Filename: d.16.a.P.horikoshii.bpseq Organism: Pyrococcus horikoshii Accession Number: AP000001 Citation and related information available at http://www.rna.icmb.utexas.edu 1 A 0 2 U 0 3 U 0 4 C 20 5 C 19 6 G 18 7 G 17 8 U 16 9 U 0 10 G 0 11 A 0 12 U 877 13 C 876 14 C 875 15 U 0 16 G 8 17 C 7 18 C 6 19 G 5 20 G 4 21 A 0 22 G 510 23 G 509 24 C 508 25 C 507 26 A 506 27 C 505 28 U 504 29 G 503 30 C 502 31 U 501 32 A 0 33 U 400 34 G 399 35 G 398 36 G 397 37 G 396 38 G 395 39 U 394 40 C 393 41 C 392 42 G 358 43 A 0 44 C 0 45 U 0 46 A 0 47 A 0 48 G 356 49 C 355 50 C 354 51 A 0 52 U 353 53 G 352 54 C 351 55 G 0 56 A 0 57 G 90 58 U 89 59 C 88 60 A 0 61 A 0 62 G 87 63 G 86 64 G 85 65 G 84 66 G 83 67 C 82 68 G 81 69 U 80 70 C 79 71 C 78 72 C 77 73 U 0 74 U 0 75 C 0 76 U 0 77 G 72 78 G 71 79 G 70 80 A 69 81 C 68 82 G 67 83 C 66 84 C 65 85 A 64 86 C 63 87 C 62 88 G 59 89 G 58 90 C 57 91 G 0 92 G 0 93 A 0 94 C 0 95 G 0 96 G 0 97 C 311 98 U 310 99 C 309 100 A 0 101 G 0 102 U 0 103 A 0 104 A 0 105 C 0 106 A 236 107 C 235 108 G 234 109 U 233 110 C 232 111 G 231 112 G 230 113 U 229 114 A 0 115 A 0 116 C 228 117 C 227 118 U 0 119 A 0 120 C 0 121 C 224 122 C 223 123 U 222 124 C 221 125 G 220 126 G 219 127 G 218 128 A 0 129 G 163 130 G 162 131 G 161 132 G 160 133 G 0 134 A 0 135 U 0 136 A 0 137 A 154 138 C 153 139 C 152 140 C 151 141 C 150 142 G 149 143 G 148 144 G 0 145 A 0 146 A 0 147 A 0 148 C 143 149 U 142 150 G 141 151 G 140 152 G 139 153 G 138 154 C 137 155 U 0 156 A 0 157 A 0 158 U 0 159 C 0 160 C 132 161 C 131 162 C 130 163 C 129 164 A 0 165 U 0 166 A 0 167 G 0 168 G 194 169 C 193 170 C 192 171 U 191 172 G 190 173 G 189 174 G 188 175 G 0 176 U 0 177 A 186 178 C 185 179 U 0 180 G 0 181 G 0 182 A 0 183 A 0 184 G 0 185 G 178 186 U 177 187 C 0 188 C 174 189 C 173 190 C 172 191 A 171 192 G 170 193 G 169 194 C 168 195 C 0 196 G 0 197 A 0 198 A 0 199 A 0 200 G 0 201 G 216 202 G 215 203 A 214 204 G 213 205 C 212 206 C 211 207 G 0 208 U 0 209 A 0 210 A 0 211 G 206 212 G 205 213 C 204 214 U 203 215 C 202 216 C 201 217 G 0 218 C 127 219 C 126 220 C 125 221 G 124 222 A 123 223 G 122 224 G 121 225 A 0 226 U 0 227 G 117 228 G 116 229 G 113 230 C 112 231 C 111 232 G 110 233 G 109 234 C 108 235 G 107 236 G 106 237 C 283 238 C 282 239 G 281 240 A 0 241 U 0 242 U 280 243 A 0 244 G 274 245 G 273 246 U 272 247 A 0 248 G 0 249 U 271 250 U 270 251 G 269 252 G 268 253 U 267 254 G 266 255 G 265 256 G 264 257 G 0 258 U 0 259 A 0 260 A 0 261 C 0 262 G 0 263 G 0 264 C 256 265 C 255 266 C 254 267 A 253 268 C 252 269 C 251 270 A 250 271 A 249 272 G 246 273 C 245 274 C 244 275 G 0 276 A 0 277 A 0 278 G 0 279 A 0 280 U 242 281 C 239 282 G 238 283 G 237 284 U 0 285 A 0 286 C 308 287 G 307 288 G 306 289 G 305 290 C 301 291 C 300 292 G 299 293 U 298 294 G 0 295 A 0 296 G 0 297 A 0 298 G 293 299 C 292 300 G 291 301 G 290 302 G 0 303 A 0 304 G 0 305 C 289 306 C 288 307 C 287 308 G 286 309 G 99 310 A 98 311 G 97 312 A 0 313 U 334 314 G 333 315 G 332 316 A 331 317 C 330 318 A 329 319 C 0 320 U 0 321 G 0 322 A 0 323 G 0 324 A 0 325 C 0 326 A 0 327 C 0 328 G 0 329 G 318 330 G 317 331 U 316 332 C 315 333 C 314 334 A 313 335 G 0 336 G 347 337 C 346 338 C 345 339 C 344 340 U 0 341 A 0 342 C 0 343 G 0 344 G 339 345 G 338 346 G 337 347 C 336 348 G 0 349 C 0 350 A 0 351 G 54 352 C 53 353 A 52 354 G 50 355 G 49 356 C 48 357 G 0 358 C 42 359 G 0 360 A 0 361 A 0 362 A 0 363 C 0 364 C 390 365 U 0 366 C 389 367 C 388 368 G 387 369 C 0 370 A 0 371 A 0 372 U 385 373 G 384 374 C 383 375 G 382 376 G 381 377 G 0 378 A 0 379 A 0 380 A 0 381 C 376 382 C 375 383 G 374 384 C 373 385 G 372 386 A 0 387 C 368 388 G 367 389 G 366 390 G 364 391 G 0 392 G 41 393 G 40 394 A 39 395 C 38 396 C 37 397 C 36 398 C 35 399 C 34 400 A 33 401 G 0 402 U 0 403 G 421 404 C 420 405 C 419 406 G 418 407 U 417 408 G 416 409 C 415 410 C 414 411 U 0 412 C 0 413 U 0 414 G 410 415 G 409 416 C 408 417 A 407 418 C 406 419 G 405 420 G 404 421 C 403 422 U 0 423 U 449 424 U 0 425 U 450 426 C 446 427 C 445 428 G 444 429 G 443 430 A 442 431 G 441 432 U 440 433 G 0 434 U 0 435 A 0 436 A 0 437 A 0 438 A 0 439 A 0 440 G 432 441 C 431 442 U 430 443 C 429 444 C 428 445 G 427 446 G 426 447 G 0 448 A 0 449 A 423 450 U 425 451 A 0 452 A 0 453 G 499 454 G 498 455 G 497 456 C 496 457 U 495 458 G 494 459 G 480 460 G 479 461 C 478 462 A 0 463 A 0 464 G 0 465 G 0 466 C 493 467 C 492 468 G 491 469 G 490 470 U 0 471 G 0 472 G 0 473 C 0 474 A 0 475 G 482 476 C 481 477 C 0 478 G 461 479 C 460 480 C 459 481 G 476 482 C 475 483 G 0 484 G 0 485 U 0 486 A 0 487 A 0 488 U 0 489 A 0 490 C 469 491 C 468 492 G 467 493 G 466 494 C 458 495 G 457 496 G 456 497 C 455 498 C 454 499 C 453 500 G 0 501 A 31 502 G 30 503 U 29 504 G 28 505 G 27 506 U 26 507 G 25 508 G 24 509 C 23 510 C 22 511 A 0 512 C 0 513 U 0 514 A 0 515 U 0 516 U 0 517 A 0 518 U 0 519 U 0 520 G 0 521 G 842 522 G 841 523 C 840 524 C 825 525 U 824 526 A 0 527 A 0 528 A 0 529 G 839 530 C 0 531 G 719 532 G 718 533 C 717 534 C 716 535 G 0 536 U 713 537 A 0 538 G 712 539 C 711 540 C 710 541 G 0 542 G 606 543 G 605 544 C 604 545 C 603 546 C 602 547 G 601 548 U 600 549 A 0 550 A 599 551 G 598 552 U 595 553 C 594 554 C 593 555 C 592 556 U 591 557 G 590 558 G 589 559 C 588 560 G 587 561 A 0 562 A 0 563 A 0 564 U 0 565 C 583 566 C 582 567 C 581 568 A 580 569 C 579 570 G 578 571 G 577 572 C 0 573 U 0 574 C 0 575 A 0 576 A 0 577 C 571 578 C 570 579 G 569 580 U 568 581 G 567 582 G 566 583 G 565 584 G 0 585 C 0 586 U 0 587 C 560 588 G 559 589 C 558 590 U 557 591 G 556 592 G 555 593 G 554 594 G 553 595 A 552 596 U 0 597 A 0 598 C 551 599 U 550 600 G 548 601 C 547 602 G 546 603 G 545 604 G 544 605 C 543 606 C 542 607 U 0 608 U 0 609 G 0 610 G 706 611 G 705 612 A 704 613 C 702 614 C 701 615 G 700 616 G 699 617 G 698 618 A 697 619 G 0 620 A 0 621 G 695 622 G 694 623 C 693 624 C 692 625 G 691 626 G 690 627 G 689 628 G 672 629 G 671 630 U 0 631 A 0 632 C 668 633 C 667 634 C 666 635 C 665 636 C 664 637 G 663 638 G 662 639 G 661 640 G 0 641 U 0 642 A 0 643 G 654 644 G 653 645 G 652 646 G 0 647 U 0 648 G 0 649 A 0 650 A 0 651 A 0 652 U 645 653 C 644 654 C 643 655 U 0 656 A 0 657 U 0 658 A 0 659 A 0 660 U 0 661 C 639 662 C 638 663 C 637 664 G 636 665 G 635 666 G 634 667 G 633 668 G 632 669 G 0 670 A 0 671 C 629 672 C 628 673 G 0 674 C 0 675 C 0 676 A 0 677 G 688 678 U 0 679 G 0 680 G 687 681 C 686 682 G 0 683 A 0 684 A 0 685 G 0 686 G 681 687 C 680 688 G 677 689 C 627 690 C 626 691 C 625 692 G 624 693 G 623 694 C 622 695 U 621 696 G 0 697 G 618 698 A 617 699 A 616 700 C 615 701 G 614 702 G 613 703 G 0 704 U 612 705 C 611 706 C 610 707 G 0 708 A 0 709 C 0 710 G 540 711 G 539 712 U 538 713 G 536 714 A 0 715 G 0 716 G 534 717 G 533 718 C 532 719 C 531 720 G 0 721 A 0 722 A 0 723 G 0 724 G 765 725 C 764 726 C 763 727 A 762 728 G 761 729 G 760 730 G 0 731 G 0 732 A 0 733 G 759 734 C 758 735 G 0 736 A 0 737 A 0 738 C 754 739 C 753 740 G 752 741 G 751 742 A 0 743 U 0 744 U 0 745 A 0 746 G 0 747 A 0 748 U 0 749 A 0 750 C 0 751 C 741 752 C 740 753 G 739 754 G 738 755 G 0 756 U 0 757 A 0 758 G 734 759 U 733 760 C 729 761 C 728 762 U 727 763 G 726 764 G 725 765 C 724 766 U 0 767 G 0 768 U 0 769 A 0 770 A 0 771 A 0 772 G 0 773 G 0 774 A 0 775 U 0 776 G 838 777 C 837 778 G 836 779 G 835 780 G 834 781 C 833 782 U 0 783 A 0 784 G 816 785 G 815 786 U 814 787 G 813 788 U 812 789 C 811 790 G 810 791 G 809 792 G 808 793 C 807 794 G 806 795 A 805 796 G 804 797 C 803 798 U 0 799 U 0 800 C 0 801 G 0 802 A 0 803 G 797 804 C 796 805 U 795 806 C 794 807 G 793 808 C 792 809 C 791 810 C 790 811 G 789 812 G 788 813 U 787 814 G 786 815 C 785 816 C 784 817 G 0 818 U 0 819 A 0 820 G 827 821 G 826 822 G 0 823 A 0 824 A 525 825 G 524 826 C 821 827 C 820 828 G 0 829 U 0 830 U 0 831 A 0 832 A 0 833 G 781 834 C 780 835 C 779 836 C 778 837 G 777 838 C 776 839 C 529 840 G 523 841 C 522 842 C 521 843 U 0 844 G 871 845 G 870 846 G 869 847 G 0 848 A 0 849 G 0 850 U 0 851 A 0 852 C 0 853 G 864 854 G 863 855 C 862 856 C 861 857 G 0 858 C 0 859 A 0 860 A 0 861 G 856 862 G 855 863 C 854 864 U 853 865 G 0 866 A 0 867 A 0 868 A 0 869 C 846 870 U 845 871 U 844 872 A 0 873 A 0 874 A 0 875 G 14 876 G 13 877 A 12 878 A 0 879 U 0 880 U 1358 881 G 1357 882 G 1355 883 C 1354 884 G 1353 885 G 0 886 G 1352 887 G 1351 888 G 1350 889 A 1349 890 G 1348 891 C 1347 892 A 1346 893 C 0 894 U 0 895 A 1342 896 C 1341 897 A 0 898 A 0 899 G 1306 900 G 1305 901 G 1304 902 G 1303 903 U 1302 904 G 1199 905 G 1198 906 A 1197 907 G 1196 908 C 1195 909 G 1194 910 U 1193 911 G 1192 912 C 1191 913 G 1190 914 G 1188 915 U 1187 916 U 0 917 U 0 918 A 0 919 A 0 920 U 935 921 U 934 922 G 933 923 G 932 924 A 0 925 U 0 926 U 0 927 C 0 928 A 0 929 A 0 930 C 0 931 G 0 932 C 923 933 C 922 934 G 921 935 G 920 936 G 0 937 A 0 938 A 0 939 C 0 940 C 0 941 U 0 942 C 0 943 A 0 944 C 1183 945 C 1182 946 G 1181 947 G 1180 948 G 1179 949 G 1178 950 G 1177 951 C 0 952 G 0 953 A 0 954 C 996 955 G 995 956 G 994 957 C 993 958 A 0 959 G 990 960 G 0 961 A 0 962 U 0 963 G 0 964 A 0 965 A 0 966 G 986 967 G 985 968 C 984 969 C 983 970 A 982 971 G 981 972 G 980 973 C 0 974 U 0 975 G 0 976 A 0 977 A 0 978 G 0 979 G 0 980 U 972 981 C 971 982 U 970 983 U 969 984 G 968 985 C 967 986 C 966 987 G 0 988 G 0 989 A 0 990 C 959 991 G 0 992 C 0 993 G 957 994 C 956 995 C 955 996 G 954 997 A 0 998 G 0 999 A 0 1000 G 1172 1001 G 1171 1002 A 0 1003 G 1170 1004 G 1169 1005 U 1168 1006 G 1167 1007 C 0 1008 A 0 1009 U 1166 1010 G 1165 1011 G 1161 1012 C 1160 1013 C 1159 1014 G 1157 1015 C 1156 1016 C 1155 1017 G 1154 1018 U 0 1019 C 0 1020 A 0 1021 G 1060 1022 C 1059 1023 U 1058 1024 C 1057 1025 G 1056 1026 U 1055 1027 A 1036 1028 C 1035 1029 C 1034 1030 G 0 1031 U 0 1032 G 0 1033 A 0 1034 G 1029 1035 G 1028 1036 C 1027 1037 G 0 1038 U 0 1039 C 1052 1040 C 1051 1041 A 1050 1042 C 1049 1043 U 0 1044 U 0 1045 A 0 1046 A 0 1047 G 0 1048 U 0 1049 G 1042 1050 U 1041 1051 G 1040 1052 G 1039 1053 U 0 1054 A 0 1055 A 1026 1056 C 1025 1057 G 1024 1058 A 1023 1059 G 1022 1060 C 1021 1061 G 0 1062 A 0 1063 G 0 1064 A 0 1065 C 0 1066 C 1149 1067 C 1148 1068 G 1147 1069 C 1146 1070 G 0 1071 C 1117 1072 C 1116 1073 C 1115 1074 C 1114 1075 C 1113 1076 A 1112 1077 G 1111 1078 U 0 1079 U 0 1080 G 0 1081 C 1106 1082 C 1105 1083 A 0 1084 G 0 1085 U 1104 1086 C 1103 1087 C 1102 1088 C 1101 1089 U 1100 1090 C 1099 1091 C 1098 1092 C 1097 1093 G 0 1094 C 0 1095 U 0 1096 C 0 1097 G 1092 1098 G 1091 1099 G 1090 1100 A 1089 1101 G 1088 1102 G 1087 1103 G 1086 1104 A 1085 1105 G 1082 1106 G 1081 1107 C 0 1108 A 0 1109 C 0 1110 U 0 1111 C 1077 1112 U 1076 1113 G 1075 1114 G 1074 1115 G 1073 1116 G 1072 1117 G 1071 1118 G 0 1119 A 0 1120 C 1140 1121 U 1139 1122 G 1138 1123 C 1137 1124 C 1136 1125 G 1135 1126 G 1134 1127 C 1133 1128 G 0 1129 A 0 1130 U 0 1131 A 0 1132 A 0 1133 G 1127 1134 C 1126 1135 C 1125 1136 G 1124 1137 G 1123 1138 A 1122 1139 G 1121 1140 G 1120 1141 A 0 1142 A 0 1143 G 0 1144 G 0 1145 G 0 1146 G 1069 1147 C 1068 1148 G 1067 1149 G 1066 1150 G 0 1151 C 0 1152 G 0 1153 A 0 1154 C 1017 1155 G 1016 1156 G 1015 1157 U 1014 1158 A 0 1159 G 1013 1160 G 1012 1161 U 1011 1162 C 0 1163 A 0 1164 G 0 1165 U 1010 1166 A 1009 1167 U 1006 1168 G 1005 1169 C 1004 1170 C 1003 1171 C 1001 1172 C 1000 1173 G 0 1174 A 0 1175 A 0 1176 A 0 1177 C 950 1178 C 949 1179 C 948 1180 C 947 1181 C 946 1182 G 945 1183 G 944 1184 G 0 1185 C 0 1186 U 0 1187 A 915 1188 C 914 1189 A 0 1190 C 913 1191 G 912 1192 C 911 1193 G 910 1194 C 909 1195 G 908 1196 C 907 1197 U 906 1198 A 905 1199 C 904 1200 A 0 1201 A 0 1202 U 0 1203 G 1258 1204 G 1257 1205 G 1256 1206 C 1255 1207 G 1254 1208 G 1253 1209 G 1252 1210 A 0 1211 C 0 1212 A 0 1213 A 0 1214 U 0 1215 G 1246 1216 G 1245 1217 G 1244 1218 U 0 1219 G 0 1220 C 1239 1221 C 1238 1222 G 0 1223 A 0 1224 C 0 1225 C 1234 1226 C 1233 1227 C 1232 1228 G 0 1229 A 0 1230 A 0 1231 A 0 1232 G 1227 1233 G 1226 1234 G 1225 1235 G 0 1236 G 0 1237 A 0 1238 G 1221 1239 G 1220 1240 U 0 1241 A 0 1242 A 0 1243 U 0 1244 C 1217 1245 C 1216 1246 C 1215 1247 C 0 1248 U 0 1249 A 0 1250 A 0 1251 A 0 1252 C 1209 1253 C 1208 1254 C 1207 1255 G 1206 1256 C 1205 1257 C 1204 1258 C 1203 1259 U 0 1260 C 0 1261 A 0 1262 G 0 1263 U 0 1264 U 0 1265 C 1296 1266 G 0 1267 G 0 1268 A 0 1269 U 1292 1270 C 1291 1271 G 1290 1272 C 1289 1273 G 1288 1274 G 1287 1275 G 1286 1276 C 1285 1277 U 0 1278 G 0 1279 C 0 1280 A 0 1281 A 0 1282 C 0 1283 U 0 1284 C 0 1285 G 1276 1286 C 1275 1287 C 1274 1288 C 1273 1289 G 1272 1290 C 1271 1291 G 1270 1292 U 1269 1293 G 0 1294 A 0 1295 A 0 1296 G 1265 1297 C 0 1298 U 0 1299 G 0 1300 G 0 1301 A 0 1302 A 903 1303 U 902 1304 C 901 1305 C 900 1306 C 899 1307 U 0 1308 A 0 1309 G 0 1310 U 0 1311 A 0 1312 C 1334 1313 C 1333 1314 C 1332 1315 G 1331 1316 C 1330 1317 G 1329 1318 C 1328 1319 G 1327 1320 U 0 1321 C 0 1322 A 0 1323 U 0 1324 C 0 1325 A 0 1326 U 0 1327 C 1319 1328 G 1318 1329 C 1317 1330 G 1316 1331 C 1315 1332 G 1314 1333 G 1313 1334 C 1312 1335 G 0 1336 A 0 1337 A 0 1338 U 0 1339 A 0 1340 C 0 1341 G 896 1342 U 895 1343 C 0 1344 C 0 1345 C 0 1346 U 892 1347 G 891 1348 C 890 1349 U 889 1350 C 888 1351 C 887 1352 U 886 1353 U 884 1354 G 883 1355 C 882 1356 A 0 1357 C 881 1358 A 880 1359 C 0 1360 A 0 1361 C 1461 1362 C 0 1363 G 1458 1364 C 1457 1365 C 0 1366 C 1454 1367 G 1453 1368 U 0 1369 C 0 1370 A 0 1371 C 1448 1372 U 1447 1373 C 1446 1374 C 1445 1375 A 1444 1376 C 1443 1377 C 1442 1378 C 1441 1379 G 0 1380 A 0 1381 G 1438 1382 C 1437 1383 G 1436 1384 G 1435 1385 G 1434 1386 G 1433 1387 C 1432 1388 C 1431 1389 U 1430 1390 A 1429 1391 G 1428 1392 G 1427 1393 U 1426 1394 G 1425 1395 A 1424 1396 G 1423 1397 G 1422 1398 C 1421 1399 C 1420 1400 C 1419 1401 G 1418 1402 A 1417 1403 U 1416 1404 C 1415 1405 U 1414 1406 C 1413 1407 C 1412 1408 U 0 1409 U 0 1410 C 0 1411 G 0 1412 G 1407 1413 G 1406 1414 A 1405 1415 G 1404 1416 G 1403 1417 U 1402 1418 C 1401 1419 G 1400 1420 G 1399 1421 G 1398 1422 U 1397 1423 C 1396 1424 G 1395 1425 A 1394 1426 G 1393 1427 C 1392 1428 C 1391 1429 U 1390 1430 A 1389 1431 G 1388 1432 G 1387 1433 C 1386 1434 U 1385 1435 C 1384 1436 C 1383 1437 G 1382 1438 U 1381 1439 G 0 1440 A 0 1441 G 1378 1442 G 1377 1443 G 1376 1444 G 1375 1445 G 1374 1446 G 1373 1447 A 1372 1448 G 1371 1449 A 0 1450 A 0 1451 G 0 1452 U 0 1453 C 1367 1454 G 1366 1455 U 0 1456 A 0 1457 A 1364 1458 C 1363 1459 A 0 1460 A 0 1461 G 1361 1462 G 0 1463 U 1486 1464 A 1485 1465 G 1484 1466 C 1483 1467 C 1482 1468 G 1481 1469 U 1480 1470 A 1479 1471 G 1478 1472 G 1477 1473 G 0 1474 G 0 1475 A 0 1476 A 0 1477 C 1472 1478 C 1471 1479 U 1470 1480 A 1469 1481 C 1468 1482 G 1467 1483 G 1466 1484 C 1465 1485 U 1464 1486 C 1463 1487 G 0 1488 A 0 1489 U 0 1490 C 0 1491 A 0 1492 C 0 1493 C 0 1494 U 0 1495 C 0 1496 C 0 1497 U 0 1498 A 0 1499 U 0 1500 C 0