Filename: a.16.c.T.gondii.bpseq Organism: Toxoplasma gondii (plastid-like) Accession Number: U87145 Citation and related information available at http://www.rna.icmb.utexas.edu 1 A 0 2 A 0 3 A 0 4 U 0 5 U 0 6 A 0 7 U 0 8 U 0 9 A 0 10 C 0 11 G 27 12 A 26 13 G 25 14 U 24 15 U 23 16 U 0 17 G 0 18 A 0 19 U 869 20 C 868 21 C 867 22 U 0 23 G 15 24 G 14 25 C 13 26 U 12 27 C 11 28 C 0 29 G 501 30 G 500 31 A 499 32 A 498 33 G 0 34 A 497 35 A 496 36 C 495 37 G 494 38 C 493 39 A 492 40 A 0 41 G 369 42 A 368 43 G 367 44 A 366 45 U 365 46 G 364 47 U 362 48 G 361 49 C 0 50 U 0 51 U 0 52 A 0 53 A 0 54 C 324 55 A 323 56 C 322 57 A 0 58 U 321 59 G 320 60 C 319 61 U 0 62 A 0 63 A 88 64 U 87 65 U 86 66 G 0 67 A 0 68 A 85 69 U 84 70 G 83 71 G 82 72 U 81 73 A 80 74 U 79 75 U 0 76 A 0 77 A 0 78 U 0 79 A 74 80 U 73 81 A 72 82 U 71 83 C 70 84 A 69 85 U 68 86 A 65 87 G 64 88 U 63 89 G 0 90 U 0 91 A 0 92 A 0 93 U 0 94 A 0 95 G 279 96 U 278 97 G 277 98 A 0 99 G 0 100 U 0 101 A 0 102 A 0 103 U 0 104 G 203 105 U 202 106 A 201 107 U 200 108 G 199 109 A 198 110 G 197 111 A 196 112 A 0 113 U 195 114 U 194 115 U 0 116 A 0 117 U 0 118 U 191 119 U 190 120 U 189 121 U 188 122 A 187 123 G 186 124 A 185 125 A 0 126 U 155 127 A 154 128 U 153 129 A 152 130 A 151 131 U 0 132 A 0 133 A 0 134 A 147 135 A 146 136 A 145 137 U 144 138 U 143 139 U 0 140 A 0 141 A 0 142 U 0 143 A 138 144 A 137 145 U 136 146 U 135 147 U 134 148 A 0 149 U 0 150 A 0 151 A 130 152 U 129 153 A 128 154 A 127 155 A 126 156 C 0 157 G 0 158 C 0 159 A 167 160 A 166 161 U 165 162 A 0 163 G 0 164 U 0 165 G 161 166 U 160 167 U 159 168 U 0 169 U 0 170 A 0 171 A 0 172 A 0 173 A 0 174 G 183 175 A 182 176 U 181 177 A 0 178 A 0 179 U 0 180 U 0 181 A 176 182 U 175 183 U 174 184 G 0 185 U 124 186 C 123 187 U 122 188 A 121 189 A 120 190 A 119 191 A 118 192 A 0 193 A 0 194 A 114 195 A 113 196 G 111 197 C 110 198 U 109 199 C 108 200 A 107 201 U 106 202 A 105 203 U 104 204 C 251 205 U 250 206 A 249 207 A 0 208 U 0 209 U 248 210 A 0 211 G 242 212 C 241 213 U 240 214 A 0 215 G 0 216 U 239 217 U 238 218 G 237 219 G 236 220 U 235 221 G 234 222 A 233 223 A 232 224 G 0 225 U 0 226 A 0 227 A 0 228 U 0 229 A 0 230 G 0 231 U 0 232 U 223 233 U 222 234 U 221 235 A 220 236 C 219 237 C 218 238 A 217 239 A 216 240 G 213 241 G 212 242 C 211 243 G 0 244 A 0 245 A 0 246 G 0 247 A 0 248 U 209 249 U 206 250 A 205 251 G 204 252 U 0 253 A 0 254 G 276 255 C 275 256 U 274 257 G 273 258 C 269 259 C 268 260 U 267 261 U 266 262 G 0 263 A 0 264 G 0 265 A 0 266 G 261 267 G 260 268 G 259 269 G 258 270 A 0 271 A 0 272 A 0 273 C 257 274 A 256 275 G 255 276 C 254 277 C 97 278 A 96 279 C 95 280 A 0 281 U 302 282 A 301 283 G 300 284 A 299 285 G 298 286 A 297 287 U 0 288 U 0 289 G 0 290 A 0 291 A 0 292 A 0 293 U 0 294 A 0 295 C 0 296 A 0 297 G 286 298 C 285 299 U 284 300 C 283 301 U 282 302 A 281 303 A 0 304 C 315 305 U 314 306 C 313 307 C 312 308 U 0 309 A 0 310 A 0 311 G 0 312 G 307 313 G 306 314 G 305 315 G 304 316 G 0 317 C 0 318 A 0 319 G 60 320 C 59 321 A 58 322 G 56 323 U 55 324 G 54 325 G 0 326 G 0 327 G 0 328 A 0 329 A 0 330 U 0 331 U 0 332 U 359 333 U 0 334 C 358 335 U 357 336 G 356 337 C 0 338 C 0 339 A 0 340 A 0 341 U 354 342 A 353 343 A 352 344 G 351 345 C 350 346 G 0 347 C 0 348 A 0 349 A 0 350 G 345 351 C 344 352 U 343 353 U 342 354 G 341 355 A 0 356 C 336 357 A 335 358 G 334 359 A 332 360 G 0 361 C 48 362 G 47 363 U 0 364 C 46 365 A 45 366 U 44 367 C 43 368 A 42 369 C 41 370 A 0 371 U 0 372 G 404 373 A 403 374 A 402 375 G 401 376 G 0 377 A 0 378 G 0 379 G 0 380 A 0 381 A 0 382 G 395 383 G 394 384 C 393 385 C 392 386 U 391 387 A 0 388 U 0 389 A 0 390 A 0 391 A 386 392 G 385 393 G 384 394 U 383 395 U 382 396 G 0 397 U 0 398 A 0 399 A 0 400 A 0 401 C 375 402 U 374 403 U 373 404 C 372 405 U 0 406 U 441 407 U 0 408 U 0 409 G 437 410 C 436 411 U 435 412 U 434 413 A 433 414 A 432 415 A 431 416 A 0 417 A 0 418 A 0 419 A 0 420 U 0 421 A 0 422 A 0 423 U 0 424 A 0 425 C 0 426 U 0 427 G 0 428 A 0 429 C 0 430 G 0 431 U 415 432 U 414 433 U 413 434 A 412 435 A 411 436 G 410 437 U 409 438 U 0 439 U 0 440 A 0 441 A 406 442 A 0 443 A 0 444 A 0 445 G 490 446 U 489 447 A 488 448 U 487 449 C 486 450 G 0 451 G 0 452 C 0 453 U 0 454 A 0 455 A 0 456 C 485 457 U 484 458 C 483 459 C 482 460 G 481 461 U 0 462 G 0 463 C 0 464 C 0 465 A 0 466 G 0 467 C 0 468 A 0 469 G 0 470 C 0 471 C 0 472 G 0 473 C 0 474 G 0 475 G 0 476 U 0 477 C 0 478 A 0 479 U 0 480 A 0 481 C 460 482 G 459 483 G 458 484 G 457 485 G 456 486 G 449 487 A 448 488 U 447 489 A 446 490 C 445 491 A 0 492 A 39 493 G 38 494 C 37 495 G 36 496 U 35 497 U 34 498 U 32 499 U 31 500 C 30 501 C 29 502 A 0 503 A 0 504 A 0 505 A 0 506 U 0 507 U 0 508 A 0 509 C 0 510 U 0 511 G 0 512 G 834 513 G 833 514 C 832 515 G 0 516 U 0 517 A 0 518 A 0 519 A 0 520 G 0 521 U 0 522 G 709 523 U 708 524 A 707 525 U 706 526 G 0 527 U 0 528 A 0 529 G 702 530 G 701 531 U 700 532 G 699 533 G 596 534 A 595 535 U 594 536 U 593 537 G 0 538 G 591 539 U 590 540 A 0 541 U 589 542 G 588 543 U 585 544 U 584 545 C 583 546 U 582 547 U 581 548 C 580 549 C 579 550 U 578 551 U 577 552 A 0 553 A 0 554 A 0 555 U 0 556 A 0 557 C 573 558 U 572 559 A 571 560 U 570 561 U 569 562 U 568 563 G 0 564 A 0 565 U 0 566 A 0 567 A 0 568 A 562 569 U 561 570 U 560 571 U 559 572 A 558 573 G 557 574 A 0 575 A 0 576 A 0 577 A 551 578 A 550 579 G 549 580 G 548 581 A 547 582 A 546 583 G 545 584 A 544 585 A 543 586 A 0 587 A 0 588 C 542 589 U 541 590 A 539 591 U 538 592 U 0 593 A 536 594 A 535 595 U 534 596 C 533 597 U 0 598 U 0 599 G 0 600 A 696 601 G 695 602 U 694 603 U 692 604 C 691 605 G 690 606 A 689 607 U 688 608 A 687 609 A 0 610 G 686 611 G 685 612 G 684 613 U 683 614 A 682 615 A 681 616 G 680 617 A 679 618 G 662 619 G 661 620 A 660 621 A 659 622 U 658 623 U 657 624 U 656 625 U 655 626 U 654 627 U 653 628 G 652 629 A 651 630 G 0 631 G 0 632 A 0 633 G 644 634 U 643 635 A 642 636 G 0 637 U 0 638 G 0 639 A 0 640 A 0 641 A 0 642 U 635 643 G 634 644 C 633 645 G 0 646 A 0 647 A 0 648 G 0 649 A 0 650 U 0 651 A 629 652 C 628 653 A 627 654 A 626 655 A 625 656 A 624 657 A 623 658 A 622 659 G 621 660 A 620 661 A 619 662 G 618 663 A 0 664 U 0 665 C 0 666 A 0 667 A 678 668 C 0 669 A 0 670 G 677 671 C 676 672 G 0 673 A 0 674 A 0 675 A 0 676 G 671 677 C 670 678 A 667 679 U 617 680 C 616 681 U 615 682 U 614 683 A 613 684 C 612 685 U 611 686 G 610 687 G 608 688 G 607 689 U 606 690 C 605 691 G 604 692 A 603 693 U 0 694 A 602 695 C 601 696 U 600 697 G 0 698 A 0 699 C 532 700 A 531 701 C 530 702 U 529 703 G 0 704 A 0 705 G 0 706 A 525 707 U 524 708 A 523 709 C 522 710 G 0 711 A 0 712 A 0 713 A 0 714 G 755 715 U 754 716 U 753 717 A 752 718 A 751 719 G 750 720 G 749 721 U 0 722 A 0 723 G 0 724 C 748 725 A 0 726 A 0 727 A 0 728 U 744 729 G 743 730 G 742 731 G 741 732 A 0 733 U 0 734 U 0 735 A 0 736 G 0 737 A 0 738 U 0 739 A 0 740 C 0 741 C 731 742 C 730 743 C 729 744 A 728 745 G 0 746 U 0 747 A 0 748 G 724 749 U 720 750 C 719 751 U 718 752 U 717 753 A 716 754 A 715 755 C 714 756 U 0 757 G 0 758 U 0 759 A 0 760 A 0 761 A 0 762 C 0 763 A 0 764 A 0 765 U 0 766 G 830 767 G 829 768 A 828 769 U 827 770 A 826 771 C 825 772 U 824 773 C 0 774 G 808 775 G 807 776 U 806 777 A 805 778 C 804 779 U 803 780 G 802 781 G 801 782 A 800 783 G 0 784 A 0 785 C 0 786 A 796 787 U 795 788 U 0 789 A 0 790 A 0 791 A 0 792 U 0 793 A 0 794 U 0 795 A 787 796 U 786 797 A 0 798 A 0 799 A 0 800 U 782 801 U 781 802 C 780 803 A 779 804 G 778 805 U 777 806 A 776 807 C 775 808 C 774 809 C 0 810 U 0 811 A 0 812 G 819 813 C 818 814 U 0 815 A 0 816 A 0 817 C 0 818 G 813 819 C 812 820 G 0 821 U 0 822 U 0 823 A 0 824 A 772 825 G 771 826 U 770 827 A 769 828 U 768 829 U 767 830 C 766 831 C 0 832 G 514 833 C 513 834 C 512 835 U 0 836 G 863 837 A 862 838 G 861 839 U 0 840 A 0 841 G 0 842 U 0 843 A 0 844 C 0 845 G 856 846 C 855 847 U 854 848 C 853 849 G 0 850 C 0 851 A 0 852 A 0 853 G 848 854 G 847 855 G 846 856 U 845 857 G 0 858 A 0 859 A 0 860 A 0 861 C 838 862 U 837 863 C 836 864 A 0 865 A 0 866 A 0 867 G 21 868 G 20 869 A 19 870 A 0 871 U 0 872 U 1374 873 G 1373 874 A 1371 875 C 1370 876 G 1369 877 G 0 878 G 1368 879 G 1367 880 G 1366 881 C 1365 882 U 1364 883 C 1363 884 G 1362 885 U 0 886 A 0 887 C 0 888 A 0 889 A 1322 890 G 1321 891 C 1320 892 G 1319 893 G 1318 894 U 1317 895 G 0 896 G 1180 897 A 1179 898 G 1178 899 C 1177 900 A 1176 901 C 1175 902 G 1174 903 U 1173 904 A 1172 905 A 1170 906 U 1169 907 U 0 908 U 0 909 A 0 910 A 0 911 U 926 912 U 925 913 C 924 914 G 923 915 A 0 916 U 0 917 G 0 918 U 0 919 A 0 920 A 0 921 C 0 922 G 0 923 C 914 924 G 913 925 A 912 926 U 911 927 A 0 928 A 0 929 A 0 930 C 0 931 C 0 932 U 0 933 U 0 934 A 0 935 C 1165 936 C 1164 937 A 1163 938 G 1162 939 A 1161 940 A 1160 941 C 1159 942 U 0 943 A 0 944 G 0 945 A 0 946 C 0 947 U 989 948 A 988 949 A 987 950 A 986 951 U 985 952 U 984 953 U 983 954 A 0 955 U 982 956 U 981 957 U 980 958 U 0 959 A 0 960 A 0 961 A 979 962 U 978 963 U 977 964 A 975 965 U 974 966 U 973 967 A 972 968 A 0 969 U 0 970 A 0 971 U 0 972 U 967 973 A 966 974 A 965 975 U 964 976 U 0 977 A 963 978 A 962 979 U 961 980 A 957 981 A 956 982 A 955 983 A 953 984 A 952 985 A 951 986 U 950 987 U 949 988 U 948 989 A 947 990 C 0 991 A 0 992 G 1154 993 G 1153 994 A 0 995 G 1152 996 G 1151 997 U 1150 998 G 1149 999 C 0 1000 A 0 1001 U 1148 1002 G 1147 1003 G 1143 1004 C 1142 1005 U 1141 1006 G 1139 1007 U 1138 1008 C 1137 1009 G 1136 1010 U 1135 1011 C 0 1012 A 0 1013 G 1052 1014 C 1051 1015 U 1050 1016 C 1049 1017 G 1048 1018 U 1047 1019 G 1028 1020 U 1027 1021 C 1026 1022 G 0 1023 U 0 1024 G 0 1025 A 0 1026 G 1021 1027 A 1020 1028 U 1019 1029 G 0 1030 U 0 1031 U 1044 1032 G 1043 1033 G 1042 1034 G 1041 1035 U 0 1036 U 0 1037 A 0 1038 A 0 1039 G 0 1040 U 0 1041 C 1034 1042 C 1033 1043 C 1032 1044 G 1031 1045 C 0 1046 U 0 1047 A 1018 1048 C 1017 1049 G 1016 1050 A 1015 1051 G 1014 1052 C 1013 1053 G 0 1054 C 0 1055 U 0 1056 A 0 1057 C 0 1058 C 1131 1059 C 1130 1060 U 1129 1061 U 1128 1062 A 0 1063 U 1101 1064 U 1100 1065 U 1099 1066 A 1098 1067 A 0 1068 A 1094 1069 G 1093 1070 U 1092 1071 U 1091 1072 U 1090 1073 U 1088 1074 U 1087 1075 U 1086 1076 A 0 1077 U 0 1078 A 0 1079 U 0 1080 C 0 1081 U 0 1082 U 0 1083 U 0 1084 A 0 1085 A 0 1086 A 1075 1087 A 1074 1088 A 1073 1089 C 0 1090 A 1072 1091 G 1071 1092 A 1070 1093 C 1069 1094 U 1068 1095 A 0 1096 U 0 1097 A 0 1098 U 1066 1099 A 1065 1100 A 1064 1101 A 1063 1102 U 0 1103 U 0 1104 U 0 1105 U 0 1106 U 0 1107 G 0 1108 U 1120 1109 A 1119 1110 C 1118 1111 U 1117 1112 A 0 1113 A 0 1114 A 0 1115 U 0 1116 U 0 1117 A 1111 1118 G 1110 1119 U 1109 1120 A 1108 1121 G 0 1122 G 0 1123 A 0 1124 A 0 1125 G 0 1126 G 0 1127 A 0 1128 G 1061 1129 A 1060 1130 G 1059 1131 G 1058 1132 A 0 1133 A 0 1134 A 0 1135 A 1010 1136 C 1009 1137 G 1008 1138 U 1007 1139 C 1006 1140 A 0 1141 A 1005 1142 G 1004 1143 U 1003 1144 C 0 1145 U 0 1146 U 0 1147 U 1002 1148 A 1001 1149 U 998 1150 G 997 1151 C 996 1152 C 995 1153 C 993 1154 U 992 1155 U 0 1156 U 0 1157 A 0 1158 U 0 1159 G 941 1160 U 940 1161 U 939 1162 C 938 1163 U 937 1164 G 936 1165 G 935 1166 G 0 1167 C 0 1168 U 0 1169 A 906 1170 C 905 1171 A 0 1172 U 904 1173 A 903 1174 C 902 1175 G 901 1176 U 900 1177 G 899 1178 C 898 1179 U 897 1180 A 896 1181 C 0 1182 A 0 1183 A 0 1184 U 0 1185 A 1273 1186 G 1272 1187 A 1271 1188 U 1270 1189 G 1269 1190 G 1268 1191 U 1267 1192 A 0 1193 C 1263 1194 A 1262 1195 A 1261 1196 U 1260 1197 A 0 1198 A 0 1199 U 0 1200 U 0 1201 U 1252 1202 U 1251 1203 U 1250 1204 A 1249 1205 A 0 1206 A 0 1207 A 0 1208 A 1243 1209 U 1242 1210 A 1241 1211 A 1240 1212 A 1239 1213 U 1238 1214 A 0 1215 C 0 1216 A 1237 1217 A 1236 1218 U 0 1219 A 1235 1220 U 1234 1221 C 1233 1222 A 1232 1223 A 1231 1224 U 0 1225 U 0 1226 U 0 1227 A 0 1228 U 0 1229 U 0 1230 U 0 1231 U 1223 1232 U 1222 1233 A 1221 1234 A 1220 1235 U 1219 1236 U 1217 1237 U 1216 1238 A 1213 1239 U 1212 1240 U 1211 1241 U 1210 1242 G 1209 1243 U 1208 1244 G 0 1245 A 0 1246 A 0 1247 A 0 1248 A 0 1249 U 1204 1250 A 1203 1251 A 1202 1252 A 1201 1253 U 0 1254 G 0 1255 U 0 1256 A 0 1257 A 0 1258 U 0 1259 A 0 1260 A 1196 1261 U 1195 1262 U 1194 1263 G 1193 1264 A 0 1265 A 0 1266 A 0 1267 A 1191 1268 C 1190 1269 C 1189 1270 A 1188 1271 U 1187 1272 U 1186 1273 U 1185 1274 U 0 1275 U 0 1276 A 0 1277 G 0 1278 U 0 1279 U 0 1280 C 1311 1281 G 1310 1282 G 1309 1283 A 1308 1284 A 1307 1285 C 1306 1286 A 1305 1287 U 1304 1288 A 1303 1289 A 1302 1290 A 1301 1291 C 1300 1292 U 0 1293 G 0 1294 C 0 1295 A 0 1296 A 0 1297 U 0 1298 U 0 1299 U 0 1300 G 1291 1301 U 1290 1302 U 1289 1303 U 1288 1304 A 1287 1305 U 1286 1306 G 1285 1307 U 1284 1308 A 1283 1309 A 1282 1310 A 1281 1311 G 1280 1312 U 0 1313 U 0 1314 G 0 1315 G 0 1316 A 0 1317 A 894 1318 U 893 1319 C 892 1320 G 891 1321 C 890 1322 U 889 1323 A 0 1324 G 0 1325 U 0 1326 A 0 1327 A 1350 1328 U 1349 1329 C 1348 1330 G 1347 1331 C 1346 1332 C 1345 1333 G 1344 1334 G 1343 1335 U 0 1336 C 0 1337 A 0 1338 G 0 1339 C 0 1340 A 0 1341 U 0 1342 U 0 1343 A 1334 1344 C 1333 1345 G 1332 1346 G 1331 1347 C 1330 1348 G 1329 1349 G 1328 1350 U 1327 1351 G 0 1352 A 0 1353 A 0 1354 U 0 1355 A 0 1356 A 0 1357 G 0 1358 U 0 1359 C 0 1360 U 0 1361 U 0 1362 C 884 1363 G 883 1364 A 882 1365 G 881 1366 C 880 1367 C 879 1368 U 878 1369 U 876 1370 G 875 1371 U 874 1372 A 0 1373 C 873 1374 A 872 1375 C 0 1376 A 0 1377 C 0 1378 C 0 1379 G 1464 1380 C 1463 1381 C 0 1382 C 1460 1383 G 1459 1384 U 0 1385 C 1457 1386 A 0 1387 C 1454 1388 G 1453 1389 C 1452 1390 C 1451 1391 A 1450 1392 C 1449 1393 G 1448 1394 G 1447 1395 A 1446 1396 A 1445 1397 A 1444 1398 U 1443 1399 U 1442 1400 G 1441 1401 A 1440 1402 U 1439 1403 U 1438 1404 A 1437 1405 U 1436 1406 U 1435 1407 U 0 1408 U 1433 1409 U 1432 1410 U 1431 1411 A 1430 1412 A 0 1413 A 0 1414 A 0 1415 C 1427 1416 U 1426 1417 U 1425 1418 U 1424 1419 U 1423 1420 G 0 1421 A 0 1422 U 0 1423 A 1419 1424 A 1418 1425 A 1417 1426 A 1416 1427 G 1415 1428 G 0 1429 A 0 1430 U 1411 1431 A 1410 1432 A 1409 1433 A 1408 1434 U 0 1435 A 1406 1436 A 1405 1437 U 1404 1438 A 1403 1439 A 1402 1440 U 1401 1441 A 1400 1442 A 1399 1443 A 1398 1444 U 1397 1445 A 1396 1446 A 1395 1447 C 1394 1448 U 1393 1449 G 1392 1450 G 1391 1451 G 1390 1452 G 1389 1453 U 1388 1454 G 1387 1455 A 0 1456 A 0 1457 G 1385 1458 U 0 1459 C 1383 1460 G 1382 1461 U 0 1462 A 0 1463 A 1380 1464 C 1379 1465 A 0 1466 A 0 1467 G 0 1468 G 0 1469 U 1492 1470 A 1491 1471 G 1490 1472 C 1489 1473 U 1488 1474 G 1487 1475 U 1486 1476 A 1485 1477 C 1484 1478 U 1483 1479 G 0 1480 G 0 1481 A 0 1482 A 0 1483 G 1478 1484 G 1477 1485 U 1476 1486 G 1475 1487 C 1474 1488 U 1473 1489 G 1472 1490 C 1471 1491 U 1470 1492 G 1469 1493 G 0 1494 A 0 1495 U 0 1496 A 0 1497 A 0 1498 U 0 1499 U 0 1500 U 0