Filename: a.16.c.H.akashiwo.bpseq Organism: Heterosigma akashiwo Accession Number: M82860 Citation and related information available at http://www.rna.icmb.utexas.edu 1 U 0 2 U 0 3 U 0 4 U 0 5 A 0 6 G 0 7 G 0 8 A 0 9 U 0 10 A 0 11 U 0 12 A 0 13 A 0 14 U 0 15 U 0 16 G 0 17 A 0 18 G 34 19 A 33 20 G 32 21 U 31 22 U 30 23 U 0 24 G 0 25 A 0 26 U 913 27 C 912 28 C 911 29 U 0 30 G 22 31 G 21 32 C 20 33 U 19 34 C 18 35 A 0 36 G 549 37 G 548 38 A 547 39 U 546 40 G 0 41 A 545 42 A 544 43 C 543 44 G 542 45 C 541 46 U 540 47 G 0 48 G 418 49 C 417 50 G 416 51 G 415 52 U 414 53 A 413 54 U 411 55 G 410 56 C 0 57 U 0 58 U 0 59 A 0 60 A 0 61 C 374 62 A 373 63 C 372 64 A 0 65 U 371 66 G 370 67 C 369 68 A 0 69 A 0 70 G 117 71 U 116 72 C 115 73 G 0 74 A 0 75 A 114 76 C 113 77 G 0 78 A 0 79 G 0 80 A 0 81 G 108 82 G 107 83 U 106 84 U 105 85 U 104 86 U 103 87 U 102 88 A 101 89 A 100 90 A 99 91 G 98 92 A 97 93 U 0 94 U 0 95 U 0 96 U 0 97 U 92 98 C 91 99 U 90 100 U 89 101 A 88 102 A 87 103 A 86 104 A 85 105 A 84 106 A 83 107 C 82 108 U 81 109 G 0 110 A 0 111 A 0 112 A 0 113 G 76 114 U 75 115 G 72 116 G 71 117 C 70 118 G 0 119 G 0 120 A 0 121 C 0 122 G 0 123 G 0 124 G 329 125 U 328 126 G 327 127 A 0 128 G 0 129 U 0 130 A 0 131 A 0 132 C 0 133 A 254 134 C 253 135 G 252 136 U 251 137 G 250 138 A 249 139 G 248 140 A 247 141 A 0 142 U 246 143 C 245 144 U 0 145 G 0 146 C 0 147 C 242 148 U 241 149 U 240 150 U 239 151 A 238 152 G 237 153 G 236 154 A 0 155 A 189 156 A 188 157 G 187 158 G 186 159 G 185 160 A 0 161 C 0 162 A 0 163 A 180 164 C 179 165 A 178 166 U 177 167 U 176 168 U 175 169 G 174 170 G 0 171 A 0 172 A 0 173 A 0 174 C 169 175 G 168 176 A 167 177 A 166 178 U 165 179 G 164 180 C 163 181 U 0 182 A 0 183 A 0 184 U 0 185 A 159 186 C 158 187 C 157 188 U 156 189 U 155 190 A 0 191 U 0 192 A 0 193 U 0 194 G 222 195 C 221 196 C 220 197 U 219 198 A 218 199 U 217 200 U 216 201 A 215 202 U 0 203 A 0 204 A 0 205 C 0 206 U 0 207 U 0 208 G 0 209 U 0 210 A 0 211 U 0 212 A 0 213 A 0 214 U 0 215 U 201 216 A 200 217 A 199 218 U 198 219 A 197 220 G 196 221 G 195 222 U 194 223 G 0 224 A 0 225 A 0 226 A 0 227 A 234 228 G 233 229 U 0 230 U 0 231 U 0 232 U 0 233 C 228 234 U 227 235 G 0 236 C 153 237 C 152 238 U 151 239 A 150 240 G 149 241 A 148 242 G 147 243 A 0 244 G 0 245 G 143 246 A 142 247 G 140 248 C 139 249 U 138 250 C 137 251 G 136 252 C 135 253 G 134 254 G 133 255 C 301 256 U 300 257 G 299 258 A 0 259 U 0 260 U 298 261 A 0 262 G 292 263 C 291 264 U 290 265 A 0 266 G 0 267 U 289 268 U 288 269 G 287 270 G 286 271 U 285 272 G 284 273 G 283 274 G 282 275 G 0 276 U 0 277 A 0 278 A 0 279 U 0 280 G 0 281 G 0 282 C 274 283 C 273 284 U 272 285 A 271 286 C 270 287 C 269 288 A 268 289 A 267 290 G 264 291 G 263 292 C 262 293 G 0 294 A 0 295 C 0 296 G 0 297 A 0 298 U 260 299 C 257 300 A 256 301 G 255 302 U 0 303 A 0 304 A 326 305 C 325 306 U 324 307 G 323 308 A 319 309 U 318 310 U 317 311 U 316 312 G 0 313 A 0 314 G 0 315 A 0 316 G 311 317 G 310 318 A 309 319 U 308 320 G 0 321 A 0 322 U 0 323 C 307 324 A 306 325 G 305 326 U 304 327 C 126 328 A 125 329 C 124 330 A 0 331 C 352 332 U 351 333 G 350 334 G 349 335 A 348 336 A 347 337 C 0 338 U 0 339 G 0 340 A 0 341 G 0 342 A 0 343 C 0 344 A 0 345 C 0 346 G 0 347 G 336 348 U 335 349 C 334 350 C 333 351 A 332 352 G 331 353 A 0 354 C 365 355 U 364 356 C 363 357 C 362 358 U 0 359 A 0 360 C 0 361 G 0 362 G 357 363 G 356 364 A 355 365 G 354 366 G 0 367 C 0 368 A 0 369 G 67 370 C 66 371 A 65 372 G 63 373 U 62 374 G 61 375 G 0 376 G 0 377 G 0 378 A 0 379 A 0 380 U 0 381 U 0 382 U 408 383 U 0 384 C 407 385 U 406 386 G 405 387 C 0 388 A 0 389 A 0 390 U 403 391 G 402 392 G 401 393 G 400 394 C 399 395 G 0 396 A 0 397 A 0 398 A 0 399 G 394 400 C 393 401 C 392 402 U 391 403 G 390 404 A 0 405 C 386 406 A 385 407 G 384 408 A 382 409 G 0 410 C 55 411 A 54 412 A 0 413 U 53 414 A 52 415 C 51 416 C 50 417 G 49 418 C 48 419 G 0 420 U 0 421 G 452 422 A 451 423 G 450 424 G 449 425 G 0 426 A 0 427 U 0 428 G 0 429 A 0 430 C 0 431 A 443 432 G 442 433 U 441 434 C 440 435 C 439 436 U 0 437 A 0 438 U 0 439 G 435 440 G 434 441 A 433 442 U 432 443 U 431 444 G 0 445 U 0 446 A 0 447 A 0 448 A 0 449 C 424 450 C 423 451 U 422 452 C 421 453 U 0 454 U 489 455 U 0 456 U 0 457 U 486 458 U 485 459 C 484 460 A 483 461 G 482 462 G 481 463 G 0 464 A 0 465 G 0 466 G 476 467 A 0 468 A 0 469 G 0 470 U 0 471 U 0 472 C 0 473 U 0 474 G 0 475 A 0 476 C 466 477 G 0 478 U 0 479 U 0 480 A 0 481 C 462 482 C 461 483 U 460 484 G 459 485 A 458 486 A 457 487 G 0 488 A 0 489 A 454 490 U 0 491 A 0 492 A 0 493 G 538 494 C 537 495 A 536 496 U 535 497 C 534 498 G 0 499 G 0 500 C 0 501 U 0 502 A 0 503 A 0 504 C 533 505 U 532 506 C 531 507 C 530 508 G 529 509 U 0 510 G 0 511 C 0 512 C 0 513 A 0 514 G 0 515 C 0 516 A 0 517 G 0 518 C 0 519 C 0 520 G 0 521 C 0 522 G 0 523 G 0 524 U 0 525 A 0 526 A 0 527 U 0 528 A 0 529 C 508 530 G 507 531 G 506 532 A 505 533 G 504 534 G 497 535 A 496 536 U 495 537 G 494 538 C 493 539 A 0 540 A 46 541 G 45 542 U 44 543 G 43 544 U 42 545 U 41 546 A 39 547 U 38 548 C 37 549 C 36 550 G 0 551 G 0 552 A 0 553 A 0 554 U 0 555 C 0 556 A 0 557 C 0 558 U 0 559 G 0 560 G 878 561 G 877 562 C 876 563 G 0 564 U 0 565 A 0 566 A 0 567 A 0 568 G 0 569 C 0 570 G 758 571 U 757 572 C 756 573 U 755 574 G 0 575 U 0 576 A 0 577 G 751 578 G 750 579 U 749 580 G 748 581 G 645 582 U 644 583 U 643 584 U 641 585 A 640 586 A 639 587 U 638 588 G 0 589 U 637 590 G 636 591 U 633 592 C 632 593 U 631 594 G 630 595 U 629 596 U 628 597 G 627 598 U 626 599 U 625 600 A 0 601 A 0 602 A 0 603 U 0 604 C 0 605 U 621 606 U 620 607 A 619 608 A 618 609 G 617 610 G 616 611 C 0 612 U 0 613 C 0 614 A 0 615 A 0 616 C 610 617 C 609 618 U 608 619 U 607 620 A 606 621 A 605 622 A 0 623 C 0 624 C 0 625 A 599 626 G 598 627 C 597 628 A 596 629 A 595 630 U 594 631 G 593 632 G 592 633 A 591 634 A 0 635 A 0 636 C 590 637 U 589 638 A 587 639 U 586 640 U 585 641 A 584 642 U 0 643 G 583 644 A 582 645 C 581 646 U 0 647 U 0 648 G 0 649 A 745 650 G 744 651 U 743 652 G 742 653 U 740 654 G 739 655 G 738 656 U 737 657 A 736 658 G 0 659 A 735 660 G 734 661 G 733 662 U 732 663 A 731 664 G 730 665 A 729 666 G 728 667 G 711 668 G 710 669 A 709 670 A 708 671 U 707 672 U 706 673 U 705 674 C 704 675 C 703 676 A 702 677 G 701 678 U 700 679 G 0 680 G 0 681 A 0 682 G 693 683 C 692 684 G 691 685 G 0 686 U 0 687 G 0 688 A 0 689 A 0 690 A 0 691 U 684 692 G 683 693 C 682 694 G 0 695 U 0 696 A 0 697 G 0 698 A 0 699 U 0 700 A 678 701 U 677 702 U 676 703 G 675 704 G 674 705 A 673 706 A 672 707 A 671 708 G 670 709 A 669 710 C 668 711 C 667 712 A 0 713 C 0 714 C 0 715 A 0 716 A 727 717 U 0 718 G 0 719 G 726 720 C 725 721 G 0 722 A 0 723 A 0 724 G 0 725 G 720 726 C 719 727 A 716 728 C 666 729 U 665 730 C 664 731 U 663 732 A 662 733 C 661 734 U 660 735 G 659 736 G 657 737 G 656 738 C 655 739 C 654 740 A 653 741 U 0 742 U 652 743 A 651 744 C 650 745 U 649 746 G 0 747 A 0 748 C 580 749 A 579 750 C 578 751 U 577 752 G 0 753 A 0 754 G 0 755 A 573 756 G 572 757 A 571 758 C 570 759 G 0 760 A 0 761 A 0 762 A 0 763 G 804 764 C 803 765 U 802 766 A 801 767 G 800 768 G 799 769 G 798 770 G 0 771 A 0 772 G 0 773 C 797 774 A 0 775 A 0 776 A 0 777 U 793 778 G 792 779 G 791 780 G 790 781 A 0 782 U 0 783 U 0 784 A 0 785 G 0 786 A 0 787 U 0 788 A 0 789 C 0 790 C 780 791 C 779 792 C 778 793 A 777 794 G 0 795 U 0 796 A 0 797 G 773 798 U 769 799 C 768 800 C 767 801 U 766 802 A 765 803 G 764 804 C 763 805 U 0 806 G 0 807 U 0 808 A 0 809 A 0 810 A 0 811 C 0 812 G 0 813 A 0 814 U 0 815 G 874 816 G 873 817 A 872 818 U 871 819 A 870 820 C 869 821 U 868 822 A 0 823 G 852 824 A 851 825 U 850 826 G 849 827 U 848 828 C 847 829 G 846 830 C 845 831 A 844 832 U 843 833 G 842 834 U 0 835 A 0 836 U 0 837 C 0 838 G 0 839 A 0 840 C 0 841 C 0 842 C 833 843 A 832 844 U 831 845 G 830 846 C 829 847 G 828 848 G 827 849 U 826 850 A 825 851 U 824 852 U 823 853 A 0 854 U 0 855 A 0 856 G 863 857 C 862 858 U 0 859 A 0 860 A 0 861 C 0 862 G 857 863 C 856 864 G 0 865 U 0 866 U 0 867 A 0 868 A 821 869 G 820 870 U 819 871 A 818 872 U 817 873 C 816 874 C 815 875 C 0 876 G 562 877 C 561 878 C 560 879 U 0 880 G 0 881 G 0 882 G 0 883 A 0 884 A 0 885 G 0 886 U 0 887 A 0 888 U 0 889 G 900 890 C 899 891 U 898 892 C 897 893 G 0 894 C 0 895 A 0 896 A 0 897 G 892 898 A 891 899 G 890 900 U 889 901 G 0 902 A 0 903 A 0 904 A 0 905 C 0 906 U 0 907 C 0 908 A 0 909 A 0 910 A 0 911 G 28 912 G 27 913 A 26 914 A 0 915 U 0 916 U 1382 917 G 1381 918 A 1379 919 C 1378 920 G 1377 921 G 0 922 G 1376 923 G 1375 924 G 1374 925 C 1373 926 C 1372 927 C 1371 928 G 1370 929 C 0 930 A 0 931 C 0 932 A 0 933 A 1331 934 G 1330 935 C 1329 936 G 1328 937 G 1327 938 U 1326 939 G 0 940 G 1223 941 A 1222 942 G 1221 943 C 1220 944 A 1219 945 U 1218 946 G 1217 947 U 1216 948 G 1215 949 G 1213 950 U 1212 951 U 0 952 U 0 953 A 0 954 A 0 955 U 970 956 U 969 957 C 968 958 G 967 959 A 0 960 U 0 961 G 0 962 C 0 963 A 0 964 A 0 965 C 0 966 G 0 967 C 958 968 G 957 969 A 956 970 A 955 971 G 0 972 A 0 973 A 0 974 C 0 975 C 0 976 U 0 977 U 0 978 A 0 979 C 1208 980 C 1207 981 A 1206 982 G 1205 983 G 1204 984 G 1203 985 U 1202 986 U 0 987 U 0 988 G 0 989 A 0 990 C 0 991 A 1039 992 U 1038 993 A 1037 994 G 1035 995 U 1034 996 A 1033 997 C 1032 998 G 1031 999 A 0 1000 A 0 1001 G 1018 1002 U 1017 1003 U 1016 1004 U 1015 1005 U 1014 1006 U 1013 1007 U 1012 1008 G 0 1009 A 0 1010 A 0 1011 A 0 1012 A 1007 1013 A 1006 1014 A 1005 1015 A 1004 1016 A 1003 1017 A 1002 1018 C 1001 1019 C 0 1020 A 0 1021 C 1028 1022 C 1027 1023 U 0 1024 U 0 1025 C 0 1026 G 0 1027 G 1022 1028 G 1021 1029 A 0 1030 A 0 1031 C 998 1032 G 997 1033 U 996 1034 A 995 1035 C 994 1036 A 0 1037 U 993 1038 A 992 1039 C 991 1040 A 0 1041 G 1197 1042 G 1196 1043 U 0 1044 G 1195 1045 G 1194 1046 U 1193 1047 G 1192 1048 C 0 1049 A 0 1050 U 1191 1051 G 1190 1052 G 1186 1053 C 1185 1054 U 1184 1055 G 1182 1056 U 1181 1057 C 1180 1058 G 1179 1059 U 1178 1060 C 0 1061 A 0 1062 G 1101 1063 C 1100 1064 U 1099 1065 C 1098 1066 G 1097 1067 U 1096 1068 G 1077 1069 U 1076 1070 C 1075 1071 G 0 1072 U 0 1073 G 0 1074 A 0 1075 G 1070 1076 A 1069 1077 U 1068 1078 G 0 1079 U 0 1080 U 1093 1081 G 1092 1082 G 1091 1083 G 1090 1084 U 0 1085 U 0 1086 A 0 1087 A 0 1088 G 0 1089 U 0 1090 C 1083 1091 C 1082 1092 C 1081 1093 G 1080 1094 C 0 1095 A 0 1096 A 1067 1097 C 1066 1098 G 1065 1099 A 1064 1100 G 1063 1101 C 1062 1102 G 0 1103 U 0 1104 A 0 1105 A 0 1106 C 0 1107 C 1174 1108 C 1173 1109 U 1172 1110 U 1171 1111 G 1170 1112 U 1142 1113 U 1141 1114 U 1140 1115 U 1139 1116 U 1138 1117 A 1137 1118 G 1136 1119 U 0 1120 U 0 1121 G 0 1122 C 1131 1123 C 1130 1124 U 1129 1125 U 0 1126 U 0 1127 C 0 1128 G 0 1129 A 1124 1130 G 1123 1131 G 1122 1132 A 0 1133 U 0 1134 A 0 1135 U 0 1136 U 1118 1137 U 1117 1138 A 1116 1139 G 1115 1140 A 1114 1141 A 1113 1142 A 1112 1143 G 0 1144 A 0 1145 C 0 1146 U 0 1147 G 0 1148 C 1162 1149 C 1161 1150 G 1160 1151 A 1159 1152 U 1158 1153 U 0 1154 A 0 1155 U 0 1156 A 0 1157 A 0 1158 A 1152 1159 U 1151 1160 C 1150 1161 G 1149 1162 G 1148 1163 A 0 1164 G 0 1165 G 0 1166 A 0 1167 A 0 1168 G 0 1169 G 0 1170 U 1111 1171 A 1110 1172 A 1109 1173 G 1108 1174 G 1107 1175 A 0 1176 C 0 1177 G 0 1178 A 1059 1179 C 1058 1180 G 1057 1181 U 1056 1182 C 1055 1183 A 0 1184 A 1054 1185 G 1053 1186 U 1052 1187 C 0 1188 A 0 1189 U 0 1190 C 1051 1191 A 1050 1192 U 1047 1193 G 1046 1194 C 1045 1195 C 1044 1196 C 1042 1197 C 1041 1198 U 0 1199 U 0 1200 A 0 1201 C 0 1202 A 985 1203 C 984 1204 U 983 1205 C 982 1206 U 981 1207 G 980 1208 G 979 1209 G 0 1210 C 0 1211 U 0 1212 A 950 1213 C 949 1214 A 0 1215 C 948 1216 A 947 1217 C 946 1218 G 945 1219 U 944 1220 G 943 1221 C 942 1222 U 941 1223 A 940 1224 C 0 1225 A 0 1226 U 0 1227 U 0 1228 G 1282 1229 G 1281 1230 G 1280 1231 U 1279 1232 A 1278 1233 G 1277 1234 A 1276 1235 A 0 1236 C 0 1237 A 0 1238 A 0 1239 U 0 1240 A 1271 1241 A 1270 1242 G 1269 1243 U 0 1244 U 0 1245 G 1264 1246 C 1263 1247 U 0 1248 A 0 1249 A 0 1250 G 1259 1251 U 1258 1252 U 1257 1253 G 0 1254 C 0 1255 G 0 1256 A 0 1257 A 1252 1258 A 1251 1259 C 1250 1260 C 0 1261 A 0 1262 A 0 1263 G 1246 1264 C 1245 1265 G 0 1266 A 0 1267 A 0 1268 U 0 1269 C 1242 1270 U 1241 1271 U 1240 1272 C 0 1273 A 0 1274 A 0 1275 A 0 1276 U 1234 1277 C 1233 1278 U 1232 1279 A 1231 1280 C 1230 1281 U 1229 1282 C 1228 1283 U 0 1284 A 0 1285 A 0 1286 G 0 1287 U 0 1288 U 0 1289 C 1320 1290 G 1319 1291 G 1318 1292 A 1317 1293 U 1316 1294 U 1315 1295 G 1314 1296 U 1313 1297 A 1312 1298 G 1311 1299 G 1310 1300 C 1309 1301 U 0 1302 G 0 1303 C 0 1304 A 0 1305 A 0 1306 C 0 1307 U 0 1308 C 0 1309 G 1300 1310 C 1299 1311 C 1298 1312 U 1297 1313 A 1296 1314 C 1295 1315 A 1294 1316 U 1293 1317 A 1292 1318 A 1291 1319 A 1290 1320 G 1289 1321 A 0 1322 U 0 1323 G 0 1324 G 0 1325 A 0 1326 A 938 1327 U 937 1328 C 936 1329 G 935 1330 C 934 1331 U 933 1332 A 0 1333 G 0 1334 U 0 1335 A 0 1336 A 1359 1337 U 1358 1338 C 1357 1339 G 1356 1340 C 1355 1341 U 1354 1342 G 1353 1343 G 1352 1344 U 0 1345 C 0 1346 A 0 1347 G 0 1348 C 0 1349 U 0 1350 A 0 1351 C 0 1352 A 1343 1353 C 1342 1354 A 1341 1355 G 1340 1356 C 1339 1357 G 1338 1358 G 1337 1359 U 1336 1360 G 0 1361 A 0 1362 A 0 1363 U 0 1364 C 0 1365 G 0 1366 U 0 1367 U 0 1368 C 0 1369 C 0 1370 C 928 1371 G 927 1372 G 926 1373 G 925 1374 C 924 1375 C 923 1376 U 922 1377 U 920 1378 G 919 1379 U 918 1380 A 0 1381 C 917 1382 A 916 1383 C 0 1384 A 0 1385 C 0 1386 C 0 1387 G 1487 1388 C 1486 1389 C 0 1390 C 1483 1391 G 1482 1392 U 0 1393 C 1480 1394 A 0 1395 C 1477 1396 A 1476 1397 C 1475 1398 C 1474 1399 A 1473 1400 U 1472 1401 G 1471 1402 G 1470 1403 A 1469 1404 A 1468 1405 G 1467 1406 C 1466 1407 U 1465 1408 G 1464 1409 G 1463 1410 U 1462 1411 C 1461 1412 A 1460 1413 C 1459 1414 A 1458 1415 C 1457 1416 C 1456 1417 C 0 1418 A 0 1419 A 0 1420 A 0 1421 G 1452 1422 U 1451 1423 C 1450 1424 G 1449 1425 U 1448 1426 U 1447 1427 A 0 1428 U 1446 1429 U 1445 1430 C 1444 1431 U 1443 1432 A 0 1433 A 0 1434 C 1441 1435 C 1440 1436 G 0 1437 U 0 1438 U 0 1439 U 0 1440 G 1435 1441 G 1434 1442 A 0 1443 G 1431 1444 G 1430 1445 A 1429 1446 A 1428 1447 G 1426 1448 G 1425 1449 C 1424 1450 G 1423 1451 C 1422 1452 C 1421 1453 U 0 1454 A 0 1455 A 0 1456 G 1416 1457 G 1415 1458 U 1414 1459 A 1413 1460 G 1412 1461 G 1411 1462 A 1410 1463 U 1409 1464 U 1408 1465 G 1407 1466 G 1406 1467 U 1405 1468 G 1404 1469 A 1403 1470 C 1402 1471 U 1401 1472 G 1400 1473 G 1399 1474 G 1398 1475 G 1397 1476 U 1396 1477 G 1395 1478 A 0 1479 A 0 1480 G 1393 1481 U 0 1482 C 1391 1483 G 1390 1484 U 0 1485 A 0 1486 A 1388 1487 C 1387 1488 A 0 1489 A 0 1490 G 0 1491 G 0 1492 U 1515 1493 A 1514 1494 G 1513 1495 C 1512 1496 C 1511 1497 G 1510 1498 U 1509 1499 A 1508 1500 C 1507 1501 C 1506 1502 G 0 1503 G 0 1504 A 0 1505 A 0 1506 G 1501 1507 G 1500 1508 U 1499 1509 G 1498 1510 C 1497 1511 G 1496 1512 G 1495 1513 C 1494 1514 U 1493 1515 G 1492 1516 G 0 1517 A 0 1518 U 0 1519 C 0 1520 A 0 1521 C 0 1522 C 0 1523 U 0 1524 C 0 1525 C 0 1526 U 0 1527 U 0 1528 A 0 1529 U 0 1530 A 0 1531 A 0 1532 A 0 1533 G 0 1534 G 0 1535 U 0 1536 U 0 1537 U 0