Lonepair Triloop: tRNA Base Pair Frequencies for Tertiary Interactions
| Base Pair (16:59)
|
| Aln
| GC | CG
| UA | AU
| GU | UG
| AA | AC | AG
| CA | CC | CU
| GA | GG | UC
| UU | gap
| Seq
|
|---|
| Z |
-- | 3.7 |
25.4* | 1.0 |
0.2 | 16.6 |
2.9 | 0.1* | 0.1 | 14.9 | 1.5 |
5.0* | 1.9 | 1.1* | 2.5 | 22.9 |
0.2 | 895 |
| A |
-- | -- | 10.9 |
12.5 | -- | 20.3* |
3.1* | -- | -- | 12.5 | -- |
25.0* | 1.6 | 3.1 | 1.6 | 7.8 |
1.6 | 64 |
| R |
-- | 1.6* | 29.0* |
-- | -- | 21.0 |
11.3 | -- | -- | 11.3 | -- |
-- | -- | -- | 16.1 | 9.7 |
-- | 62 |
| N |
-- | 8.6 | 31.4 |
-- | -- | 48.6* |
2.9* | -- | -- | 2.9 | -- | 2.9* |
-- | -- | 2.9 | -- |
-- | 35 |
| D |
-- | -- | 14.3 |
-- | -- | 34.3 |
-- | -- | -- | 5.7* | -- |
-- | 2.9 | 2.9* | -- | 40.0* |
-- | 35 |
| C |
-- | -- | 42.1* |
-- | -- | -- |
5.3 | -- | -- | 21.1 | 10.5* |
5.3 | 5.3 | -- | -- | 10.5 |
-- | 19 |
| X |
-- | 1.5 | 33.8 |
-- | -- | 7.7* |
-- | -- | -- | 52.3* | -- |
-- | -- | -- | -- | 4.6 |
-- | 65 |
| E |
-- | -- | 12.2 |
-- | -- | 2.0 |
16.3* | -- | -- | 10.2 | 18.4* |
-- | -- | 4.1* | 4.1 | 28.6* |
4.1 | 49 |
| Q |
-- | -- | 54.3* |
-- | -- | 8.6 |
-- | -- | -- | 34.3 | -- |
2.9* | -- | -- | -- | -- |
-- | 35 |
| G |
-- | -- | 10.1 |
-- | -- | 13.0 |
-- | -- | -- | 5.8* | -- |
-- | -- | -- | -- | 69.6* |
1.4 | 69 |
| H |
-- | -- | 31.6 |
-- | -- | 5.3 |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 2.6* | -- | -- | 60.5* |
-- | 38 |
| I |
-- | 14.3 | 16.1 |
-- | -- | 28.6* |
-- | -- | -- | 5.4* | -- |
-- | 1.8 | 8.9 | -- | 25.0 |
-- | 56 |
| K |
-- | 3.8 | 13.2 |
-- | -- | 66.0* |
1.9 | -- | -- | 7.5* | -- |
5.7 | -- | -- | -- | 1.9 |
-- | 53 |
| M |
-- | 2.8 | 52.8* |
-- | -- | 11.1 |
2.8 | -- | -- | 11.1 | -- |
8.3* | -- | -- | 2.8 | 8.3 |
-- | 36 |
| F |
-- | 1.9 | 11.1 |
-- | -- | -- |
1.9 | -- | -- | 5.6* | 1.9 |
1.9 | -- | -- | -- | 75.9* |
-- | 54 |
| P |
-- | -- | 18.2 |
-- | -- | 3.6 |
-- | -- | -- | 40.0* | -- |
-- | 20.0 | -- | 1.8 | 14.5* |
1.8 | 55 |
| T |
-- | 4.1 | 38.8* |
2.0 | 2.0 | 8.2 |
2.0 | 2.0 | 2.0* | 12.2 | 2.0 |
8.2* | 2.0 | -- | 4.1 | 10.2 |
-- | 49 |
| W |
-- | -- | 30.0* |
-- | -- | 16.7 |
-- | -- | -- | 23.3 | -- |
3.3* | -- | -- | 3.3 | 23.3 |
-- | 30 |
| Y |
-- | -- | 51.1* |
-- | -- | -- |
4.3 | -- | -- | 21.3 | -- |
12.8* | -- | -- | 4.3 | 6.4 |
-- | 47 |
| V |
-- | 21.5* | 30.8* |
-- | -- | 12.3 |
-- | -- | -- | 9.2 | -- |
12.3 | -- | -- | 1.5 | 12.3 |
-- | 65 |
| |
| Base Pair (18:55)
|
| Aln | GC
| CG | UA
| AU | GU
| UG | AA
| AC | AG
| CA | CC
| CU | GA
| GG | UC
| UU | gap
| Seq
|
|---|
| Z |
0.1 | -- | -- |
-- | 99.6* | 0.2* |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | 0.1 |
-- | 895 |
| A |
1.6 | -- | -- |
-- | 98.4 | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 64 |
| R |
-- | -- | -- |
-- | 100.0 | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 62 |
| N |
-- | -- | -- |
-- | 100.0 | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 35 |
| D |
-- | -- | -- |
-- | 100.0 | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 35 |
| C |
-- | -- | -- |
-- | 100.0 | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 19 |
| X |
-- | -- | -- |
-- | 100.0 | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 65 |
| E |
-- | -- | -- |
-- | 100.0 | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 49 |
| Q |
-- | -- | -- | -- |
100.0 | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 35 |
| G |
-- | -- | -- |
-- | 97.1* | 2.9* |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 69 |
| H |
-- | -- | -- |
-- | 100.0 | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 38 |
| I |
-- | -- | -- |
-- | 100.0 | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 56 |
| K |
-- | -- | -- |
-- | 100.0 | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 53 |
| M |
-- | -- | -- |
-- | 100.0 | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 36 |
| F |
-- | -- | -- |
-- | 100.0 | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 54 |
| P |
-- | -- | -- |
-- | 98.2 | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | 1.8 |
-- | 55 |
| T |
-- | -- | -- |
-- | 100.0 | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 49 |
| W |
-- | -- | -- |
-- | 100.0 | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 30 |
| Y |
-- | -- | -- |
-- | 100.0 | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 47 |
| V |
-- | -- | -- |
-- | 100.0 | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 65 |
| |
| Base Pair (19:56)
|
| Aln
| GC | CG
| UA | AU
| GU | UG
| AA | AC
| AG | CA
| CC | CU
| GA | GG
| UC | UU
| gap | Seq
|
|---|
| Z |
99.2* | -- | -- |
0.1* | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | 0.1 |
-- | -- | 0.3 | 0.2 | -- |
-- | 895 |
| A |
98.4 | -- | -- |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | 1.6 | -- | -- |
-- | 64 |
| R |
100.0 | -- | -- |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 62 |
| N |
100.0 | -- | -- |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 35 |
| D |
100.0 | -- | -- |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 35 |
| C |
100.0 | -- | -- |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 19 |
| X |
98.5 | -- | -- |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | 1.5 | -- | -- |
-- | 65 |
| E |
100.0 | -- | -- |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 49 |
| Q |
97.1 | -- | -- |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | 2.9 |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 35 |
| G |
97.1 | -- | -- |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | 2.9 | -- |
-- | 69 |
| H |
100.0 | -- | -- |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 38 |
| I |
98.2* | -- | -- |
1.8* | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 56 |
| K |
100.0 | -- | -- |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 53 |
| M |
100.0 | -- | -- |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 36 |
| F |
100.0 | -- | -- |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 54 |
| P |
100.0 | -- | -- |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 55 |
| T |
100.0 | -- | -- |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 49 |
| W |
100.0 | -- | -- |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 30 |
| Y |
100.0 | -- | -- |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | 47 |
| V |
98.5 | -- | -- |
-- | -- | -- |
-- | -- | -- | -- | -- |
-- | -- | 1.5 | -- | -- |
-- | 65 |
| |
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