 98.0 | 2.0 | -- | -- |
-- | 100 |
| E |
-- | -- | 49.3* |
-- | -- | -- |
0.5 | -- | 0.5* | 16.0 | -- |
-- | 23.7 | -- | -- | -- |
10.0 | 219 |
| M |
-- | -- | 1.2 |
-- | 0.4 | -- |
0.8 | -- | -- | -- | -- |
-- | 8.6 | -- | -- | -- |
89.1 | 256 |
| |
| Base Pair (625:2071)
|
| Aln
| GC | CG
| UA | AU
| GU | UG
| AA | AC
| AG | CA
| CC | CU
| GA | GG
| UC | UU
| gap | Seq
|
|---|
| T |
-- | -- | 77.2* |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | 1.0 | 0.4* |
-- | 1.8 | -- | 17.8 | -- |
1.8 | 782 |
| 3 |
-- | -- | 90.4* |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | 0.5 | 0.5* |
-- | -- | -- | 8.1 | -- |
0.5 | 421 |
| B |
-- | -- | 98.3 |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | 1.3 | -- |
0.4 | 234 |
| A |
-- | -- | 5.4 |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | 5.4* | 5.4 |
-- | -- | -- | 83.8* | -- |
-- | 37 |
| C |
-- | -- | 100.0 |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 100 |
| E |
-- | -- | 99.3 |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
0.7 | 150 |
| M |
-- | -- | 47.1* |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | 2.3 | 0.4* |
-- | 5.4 | -- | 40.2 | -- |
4.6 | 261 |
| |
| Base Pair (626:1181)
|
| Aln
| GC | CG
| UA | AU
| GU | UG
| AA | AC
| AG | CA
| CC | CU
| GA | GG
| UC | UU
| gap | Seq
|
|---|
| T |
-- | -- | 93.0 |
-- | -- | 0.1 |
0.5 | -- | -- | 2.5 | -- |
-- | 0.2 | -- | 0.4 | 1.4 |
1.9 | 835 |
| 3 |
-- | -- | 97.0 |
-- | -- | -- |
0.6 | -- | -- | 2.1 | -- |
-- | 0.2 | -- | -- | -- |
-- | 473 |
| B |
-- | -- | 99.6 |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 0.4 | -- | -- | -- |
-- | 240 |
| A |
-- | -- | 78.4 |
-- | -- | -- |
8.1 | -- | -- | 13.5 | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 37 |
| C |
-- | -- | 98.0 |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | 2.0 |
-- | 100 |
| E |
-- | -- | 97.4 |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | 2.6 | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 196 |
| M |
-- | -- | 84.4 |
-- | -- | 0.4 |
0.4 | -- | -- | 4.2 | -- |
-- | 0.4 | -- | 0.4 | 3.8 |
6.0 | 262 |
| |
| Base Pair (629:2070)
|
| Aln
| GC | CG
| UA | AU
| GU | UG
| AA | AC
| AG | CA
| CC | CU
| GA | GG
| UC | UU
| gap | Seq
|
|---|
| T |
-- | -- | -- |
2.4 | -- | 0.4 |
4.7 | 1.0 | 89.8* | -- | -- |
-- | 0.1* | -- | -- | -- |
1.6 | 782 |
| 3 |
-- | -- | -- |
1.2 | -- | 0.7 |
6.4 | 1.4 | 90.0 | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
0.2 | 421 |
| B |
-- | -- | -- |
0.4 | -- | 1.3 |
11.1 | 2.6 | 84.6 | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 234 |
| A |
-- | -- | -- |
10.8 | -- | -- |
-- | -- | 89.2 | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 37 |
| C |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- |
2.0 | -- | 98.0 | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 100 |
| E |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- |
0.7 | -- | 98.7 | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
0.7 | 150 |
| M |
-- | -- | -- |
5.4 | -- | -- |
3.1 | 0.8 | 86.2* | -- | -- |
-- | 0.4* | -- | -- | -- |
4.2 | 261 |
| |
| Base Pair (1389:1435)
|
| Aln
| GC | CG
| UA | AU
| GU | UG
| AA | AC
| AG | CA
| CC | CU
| GA | GG
| UC | UU
| gap | Seq
|
|---|
| T |
0.2 | -- | 0.8 |
1.7 | 66.2* | 0.2* |
1.6* | 0.5 | 0.3 | 0.9 | 1.0* |
0.6 | 0.3 | -- | -- | 1.3 |
23.0 | 863 |
| 3 |
-- | -- | -- |
0.6 | 96.1* | -- |
-- | -- | 0.2* | -- | 0.4* |
-- | 0.2 | -- | -- | 1.0 |
1.4 | 487 |
| B |
-- | -- | -- |
-- | 100.0 | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 265 |
| A |
-- | -- | -- |
4.9 | 90.2 | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | 4.9 |
-- | 41 |
| C |
-- | -- | -- |
4.0 | 93.0* | -- |
2.0* | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | 1.0 |
-- | 100 |
| E |
-- | -- | -- |
0.6 | 91.7* | -- |
-- | -- | 0.6* | -- | 1.1* |
-- | 0.6 | -- | -- | 1.7 |
4.0 | 181 |
| M |
0.7 | -- | 2.5 |
2.9 | 3.6* | 0.7* |
4.3* | 1.4 | 0.7 | 2.9 | 2.5* |
1.8 | 0.7 | -- | -- | 1.8 |
69.1 | 276 |
| |
| Base Pair (1394:1432)
|
| Aln
| GC | CG
| UA | AU
| GU | UG
| AA | AC
| AG | CA
| CC | CU
| GA | GG
| UC | UU
| gap | Seq
|
|---|
| T |
0.3 | -- | 0.6 |
9.3 | 4.5 | -- |
0.1 | 0.7 | -- | 0.2 | 15.9* |
4.3 | 0.1* | 0.1 | -- | 33.0* |
30.2 | 864 |
| 3 |
0.6 | -- | 0.2 |
15.2 | 8.0 | -- |
0.2* | 0.2 | -- | 0.2 | 28.1* |
7.6 | 0.2 | -- | -- | 36.5* |
2.4 | 488 |
| B |
-- | -- | 0.4 |
26.3 | 14.7 | -- |
0.4 | -- | -- | -- | 3.4* |
0.4 | 0.4* | -- | -- | 53.0* |
0.4 | 266 |
| A |
4.9* | -- | -- |
4.9 | -- | -- |
-- | 2.4 | -- | -- | -- |
4.9 | -- | -- | -- | 82.9* |
-- | 41 |
| C |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | 100.0 |
-- | 100 |
| E |
0.6 | -- | -- |
1.1 | 0.6 | -- |
-- | -- | -- | 0.6 | 70.7* |
18.2 | -- | -- | -- | 1.7* |
6.1 | 181 |
| M |
-- | -- | 1.4 |
2.2 | -- | -- |
-- | 1.8* | -- | 0.4* | -- |
-- | -- | 0.4* | -- | 2.5* |
90.0 | 276 |
| |
Last modified on 26 June 2002.