Filename: d.16.b.C.jejuni5.bpseq Organism: Campylobacter jejuni Accession Number: Z29326 Citation and related information available at http://www.rna.icmb.utexas.edu 1 U 0 2 U 0 3 U 0 4 U 0 5 U 0 6 A 0 7 U 0 8 G 0 9 G 0 10 A 0 11 G 27 12 A 26 13 G 25 14 U 24 15 U 23 16 U 0 17 G 0 18 A 0 19 U 894 20 C 893 21 C 892 22 U 0 23 G 15 24 G 14 25 C 13 26 U 12 27 C 11 28 A 0 29 G 532 30 A 531 31 G 530 32 U 529 33 G 0 34 A 528 35 A 527 36 C 526 37 G 525 38 C 524 39 U 523 40 G 0 41 G 403 42 C 402 43 G 401 44 G 400 45 C 399 46 G 398 47 U 396 48 G 395 49 C 361 50 C 0 51 U 0 52 A 0 53 A 0 54 U 359 55 A 358 56 C 357 57 A 0 58 U 356 59 G 355 60 C 354 61 A 0 62 A 0 63 G 106 64 U 105 65 C 104 66 G 0 67 A 0 68 A 103 69 C 102 70 G 101 71 A 99 72 U 98 73 G 0 74 A 0 75 A 0 76 G 95 77 C 94 78 U 93 79 U 92 80 C 91 81 U 90 82 A 89 83 G 88 84 C 0 85 U 0 86 U 0 87 G 0 88 C 83 89 U 82 90 A 81 91 G 80 92 A 79 93 A 78 94 G 77 95 U 76 96 G 0 97 G 0 98 A 72 99 U 71 100 U 0 101 A 70 102 G 69 103 U 68 104 G 65 105 G 64 106 C 63 107 G 0 108 C 0 109 A 0 110 C 0 111 G 0 112 G 0 113 G 314 114 U 313 115 G 312 116 A 0 117 G 0 118 U 0 119 A 0 120 A 0 121 G 0 122 G 239 123 U 238 124 A 237 125 U 236 126 A 235 127 G 234 128 U 233 129 U 232 130 A 0 131 A 0 132 U 231 133 C 230 134 U 0 135 G 0 136 C 0 137 C 227 138 C 226 139 U 225 140 A 224 141 C 223 142 A 222 143 C 221 144 A 0 145 A 179 146 G 178 147 A 177 148 G 176 149 G 0 150 A 0 151 C 0 152 A 0 153 A 170 154 C 169 155 A 168 156 G 167 157 U 166 158 U 165 159 G 164 160 G 0 161 A 0 162 A 0 163 A 0 164 C 159 165 G 158 166 A 157 167 C 156 168 U 155 169 G 154 170 C 153 171 U 0 172 A 0 173 A 0 174 U 0 175 A 0 176 C 148 177 U 147 178 C 146 179 U 145 180 A 0 181 U 0 182 A 0 183 C 0 184 U 209 185 C 208 186 C 207 187 U 206 188 G 205 189 C 204 190 U 203 191 U 202 192 A 201 193 A 200 194 C 199 195 A 0 196 C 0 197 A 0 198 A 0 199 G 194 200 U 193 201 U 192 202 G 191 203 A 190 204 G 189 205 U 188 206 A 187 207 G 186 208 G 185 209 G 184 210 A 0 211 A 0 212 A 0 213 G 219 214 U 0 215 U 0 216 U 0 217 U 0 218 U 0 219 C 213 220 G 0 221 G 143 222 U 142 223 G 141 224 U 140 225 A 139 226 G 138 227 G 137 228 A 0 229 U 0 230 G 133 231 A 132 232 G 129 233 A 128 234 C 127 235 U 126 236 A 125 237 U 124 238 A 123 239 U 122 240 A 286 241 G 285 242 U 284 243 A 0 244 U 0 245 C 283 246 A 0 247 G 277 248 C 276 249 U 275 250 A 0 251 G 0 252 U 274 253 U 273 254 G 272 255 G 271 256 U 270 257 A 269 258 A 268 259 G 267 260 G 0 261 U 0 262 A 0 263 A 0 264 U 0 265 G 0 266 G 0 267 C 259 268 U 258 269 U 257 270 A 256 271 C 255 272 C 254 273 A 253 274 A 252 275 G 249 276 G 248 277 C 247 278 U 0 279 A 0 280 U 0 281 G 0 282 A 0 283 C 245 284 G 242 285 C 241 286 U 240 287 U 0 288 A 0 289 A 311 290 C 310 291 U 309 292 G 308 293 G 304 294 U 303 295 C 302 296 U 301 297 G 0 298 A 0 299 G 0 300 A 0 301 G 296 302 G 295 303 A 294 304 U 293 305 G 0 306 A 0 307 U 0 308 C 292 309 A 291 310 G 290 311 U 289 312 C 115 313 A 114 314 C 113 315 A 0 316 C 337 317 U 336 318 G 335 319 G 334 320 A 333 321 A 332 322 C 0 323 U 0 324 G 0 325 A 0 326 G 0 327 A 0 328 C 0 329 A 0 330 C 0 331 G 0 332 G 321 333 U 320 334 C 319 335 C 318 336 A 317 337 G 316 338 A 0 339 C 350 340 U 349 341 C 348 342 C 347 343 U 0 344 A 0 345 C 0 346 G 0 347 G 342 348 G 341 349 A 340 350 G 339 351 G 0 352 C 0 353 A 0 354 G 60 355 C 59 356 A 58 357 G 56 358 U 55 359 A 54 360 G 0 361 G 49 362 G 0 363 A 0 364 A 0 365 U 0 366 A 0 367 U 393 368 U 0 369 G 392 370 C 391 371 G 390 372 C 0 373 A 0 374 A 0 375 U 388 376 G 387 377 G 386 378 G 385 379 G 384 380 G 0 381 A 0 382 A 0 383 A 0 384 C 379 385 C 378 386 C 377 387 U 376 388 G 375 389 A 0 390 C 371 391 G 370 392 C 369 393 A 367 394 G 0 395 C 48 396 A 47 397 A 0 398 C 46 399 G 45 400 C 44 401 C 43 402 G 42 403 C 41 404 G 0 405 U 0 406 G 436 407 G 435 408 A 434 409 G 433 410 G 0 411 A 0 412 U 0 413 G 0 414 A 0 415 C 0 416 A 427 417 C 426 418 U 425 419 U 424 420 U 0 421 U 0 422 C 0 423 G 0 424 G 419 425 A 418 426 G 417 427 C 416 428 G 0 429 U 0 430 A 0 431 A 0 432 A 0 433 C 409 434 U 408 435 C 407 436 C 406 437 U 0 438 U 472 439 U 0 440 U 473 441 C 469 442 U 468 443 U 467 444 A 466 445 G 465 446 G 464 447 G 0 448 A 0 449 A 0 450 G 459 451 A 0 452 A 0 453 U 0 454 U 0 455 C 0 456 U 0 457 G 0 458 A 0 459 C 450 460 G 0 461 G 0 462 U 0 463 A 0 464 C 446 465 C 445 466 U 444 467 A 443 468 A 442 469 G 441 470 G 0 471 A 0 472 A 438 473 U 440 474 A 0 475 A 0 476 G 521 477 C 520 478 A 519 479 C 518 480 C 517 481 G 502 482 G 501 483 C 500 484 U 0 485 A 0 486 A 0 487 C 516 488 U 515 489 C 514 490 C 513 491 G 512 492 U 0 493 G 0 494 C 0 495 C 0 496 A 0 497 G 504 498 C 503 499 A 0 500 G 483 501 C 482 502 C 481 503 G 498 504 C 497 505 G 0 506 G 0 507 U 0 508 A 0 509 A 0 510 U 0 511 A 0 512 C 491 513 G 490 514 G 489 515 A 488 516 G 487 517 G 480 518 G 479 519 U 478 520 G 477 521 C 476 522 A 0 523 A 39 524 G 38 525 C 37 526 G 36 527 U 35 528 U 34 529 A 32 530 C 31 531 U 30 532 C 29 533 G 0 534 G 0 535 A 0 536 A 0 537 U 0 538 C 0 539 A 0 540 C 0 541 U 0 542 G 0 543 G 859 544 G 858 545 C 857 546 G 842 547 U 841 548 A 0 549 A 0 550 A 0 551 G 856 552 G 0 553 G 740 554 C 739 555 G 738 556 C 737 557 G 0 558 U 734 559 A 0 560 G 733 561 G 732 562 C 731 563 G 0 564 G 627 565 A 626 566 U 625 567 U 624 568 A 623 569 U 622 570 C 621 571 A 0 572 A 620 573 G 619 574 U 616 575 C 615 576 U 614 577 C 613 578 U 612 579 U 611 580 G 610 581 U 609 582 G 608 583 A 0 584 A 0 585 A 0 586 U 0 587 C 605 588 U 604 589 A 603 590 A 602 591 U 601 592 G 600 593 G 599 594 C 0 595 U 0 596 U 0 597 A 0 598 A 0 599 C 593 600 C 592 601 A 591 602 U 590 603 U 589 604 A 588 605 A 587 606 A 0 607 C 0 608 U 582 609 G 581 610 C 580 611 U 579 612 U 578 613 G 577 614 G 576 615 G 575 616 A 574 617 A 0 618 A 0 619 C 573 620 U 572 621 G 570 622 A 569 623 U 568 624 A 567 625 G 566 626 U 565 627 C 564 628 U 0 629 A 0 630 G 0 631 A 727 632 G 726 633 U 725 634 G 723 635 A 722 636 G 721 637 G 720 638 G 719 639 A 718 640 G 0 641 A 0 642 G 716 643 G 715 644 C 714 645 A 713 646 G 712 647 A 711 648 U 710 649 G 693 650 G 692 651 A 0 652 A 0 653 U 689 654 U 688 655 G 687 656 G 686 657 U 685 658 G 684 659 G 683 660 U 682 661 G 0 662 U 0 663 A 0 664 G 675 665 G 674 666 G 673 667 G 0 668 U 0 669 A 0 670 A 0 671 A 0 672 A 0 673 U 666 674 C 665 675 C 664 676 G 0 677 U 0 678 A 0 679 G 0 680 A 0 681 U 0 682 A 660 683 U 659 684 C 658 685 A 657 686 C 656 687 C 655 688 A 654 689 A 653 690 G 0 691 A 0 692 A 650 693 U 649 694 A 0 695 C 0 696 C 0 697 C 0 698 A 709 699 U 0 700 U 0 701 G 708 702 C 707 703 G 0 704 A 0 705 A 0 706 G 0 707 G 702 708 C 701 709 G 698 710 A 648 711 U 647 712 C 646 713 U 645 714 G 644 715 C 643 716 U 642 717 G 0 718 G 639 719 A 638 720 A 637 721 C 636 722 U 635 723 C 634 724 A 0 725 A 633 726 C 632 727 U 631 728 G 0 729 A 0 730 C 0 731 G 562 732 C 561 733 U 560 734 A 558 735 A 0 736 G 0 737 G 556 738 C 555 739 G 554 740 C 553 741 G 0 742 A 0 743 A 0 744 A 0 745 G 786 746 C 785 747 G 784 748 U 783 749 G 782 750 G 781 751 G 0 752 G 0 753 A 0 754 G 780 755 C 779 756 A 0 757 A 0 758 A 0 759 C 775 760 A 774 761 G 773 762 G 772 763 A 0 764 U 0 765 U 0 766 A 0 767 G 0 768 A 0 769 U 0 770 A 0 771 C 0 772 C 762 773 C 761 774 U 760 775 G 759 776 G 0 777 U 0 778 A 0 779 G 755 780 U 754 781 C 750 782 C 749 783 A 748 784 C 747 785 G 746 786 C 745 787 C 0 788 C 0 789 U 0 790 A 0 791 A 0 792 A 0 793 C 0 794 G 0 795 A 0 796 U 0 797 G 855 798 U 854 799 A 853 800 C 852 801 A 851 802 C 850 803 U 0 804 A 0 805 G 833 806 U 832 807 U 831 808 G 830 809 U 829 810 U 828 811 G 827 812 G 826 813 G 825 814 G 824 815 U 823 816 G 822 817 C 0 818 U 0 819 A 0 820 G 0 821 U 0 822 C 816 823 A 815 824 U 814 825 C 813 826 U 812 827 C 811 828 A 810 829 G 809 830 U 808 831 A 807 832 A 806 833 U 805 834 G 0 835 C 0 836 A 0 837 G 844 838 C 843 839 U 0 840 A 0 841 A 547 842 C 546 843 G 838 844 C 837 845 A 0 846 U 0 847 U 0 848 A 0 849 A 0 850 G 802 851 U 801 852 G 800 853 U 799 854 A 798 855 C 797 856 C 551 857 G 545 858 C 544 859 C 543 860 U 0 861 G 888 862 G 887 863 G 886 864 G 0 865 A 0 866 G 0 867 U 0 868 A 0 869 C 0 870 G 881 871 G 880 872 U 879 873 C 878 874 G 0 875 C 0 876 A 0 877 A 0 878 G 873 879 A 872 880 U 871 881 U 870 882 A 0 883 A 0 884 A 0 885 A 0 886 C 863 887 U 862 888 C 861 889 A 0 890 A 0 891 A 0 892 G 21 893 G 20 894 A 19 895 A 0 896 U 0 897 A 1375 898 G 1374 899 A 1372 900 C 1371 901 G 1370 902 G 0 903 G 1369 904 G 1368 905 A 1367 906 C 1366 907 C 1365 908 C 1364 909 G 1363 910 C 0 911 A 1359 912 C 1358 913 A 0 914 A 0 915 G 1322 916 C 1321 917 G 1320 918 G 1319 919 U 1318 920 G 1216 921 G 1215 922 A 1214 923 G 1213 924 C 1212 925 A 1211 926 U 1210 927 G 1209 928 U 1208 929 G 1207 930 G 1205 931 U 1204 932 U 0 933 U 0 934 A 0 935 A 0 936 U 951 937 U 950 938 C 949 939 G 948 940 A 0 941 A 0 942 G 0 943 A 0 944 U 0 945 A 0 946 C 0 947 G 0 948 C 939 949 G 938 950 A 937 951 A 936 952 G 0 953 A 0 954 A 0 955 C 0 956 C 0 957 U 0 958 U 0 959 A 0 960 C 1200 961 C 1199 962 U 1198 963 G 1197 964 G 1196 965 G 1195 966 C 1194 967 U 0 968 U 0 969 G 0 970 A 0 971 U 0 972 A 1025 973 U 1024 974 C 1023 975 C 1021 976 U 1020 977 A 1019 978 A 1018 979 G 1017 980 A 0 981 A 0 982 C 999 983 C 998 984 U 997 985 U 996 986 U 995 987 U 994 988 A 993 989 G 0 990 A 0 991 G 0 992 A 0 993 U 988 994 A 987 995 A 986 996 G 985 997 A 984 998 G 983 999 G 982 1000 G 0 1001 U 1016 1002 G 1015 1003 C 1014 1004 U 1013 1005 A 1012 1006 G 1011 1007 C 0 1008 U 0 1009 U 0 1010 G 0 1011 C 1006 1012 U 1005 1013 A 1004 1014 G 1003 1015 A 1002 1016 A 1001 1017 C 979 1018 U 978 1019 U 977 1020 A 976 1021 G 975 1022 A 0 1023 G 974 1024 A 973 1025 C 972 1026 A 0 1027 G 1189 1028 G 1188 1029 U 0 1030 G 1187 1031 C 1186 1032 U 1185 1033 G 1184 1034 C 0 1035 A 0 1036 C 1183 1037 G 1182 1038 G 1178 1039 C 1177 1040 U 1176 1041 G 1174 1042 U 1173 1043 C 1172 1044 G 1171 1045 U 0 1046 C 0 1047 A 0 1048 G 1087 1049 C 1086 1050 U 1085 1051 C 1084 1052 G 1083 1053 U 1082 1054 G 1063 1055 U 1062 1056 C 1061 1057 G 0 1058 U 0 1059 G 0 1060 A 0 1061 G 1056 1062 A 1055 1063 U 1054 1064 G 0 1065 U 0 1066 U 1079 1067 G 1078 1068 G 1077 1069 G 1076 1070 U 0 1071 U 0 1072 A 0 1073 A 0 1074 G 0 1075 U 0 1076 C 1069 1077 C 1068 1078 C 1067 1079 G 1066 1080 C 0 1081 A 0 1082 A 1053 1083 C 1052 1084 G 1051 1085 A 1050 1086 G 1049 1087 C 1048 1088 G 0 1089 C 0 1090 A 0 1091 A 0 1092 C 0 1093 C 1166 1094 C 1165 1095 A 1164 1096 C 1163 1097 G 0 1098 U 1135 1099 A 1134 1100 U 1133 1101 U 1132 1102 U 1131 1103 A 1130 1104 G 1129 1105 U 0 1106 U 0 1107 G 0 1108 C 1124 1109 U 1123 1110 A 0 1111 A 0 1112 C 1122 1113 G 1121 1114 G 1120 1115 U 0 1116 U 0 1117 C 0 1118 G 0 1119 G 0 1120 C 1114 1121 C 1113 1122 G 1112 1123 A 1109 1124 G 1108 1125 C 0 1126 A 0 1127 C 0 1128 U 0 1129 C 1104 1130 U 1103 1131 A 1102 1132 A 1101 1133 A 1100 1134 U 1099 1135 A 1098 1136 G 0 1137 A 0 1138 C 1157 1139 U 1156 1140 G 1155 1141 C 1154 1142 C 1153 1143 U 1152 1144 U 1151 1145 C 1150 1146 G 0 1147 U 0 1148 A 0 1149 A 0 1150 G 1145 1151 G 1144 1152 A 1143 1153 G 1142 1154 G 1141 1155 A 1140 1156 G 1139 1157 G 1138 1158 A 0 1159 A 0 1160 G 0 1161 G 0 1162 U 0 1163 G 1096 1164 U 1095 1165 G 1094 1166 G 1093 1167 A 0 1168 C 0 1169 G 0 1170 A 0 1171 C 1044 1172 G 1043 1173 U 1042 1174 C 1041 1175 A 0 1176 A 1040 1177 G 1039 1178 U 1038 1179 C 0 1180 A 0 1181 U 0 1182 C 1037 1183 A 1036 1184 U 1033 1185 G 1032 1186 G 1031 1187 C 1030 1188 C 1028 1189 C 1027 1190 U 0 1191 U 0 1192 A 0 1193 U 0 1194 G 966 1195 C 965 1196 C 964 1197 C 963 1198 A 962 1199 G 961 1200 G 960 1201 G 0 1202 C 0 1203 G 0 1204 A 931 1205 C 930 1206 A 0 1207 C 929 1208 A 928 1209 C 927 1210 G 926 1211 U 925 1212 G 924 1213 C 923 1214 U 922 1215 A 921 1216 C 920 1217 A 0 1218 A 0 1219 U 0 1220 G 1274 1221 G 1273 1222 C 1272 1223 A 1271 1224 U 1270 1225 A 1269 1226 U 1268 1227 A 0 1228 G 0 1229 A 0 1230 A 0 1231 U 0 1232 G 1262 1233 A 1261 1234 G 1260 1235 A 0 1236 C 0 1237 G 1256 1238 C 1255 1239 A 0 1240 A 0 1241 U 0 1242 A 1251 1243 C 1250 1244 C 1249 1245 G 0 1246 C 0 1247 G 0 1248 A 0 1249 G 1244 1250 G 1243 1251 U 1242 1252 G 0 1253 G 0 1254 A 0 1255 G 1238 1256 C 1237 1257 A 0 1258 A 0 1259 A 0 1260 U 1234 1261 C 1233 1262 U 1232 1263 A 0 1264 U 0 1265 A 0 1266 A 0 1267 A 0 1268 A 1226 1269 U 1225 1270 A 1224 1271 U 1223 1272 G 1222 1273 U 1221 1274 C 1220 1275 C 0 1276 C 0 1277 A 0 1278 G 0 1279 U 0 1280 U 0 1281 C 1312 1282 G 0 1283 G 0 1284 A 0 1285 U 1308 1286 U 1307 1287 G 1306 1288 U 1305 1289 U 1304 1290 C 1303 1291 U 1302 1292 C 1301 1293 U 0 1294 G 0 1295 C 0 1296 A 0 1297 A 0 1298 C 0 1299 U 0 1300 C 0 1301 G 1292 1302 A 1291 1303 G 1290 1304 A 1289 1305 G 1288 1306 C 1287 1307 A 1286 1308 U 1285 1309 G 0 1310 A 0 1311 A 0 1312 G 1281 1313 C 0 1314 C 0 1315 G 0 1316 G 0 1317 A 0 1318 A 919 1319 U 918 1320 C 917 1321 G 916 1322 C 915 1323 U 0 1324 A 0 1325 G 0 1326 U 0 1327 A 0 1328 A 1351 1329 U 1350 1330 C 1349 1331 G 1348 1332 U 1347 1333 A 1346 1334 G 1345 1335 A 1344 1336 U 0 1337 C 0 1338 A 0 1339 G 0 1340 C 0 1341 C 0 1342 A 0 1343 U 0 1344 G 1335 1345 C 1334 1346 U 1333 1347 A 1332 1348 C 1331 1349 G 1330 1350 G 1329 1351 U 1328 1352 G 0 1353 A 0 1354 A 0 1355 U 0 1356 A 0 1357 C 0 1358 G 912 1359 U 911 1360 U 0 1361 C 0 1362 C 0 1363 C 909 1364 G 908 1365 G 907 1366 G 906 1367 U 905 1368 C 904 1369 U 903 1370 U 901 1371 G 900 1372 U 899 1373 A 0 1374 C 898 1375 U 897 1376 C 0 1377 A 0 1378 C 1477 1379 C 0 1380 G 1474 1381 C 1473 1382 C 0 1383 C 1470 1384 G 1469 1385 U 0 1386 C 0 1387 A 0 1388 C 1464 1389 A 1463 1390 C 1462 1391 C 1461 1392 A 1460 1393 U 1459 1394 G 1458 1395 G 1457 1396 G 0 1397 A 0 1398 G 1454 1399 U 1453 1400 U 1452 1401 G 1451 1402 A 1450 1403 U 1449 1404 U 1448 1405 U 1447 1406 C 1446 1407 A 1445 1408 C 1444 1409 U 1443 1410 C 0 1411 G 0 1412 A 0 1413 A 0 1414 G 1439 1415 C 1438 1416 C 1437 1417 G 1436 1418 G 1435 1419 A 1434 1420 A 1433 1421 U 0 1422 A 1432 1423 C 1431 1424 U 1430 1425 A 1429 1426 A 0 1427 A 0 1428 C 0 1429 U 1425 1430 A 1424 1431 G 1423 1432 U 1422 1433 U 1420 1434 A 1419 1435 C 1418 1436 C 1417 1437 G 1416 1438 U 1415 1439 C 1414 1440 C 0 1441 A 0 1442 C 0 1443 A 1409 1444 G 1408 1445 U 1407 1446 G 1406 1447 G 1405 1448 A 1404 1449 A 1403 1450 U 1402 1451 C 1401 1452 A 1400 1453 G 1399 1454 C 1398 1455 G 0 1456 A 0 1457 C 1395 1458 U 1394 1459 G 1393 1460 G 1392 1461 G 1391 1462 G 1390 1463 U 1389 1464 G 1388 1465 A 0 1466 A 0 1467 G 0 1468 U 0 1469 C 1384 1470 G 1383 1471 U 0 1472 A 0 1473 A 1381 1474 C 1380 1475 A 0 1476 A 0 1477 G 1378 1478 G 0 1479 U 1502 1480 A 1501 1481 A 1500 1482 C 1499 1483 C 1498 1484 G 1497 1485 U 1496 1486 A 1495 1487 G 1494 1488 G 1493 1489 A 0 1490 G 0 1491 A 0 1492 A 0 1493 C 1488 1494 C 1487 1495 U 1486 1496 G 1485 1497 C 1484 1498 G 1483 1499 G 1482 1500 U 1481 1501 U 1480 1502 G 1479 1503 G 0 1504 A 0 1505 U 0 1506 C 0 1507 A 0 1508 C 0 1509 C 0 1510 U 0 1511 C 0 1512 C 0 1513 U 0 1514 N 0 1515 N 0