Filename: d.16.b.C.botulinum.F.bpseq Organism: Clostridium botulinum type f Accession Number: L37593 Citation and related information available at http://www.rna.icmb.utexas.edu 1 N 0 2 N 0 3 N 0 4 N 0 5 N 0 6 N 0 7 N 0 8 N 0 9 N 25 10 N 24 11 N 23 12 N 22 13 N 21 14 N 0 15 N 0 16 A 0 17 U 891 18 C 890 19 C 889 20 U 0 21 G 13 22 G 12 23 C 11 24 U 10 25 C 9 26 A 0 27 G 528 28 G 527 29 A 526 30 C 525 31 G 0 32 A 524 33 A 523 34 C 522 35 G 521 36 C 520 37 U 519 38 G 0 39 G 400 40 C 399 41 G 398 42 G 397 43 C 396 44 G 395 45 U 393 46 G 392 47 C 358 48 U 0 49 U 0 50 A 0 51 A 0 52 C 356 53 A 355 54 C 354 55 A 0 56 U 353 57 G 352 58 C 351 59 A 0 60 A 0 61 G 100 62 U 99 63 C 98 64 G 0 65 A 0 66 G 97 67 C 96 68 G 95 69 A 93 70 U 92 71 G 0 72 A 0 73 A 0 74 G 89 75 C 88 76 U 87 77 U 86 78 C 85 79 C 84 80 U 0 81 U 0 82 C 0 83 G 0 84 G 79 85 G 78 86 A 77 87 A 76 88 G 75 89 U 74 90 G 0 91 G 0 92 A 70 93 U 69 94 U 0 95 A 68 96 G 67 97 C 66 98 G 63 99 G 62 100 C 61 101 G 0 102 G 0 103 A 0 104 C 0 105 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