Filename: a.16.c.B.bovis.bpseq Organism: Babesia bovis Accession Number: U06105 Citation and related information available at http://www.rna.icmb.utexas.edu 1 N 0 2 N 0 3 N 0 4 N 0 5 N 0 6 N 0 7 N 0 8 N 0 9 G 25 10 A 24 11 G 23 12 U 22 13 U 21 14 U 0 15 G 0 16 A 0 17 U 902 18 C 901 19 C 900 20 U 0 21 G 13 22 G 12 23 C 11 24 U 10 25 C 9 26 A 0 27 G 536 28 A 535 29 A 534 30 U 533 31 G 0 32 A 532 33 A 531 34 C 530 35 G 529 36 C 528 37 U 527 38 U 0 39 A 411 40 A 410 41 G 409 42 A 408 43 C 407 44 G 406 45 U 404 46 A 403 47 C 0 48 U 0 49 U 0 50 U 0 51 U 0 52 A 0 53 A 0 54 C 367 55 A 366 56 C 365 57 A 0 58 U 364 59 G 363 60 C 362 61 U 0 62 A 0 63 A 106 64 U 105 65 U 104 66 A 0 67 A 103 68 A 102 69 U 101 70 U 100 71 U 99 72 A 98 73 A 97 74 A 96 75 A 93 76 U 92 77 A 91 78 U 90 79 U 89 80 A 88 81 A 87 82 A 86 83 A 0 84 U 0 85 U 0 86 U 82 87 U 81 88 U 80 89 A 79 90 A 78 91 U 77 92 A 76 93 U 75 94 U 0 95 A 0 96 U 74 97 U 73 98 U 72 99 A 71 100 A 70 101 A 69 102 U 68 103 U 67 104 A 65 105 G 64 106 U 63 107 G 0 108 U 0 109 A 0 110 G 0 111 A 0 112 G 0 113 G 320 114 U 319 115 G 318 116 A 0 117 G 0 118 U 0 119 A 0 120 A 0 121 U 0 122 G 245 123 A 244 124 A 243 125 U 242 126 A 241 127 G 240 128 A 239 129 A 238 130 C 0 131 U 237 132 A 236 133 A 0 134 A 0 135 A 233 136 U 232 137 U 231 138 G 230 139 U 229 140 A 228 141 A 227 142 A 0 143 U 0 144 C 0 145 G 0 146 A 169 147 G 168 148 G 167 149 A 166 150 U 165 151 A 0 152 A 162 153 C 161 154 U 0 155 A 160 156 U 0 157 A 0 158 A 0 159 G 0 160 U 155 161 G 153 162 U 152 163 G 0 164 C 0 165 A 150 166 U 149 167 U 148 168 U 147 169 U 146 170 A 0 171 U 0 172 G 0 173 U 0 174 G 0 175 U 0 176 G 0 177 U 0 178 U 0 179 U 0 180 A 0 181 U 0 182 A 0 183 C 0 184 U 0 185 A 0 186 A 0 187 U 0 188 U 0 189 C 0 190 U 0 191 C 0 192 U 0 193 U 0 194 U 0 195 A 0 196 A 0 197 G 0 198 U 0 199 G 0 200 C 0 201 U 225 202 A 224 203 A 223 204 A 222 205 A 221 206 A 220 207 C 0 208 G 0 209 U 0 210 A 0 211 C 0 212 A 0 213 A 0 214 U 0 215 U 0 216 A 0 217 A 0 218 A 0 219 A 0 220 U 206 221 U 205 222 U 204 223 U 203 224 U 202 225 A 201 226 U 0 227 U 141 228 U 140 229 A 139 230 C 138 231 A 137 232 A 136 233 A 135 234 U 0 235 U 0 236 A 132 237 A 131 238 U 129 239 U 128 240 C 127 241 U 126 242 A 125 243 U 124 244 U 123 245 U 122 246 U 292 247 U 291 248 G 290 249 A 0 250 U 0 251 U 289 252 A 0 253 G 283 254 C 282 255 U 281 256 A 0 257 U 0 258 U 280 259 U 279 260 A 278 261 A 277 262 U 276 263 A 275 264 U 274 265 U 273 266 A 0 267 A 0 268 A 0 269 A 0 270 A 0 271 A 0 272 U 0 273 A 265 274 A 264 275 U 263 276 A 262 277 U 261 278 U 260 279 A 259 280 A 258 281 G 255 282 G 254 283 U 253 284 G 0 285 A 0 286 A 0 287 G 0 288 A 0 289 U 251 290 C 248 291 A 247 292 A 246 293 U 0 294 A 0 295 A 317 296 C 316 297 U 315 298 G 314 299 G 310 300 C 309 301 C 308 302 U 307 303 G 0 304 A 0 305 G 0 306 A 0 307 G 302 308 G 301 309 G 300 310 U 299 311 U 0 312 U 0 313 A 0 314 C 298 315 A 297 316 G 296 317 U 295 318 C 115 319 A 114 320 C 113 321 A 0 322 U 343 323 C 342 324 A 341 325 G 340 326 A 339 327 A 338 328 U 0 329 U 0 330 G 0 331 A 0 332 G 0 333 A 0 334 U 0 335 A 0 336 A 0 337 A 0 338 A 327 339 U 326 340 C 325 341 U 324 342 G 323 343 A 322 344 A 0 345 U 358 346 U 357 347 U 356 348 C 355 349 U 0 350 A 0 351 U 0 352 A 0 353 G 0 354 A 0 355 G 348 356 A 347 357 G 346 358 A 345 359 G 0 360 C 0 361 A 0 362 G 60 363 C 59 364 A 58 365 G 56 366 U 55 367 G 54 368 G 0 369 G 0 370 G 0 371 A 0 372 A 0 373 U 0 374 A 0 375 U 401 376 U 0 377 C 400 378 U 399 379 A 398 380 C 0 381 A 0 382 A 0 383 U 396 384 U 395 385 A 394 386 G 393 387 U 392 388 G 0 389 A 0 390 A 0 391 A 0 392 A 387 393 C 386 394 U 385 395 A 384 396 G 383 397 A 0 398 U 379 399 A 378 400 G 377 401 A 375 402 G 0 403 U 46 404 G 45 405 A 0 406 C 44 407 G 43 408 U 42 409 C 41 410 G 40 411 U 39 412 G 0 413 U 0 414 G 441 415 A 440 416 A 439 417 A 438 418 A 0 419 A 0 420 G 0 421 A 434 422 U 433 423 G 432 424 A 431 425 A 430 426 A 0 427 U 0 428 A 0 429 A 0 430 A 425 431 A 424 432 U 423 433 G 422 434 U 421 435 A 0 436 A 0 437 A 0 438 U 417 439 U 416 440 U 415 441 C 414 442 U 0 443 G 0 444 U 0 445 A 0 446 A 0 447 A 474 448 U 473 449 A 472 450 A 471 451 U 470 452 U 469 453 C 468 454 U 0 455 A 0 456 A 0 457 A 0 458 A 0 459 C 0 460 A 0 461 U 0 462 G 0 463 U 0 464 G 0 465 A 0 466 U 0 467 C 0 468 G 453 469 A 452 470 A 451 471 U 450 472 U 449 473 A 448 474 U 447 475 A 0 476 A 0 477 G 0 478 A 0 479 A 0 480 A 0 481 A 525 482 U 524 483 A 523 484 U 522 485 C 521 486 G 0 487 G 0 488 C 0 489 A 0 490 A 0 491 A 0 492 C 520 493 U 519 494 C 518 495 U 517 496 G 516 497 U 0 498 G 0 499 C 0 500 C 0 501 A 0 502 G 0 503 C 0 504 A 0 505 G 0 506 C 0 507 C 0 508 G 0 509 C 0 510 G 0 511 U 0 512 A 0 513 A 0 514 U 0 515 A 0 516 C 496 517 A 495 518 G 494 519 A 493 520 G 492 521 G 485 522 A 484 523 U 483 524 A 482 525 U 481 526 A 0 527 A 37 528 G 36 529 C 35 530 G 34 531 U 33 532 U 32 533 A 30 534 U 29 535 U 28 536 C 27 537 G 0 538 C 0 539 A 0 540 U 0 541 U 0 542 U 0 543 A 0 544 U 0 545 U 0 546 G 0 547 G 867 548 G 866 549 C 865 550 A 0 551 U 0 552 A 0 553 A 0 554 A 0 555 G 0 556 C 0 557 A 750 558 U 749 559 C 748 560 C 747 561 U 0 562 U 0 563 A 0 564 G 743 565 A 742 566 U 741 567 G 740 568 G 633 569 U 632 570 U 631 571 U 630 572 A 629 573 U 628 574 U 627 575 A 626 576 U 0 577 A 0 578 U 0 579 U 0 580 A 0 581 U 0 582 U 0 583 U 0 584 U 0 585 A 0 586 A 0 587 A 0 588 A 0 589 A 0 590 U 0 591 U 0 592 U 608 593 A 607 594 A 606 595 A 605 596 A 604 597 A 603 598 U 0 599 A 0 600 A 0 601 U 0 602 A 0 603 U 597 604 U 596 605 U 595 606 U 594 607 U 593 608 A 592 609 A 0 610 A 0 611 C 0 612 A 0 613 U 0 614 U 0 615 A 0 616 A 0 617 U 0 618 A 0 619 U 0 620 U 0 621 A 0 622 A 0 623 G 0 624 A 0 625 U 0 626 U 575 627 A 574 628 A 573 629 U 572 630 A 571 631 A 570 632 A 569 633 C 568 634 U 0 635 U 0 636 A 0 637 G 0 638 A 737 639 G 736 640 G 735 641 G 733 642 U 732 643 A 731 644 A 730 645 A 729 646 A 728 647 U 0 648 A 727 649 A 726 650 G 725 651 U 724 652 U 723 653 U 722 654 A 721 655 A 720 656 G 703 657 G 702 658 A 701 659 A 700 660 U 699 661 U 698 662 U 697 663 U 696 664 U 695 665 U 694 666 G 693 667 A 692 668 G 0 669 U 0 670 A 0 671 A 682 672 U 681 673 G 680 674 G 0 675 U 0 676 G 0 677 A 0 678 A 0 679 A 0 680 U 673 681 A 672 682 U 671 683 G 0 684 A 0 685 U 0 686 U 0 687 U 0 688 C 0 689 U 0 690 A 0 691 U 0 692 A 667 693 C 666 694 A 665 695 U 664 696 U 663 697 A 662 698 A 661 699 A 660 700 G 659 701 A 658 702 A 657 703 G 656 704 G 0 705 C 0 706 C 0 707 A 0 708 A 719 709 A 0 710 A 0 711 A 718 712 U 717 713 G 0 714 A 0 715 A 0 716 A 0 717 G 712 718 U 711 719 A 708 720 U 655 721 U 654 722 A 653 723 A 652 724 A 651 725 C 650 726 U 649 727 G 648 728 G 646 729 U 645 730 U 644 731 U 643 732 A 642 733 U 641 734 U 0 735 U 640 736 C 639 737 U 638 738 G 0 739 A 0 740 C 567 741 A 566 742 U 565 743 U 564 744 G 0 745 G 0 746 A 0 747 G 560 748 G 559 749 A 558 750 U 557 751 G 0 752 A 0 753 A 0 754 A 0 755 G 796 756 C 795 757 U 794 758 A 793 759 A 792 760 A 791 761 G 790 762 U 0 763 A 0 764 G 0 765 C 789 766 G 0 767 A 0 768 A 0 769 U 785 770 G 784 771 G 783 772 G 782 773 A 0 774 U 0 775 U 0 776 A 0 777 G 0 778 A 0 779 U 0 780 A 0 781 C 0 782 C 772 783 C 771 784 C 770 785 A 769 786 G 0 787 U 0 788 A 0 789 G 765 790 U 761 791 U 760 792 U 759 793 U 758 794 A 757 795 G 756 796 C 755 797 C 0 798 G 0 799 U 0 800 A 0 801 A 0 802 A 0 803 U 0 804 U 0 805 A 0 806 U 0 807 G 863 808 A 862 809 A 861 810 U 860 811 A 859 812 U 858 813 U 857 814 A 0 815 A 841 816 A 840 817 A 839 818 U 838 819 U 837 820 U 836 821 A 835 822 G 834 823 A 833 824 A 832 825 A 831 826 U 830 827 A 0 828 A 0 829 U 0 830 A 826 831 U 825 832 U 824 833 U 823 834 U 822 835 U 821 836 A 820 837 A 819 838 A 818 839 U 817 840 U 816 841 U 815 842 A 0 843 A 0 844 A 0 845 G 852 846 U 851 847 U 0 848 A 0 849 A 0 850 U 0 851 A 846 852 C 845 853 G 0 854 U 0 855 U 0 856 A 0 857 A 813 858 A 812 859 U 811 860 A 810 861 U 809 862 U 808 863 C 807 864 C 0 865 G 549 866 C 548 867 C 547 868 U 0 869 G 896 870 A 895 871 A 894 872 G 0 873 A 0 874 G 0 875 U 0 876 A 0 877 C 0 878 A 889 879 C 888 880 U 887 881 C 886 882 G 0 883 C 0 884 A 0 885 A 0 886 G 881 887 A 880 888 G 879 889 U 878 890 C 0 891 A 0 892 A 0 893 A 0 894 U 871 895 U 870 896 C 869 897 A 0 898 A 0 899 A 0 900 G 19 901 G 18 902 A 17 903 A 0 904 C 0 905 U 1356 906 G 1355 907 A 1353 908 C 1352 909 G 1351 910 G 0 911 G 1350 912 A 1349 913 A 1348 914 C 1347 915 U 1346 916 U 1345 917 A 1344 918 U 0 919 A 0 920 C 0 921 A 0 922 A 1304 923 G 1303 924 U 1302 925 G 1301 926 A 1300 927 U 1299 928 G 0 929 A 1175 930 G 1174 931 C 1173 932 U 1172 933 A 1171 934 U 1170 935 G 1169 936 U 1168 937 U 1167 938 G 1165 939 U 1164 940 U 0 941 U 0 942 A 0 943 A 0 944 U 959 945 U 958 946 U 957 947 G 956 948 A 0 949 U 0 950 G 0 951 C 0 952 A 0 953 G 0 954 C 0 955 C 0 956 C 947 957 A 946 958 A 945 959 A 944 960 A 0 961 A 0 962 A 0 963 U 0 964 C 0 965 U 0 966 U 0 967 A 0 968 C 1160 969 C 1159 970 A 1158 971 A 1157 972 U 1156 973 A 1155 974 U 1154 975 U 0 976 U 0 977 A 0 978 A 0 979 C 0 980 A 0 981 U 1027 982 A 1026 983 A 1025 984 U 0 985 U 1022 986 U 1021 987 A 1020 988 A 1019 989 A 0 990 A 0 991 U 0 992 A 0 993 A 0 994 A 1013 995 U 1012 996 U 1011 997 U 1010 998 U 1009 999 U 1008 1000 A 1007 1001 U 1006 1002 U 0 1003 A 0 1004 A 0 1005 A 0 1006 A 1001 1007 U 1000 1008 A 999 1009 A 998 1010 A 997 1011 A 996 1012 A 995 1013 U 994 1014 G 0 1015 U 0 1016 U 0 1017 A 0 1018 A 0 1019 U 988 1020 U 987 1021 A 986 1022 A 985 1023 U 0 1024 C 0 1025 U 983 1026 U 982 1027 A 981 1028 A 0 1029 G 1149 1030 G 1148 1031 U 0 1032 G 1147 1033 G 1146 1034 U 1145 1035 G 1144 1036 C 0 1037 A 0 1038 U 1143 1039 G 1142 1040 G 1138 1041 U 1137 1042 U 1136 1043 G 1134 1044 U 1133 1045 C 1132 1046 G 1131 1047 U 1130 1048 C 0 1049 A 0 1050 G 1088 1051 C 1087 1052 U 1086 1053 A 1085 1054 G 1084 1055 U 1083 1056 G 1065 1057 C 1064 1058 U 1063 1059 G 0 1060 U 0 1061 G 0 1062 A 0 1063 A 1058 1064 G 1057 1065 U 1056 1066 A 0 1067 A 0 1068 A 1079 1069 U 1078 1070 C 1077 1071 A 0 1072 U 0 1073 A 0 1074 A 0 1075 A 0 1076 A 0 1077 U 1070 1078 A 1069 1079 U 1068 1080 A 0 1081 A 0 1082 A 0 1083 A 1055 1084 C 1054 1085 U 1053 1086 A 1052 1087 G 1051 1088 C 1050 1089 G 0 1090 G 0 1091 A 0 1092 A 0 1093 C 0 1094 C 1126 1095 C 1125 1096 U 1124 1097 U 1123 1098 A 1122 1099 U 0 1100 C 0 1101 U 1114 1102 A 1113 1103 U 1112 1104 G 1111 1105 U 1110 1106 C 0 1107 U 0 1108 A 0 1109 U 0 1110 A 1105 1111 U 1104 1112 A 1103 1113 U 1102 1114 A 1101 1115 G 0 1116 U 0 1117 A 0 1118 U 0 1119 A 0 1120 A 0 1121 A 0 1122 U 1098 1123 A 1097 1124 A 1096 1125 G 1095 1126 G 1094 1127 A 0 1128 C 0 1129 G 0 1130 A 1047 1131 U 1046 1132 G 1045 1133 U 1044 1134 C 1043 1135 A 0 1136 A 1042 1137 A 1041 1138 U 1040 1139 C 0 1140 U 0 1141 U 0 1142 U 1039 1143 A 1038 1144 U 1035 1145 G 1034 1146 C 1033 1147 C 1032 1148 C 1030 1149 C 1029 1150 U 0 1151 U 0 1152 A 0 1153 U 0 1154 G 974 1155 U 973 1156 A 972 1157 U 971 1158 U 970 1159 G 969 1160 G 968 1161 G 0 1162 C 0 1163 U 0 1164 A 939 1165 U 938 1166 U 0 1167 A 937 1168 G 936 1169 C 935 1170 G 934 1171 U 933 1172 G 932 1173 G 931 1174 C 930 1175 G 929 1176 C 0 1177 A 0 1178 A 0 1179 U 0 1180 G 1255 1181 A 1254 1182 U 1253 1183 G 1252 1184 A 1251 1185 A 1250 1186 U 0 1187 A 0 1188 C 0 1189 A 0 1190 A 0 1191 G 1245 1192 U 1244 1193 G 1243 1194 U 1242 1195 A 0 1196 G 1239 1197 A 1238 1198 A 1237 1199 A 0 1200 A 1234 1201 U 1233 1202 A 1232 1203 U 1231 1204 U 1230 1205 U 1229 1206 A 1228 1207 U 0 1208 U 1227 1209 A 1226 1210 A 1225 1211 A 1224 1212 C 1223 1213 U 1222 1214 U 1221 1215 U 1220 1216 U 0 1217 U 0 1218 A 0 1219 A 0 1220 A 1215 1221 A 1214 1222 A 1213 1223 G 1212 1224 U 1211 1225 U 1210 1226 U 1209 1227 A 1208 1228 U 1206 1229 A 1205 1230 A 1204 1231 A 1203 1232 U 1202 1233 A 1201 1234 U 1200 1235 G 0 1236 A 0 1237 U 1198 1238 U 1197 1239 C 1196 1240 A 0 1241 A 0 1242 A 1194 1243 U 1193 1244 G 1192 1245 U 1191 1246 A 0 1247 A 0 1248 A 0 1249 U 0 1250 U 1185 1251 U 1184 1252 C 1183 1253 A 1182 1254 U 1181 1255 C 1180 1256 U 0 1257 C 0 1258 A 0 1259 G 0 1260 U 0 1261 A 0 1262 C 1293 1263 G 1292 1264 A 1291 1265 U 1290 1266 A 1289 1267 U 1288 1268 A 1287 1269 U 1286 1270 A 1285 1271 A 1284 1272 A 1283 1273 U 1282 1274 U 0 1275 G 0 1276 A 0 1277 A 0 1278 A 0 1279 U 0 1280 U 0 1281 U 0 1282 A 1273 1283 U 1272 1284 U 1271 1285 U 1270 1286 A 1269 1287 U 1268 1288 A 1267 1289 U 1266 1290 A 1265 1291 G 1264 1292 A 1263 1293 G 1262 1294 U 0 1295 A 0 1296 G 0 1297 U 0 1298 A 0 1299 A 927 1300 C 926 1301 C 925 1302 A 924 1303 C 923 1304 U 922 1305 A 0 1306 G 0 1307 U 0 1308 A 0 1309 A 1332 1310 U 1331 1311 C 1330 1312 G 1329 1313 U 1328 1314 U 1327 1315 A 1326 1316 G 1325 1317 U 0 1318 C 0 1319 A 0 1320 U 0 1321 A 0 1322 U 0 1323 A 0 1324 U 0 1325 A 1316 1326 U 1315 1327 A 1314 1328 A 1313 1329 C 1312 1330 G 1311 1331 G 1310 1332 U 1309 1333 G 0 1334 A 0 1335 A 0 1336 U 0 1337 G 0 1338 A 0 1339 A 0 1340 U 0 1341 A 0 1342 A 0 1343 U 0 1344 U 917 1345 A 916 1346 A 915 1347 G 914 1348 U 913 1349 U 912 1350 U 911 1351 U 909 1352 G 908 1353 U 907 1354 A 0 1355 C 906 1356 A 905 1357 C 0 1358 A 0 1359 C 0 1360 C 0 1361 G 1445 1362 C 1444 1363 C 0 1364 C 1441 1365 G 1440 1366 U 1439 1367 C 1438 1368 G 0 1369 C 1435 1370 A 1434 1371 U 1433 1372 C 1432 1373 C 1431 1374 U 1430 1375 G 1429 1376 A 1428 1377 A 1427 1378 A 1426 1379 A 1425 1380 U 1424 1381 G 1423 1382 G 1422 1383 A 1421 1384 G 1420 1385 U 1419 1386 G 1418 1387 A 1417 1388 A 1416 1389 U 1415 1390 U 0 1391 U 0 1392 A 0 1393 A 0 1394 A 1410 1395 U 1409 1396 U 1408 1397 A 1407 1398 U 1406 1399 U 1405 1400 U 0 1401 A 0 1402 A 0 1403 A 0 1404 U 0 1405 A 1399 1406 A 1398 1407 U 1397 1408 A 1396 1409 A 1395 1410 U 1394 1411 A 0 1412 A 0 1413 A 0 1414 U 0 1415 A 1389 1416 U 1388 1417 U 1387 1418 C 1386 1419 A 1385 1420 A 1384 1421 U 1383 1422 U 1382 1423 C 1381 1424 G 1380 1425 U 1379 1426 G 1378 1427 A 1377 1428 U 1376 1429 U 1375 1430 A 1374 1431 G 1373 1432 G 1372 1433 A 1371 1434 U 1370 1435 G 1369 1436 A 0 1437 A 0 1438 G 1367 1439 U 1366 1440 C 1365 1441 G 1364 1442 U 0 1443 A 0 1444 A 1362 1445 C 1361 1446 A 0 1447 A 0 1448 G 0 1449 G 0 1450 U 1473 1451 A 1472 1452 A 1471 1453 C 1470 1454 C 1469 1455 C 1468 1456 U 1467 1457 N 1466 1458 N 1465 1459 N 1464 1460 N 0 1461 N 0 1462 N 0 1463 N 0 1464 N 1459 1465 N 1458 1466 N 1457 1467 N 1456 1468 N 1455 1469 N 1454 1470 N 1453 1471 N 1452 1472 N 1451 1473 N 1450 1474 N 0 1475 N 0 1476 N 0 1477 N 0 1478 N 0 1479 N 0 1480 N 0 1481 N 0 1482 N 0 1483 N 0 1484 N 0 1485 N 0 1486 N 0