Filename: a.16.c.C.caldarium.bpseq Organism: Cyanidium caldarium Accession Number: X52985 Citation and related information available at http://www.rna.icmb.utexas.edu 1 U 0 2 A 0 3 U 0 4 A 0 5 A 0 6 U 0 7 G 0 8 G 0 9 A 0 10 G 26 11 A 25 12 G 24 13 U 23 14 U 22 15 U 0 16 G 0 17 A 0 18 U 868 19 C 867 20 C 866 21 U 0 22 G 14 23 G 13 24 C 12 25 U 11 26 C 10 27 A 0 28 G 505 29 G 504 30 A 503 31 U 502 32 U 0 33 A 501 34 A 500 35 C 499 36 G 498 37 C 497 38 U 496 39 G 0 40 G 375 41 C 374 42 G 373 43 G 372 44 U 371 45 A 370 46 U 368 47 G 367 48 C 0 49 C 0 50 U 0 51 A 0 52 A 0 53 C 331 54 A 330 55 C 329 56 A 0 57 U 328 58 G 327 59 C 326 60 A 0 61 A 0 62 G 88 63 U 87 64 C 86 65 G 0 66 U 0 67 A 85 68 C 84 69 G 83 70 A 82 71 G 81 72 A 80 73 A 79 74 U 78 75 U 0 76 U 0 77 U 0 78 A 74 79 U 73 80 U 72 81 C 71 82 U 70 83 A 69 84 G 68 85 U 67 86 G 64 87 G 63 88 C 62 89 G 0 90 G 0 91 A 0 92 C 0 93 G 0 94 G 0 95 G 286 96 U 285 97 G 284 98 A 0 99 G 0 100 U 0 101 A 0 102 A 0 103 C 0 104 A 211 105 C 210 106 G 209 107 U 208 108 G 207 109 A 206 110 G 205 111 A 204 112 A 0 113 U 203 114 C 202 115 U 0 116 A 0 117 C 0 118 C 199 119 U 198 120 C 197 121 U 196 122 A 195 123 G 194 124 G 193 125 A 0 126 G 160 127 G 159 128 G 158 129 G 157 130 G 156 131 A 0 132 U 0 133 A 0 134 A 151 135 C 150 136 A 149 137 G 148 138 U 147 139 U 146 140 G 145 141 G 0 142 A 0 143 A 0 144 A 0 145 C 140 146 G 139 147 A 138 148 U 137 149 U 136 150 G 135 151 C 134 152 U 0 153 A 0 154 A 0 155 A 0 156 A 130 157 C 129 158 C 128 159 C 127 160 C 126 161 A 0 162 U 0 163 A 0 164 U 0 165 G 176 166 C 175 167 C 174 168 A 173 169 U 0 170 U 0 171 A 0 172 U 0 173 U 168 174 G 167 175 G 166 176 U 165 177 G 0 178 A 0 179 A 0 180 A 0 181 A 0 182 A 191 183 G 190 184 A 189 185 U 0 186 U 0 187 U 0 188 A 0 189 U 184 190 C 183 191 U 182 192 G 0 193 C 124 194 C 123 195 U 122 196 G 121 197 G 120 198 A 119 199 G 118 200 A 0 201 U 0 202 G 114 203 A 113 204 G 111 205 C 110 206 U 109 207 C 108 208 G 107 209 C 106 210 G 105 211 G 104 212 C 258 213 U 257 214 G 256 215 A 0 216 U 0 217 U 255 218 A 0 219 G 249 220 C 248 221 U 247 222 A 0 223 G 0 224 U 246 225 U 245 226 G 244 227 G 243 228 U 242 229 A 241 230 G 240 231 G 239 232 G 0 233 U 0 234 A 0 235 A 0 236 U 0 237 G 0 238 G 0 239 C 231 240 U 230 241 U 229 242 A 228 243 C 227 244 C 226 245 A 225 246 A 224 247 G 221 248 G 220 249 C 219 250 A 0 251 A 0 252 C 0 253 G 0 254 A 0 255 U 217 256 C 214 257 A 213 258 G 212 259 U 0 260 A 0 261 G 283 262 C 282 263 U 281 264 G 280 265 G 276 266 U 275 267 C 274 268 U 273 269 U 0 270 A 0 271 G 0 272 A 0 273 G 268 274 G 267 275 A 266 276 U 265 277 G 0 278 A 0 279 U 0 280 C 264 281 A 263 282 G 262 283 C 261 284 C 97 285 A 96 286 C 95 287 A 0 288 C 309 289 U 308 290 G 307 291 G 306 292 A 305 293 A 304 294 C 0 295 U 0 296 G 0 297 A 0 298 G 0 299 A 0 300 U 0 301 A 0 302 C 0 303 G 0 304 G 293 305 U 292 306 C 291 307 C 290 308 A 289 309 G 288 310 A 0 311 C 322 312 U 321 313 C 320 314 C 319 315 U 0 316 A 0 317 C 0 318 G 0 319 G 314 320 G 313 321 A 312 322 G 311 323 G 0 324 C 0 325 A 0 326 G 59 327 C 58 328 A 57 329 G 55 330 U 54 331 G 53 332 G 0 333 G 0 334 G 0 335 A 0 336 A 0 337 U 0 338 U 0 339 U 365 340 U 0 341 C 364 342 C 363 343 A 362 344 C 0 345 A 0 346 A 0 347 U 360 348 G 359 349 G 358 350 G 357 351 C 356 352 G 0 353 A 0 354 A 0 355 A 0 356 G 351 357 C 350 358 C 349 359 U 348 360 G 347 361 A 0 362 U 343 363 G 342 364 G 341 365 A 339 366 G 0 367 C 47 368 A 46 369 A 0 370 U 45 371 A 44 372 C 43 373 C 42 374 G 41 375 U 40 376 G 0 377 U 0 378 G 408 379 A 407 380 G 406 381 G 405 382 G 0 383 A 0 384 U 0 385 G 0 386 A 0 387 A 0 388 G 399 389 G 398 390 C 397 391 C 396 392 U 0 393 G 0 394 U 0 395 G 0 396 G 391 397 G 390 398 U 389 399 U 388 400 G 0 401 U 0 402 A 0 403 A 0 404 A 0 405 C 381 406 C 380 407 U 379 408 C 378 409 U 0 410 U 445 411 U 0 412 U 0 413 U 442 414 U 441 415 C 440 416 A 439 417 G 438 418 G 437 419 A 0 420 A 0 421 A 0 422 G 432 423 A 0 424 A 0 425 A 0 426 C 0 427 U 0 428 U 0 429 U 0 430 G 0 431 A 0 432 C 422 433 G 0 434 G 0 435 U 0 436 A 0 437 C 418 438 C 417 439 U 416 440 G 415 441 A 414 442 A 413 443 G 0 444 A 0 445 A 410 446 U 0 447 A 0 448 A 0 449 G 494 450 C 493 451 A 492 452 U 491 453 C 490 454 G 0 455 G 0 456 C 0 457 U 0 458 A 0 459 A 0 460 C 489 461 U 488 462 C 487 463 C 486 464 G 485 465 U 0 466 G 0 467 C 0 468 C 0 469 A 0 470 G 0 471 C 0 472 A 0 473 G 0 474 C 0 475 C 0 476 G 0 477 C 0 478 G 0 479 G 0 480 U 0 481 A 0 482 A 0 483 U 0 484 A 0 485 C 464 486 G 463 487 G 462 488 A 461 489 G 460 490 G 453 491 A 452 492 U 451 493 G 450 494 C 449 495 A 0 496 A 38 497 G 37 498 C 36 499 G 35 500 U 34 501 U 33 502 A 31 503 U 30 504 C 29 505 C 28 506 G 0 507 G 0 508 A 0 509 A 0 510 U 0 511 C 0 512 A 0 513 C 0 514 U 0 515 G 0 516 G 833 517 G 832 518 C 831 519 G 0 520 U 0 521 A 0 522 A 0 523 A 0 524 G 0 525 C 0 526 G 713 527 U 712 528 C 711 529 U 710 530 G 0 531 U 0 532 A 0 533 G 706 534 G 705 535 U 704 536 G 703 537 G 600 538 U 599 539 U 598 540 U 597 541 A 596 542 U 595 543 C 594 544 A 0 545 A 593 546 G 592 547 U 589 548 C 588 549 U 587 550 G 586 551 C 585 552 U 584 553 G 583 554 U 582 555 U 581 556 A 0 557 A 0 558 A 0 559 G 0 560 C 0 561 U 577 562 U 576 563 G 575 564 A 574 565 G 573 566 G 572 567 C 0 568 U 0 569 U 0 570 A 0 571 A 0 572 C 566 573 C 565 574 U 564 575 C 563 576 A 562 577 A 561 578 A 0 579 A 0 580 A 0 581 A 555 582 G 554 583 C 553 584 A 552 585 G 551 586 U 550 587 G 549 588 G 548 589 A 547 590 A 0 591 A 0 592 C 546 593 U 545 594 G 543 595 A 542 596 U 541 597 A 540 598 G 539 599 A 538 600 C 537 601 U 0 602 A 0 603 G 0 604 A 700 605 G 699 606 A 697 607 A 696 608 U 695 609 G 694 610 G 693 611 U 692 612 A 691 613 G 0 614 G 690 615 G 689 616 G 688 617 C 687 618 A 686 619 G 685 620 A 684 621 G 683 622 A 666 623 G 665 624 A 664 625 A 663 626 U 662 627 U 661 628 C 660 629 U 659 630 C 658 631 A 657 632 G 656 633 U 655 634 G 0 635 U 0 636 A 0 637 G 648 638 C 647 639 G 646 640 G 0 641 U 0 642 G 0 643 A 0 644 A 0 645 A 0 646 U 639 647 G 638 648 C 637 649 G 0 650 U 0 651 A 0 652 G 0 653 A 0 654 U 0 655 A 633 656 U 632 657 U 631 658 G 630 659 A 629 660 G 628 661 A 627 662 A 626 663 G 625 664 A 624 665 A 623 666 U 622 667 A 0 668 C 0 669 C 0 670 G 0 671 A 0 672 U 0 673 A 0 674 G 681 675 C 680 676 G 0 677 A 0 678 A 0 679 G 0 680 G 675 681 C 674 682 G 0 683 C 621 684 U 620 685 C 619 686 U 618 687 G 617 688 C 616 689 U 615 690 G 614 691 G 612 692 G 611 693 C 610 694 C 609 695 A 608 696 U 607 697 U 606 698 A 0 699 C 605 700 U 604 701 G 0 702 A 0 703 C 536 704 A 535 705 C 534 706 U 533 707 C 0 708 A 0 709 G 0 710 A 529 711 G 528 712 A 527 713 C 526 714 G 0 715 A 0 716 A 0 717 A 0 718 G 759 719 C 758 720 U 757 721 A 756 722 G 755 723 G 754 724 G 753 725 G 0 726 A 0 727 G 0 728 C 752 729 A 0 730 A 0 731 A 0 732 U 748 733 G 747 734 G 746 735 G 745 736 A 0 737 U 0 738 U 0 739 A 0 740 G 0 741 A 0 742 U 0 743 A 0 744 C 0 745 C 735 746 C 734 747 C 733 748 A 732 749 G 0 750 U 0 751 A 0 752 G 728 753 U 724 754 C 723 755 C 722 756 U 721 757 A 720 758 G 719 759 C 718 760 C 0 761 G 0 762 U 0 763 A 0 764 A 0 765 A 0 766 C 0 767 U 0 768 A 0 769 U 0 770 G 829 771 G 828 772 A 827 773 U 826 774 A 825 775 C 824 776 U 823 777 A 0 778 G 807 779 A 806 780 U 805 781 G 804 782 U 803 783 U 802 784 G 801 785 U 800 786 G 799 787 U 798 788 G 797 789 A 796 790 G 0 791 U 0 792 A 0 793 A 0 794 A 0 795 A 0 796 U 789 797 U 788 798 G 787 799 U 786 800 G 785 801 C 784 802 A 783 803 G 782 804 U 781 805 A 780 806 U 779 807 C 778 808 G 0 809 A 0 810 A 0 811 G 818 812 C 817 813 U 0 814 A 0 815 A 0 816 C 0 817 G 812 818 C 811 819 G 0 820 U 0 821 U 0 822 A 0 823 A 776 824 G 775 825 U 774 826 A 773 827 U 772 828 C 771 829 C 770 830 C 0 831 G 518 832 C 517 833 C 516 834 U 0 835 G 0 836 G 0 837 G 0 838 A 0 839 A 0 840 G 0 841 U 0 842 A 0 843 C 0 844 G 855 845 C 854 846 U 853 847 C 852 848 G 0 849 C 0 850 A 0 851 A 0 852 G 847 853 A 846 854 G 845 855 U 844 856 G 0 857 A 0 858 A 0 859 A 0 860 C 0 861 U 0 862 C 0 863 A 0 864 A 0 865 A 0 866 G 20 867 G 19 868 A 18 869 A 0 870 U 0 871 U 1345 872 G 1344 873 A 1342 874 C 1341 875 G 1340 876 G 0 877 G 1339 878 G 1338 879 A 1337 880 C 1336 881 C 1335 882 C 1334 883 G 1333 884 C 0 885 A 0 886 C 0 887 A 0 888 A 1293 889 G 1292 890 C 1291 891 G 1290 892 U 1288 893 G 0 894 G 1184 895 A 1183 896 G 1182 897 C 1181 898 A 1180 899 U 1179 900 G 1178 901 U 1177 902 G 1176 903 G 1174 904 U 1173 905 U 0 906 U 0 907 A 0 908 A 0 909 U 924 910 U 923 911 C 922 912 G 921 913 A 0 914 U 0 915 G 0 916 C 0 917 A 0 918 A 0 919 C 0 920 G 0 921 C 912 922 G 911 923 A 910 924 A 909 925 G 0 926 A 0 927 A 0 928 C 0 929 C 0 930 U 0 931 U 0 932 A 0 933 C 1169 934 C 1168 935 A 1167 936 G 1166 937 G 1165 938 A 1164 939 C 1163 940 U 0 941 U 0 942 G 0 943 A 0 944 C 0 945 A 994 946 U 993 947 G 992 948 U 990 949 U 989 950 A 988 951 C 987 952 U 986 953 A 0 954 A 0 955 U 972 956 U 971 957 U 970 958 C 969 959 C 968 960 U 967 961 U 966 962 G 0 963 A 0 964 A 0 965 A 0 966 G 961 967 A 960 968 G 959 969 G 958 970 A 957 971 A 956 972 A 955 973 G 0 974 U 985 975 G 984 976 C 983 977 C 982 978 U 0 979 U 0 980 U 0 981 G 0 982 G 977 983 G 976 984 A 975 985 A 974 986 A 952 987 G 951 988 U 950 989 A 949 990 A 948 991 A 0 992 C 947 993 A 946 994 C 945 995 A 0 996 G 1158 997 G 1157 998 U 0 999 G 1156 1000 G 1155 1001 U 1154 1002 G 1153 1003 C 0 1004 A 0 1005 U 1152 1006 G 1151 1007 G 1147 1008 C 1146 1009 U 1145 1010 G 1143 1011 U 1142 1012 C 1141 1013 G 1140 1014 U 1139 1015 C 0 1016 A 0 1017 G 1056 1018 C 1055 1019 U 1054 1020 C 1053 1021 G 1052 1022 U 1051 1023 G 1032 1024 U 1031 1025 C 1030 1026 G 0 1027 U 0 1028 G 0 1029 A 0 1030 G 1025 1031 A 1024 1032 U 1023 1033 G 0 1034 U 0 1035 U 1048 1036 G 1047 1037 G 1046 1038 G 1045 1039 U 0 1040 U 0 1041 A 0 1042 A 0 1043 G 0 1044 U 0 1045 C 1038 1046 C 1037 1047 C 1036 1048 G 1035 1049 C 0 1050 A 0 1051 A 1022 1052 C 1021 1053 G 1020 1054 A 1019 1055 G 1018 1056 C 1017 1057 G 0 1058 C 0 1059 A 0 1060 A 0 1061 C 0 1062 C 1135 1063 C 1134 1064 U 1133 1065 U 1132 1066 G 1131 1067 U 1103 1068 C 1102 1069 U 1101 1070 U 1100 1071 U 1099 1072 A 1098 1073 G 1097 1074 U 0 1075 U 1094 1076 A 1093 1077 C 1092 1078 C 1091 1079 A 0 1080 U 0 1081 C 1090 1082 A 1089 1083 U 0 1084 U 0 1085 A 0 1086 A 0 1087 G 0 1088 U 0 1089 U 1082 1090 G 1081 1091 G 1078 1092 G 1077 1093 G 1076 1094 A 1075 1095 C 0 1096 U 0 1097 C 1073 1098 U 1072 1099 A 1071 1100 A 1070 1101 A 1069 1102 G 1068 1103 A 1067 1104 G 0 1105 A 0 1106 C 0 1107 U 0 1108 G 0 1109 C 1123 1110 C 1122 1111 G 1121 1112 G 1120 1113 U 1119 1114 G 0 1115 A 0 1116 U 0 1117 A 0 1118 A 0 1119 A 1113 1120 C 1112 1121 C 1111 1122 G 1110 1123 G 1109 1124 A 0 1125 G 0 1126 G 0 1127 A 0 1128 A 0 1129 G 0 1130 G 0 1131 U 1066 1132 A 1065 1133 A 1064 1134 G 1063 1135 G 1062 1136 A 0 1137 U 0 1138 G 0 1139 A 1014 1140 G 1013 1141 G 1012 1142 U 1011 1143 C 1010 1144 A 0 1145 A 1009 1146 G 1008 1147 U 1007 1148 C 0 1149 A 0 1150 U 0 1151 C 1006 1152 A 1005 1153 U 1002 1154 G 1001 1155 C 1000 1156 C 999 1157 C 997 1158 C 996 1159 U 0 1160 U 0 1161 A 0 1162 U 0 1163 G 939 1164 U 938 1165 C 937 1166 C 936 1167 U 935 1168 G 934 1169 G 933 1170 G 0 1171 C 0 1172 U 0 1173 A 904 1174 C 903 1175 A 0 1176 C 902 1177 A 901 1178 C 900 1179 G 899 1180 U 898 1181 G 897 1182 C 896 1183 U 895 1184 A 894 1185 C 0 1186 A 0 1187 A 0 1188 U 0 1189 G 1244 1190 G 1243 1191 U 1242 1192 U 1241 1193 A 1240 1194 G 1239 1195 G 1238 1196 A 0 1197 C 0 1198 A 0 1199 A 0 1200 U 0 1201 A 1232 1202 A 1231 1203 G 1230 1204 U 0 1205 C 0 1206 G 1225 1207 C 1224 1208 A 0 1209 A 0 1210 A 0 1211 U 1220 1212 U 1219 1213 C 1218 1214 G 0 1215 U 0 1216 G 0 1217 A 0 1218 G 1213 1219 A 1212 1220 A 1211 1221 C 0 1222 U 0 1223 A 0 1224 G 1207 1225 C 1206 1226 U 0 1227 A 0 1228 A 0 1229 U 0 1230 C 1203 1231 U 1202 1232 U 1201 1233 A 0 1234 U 0 1235 A 0 1236 A 0 1237 A 0 1238 C 1195 1239 C 1194 1240 U 1193 1241 A 1192 1242 A 1191 1243 U 1190 1244 C 1189 1245 U 0 1246 C 0 1247 A 0 1248 G 0 1249 U 0 1250 A 0 1251 C 1282 1252 G 1281 1253 G 1280 1254 A 1279 1255 U 1278 1256 U 1277 1257 G 1276 1258 U 1275 1259 A 1274 1260 G 1273 1261 G 1272 1262 C 1271 1263 U 0 1264 G 0 1265 C 0 1266 A 0 1267 A 0 1268 C 0 1269 U 0 1270 C 0 1271 G 1262 1272 C 1261 1273 C 1260 1274 U 1259 1275 A 1258 1276 C 1257 1277 A 1256 1278 U 1255 1279 G 1254 1280 A 1253 1281 A 1252 1282 G 1251 1283 A 0 1284 C 0 1285 G 0 1286 G 0 1287 A 0 1288 A 892 1289 U 0 1290 C 891 1291 G 890 1292 C 889 1293 U 888 1294 A 0 1295 G 0 1296 U 0 1297 A 0 1298 A 1321 1299 U 1320 1300 C 1319 1301 G 1318 1302 C 1317 1303 U 1316 1304 G 1315 1305 G 1314 1306 U 0 1307 C 0 1308 A 0 1309 G 0 1310 C 0 1311 U 0 1312 A 0 1313 C 0 1314 A 1305 1315 C 1304 1316 A 1303 1317 G 1302 1318 C 1301 1319 G 1300 1320 G 1299 1321 U 1298 1322 G 0 1323 A 0 1324 A 0 1325 U 0 1326 A 0 1327 C 0 1328 G 0 1329 U 0 1330 U 0 1331 C 0 1332 C 0 1333 C 883 1334 G 882 1335 G 881 1336 G 880 1337 U 879 1338 C 878 1339 U 877 1340 U 875 1341 G 874 1342 U 873 1343 A 0 1344 C 872 1345 A 871 1346 C 0 1347 A 0 1348 C 0 1349 C 0 1350 G 1451 1351 C 1450 1352 C 0 1353 C 1447 1354 G 1446 1355 U 0 1356 C 1444 1357 A 0 1358 C 1441 1359 A 1440 1360 C 1439 1361 C 1438 1362 A 1437 1363 U 1436 1364 G 1435 1365 G 1434 1366 G 1433 1367 A 1432 1368 G 1431 1369 C 1430 1370 U 1429 1371 G 1428 1372 G 1427 1373 C 1426 1374 C 1425 1375 A 1424 1376 U 1423 1377 G 1422 1378 U 1421 1379 C 1420 1380 C 0 1381 G 0 1382 A 0 1383 A 0 1384 A 1416 1385 U 1415 1386 C 1414 1387 A 1413 1388 U 1412 1389 U 1411 1390 A 0 1391 C 1410 1392 U 1409 1393 C 1408 1394 U 1407 1395 A 0 1396 A 0 1397 C 1405 1398 C 1404 1399 U 0 1400 U 0 1401 A 0 1402 A 0 1403 U 0 1404 G 1398 1405 G 1397 1406 A 0 1407 G 1394 1408 G 1393 1409 A 1392 1410 G 1391 1411 G 1389 1412 A 1388 1413 U 1387 1414 G 1386 1415 C 1385 1416 U 1384 1417 U 0 1418 A 0 1419 A 0 1420 G 1379 1421 G 1378 1422 C 1377 1423 A 1376 1424 G 1375 1425 G 1374 1426 G 1373 1427 C 1372 1428 U 1371 1429 A 1370 1430 G 1369 1431 U 1368 1432 G 1367 1433 A 1366 1434 C 1365 1435 U 1364 1436 G 1363 1437 G 1362 1438 G 1361 1439 G 1360 1440 U 1359 1441 G 1358 1442 A 0 1443 A 0 1444 G 1356 1445 U 0 1446 C 1354 1447 G 1353 1448 U 0 1449 A 0 1450 A 1351 1451 C 1350 1452 A 0 1453 A 0 1454 G 0 1455 G 0 1456 U 1479 1457 A 1478 1458 G 1477 1459 C 1476 1460 C 1475 1461 G 1474 1462 U 1473 1463 A 1472 1464 C 1471 1465 U 1470 1466 G 0 1467 G 0 1468 A 0 1469 A 0 1470 G 1465 1471 G 1464 1472 U 1463 1473 G 1462 1474 C 1461 1475 G 1460 1476 G 1459 1477 C 1458 1478 U 1457 1479 G 1456 1480 G 0 1481 A 0 1482 U 0 1483 U 0 1484 A 0 1485 C 0 1486 C 0 1487 U 0 1488 C 0 1489 C 0 1490 U 0 1491 U 0 1492 U 0