Filename: d.16.b.B.burgdorferi.bpseq Organism: Borrelia burgdorferi Accession Number: M88329 Citation and related information available at http://www.rna.icmb.utexas.edu 1 A 0 2 U 0 3 A 0 4 A 0 5 C 0 6 G 0 7 A 0 8 A 0 9 G 25 10 A 24 11 G 23 12 U 22 13 U 21 14 U 0 15 G 0 16 A 0 17 U 909 18 C 908 19 C 907 20 U 0 21 G 13 22 G 12 23 C 11 24 U 10 25 U 9 26 A 0 27 G 552 28 A 551 29 A 550 30 C 549 31 U 0 32 A 548 33 A 547 34 C 546 35 G 545 36 C 544 37 U 543 38 G 0 39 G 399 40 C 398 41 A 397 42 G 396 43 U 395 44 G 394 45 C 392 46 G 391 47 U 357 48 C 0 49 U 0 50 U 0 51 A 0 52 A 355 53 G 354 54 C 353 55 A 0 56 U 352 57 G 351 58 C 350 59 A 0 60 A 0 61 G 92 62 U 91 63 C 90 64 A 0 65 A 0 66 A 89 67 C 88 68 G 87 69 G 86 70 G 85 71 A 84 72 U 83 73 G 82 74 U 81 75 A 80 76 G 0 77 C 0 78 A 0 79 A 0 80 U 75 81 A 74 82 C 73 83 A 72 84 U 71 85 U 70 86 C 69 87 A 68 88 G 67 89 U 66 90 G 63 91 G 62 92 C 61 93 G 0 94 A 0 95 A 0 96 C 0 97 G 0 98 G 0 99 G 310 100 U 309 101 G 308 102 A 0 103 G 0 104 U 0 105 A 0 106 A 0 107 C 0 108 G 235 109 C 234 110 G 233 111 U 232 112 G 231 113 G 230 114 A 229 115 U 228 116 G 0 117 A 0 118 U 227 119 C 226 120 U 0 121 A 0 122 C 0 123 C 223 124 U 222 125 A 221 126 U 220 127 G 219 128 A 218 129 G 217 130 A 0 131 U 165 132 G 164 133 G 163 134 G 162 135 G 0 136 A 0 137 U 0 138 A 0 139 A 156 140 C 155 141 U 154 142 A 153 143 U 152 144 U 151 145 A 150 146 G 0 147 A 0 148 A 0 149 A 0 150 U 145 151 A 144 152 G 143 153 U 142 154 A 141 155 G 140 156 C 139 157 U 0 158 A 0 159 A 0 160 U 0 161 A 0 162 C 134 163 C 133 164 G 132 165 A 131 166 A 0 167 U 0 168 A 0 169 A 0 170 G 0 171 G 192 172 U 191 173 C 190 174 A 189 175 G 188 176 U 187 177 U 186 178 A 185 179 A 184 180 U 0 181 U 0 182 U 0 183 G 0 184 U 179 185 U 178 186 A 177 187 A 176 188 U 175 189 U 174 190 G 173 191 A 172 192 U 171 193 G 0 194 A 0 195 A 0 196 A 0 197 G 215 198 G 214 199 A 213 200 A 212 201 G 211 202 C 210 203 C 0 204 U 0 205 U 0 206 U 0 207 A 0 208 A 0 209 A 0 210 G 202 211 C 201 212 U 200 213 C 199 214 U 198 215 C 197 216 G 0 217 C 129 218 U 128 219 U 127 220 G 126 221 U 125 222 A 124 223 G 123 224 A 0 225 U 0 226 G 119 227 A 118 228 G 115 229 U 114 230 C 113 231 U 112 232 G 111 233 C 110 234 G 109 235 U 108 236 C 282 237 U 281 238 U 280 239 A 0 240 U 0 241 U 279 242 A 0 243 G 273 244 C 272 245 U 271 246 A 0 247 G 0 248 U 270 249 U 269 250 G 268 251 G 267 252 U 266 253 A 265 254 G 264 255 G 263 256 G 0 257 U 0 258 A 0 259 A 0 260 A 0 261 U 0 262 G 0 263 C 255 264 C 254 265 U 253 266 A 252 267 C 251 268 C 250 269 A 249 270 A 248 271 G 245 272 G 244 273 C 243 274 A 0 275 A 0 276 U 0 277 G 0 278 A 0 279 U 241 280 A 238 281 A 237 282 G 236 283 U 0 284 A 0 285 A 307 286 C 306 287 C 305 288 G 304 289 G 300 290 C 299 291 C 298 292 U 297 293 G 0 294 A 0 295 G 0 296 A 0 297 G 292 298 G 291 299 G 290 300 U 289 301 G 0 302 A 0 303 A 0 304 C 288 305 G 287 306 G 286 307 U 285 308 C 101 309 A 100 310 C 99 311 A 0 312 C 333 313 U 332 314 G 331 315 G 330 316 A 329 317 A 328 318 C 0 319 U 0 320 G 0 321 A 0 322 G 0 323 A 0 324 U 0 325 A 0 326 C 0 327 G 0 328 G 317 329 U 316 330 C 315 331 C 314 332 A 313 333 G 312 334 A 0 335 C 346 336 U 345 337 C 344 338 C 343 339 U 0 340 A 0 341 C 0 342 G 0 343 G 338 344 G 337 345 A 336 346 G 335 347 G 0 348 C 0 349 A 0 350 G 58 351 C 57 352 A 56 353 G 54 354 C 53 355 U 52 356 A 0 357 A 47 358 G 0 359 A 0 360 A 0 361 U 0 362 C 0 363 U 389 364 U 0 365 C 388 366 C 387 367 G 386 368 C 0 369 A 0 370 A 0 371 U 384 372 G 383 373 G 382 374 G 381 375 C 380 376 G 0 377 G 0 378 A 0 379 A 0 380 G 375 381 C 374 382 C 373 383 U 372 384 G 371 385 A 0 386 C 367 387 G 366 388 G 365 389 A 363 390 G 0 391 C 46 392 G 45 393 A 0 394 C 44 395 A 43 396 C 42 397 U 41 398 G 40 399 C 39 400 G 0 401 U 0 402 G 432 403 A 431 404 A 430 405 U 429 406 G 0 407 A 0 408 A 0 409 G 0 410 A 0 411 A 0 412 G 423 413 G 422 414 U 421 415 C 420 416 G 0 417 A 0 418 A 0 419 A 0 420 G 415 421 A 414 422 U 413 423 U 412 424 G 0 425 U 0 426 A 0 427 A 0 428 A 0 429 A 405 430 U 404 431 U 403 432 C 402 433 U 0 434 U 492 435 U 0 436 U 493 437 A 489 438 U 488 439 A 487 440 A 486 441 A 485 442 U 484 443 G 0 444 A 0 445 G 0 446 G 479 447 A 0 448 A 0 449 U 0 450 A 0 451 A 0 452 G 473 453 C 472 454 U 471 455 U 470 456 U 469 457 G 468 458 U 467 459 A 466 460 G 465 461 G 0 462 A 0 463 A 0 464 A 0 465 U 460 466 G 459 467 A 458 468 C 457 469 A 456 470 A 455 471 A 454 472 G 453 473 U 452 474 G 0 475 A 0 476 U 0 477 G 0 478 A 0 479 C 446 480 G 0 481 U 0 482 U 0 483 A 0 484 A 442 485 U 441 486 U 440 487 U 439 488 A 438 489 U 437 490 G 0 491 A 0 492 A 434 493 U 436 494 A 0 495 A 0 496 G 541 497 C 540 498 C 539 499 C 538 500 C 537 501 G 522 502 G 521 503 C 520 504 U 0 505 A 0 506 A 0 507 U 536 508 U 535 509 A 534 510 C 533 511 G 532 512 U 0 513 G 0 514 C 0 515 C 0 516 A 0 517 G 524 518 C 523 519 A 0 520 G 503 521 C 502 522 C 501 523 G 518 524 C 517 525 G 0 526 G 0 527 U 0 528 A 0 529 A 0 530 U 0 531 A 0 532 C 511 533 G 510 534 U 509 535 A 508 536 A 507 537 G 500 538 G 499 539 G 498 540 G 497 541 C 496 542 G 0 543 A 37 544 G 36 545 C 35 546 G 34 547 U 33 548 U 32 549 G 30 550 U 29 551 U 28 552 C 27 553 G 0 554 G 0 555 G 0 556 A 0 557 U 0 558 U 0 559 A 0 560 U 0 561 U 0 562 G 0 563 G 874 564 G 873 565 C 872 566 G 857 567 U 856 568 A 0 569 A 0 570 A 0 571 G 871 572 G 0 573 G 761 574 U 760 575 G 759 576 A 758 577 G 0 578 U 755 579 A 0 580 G 754 581 G 753 582 C 752 583 G 0 584 G 648 585 A 647 586 U 646 587 A 645 588 U 644 589 A 643 590 U 642 591 A 0 592 A 641 593 G 640 594 U 637 595 C 636 596 U 635 597 A 634 598 U 0 599 G 633 600 C 632 601 A 631 602 U 630 603 A 629 604 A 0 605 A 0 606 A 0 607 U 0 608 A 626 609 C 625 610 C 624 611 A 623 612 C 622 613 A 621 614 G 620 615 C 0 616 U 0 617 C 0 618 A 0 619 A 0 620 C 614 621 U 613 622 G 612 623 U 611 624 G 610 625 G 609 626 A 608 627 C 0 628 C 0 629 U 603 630 A 602 631 U 601 632 G 600 633 U 599 634 U 597 635 G 596 636 G 595 637 A 594 638 A 0 639 A 0 640 C 593 641 U 592 642 A 590 643 U 589 644 A 588 645 U 587 646 G 586 647 U 585 648 C 584 649 U 0 650 A 0 651 G 0 652 A 748 653 G 747 654 U 746 655 C 745 656 U 743 657 G 742 658 A 741 659 U 740 660 A 739 661 G 0 662 A 0 663 G 737 664 G 736 665 A 735 666 A 734 667 G 733 668 U 732 669 U 731 670 A 714 671 G 713 672 A 0 673 A 0 674 U 710 675 U 709 676 U 708 677 C 707 678 U 706 679 G 705 680 G 704 681 U 703 682 G 0 683 U 0 684 A 0 685 A 696 686 G 695 687 G 694 688 G 0 689 U 0 690 G 0 691 G 0 692 A 0 693 A 0 694 U 687 695 C 686 696 U 685 697 G 0 698 U 0 699 U 0 700 G 0 701 A 0 702 U 0 703 A 681 704 U 680 705 C 679 706 A 678 707 G 677 708 A 676 709 A 675 710 A 674 711 G 0 712 A 0 713 A 671 714 U 670 715 A 0 716 C 0 717 C 0 718 G 0 719 G 730 720 A 0 721 G 0 722 G 729 723 C 728 724 G 0 725 A 0 726 A 0 727 G 0 728 G 723 729 C 722 730 G 719 731 A 669 732 A 668 733 C 667 734 U 666 735 U 665 736 C 664 737 U 663 738 G 0 739 G 660 740 G 659 741 U 658 742 C 657 743 A 656 744 A 0 745 G 655 746 A 654 747 C 653 748 U 652 749 G 0 750 A 0 751 C 0 752 G 582 753 C 581 754 U 580 755 G 578 756 A 0 757 G 0 758 U 576 759 C 575 760 A 574 761 C 573 762 G 0 763 A 0 764 A 0 765 A 0 766 G 807 767 C 806 768 G 805 769 U 804 770 A 803 771 G 802 772 G 0 773 G 0 774 A 0 775 G 801 776 C 800 777 A 0 778 A 0 779 A 0 780 C 796 781 A 795 782 G 794 783 G 793 784 A 0 785 U 0 786 U 0 787 A 0 788 G 0 789 A 0 790 U 0 791 A 0 792 C 0 793 C 783 794 C 782 795 U 781 796 G 780 797 G 0 798 U 0 799 A 0 800 G 776 801 U 775 802 C 771 803 U 770 804 A 769 805 C 768 806 G 767 807 C 766 808 U 0 809 G 0 810 U 0 811 A 0 812 A 0 813 A 0 814 C 0 815 G 0 816 A 0 817 U 0 818 G 870 819 C 869 820 A 868 821 C 867 822 A 866 823 C 865 824 U 0 825 U 0 826 G 848 827 G 847 828 U 846 829 G 845 830 U 844 831 U 843 832 A 842 833 A 841 834 C 840 835 U 839 836 A 0 837 A 0 838 A 0 839 A 835 840 G 834 841 U 833 842 U 832 843 A 831 844 G 830 845 U 829 846 A 828 847 C 827 848 C 826 849 G 0 850 A 0 851 A 0 852 G 859 853 C 858 854 U 0 855 A 0 856 A 567 857 C 566 858 G 853 859 U 852 860 G 0 861 U 0 862 U 0 863 A 0 864 A 0 865 G 823 866 U 822 867 G 821 868 U 820 869 G 819 870 C 818 871 C 571 872 G 565 873 C 564 874 C 563 875 U 0 876 G 903 877 G 902 878 G 901 879 G 0 880 A 0 881 G 0 882 U 0 883 A 0 884 U 0 885 G 896 886 C 895 887 U 894 888 C 893 889 G 0 890 C 0 891 A 0 892 A 0 893 G 888 894 A 887 895 G 886 896 U 885 897 G 0 898 A 0 899 A 0 900 A 0 901 C 878 902 U 877 903 C 876 904 A 0 905 A 0 906 A 0 907 G 19 908 G 18 909 A 17 910 A 0 911 U 0 912 U 1389 913 G 1388 914 A 1386 915 C 1385 916 G 1384 917 G 0 918 G 1383 919 G 1382 920 G 1381 921 C 1380 922 C 1379 923 C 1378 924 G 1377 925 C 0 926 A 1373 927 C 1372 928 A 0 929 A 0 930 G 1337 931 C 1336 932 G 1335 933 G 1334 934 U 1333 935 G 1230 936 G 1229 937 A 1228 938 G 1227 939 C 1226 940 A 1225 941 U 1224 942 G 1223 943 U 1222 944 G 1221 945 G 1219 946 U 1218 947 U 0 948 U 0 949 A 0 950 A 0 951 U 966 952 U 965 953 C 964 954 G 963 955 A 0 956 U 0 957 G 0 958 A 0 959 U 0 960 A 0 961 C 0 962 G 0 963 C 954 964 G 953 965 A 952 966 G 951 967 G 0 968 A 0 969 A 0 970 C 0 971 C 0 972 U 0 973 U 0 974 A 0 975 C 1214 976 C 1213 977 A 1212 978 G 1211 979 G 1210 980 G 1209 981 C 1208 982 U 0 983 U 0 984 G 0 985 A 0 986 C 0 987 A 1037 988 U 1036 989 A 1035 990 U 1034 991 A 1033 992 U 1032 993 A 1031 994 G 1030 995 G 1029 996 A 0 997 U 0 998 A 1015 999 U 1014 1000 A 1013 1001 G 1012 1002 U 1011 1003 U 1010 1004 A 1009 1005 G 0 1006 A 0 1007 G 0 1008 A 0 1009 U 1004 1010 A 1003 1011 A 1002 1012 U 1001 1013 U 1000 1014 A 999 1015 U 998 1016 U 0 1017 C 1028 1018 C 1027 1019 C 1026 1020 C 1025 1021 G 0 1022 U 0 1023 U 0 1024 U 0 1025 G 1020 1026 G 1019 1027 G 1018 1028 G 1017 1029 U 995 1030 C 994 1031 U 993 1032 A 992 1033 U 991 1034 A 990 1035 U 989 1036 A 988 1037 C 987 1038 A 0 1039 G 1203 1040 G 1202 1041 U 0 1042 G 1201 1043 C 1200 1044 U 1199 1045 G 1198 1046 C 0 1047 A 0 1048 U 1197 1049 G 1196 1050 G 1192 1051 U 1191 1052 U 1190 1053 G 1188 1054 U 1187 1055 C 1186 1056 G 1185 1057 U 0 1058 C 0 1059 A 0 1060 G 1099 1061 C 1098 1062 U 1097 1063 C 1096 1064 G 1095 1065 U 1094 1066 G 1075 1067 C 1074 1068 U 1073 1069 G 0 1070 U 0 1071 G 0 1072 A 0 1073 G 1068 1074 G 1067 1075 U 1066 1076 G 0 1077 U 0 1078 U 1091 1079 G 1090 1080 G 1089 1081 G 1088 1082 U 0 1083 U 0 1084 A 0 1085 A 0 1086 G 0 1087 U 0 1088 C 1081 1089 C 1080 1090 C 1079 1091 G 1078 1092 C 0 1093 A 0 1094 A 1065 1095 C 1064 1096 G 1063 1097 A 1062 1098 G 1061 1099 C 1060 1100 G 0 1101 C 0 1102 A 0 1103 A 0 1104 C 0 1105 C 1180 1106 C 1179 1107 U 1178 1108 U 1177 1109 G 0 1110 U 1148 1111 U 1147 1112 A 1146 1113 U 1145 1114 C 1144 1115 U 1143 1116 G 1142 1117 U 0 1118 U 0 1119 A 0 1120 C 1137 1121 C 1136 1122 A 0 1123 G 0 1124 C 1135 1125 A 1134 1126 U 1133 1127 G 0 1128 U 0 1129 A 0 1130 A 0 1131 U 0 1132 G 0 1133 G 1126 1134 U 1125 1135 G 1124 1136 G 1121 1137 G 1120 1138 G 0 1139 A 0 1140 C 0 1141 U 0 1142 C 1116 1143 A 1115 1144 G 1114 1145 A 1113 1146 U 1112 1147 A 1111 1148 A 1110 1149 G 0 1150 A 0 1151 C 1171 1152 U 1170 1153 G 1169 1154 C 1168 1155 C 1167 1156 G 1166 1157 G 1165 1158 U 1164 1159 G 0 1160 A 0 1161 U 0 1162 A 0 1163 A 0 1164 G 1158 1165 U 1157 1166 C 1156 1167 G 1155 1168 G 1154 1169 A 1153 1170 G 1152 1171 G 1151 1172 A 0 1173 A 0 1174 G 0 1175 G 0 1176 U 0 1177 G 1108 1178 A 1107 1179 G 1106 1180 G 1105 1181 A 0 1182 U 0 1183 G 0 1184 A 0 1185 C 1056 1186 G 1055 1187 U 1054 1188 C 1053 1189 A 0 1190 A 1052 1191 A 1051 1192 U 1050 1193 C 0 1194 A 0 1195 U 0 1196 C 1049 1197 A 1048 1198 U 1045 1199 G 1044 1200 G 1043 1201 C 1042 1202 C 1040 1203 C 1039 1204 U 0 1205 U 0 1206 A 0 1207 U 0 1208 G 981 1209 U 980 1210 C 979 1211 C 978 1212 U 977 1213 G 976 1214 G 975 1215 G 0 1216 C 0 1217 U 0 1218 A 946 1219 C 945 1220 A 0 1221 C 944 1222 A 943 1223 C 942 1224 G 941 1225 U 940 1226 G 939 1227 C 938 1228 U 937 1229 A 936 1230 C 935 1231 A 0 1232 A 0 1233 U 0 1234 G 1289 1235 G 1288 1236 C 1287 1237 C 1286 1238 U 1285 1239 G 1284 1240 U 1283 1241 A 0 1242 C 0 1243 A 0 1244 A 0 1245 A 0 1246 G 1277 1247 C 1276 1248 G 1275 1249 A 0 1250 A 0 1251 G 1270 1252 C 1269 1253 G 0 1254 A 0 1255 A 0 1256 A 1265 1257 C 1264 1258 A 1263 1259 G 0 1260 U 0 1261 G 0 1262 A 0 1263 U 1258 1264 G 1257 1265 U 1256 1266 G 0 1267 A 0 1268 A 0 1269 G 1252 1270 C 1251 1271 A 0 1272 A 0 1273 A 0 1274 A 0 1275 C 1248 1276 G 1247 1277 C 1246 1278 A 0 1279 U 0 1280 A 0 1281 A 0 1282 A 0 1283 G 1240 1284 C 1239 1285 A 1238 1286 G 1237 1287 G 1236 1288 U 1235 1289 C 1234 1290 U 0 1291 C 0 1292 A 0 1293 G 0 1294 U 0 1295 C 0 1296 C 1327 1297 G 0 1298 G 0 1299 A 0 1300 U 1323 1301 U 1322 1302 G 1321 1303 A 1320 1304 A 1319 1305 G 1318 1306 U 1317 1307 C 1316 1308 U 0 1309 G 0 1310 A 0 1311 A 0 1312 A 0 1313 C 0 1314 U 0 1315 C 0 1316 G 1307 1317 A 1306 1318 C 1305 1319 U 1304 1320 U 1303 1321 C 1302 1322 A 1301 1323 U 1300 1324 G 0 1325 A 0 1326 A 0 1327 G 1296 1328 U 0 1329 U 0 1330 G 0 1331 G 0 1332 A 0 1333 A 934 1334 U 933 1335 C 932 1336 G 931 1337 C 930 1338 U 0 1339 A 0 1340 G 0 1341 U 0 1342 A 0 1343 A 1365 1344 U 1364 1345 C 1363 1346 G 1362 1347 U 1361 1348 A 1360 1349 U 1359 1350 A 1358 1351 U 0 1352 C 0 1353 A 0 1354 G 0 1355 A 0 1356 A 0 1357 U 0 1358 G 1350 1359 A 1349 1360 U 1348 1361 A 1347 1362 C 1346 1363 G 1345 1364 G 1344 1365 U 1343 1366 G 0 1367 A 0 1368 A 0 1369 U 0 1370 A 0 1371 C 0 1372 G 927 1373 U 926 1374 U 0 1375 C 0 1376 U 0 1377 C 924 1378 G 923 1379 G 922 1380 G 921 1381 C 920 1382 C 919 1383 U 918 1384 U 916 1385 G 915 1386 U 914 1387 A 0 1388 C 913 1389 A 912 1390 C 0 1391 A 0 1392 C 1499 1393 C 0 1394 G 1496 1395 C 1495 1396 C 0 1397 C 1492 1398 G 1491 1399 U 0 1400 C 0 1401 A 0 1402 C 1486 1403 A 1485 1404 C 1484 1405 C 1483 1406 A 1482 1407 C 1481 1408 C 1480 1409 C 1479 1410 G 0 1411 A 0 1412 G 1476 1413 U 1475 1414 U 1474 1415 G 1473 1416 A 1472 1417 G 1471 1418 G 1470 1419 A 1469 1420 U 1468 1421 A 1467 1422 C 1466 1423 C 1465 1424 C 0 1425 G 0 1426 A 0 1427 A 0 1428 G 1461 1429 C 1460 1430 U 1459 1431 A 1458 1432 U 1457 1433 U 1456 1434 A 0 1435 U 1455 1436 U 1454 1437 C 1453 1438 U 1452 1439 A 0 1440 A 0 1441 C 1450 1442 C 1449 1443 C 1448 1444 G 0 1445 U 0 1446 A 0 1447 A 0 1448 G 1443 1449 G 1442 1450 G 1441 1451 A 0 1452 G 1438 1453 G 1437 1454 A 1436 1455 A 1435 1456 G 1433 1457 G 1432 1458 U 1431 1459 A 1430 1460 U 1429 1461 U 1428 1462 U 0 1463 A 0 1464 A 0 1465 G 1423 1466 G 1422 1467 U 1421 1468 A 1420 1469 U 1419 1470 G 1418 1471 U 1417 1472 U 1416 1473 U 1415 1474 A 1414 1475 G 1413 1476 U 1412 1477 G 0 1478 A 0 1479 G 1409 1480 G 1408 1481 G 1407 1482 G 1406 1483 G 1405 1484 G 1404 1485 U 1403 1486 G 1402 1487 A 0 1488 A 0 1489 G 0 1490 U 0 1491 C 1398 1492 G 1397 1493 U 0 1494 A 0 1495 A 1395 1496 C 1394 1497 A 0 1498 A 0 1499 G 1392 1500 G 0 1501 U 1524 1502 A 1523 1503 G 1522 1504 C 1521 1505 C 1520 1506 G 1519 1507 U 1518 1508 A 1517 1509 C 1516 1510 U 1515 1511 G 0 1512 G 0 1513 A 0 1514 A 0 1515 A 1510 1516 G 1509 1517 U 1508 1518 G 1507 1519 C 1506 1520 G 1505 1521 G 1504 1522 C 1503 1523 U 1502 1524 G 1501 1525 G 0 1526 A 0 1527 U 0 1528 C 0 1529 A 0 1530 C 0 1531 C 0 1532 U 0 1533 C 0 1534 C 0 1535 U 0 1536 U 0 1537 U 0