Filename: b.16.m.C.crispus.bpseq Organism: Chondrus crispus Accession Number: Z30950 Z47547 Citation and related information available at http://www.rna.icmb.utexas.edu 1 A 0 2 U 0 3 A 0 4 U 0 5 A 0 6 A 0 7 U 0 8 A 0 9 A 0 10 A 0 11 A 0 12 G 28 13 A 27 14 G 26 15 U 25 16 U 24 17 U 0 18 G 0 19 A 0 20 U 817 21 C 816 22 C 815 23 U 0 24 G 16 25 G 15 26 C 14 27 U 13 28 C 12 29 A 0 30 G 467 31 A 466 32 A 465 33 U 464 34 G 0 35 A 463 36 A 462 37 C 461 38 G 460 39 C 459 40 U 458 41 A 0 42 G 345 43 U 344 44 G 343 45 G 342 46 U 341 47 U 340 48 A 338 49 G 337 50 C 0 51 U 0 52 U 0 53 A 0 54 A 0 55 C 301 56 A 300 57 C 299 58 A 0 59 U 298 60 G 297 61 C 296 62 A 0 63 A 0 64 G 97 65 C 96 66 U 95 67 A 0 68 A 0 69 A 94 70 A 93 71 U 92 72 U 0 73 U 89 74 U 88 75 U 87 76 U 86 77 A 85 78 U 84 79 U 0 80 A 0 81 G 0 82 U 0 83 U 0 84 A 78 85 U 77 86 A 76 87 A 75 88 A 74 89 A 73 90 U 0 91 U 0 92 A 71 93 G 70 94 U 69 95 A 66 96 G 65 97 C 64 98 G 0 99 A 0 100 A 0 101 C 0 102 G 0 103 G 0 104 G 256 105 U 255 106 G 254 107 A 0 108 G 0 109 U 0 110 A 0 111 A 0 112 U 0 113 G 181 114 C 180 115 A 179 116 U 178 117 A 177 118 A 176 119 A 175 120 A 174 121 A 0 122 U 173 123 U 172 124 A 0 125 A 0 126 C 0 127 C 169 128 U 168 129 U 167 130 A 166 131 A 165 132 A 164 133 A 163 134 A 0 135 A 156 136 U 155 137 U 154 138 G 153 139 U 152 140 U 151 141 A 150 142 A 149 143 A 148 144 U 0 145 A 0 146 C 0 147 A 0 148 U 143 149 U 142 150 U 141 151 A 140 152 A 139 153 A 138 154 A 137 155 U 136 156 U 135 157 A 0 158 A 0 159 A 0 160 U 0 161 U 0 162 G 0 163 U 133 164 U 132 165 U 131 166 U 130 167 A 129 168 A 128 169 G 127 170 A 0 171 A 0 172 A 123 173 A 122 174 G 120 175 U 119 176 U 118 177 U 117 178 A 116 179 U 115 180 G 114 181 U 113 182 A 228 183 A 227 184 G 226 185 A 0 186 U 0 187 U 225 188 A 0 189 A 219 190 G 218 191 U 217 192 U 0 193 G 0 194 U 216 195 U 215 196 G 214 197 G 213 198 U 212 199 A 211 200 A 210 201 U 209 202 U 0 203 U 0 204 A 0 205 A 0 206 U 0 207 A 0 208 G 0 209 A 201 210 G 200 211 U 199 212 A 198 213 C 197 214 C 196 215 A 195 216 A 194 217 G 191 218 C 190 219 U 189 220 U 0 221 A 0 222 C 0 223 G 0 224 A 0 225 U 187 226 C 184 227 U 183 228 U 182 229 U 0 230 A 0 231 G 253 232 U 252 233 U 251 234 G 250 235 G 246 236 U 245 237 C 244 238 U 243 239 A 0 240 U 0 241 G 0 242 A 0 243 G 238 244 G 237 245 A 236 246 U 235 247 G 0 248 A 0 249 A 0 250 C 234 251 A 233 252 G 232 253 C 231 254 C 106 255 A 105 256 C 104 257 A 0 258 U 279 259 U 278 260 G 277 261 G 276 262 A 275 263 A 274 264 C 0 265 U 0 266 G 0 267 A 0 268 G 0 269 A 0 270 U 0 271 A 0 272 C 0 273 G 0 274 G 263 275 U 262 276 C 261 277 C 260 278 A 259 279 A 258 280 A 0 281 C 292 282 U 291 283 U 290 284 A 289 285 A 0 286 U 0 287 U 0 288 A 0 289 A 284 290 A 283 291 A 282 292 G 281 293 G 0 294 C 0 295 A 0 296 G 61 297 C 60 298 A 59 299 G 57 300 U 56 301 G 55 302 A 0 303 G 0 304 G 0 305 A 0 306 A 0 307 U 0 308 A 0 309 U 335 310 U 0 311 G 334 312 G 333 313 G 332 314 C 0 315 A 0 316 A 0 317 U 330 318 G 329 319 G 328 320 G 327 321 U 326 322 G 0 323 A 0 324 A 0 325 A 0 326 G 321 327 C 320 328 U 319 329 U 318 330 G 317 331 A 0 332 C 313 333 C 312 334 C 311 335 A 309 336 G 0 337 C 49 338 U 48 339 A 0 340 A 47 341 A 46 342 C 45 343 C 44 344 A 43 345 C 42 346 A 0 347 A 0 348 G 377 349 U 376 350 G 375 351 U 374 352 G 0 353 A 0 354 U 0 355 G 0 356 A 0 357 A 0 358 A 368 359 G 367 360 U 366 361 A 0 362 A 0 363 A 0 364 A 0 365 U 0 366 A 360 367 C 359 368 U 358 369 U 0 370 U 0 371 A 0 372 A 0 373 A 0 374 A 351 375 C 350 376 A 349 377 C 348 378 U 0 379 U 407 380 U 0 381 U 0 382 U 403 383 U 402 384 A 401 385 A 400 386 A 399 387 A 0 388 U 0 389 A 0 390 A 0 391 A 0 392 U 0 393 A 0 394 A 0 395 U 0 396 G 0 397 A 0 398 U 0 399 U 386 400 U 385 401 U 384 402 A 383 403 A 382 404 U 0 405 A 0 406 A 0 407 A 379 408 A 0 409 U 0 410 A 0 411 G 456 412 U 455 413 C 454 414 C 453 415 U 452 416 G 0 417 G 0 418 C 0 419 U 0 420 A 0 421 A 0 422 U 451 423 U 450 424 U 449 425 C 448 426 G 447 427 U 0 428 G 0 429 C 0 430 C 0 431 A 0 432 G 0 433 C 0 434 A 0 435 G 0 436 C 0 437 C 0 438 G 0 439 C 0 440 G 0 441 G 0 442 U 0 443 A 0 444 A 0 445 A 0 446 A 0 447 C 426 448 G 425 449 G 424 450 G 423 451 A 422 452 A 415 453 G 414 454 G 413 455 G 412 456 C 411 457 A 0 458 A 40 459 G 39 460 C 38 461 G 37 462 U 36 463 U 35 464 A 33 465 U 32 466 U 31 467 C 30 468 G 0 469 G 0 470 A 0 471 U 0 472 U 0 473 A 0 474 A 0 475 U 0 476 U 0 477 G 0 478 G 782 479 G 781 480 C 780 481 G 0 482 U 0 483 A 0 484 A 0 485 A 0 486 G 0 487 A 0 488 A 675 489 U 674 490 A 673 491 C 672 492 G 0 493 U 0 494 A 0 495 A 668 496 G 667 497 U 666 498 U 665 499 G 561 500 A 560 501 A 559 502 A 558 503 A 557 504 U 556 505 C 0 506 C 0 507 A 0 508 A 0 509 U 0 510 U 550 511 U 549 512 U 548 513 A 547 514 A 546 515 G 545 516 A 544 517 U 543 518 A 542 519 A 0 520 A 0 521 U 0 522 U 0 523 U 0 524 U 538 525 A 537 526 A 536 527 A 535 528 G 534 529 U 0 530 U 0 531 U 0 532 A 0 533 U 0 534 U 528 535 U 527 536 U 526 537 U 525 538 A 524 539 A 0 540 U 0 541 U 0 542 A 518 543 A 517 544 U 516 545 U 515 546 U 514 547 A 513 548 A 512 549 A 511 550 A 510 551 A 0 552 A 0 553 U 0 554 U 0 555 A 0 556 A 504 557 U 503 558 U 502 559 U 501 560 U 500 561 C 499 562 U 0 563 A 0 564 G 0 565 A 662 566 G 661 567 U 660 568 U 659 569 U 657 570 A 656 571 A 0 572 A 0 573 G 0 574 A 0 575 G 0 576 A 0 577 A 651 578 G 650 579 A 649 580 U 648 581 U 647 582 A 646 583 U 645 584 A 628 585 G 627 586 A 626 587 A 625 588 U 624 589 U 623 590 U 622 591 U 621 592 A 620 593 A 619 594 G 618 595 U 617 596 G 0 597 U 0 598 A 0 599 A 610 600 C 609 601 G 608 602 G 0 603 U 0 604 A 0 605 A 0 606 A 0 607 A 0 608 U 601 609 G 600 610 U 599 611 U 0 612 U 0 613 U 0 614 G 0 615 A 0 616 U 0 617 A 595 618 C 594 619 U 593 620 U 592 621 A 591 622 A 590 623 A 589 624 A 588 625 G 587 626 A 586 627 A 585 628 U 584 629 U 0 630 U 0 631 C 0 632 A 0 633 A 644 634 C 0 635 A 0 636 G 643 637 C 642 638 G 0 639 A 0 640 A 0 641 A 0 642 G 637 643 C 636 644 A 633 645 G 583 646 U 582 647 A 581 648 A 580 649 U 579 650 C 578 651 U 577 652 A 0 653 A 0 654 A 0 655 A 0 656 U 570 657 A 569 658 A 0 659 A 568 660 A 567 661 C 566 662 U 565 663 G 0 664 A 0 665 C 498 666 A 497 667 C 496 668 U 495 669 G 0 670 A 0 671 G 0 672 G 491 673 U 490 674 A 489 675 U 488 676 U 0 677 A 0 678 A 0 679 A 0 680 G 720 681 U 719 682 G 718 683 U 717 684 G 716 685 G 715 686 G 714 687 U 0 688 A 0 689 G 0 690 C 713 691 G 0 692 A 0 693 A 0 694 A 709 695 G 708 696 G 707 697 G 706 698 A 0 699 U 0 700 U 0 701 A 0 702 G 0 703 A 0 704 U 0 705 A 0 706 C 697 707 C 696 708 C 695 709 U 694 710 G 0 711 U 0 712 A 0 713 G 690 714 U 686 715 C 685 716 C 684 717 A 683 718 C 682 719 A 681 720 C 680 721 C 0 722 C 0 723 U 0 724 G 0 725 A 0 726 C 0 727 G 0 728 A 0 729 U 0 730 A 778 731 A 777 732 G 776 733 U 775 734 G 774 735 U 773 736 U 0 737 C 0 738 A 756 739 U 755 740 U 754 741 U 753 742 U 752 743 G 751 744 G 750 745 A 749 746 G 0 747 A 0 748 U 0 749 U 745 750 C 744 751 A 743 752 G 742 753 A 741 754 A 740 755 A 739 756 U 738 757 G 0 758 U 0 759 A 0 760 G 767 761 C 766 762 U 0 763 A 0 764 A 0 765 C 0 766 G 761 767 U 760 768 G 0 769 U 0 770 U 0 771 A 0 772 A 0 773 A 735 774 C 734 775 A 733 776 C 732 777 U 731 778 U 730 779 C 0 780 G 480 781 C 479 782 C 478 783 U 0 784 G 811 785 G 810 786 G 809 787 A 0 788 A 0 789 C 0 790 U 0 791 A 0 792 C 0 793 G 804 794 A 803 795 U 802 796 U 801 797 G 0 798 C 0 799 A 0 800 A 0 801 A 796 802 A 795 803 U 794 804 U 793 805 A 0 806 A 0 807 A 0 808 A 0 809 C 786 810 U 785 811 C 784 812 A 0 813 A 0 814 A 0 815 G 22 816 G 21 817 A 20 818 A 0 819 U 0 820 U 1242 821 G 1241 822 A 1239 823 C 1238 824 G 1237 825 G 0 826 G 1236 827 G 1235 828 A 1234 829 C 1233 830 U 1232 831 U 1231 832 A 1230 833 C 0 834 A 0 835 C 0 836 A 0 837 A 1191 838 G 1190 839 C 1189 840 A 1188 841 G 1187 842 U 1186 843 G 0 844 G 1083 845 A 1082 846 G 1081 847 C 1080 848 A 1079 849 U 1078 850 G 1077 851 U 1076 852 G 1075 853 G 1071 854 U 1070 855 U 0 856 U 0 857 A 0 858 A 0 859 A 874 860 U 873 861 C 872 862 G 871 863 A 0 864 C 0 865 A 0 866 A 0 867 U 0 868 C 0 869 C 0 870 G 0 871 C 862 872 G 861 873 C 860 874 A 859 875 A 0 876 A 0 877 A 0 878 U 0 879 C 0 880 U 0 881 U 0 882 A 0 883 C 1066 884 C 1065 885 A 1064 886 A 1063 887 U 1062 888 U 1061 889 U 1060 890 U 0 891 U 0 892 G 0 893 U 0 894 A 911 895 U 910 896 A 909 897 A 908 898 U 907 899 U 906 900 A 905 901 U 0 902 A 0 903 A 0 904 U 0 905 U 900 906 A 899 907 A 898 908 U 897 909 U 896 910 A 895 911 C 894 912 A 0 913 G 1055 914 G 1054 915 U 0 916 G 1053 917 U 1052 918 U 1051 919 G 1050 920 C 0 921 A 0 922 U 1049 923 G 1048 924 G 1044 925 C 1043 926 U 1042 927 G 1040 928 U 1039 929 C 1038 930 G 1037 931 U 0 932 C 0 933 A 0 934 G 974 935 U 973 936 C 972 937 C 971 938 G 970 939 U 969 940 G 949 941 C 948 942 U 947 943 G 0 944 U 0 945 G 0 946 A 0 947 A 942 948 G 941 949 C 940 950 G 0 951 U 0 952 U 965 953 U 964 954 G 963 955 G 962 956 U 0 957 U 0 958 C 0 959 A 0 960 U 0 961 U 0 962 C 955 963 C 954 964 A 953 965 A 952 966 U 0 967 A 0 968 A 0 969 A 939 970 C 938 971 G 937 972 G 936 973 A 935 974 C 934 975 G 0 976 A 0 977 A 0 978 A 0 979 C 0 980 U 1032 981 C 1031 982 U 1030 983 U 1029 984 A 1028 985 U 1000 986 A 999 987 U 998 988 A 997 989 U 996 990 U 995 991 U 0 992 U 0 993 U 0 994 G 0 995 A 990 996 A 989 997 U 988 998 A 987 999 U 986 1000 A 985 1001 A 0 1002 A 0 1003 C 0 1004 U 0 1005 G 0 1006 C 1020 1007 U 1019 1008 A 1018 1009 A 1017 1010 A 1016 1011 G 0 1012 A 0 1013 U 0 1014 A 0 1015 U 0 1016 C 1010 1017 U 1009 1018 U 1008 1019 G 1007 1020 G 1006 1021 A 0 1022 G 0 1023 G 0 1024 A 0 1025 A 0 1026 G 0 1027 G 0 1028 U 984 1029 A 983 1030 A 982 1031 G 981 1032 A 980 1033 A 0 1034 U 0 1035 G 0 1036 A 0 1037 C 930 1038 G 929 1039 U 928 1040 C 927 1041 A 0 1042 A 926 1043 G 925 1044 U 924 1045 C 0 1046 C 0 1047 U 0 1048 C 923 1049 A 922 1050 U 919 1051 G 918 1052 A 917 1053 C 916 1054 C 914 1055 C 913 1056 U 0 1057 A 0 1058 A 0 1059 U 0 1060 A 889 1061 A 888 1062 A 887 1063 U 886 1064 U 885 1065 G 884 1066 G 883 1067 G 0 1068 C 0 1069 U 0 1070 A 854 1071 C 853 1072 U 0 1073 U 0 1074 U 0 1075 C 852 1076 A 851 1077 U 850 1078 G 849 1079 U 848 1080 G 847 1081 C 846 1082 U 845 1083 A 844 1084 C 0 1085 A 0 1086 A 0 1087 U 0 1088 A 1143 1089 A 1142 1090 U 1141 1091 U 1140 1092 U 1139 1093 U 1138 1094 U 1137 1095 U 0 1096 C 0 1097 A 0 1098 A 0 1099 A 0 1100 A 1132 1101 A 1131 1102 G 1130 1103 U 0 1104 A 0 1105 G 0 1106 C 0 1107 A 0 1108 A 1121 1109 A 1120 1110 A 1119 1111 A 1118 1112 C 1117 1113 G 0 1114 U 0 1115 G 0 1116 A 0 1117 G 1112 1118 U 1111 1119 U 1110 1120 U 1109 1121 U 1108 1122 A 0 1123 G 0 1124 C 0 1125 A 0 1126 A 0 1127 A 0 1128 C 0 1129 C 0 1130 U 1102 1131 U 1101 1132 U 1100 1133 U 0 1134 A 0 1135 A 0 1136 A 0 1137 C 1094 1138 A 1093 1139 A 1092 1140 A 1091 1141 A 1090 1142 U 1089 1143 U 1088 1144 A 0 1145 U 0 1146 A 0 1147 U 0 1148 U 0 1149 C 1180 1150 G 1179 1151 G 1178 1152 A 1177 1153 U 1176 1154 U 1175 1155 A 1174 1156 U 1173 1157 U 1172 1158 U 1171 1159 U 1170 1160 C 1169 1161 U 0 1162 G 0 1163 A 0 1164 A 0 1165 A 0 1166 U 0 1167 U 0 1168 C 0 1169 G 1160 1170 A 1159 1171 A 1158 1172 A 1157 1173 A 1156 1174 U 1155 1175 A 1154 1176 U 1153 1177 G 1152 1178 A 1151 1179 A 1150 1180 G 1149 1181 U 0 1182 U 0 1183 G 0 1184 G 0 1185 A 0 1186 A 842 1187 U 841 1188 U 840 1189 G 839 1190 C 838 1191 U 837 1192 A 0 1193 G 0 1194 U 0 1195 A 0 1196 A 1218 1197 U 1217 1198 C 1216 1199 G 1215 1200 U 1214 1201 A 1213 1202 A 1212 1203 A 1211 1204 U 0 1205 U 0 1206 A 0 1207 G 0 1208 A 0 1209 A 0 1210 U 0 1211 G 1203 1212 U 1202 1213 U 1201 1214 A 1200 1215 C 1199 1216 G 1198 1217 G 1197 1218 U 1196 1219 G 0 1220 A 0 1221 A 0 1222 U 0 1223 U 0 1224 U 0 1225 G 0 1226 U 0 1227 U 0 1228 C 0 1229 U 0 1230 U 832 1231 A 831 1232 A 830 1233 G 829 1234 U 828 1235 C 827 1236 U 826 1237 U 824 1238 G 823 1239 U 822 1240 A 0 1241 C 821 1242 A 820 1243 C 0 1244 A 0 1245 C 0 1246 C 0 1247 G 1330 1248 C 1329 1249 C 0 1250 C 1326 1251 G 1325 1252 U 0 1253 C 0 1254 A 0 1255 C 1320 1256 G 1319 1257 C 1318 1258 U 1317 1259 A 1316 1260 U 1315 1261 G 1314 1262 G 1313 1263 A 1312 1264 A 1311 1265 A 1310 1266 U 1309 1267 U 1308 1268 C 1307 1269 U 1306 1270 U 1305 1271 U 1304 1272 U 1303 1273 U 0 1274 G 1302 1275 C 1301 1276 U 1300 1277 U 0 1278 G 0 1279 A 1297 1280 A 1296 1281 A 1295 1282 A 1294 1283 A 1293 1284 U 1292 1285 G 1291 1286 U 1290 1287 U 0 1288 U 0 1289 A 0 1290 A 1286 1291 C 1285 1292 A 1284 1293 A 1283 1294 U 1282 1295 U 1281 1296 U 1280 1297 U 1279 1298 A 0 1299 U 0 1300 A 1276 1301 G 1275 1302 U 1274 1303 A 1272 1304 A 1271 1305 A 1270 1306 A 1269 1307 G 1268 1308 A 1267 1309 A 1266 1310 A 1265 1311 A 1264 1312 A 1263 1313 C 1262 1314 U 1261 1315 G 1260 1316 G 1259 1317 A 1258 1318 G 1257 1319 U 1256 1320 G 1255 1321 A 0 1322 A 0 1323 G 0 1324 U 0 1325 C 1251 1326 G 1250 1327 U 0 1328 A 0 1329 A 1248 1330 C 1247 1331 A 0 1332 A 0 1333 G 0 1334 G 0 1335 U 1358 1336 A 1357 1337 G 1356 1338 C 1355 1339 C 1354 1340 G 1353 1341 U 1352 1342 A 1351 1343 G 1350 1344 G 1349 1345 G 0 1346 G 0 1347 A 0 1348 A 0 1349 C 1344 1350 C 1343 1351 U 1342 1352 G 1341 1353 C 1340 1354 G 1339 1355 G 1338 1356 C 1337 1357 U 1336 1358 G 1335 1359 G 0 1360 A 0 1361 A 0 1362 A 0 1363 A 0 1364 U 0 1365 A 0 1366 A 0 1367 U 0 1368 U 0 1369 A 0 1370 A 0 1371 A 0 1372 U 0 1373 A 0 1374 U 0 1375 U 0 1376 U 0