Filename: d.16.b.C.vibrioforme.bpseq Organism: Chlorobium vibrioforme Accession Number: M62791 Citation and related information available at http://www.rna.icmb.utexas.edu 1 U 0 2 U 0 3 U 0 4 U 0 5 A 0 6 C 0 7 A 0 8 A 0 9 C 0 10 G 0 11 G 0 12 A 0 13 G 29 14 A 28 15 G 27 16 U 26 17 N 25 18 U 0 19 G 0 20 A 0 21 U 905 22 C 904 23 C 903 24 U 0 25 G 17 26 G 16 27 C 15 28 U 14 29 C 13 30 A 0 31 G 546 32 G 545 33 A 544 34 C 543 35 N 0 36 A 542 37 A 541 38 C 540 39 G 539 40 C 538 41 U 537 42 G 0 43 G 401 44 C 400 45 G 399 46 N 398 47 C 397 48 N 396 49 U 394 50 G 393 51 C 359 52 C 0 53 U 0 54 A 0 55 A 0 56 C 357 57 A 356 58 C 355 59 A 0 60 U 354 61 G 353 62 C 352 63 A 0 64 A 0 65 G 100 66 U 99 67 C 98 68 A 0 69 A 0 70 A 97 71 G 96 72 G 95 73 A 93 74 A 92 75 A 90 76 G 89 77 C 88 78 G 87 79 C 86 80 C 85 81 U 0 82 U 0 83 C 0 84 G 0 85 G 80 86 G 79 87 U 78 88 G 77 89 C 76 90 G 75 91 A 0 92 G 74 93 U 73 94 A 0 95 C 72 96 U 71 97 U 70 98 G 67 99 G 66 100 C 65 101 G 0 102 C 0 103 A 0 104 A 0 105 G 0 106 G 0 107 G 312 108 U 311 109 G 310 110 A 0 111 G 0 112 U 0 113 A 0 114 A 0 115 G 0 116 G 237 117 U 236 118 A 235 119 U 234 120 A 233 121 G 232 122 G 231 123 U 230 124 A 0 125 A 0 126 G 229 127 U 228 128 U 0 129 G 0 130 C 0 131 C 225 132 U 224 133 A 223 134 C 222 135 A 221 136 G 220 137 G 219 138 A 0 139 C 173 140 C 172 141 G 171 142 G 170 143 C 0 144 A 0 145 U 0 146 A 0 147 A 164 148 C 163 149 C 162 150 C 161 151 C 160 152 G 159 153 A 158 154 G 0 155 A 0 156 A 0 157 A 0 158 U 153 159 C 152 160 G 151 161 G 150 162 G 149 163 G 148 164 A 147 165 C 0 166 A 0 167 A 0 168 U 0 169 A 0 170 C 142 171 C 141 172 G 140 173 G 139 174 A 0 175 U 0 176 G 0 177 A 0 178 U 0 179 G 204 180 C 203 181 A 202 182 G 201 183 C 200 184 G 199 185 G 198 186 A 197 187 A 196 188 C 195 189 C 194 190 G 0 191 C 0 192 A 0 193 U 0 194 G 189 195 G 188 196 U 187 197 U 186 198 A 185 199 U 184 200 G 183 201 U 182 202 U 181 203 G 180 204 U 179 205 U 0 206 A 0 207 A 0 208 A 0 209 U 0 210 C 217 211 A 216 212 G 0 213 G 0 214 A 0 215 A 0 216 U 211 217 G 210 218 G 0 219 C 137 220 C 136 221 U 135 222 G 134 223 U 133 224 A 132 225 G 131 226 A 0 227 U 0 228 A 127 229 A 126 230 G 123 231 C 122 232 C 121 233 U 120 234 A 119 235 U 118 236 A 117 237 U 116 238 U 284 239 C 283 240 C 282 241 A 0 242 U 0 243 C 281 244 A 0 245 G 275 246 G 274 247 U 273 248 A 0 249 G 0 250 U 272 251 U 271 252 G 270 253 G 269 254 C 268 255 G 267 256 G 266 257 G 265 258 G 0 259 U 0 260 A 0 261 A 0 262 C 0 263 G 0 264 G 0 265 C 257 266 C 256 267 C 255 268 A 254 269 C 253 270 C 252 271 A 251 272 A 250 273 G 247 274 C 246 275 C 245 276 U 0 277 A 0 278 C 0 279 G 0 280 A 0 281 C 243 282 G 240 283 G 239 284 A 238 285 U 0 286 A 0 287 G 309 288 C 308 289 U 307 290 G 306 291 G 302 292 U 301 293 C 300 294 U 299 295 G 0 296 A 0 297 G 0 298 A 0 299 G 294 300 G 293 301 A 292 302 U 291 303 G 0 304 A 0 305 U 0 306 C 290 307 A 289 308 G 288 309 C 287 310 C 109 311 A 108 312 C 107 313 A 0 314 U 335 315 U 334 316 G 333 317 G 332 318 A 331 319 A 330 320 C 0 321 U 0 322 G 0 323 A 0 324 G 0 325 A 0 326 C 0 327 A 0 328 C 0 329 G 0 330 G 319 331 U 318 332 C 317 333 C 316 334 A 315 335 G 314 336 A 0 337 C 348 338 U 347 339 C 346 340 C 345 341 U 0 342 A 0 343 C 0 344 G 0 345 G 340 346 G 339 347 A 338 348 G 337 349 G 0 350 C 0 351 A 0 352 G 62 353 C 61 354 A 60 355 G 58 356 U 57 357 G 56 358 A 0 359 G 51 360 G 0 361 A 0 362 A 0 363 U 0 364 A 0 365 U 391 366 U 0 367 G 390 368 C 389 369 G 388 370 C 0 371 A 0 372 A 0 373 U 386 374 G 385 375 G 384 376 G 383 377 C 382 378 G 0 379 A 0 380 A 0 381 A 0 382 G 377 383 C 376 384 C 375 385 U 374 386 G 373 387 A 0 388 C 369 389 G 368 390 C 367 391 A 365 392 G 0 393 C 50 394 A 49 395 A 0 396 C 48 397 G 47 398 C 46 399 C 45 400 G 44 401 C 43 402 G 0 403 U 0 404 G 434 405 G 433 406 A 432 407 U 431 408 G 0 409 A 0 410 U 0 411 G 0 412 A 0 413 A 0 414 G 425 415 U 424 416 C 423 417 C 422 418 U 0 419 U 0 420 C 0 421 G 0 422 G 417 423 G 416 424 A 415 425 U 414 426 G 0 427 U 0 428 A 0 429 A 0 430 A 0 431 G 407 432 U 406 433 C 405 434 C 404 435 U 0 436 U 486 437 U 0 438 U 487 439 G 483 440 C 482 441 A 481 442 G 480 443 A 479 444 G 478 445 G 0 446 A 0 447 A 0 448 G 473 449 A 0 450 A 0 451 C 0 452 A 0 453 U 0 454 G 467 455 C 466 456 U 465 457 G 464 458 G 463 459 U 0 460 U 0 461 U 0 462 A 0 463 C 458 464 C 457 465 G 456 466 G 455 467 C 454 468 A 0 469 G 0 470 U 0 471 G 0 472 A 0 473 C 448 474 G 0 475 G 0 476 U 0 477 A 0 478 C 444 479 U 443 480 C 442 481 U 441 482 G 440 483 C 439 484 G 0 485 A 0 486 A 436 487 U 438 488 A 0 489 A 0 490 G 535 491 C 534 492 C 533 493 A 532 494 C 531 495 G 516 496 G 515 497 C 514 498 U 0 499 A 0 500 A 0 501 C 530 502 U 529 503 C 528 504 U 527 505 G 526 506 U 0 507 G 0 508 C 0 509 C 0 510 A 0 511 G 518 512 C 517 513 A 0 514 G 497 515 C 496 516 C 495 517 G 512 518 C 511 519 G 0 520 G 0 521 U 0 522 G 0 523 A 0 524 U 0 525 A 0 526 C 505 527 A 504 528 G 503 529 G 502 530 G 501 531 G 494 532 U 493 533 G 492 534 G 491 535 C 490 536 A 0 537 A 41 538 G 40 539 C 39 540 G 38 541 U 37 542 U 36 543 G 34 544 U 33 545 C 32 546 C 31 547 G 0 548 G 0 549 A 0 550 U 0 551 U 0 552 U 0 553 A 0 554 C 0 555 U 0 556 G 0 557 G 870 558 G 869 559 U 868 560 G 853 561 U 852 562 A 0 563 A 0 564 A 0 565 G 867 566 G 0 567 G 754 568 U 753 569 G 752 570 C 751 571 G 0 572 C 748 573 A 0 574 G 747 575 G 746 576 C 745 577 G 0 578 G 641 579 A 640 580 A 639 581 U 638 582 A 637 583 A 636 584 U 635 585 A 0 586 A 634 587 G 633 588 U 630 589 C 629 590 G 628 591 G 627 592 G 626 593 G 625 594 G 624 595 U 623 596 U 622 597 A 0 598 A 0 599 A 0 600 U 0 601 C 619 602 C 618 603 A 617 604 U 616 605 G 615 606 U 614 607 G 613 608 C 0 609 U 0 610 U 0 611 A 0 612 A 0 613 C 607 614 A 606 615 C 605 616 A 604 617 U 603 618 G 602 619 A 601 620 C 0 621 A 0 622 U 596 623 G 595 624 C 594 625 U 593 626 U 592 627 C 591 628 C 590 629 G 589 630 A 588 631 U 0 632 A 0 633 C 587 634 U 586 635 G 584 636 U 583 637 U 582 638 A 581 639 U 580 640 U 579 641 C 578 642 U 0 643 A 0 644 G 0 645 A 741 646 G 740 647 U 739 648 G 737 649 U 736 650 C 735 651 G 734 652 A 733 653 A 732 654 G 0 655 A 0 656 G 730 657 G 729 658 A 728 659 A 727 660 G 726 661 A 725 662 U 724 663 G 707 664 G 706 665 A 0 666 A 0 667 U 703 668 U 702 669 U 701 670 C 700 671 C 699 672 G 698 673 G 697 674 U 696 675 G 0 676 U 0 677 A 0 678 A 689 679 C 688 680 G 687 681 G 0 682 U 0 683 G 0 684 G 0 685 A 0 686 A 0 687 U 680 688 G 679 689 U 678 690 G 0 691 U 0 692 A 0 693 G 0 694 A 0 695 U 0 696 A 674 697 U 673 698 C 672 699 G 671 700 G 670 701 A 669 702 A 668 703 A 667 704 G 0 705 A 0 706 A 664 707 C 663 708 A 0 709 C 0 710 C 0 711 A 0 712 G 723 713 U 0 714 G 0 715 G 722 716 C 721 717 G 0 718 A 0 719 A 0 720 G 0 721 G 716 722 C 715 723 A 712 724 G 662 725 U 661 726 C 660 727 U 659 728 U 658 729 C 657 730 U 656 731 G 0 732 G 653 733 U 652 734 C 651 735 G 650 736 A 649 737 C 648 738 A 0 739 A 647 740 C 646 741 U 645 742 G 0 743 A 0 744 C 0 745 G 576 746 C 575 747 U 574 748 C 572 749 A 0 750 G 0 751 G 570 752 C 569 753 A 568 754 C 567 755 G 0 756 A 0 757 A 0 758 A 0 759 G 800 760 C 799 761 G 798 762 U 797 763 G 796 764 G 795 765 G 0 766 G 0 767 A 0 768 G 794 769 C 793 770 G 0 771 A 0 772 A 0 773 C 789 774 A 788 775 G 787 776 G 786 777 A 0 778 U 0 779 U 0 780 A 0 781 G 0 782 A 0 783 U 0 784 A 0 785 C 0 786 C 776 787 C 775 788 U 774 789 G 773 790 G 0 791 U 0 792 A 0 793 G 769 794 U 768 795 C 764 796 C 763 797 A 762 798 C 761 799 G 760 800 C 759 801 C 0 802 G 0 803 U 0 804 A 0 805 A 0 806 A 0 807 C 0 808 G 0 809 A 0 810 U 0 811 G 866 812 A 865 813 A 864 814 U 863 815 A 862 816 C 861 817 U 0 818 A 0 819 G 844 820 A 843 821 U 842 822 G 841 823 U 840 824 U 839 825 G 838 826 G 837 827 U 836 828 C 835 829 A 834 830 U 0 831 U 0 832 C 0 833 G 0 834 U 829 835 G 828 836 A 827 837 U 826 838 C 825 839 A 824 840 G 823 841 U 822 842 G 821 843 U 820 844 C 819 845 G 0 846 A 0 847 A 0 848 G 855 849 C 854 850 U 0 851 A 0 852 A 561 853 C 560 854 G 849 855 C 848 856 G 0 857 U 0 858 U 0 859 A 0 860 A 0 861 G 816 862 U 815 863 A 814 864 U 813 865 U 812 866 C 811 867 C 565 868 A 559 869 C 558 870 C 557 871 U 0 872 G 899 873 G 898 874 G 897 875 A 0 876 A 0 877 G 0 878 U 0 879 A 0 880 C 0 881 G 892 882 C 891 883 U 890 884 C 889 885 G 0 886 C 0 887 A 0 888 A 0 889 G 884 890 A 883 891 G 882 892 U 881 893 G 0 894 A 0 895 A 0 896 A 0 897 C 874 898 U 873 899 C 872 900 A 0 901 A 0 902 A 0 903 G 23 904 G 22 905 A 21 906 A 0 907 U 0 908 U 1379 909 G 1378 910 A 1376 911 C 1375 912 G 1374 913 G 0 914 G 1373 915 G 1372 916 G 1371 917 C 1370 918 C 1369 919 C 1368 920 A 1367 921 C 0 922 A 1363 923 C 1362 924 A 0 925 A 0 926 G 1327 927 C 1326 928 G 1325 929 G 1324 930 U 1323 931 G 1223 932 G 1222 933 A 1221 934 U 1220 935 C 1219 936 A 1218 937 U 1217 938 G 1216 939 U 1215 940 G 1214 941 G 1212 942 U 1211 943 U 0 944 U 0 945 A 0 946 A 0 947 U 962 948 U 961 949 C 960 950 G 959 951 A 0 952 U 0 953 G 0 954 C 0 955 A 0 956 A 0 957 C 0 958 G 0 959 C 950 960 G 949 961 A 948 962 A 947 963 G 0 964 A 0 965 A 0 966 C 0 967 C 0 968 U 0 969 U 0 970 A 0 971 C 1207 972 C 1206 973 C 1205 974 G 1204 975 G 1203 976 G 1202 977 C 1201 978 U 0 979 U 0 980 G 0 981 A 0 982 A 0 983 A 1030 984 G 1029 985 G 1028 986 C 1027 987 U 1026 988 G 1025 989 G 1024 990 C 1023 991 U 1022 992 A 0 993 A 0 994 A 1011 995 C 1010 996 C 1009 997 U 1008 998 C 1007 999 C 1006 1000 U 1005 1001 G 0 1002 A 0 1003 A 0 1004 A 0 1005 G 1000 1006 G 999 1007 G 998 1008 A 997 1009 G 996 1010 G 995 1011 G 994 1012 U 0 1013 U 1021 1014 C 1020 1015 U 0 1016 U 0 1017 C 0 1018 G 0 1019 G 0 1020 G 1014 1021 G 1013 1022 A 991 1023 G 990 1024 C 989 1025 C 988 1026 A 987 1027 G 986 1028 U 985 1029 A 984 1030 C 983 1031 A 0 1032 G 1196 1033 G 1195 1034 U 0 1035 G 1194 1036 C 1193 1037 U 1192 1038 G 1191 1039 C 0 1040 A 0 1041 U 1190 1042 G 1189 1043 G 1185 1044 C 1184 1045 U 1183 1046 G 1181 1047 U 1180 1048 C 1179 1049 G 1178 1050 U 0 1051 C 0 1052 A 0 1053 G 1092 1054 C 1091 1055 U 1090 1056 C 1089 1057 G 1088 1058 U 1087 1059 G 1068 1060 U 1067 1061 C 1066 1062 G 0 1063 U 0 1064 G 0 1065 A 0 1066 G 1061 1067 A 1060 1068 U 1059 1069 G 0 1070 U 0 1071 U 1084 1072 G 1083 1073 G 1082 1074 G 1081 1075 U 0 1076 U 0 1077 A 0 1078 A 0 1079 G 0 1080 U 0 1081 C 1074 1082 C 1073 1083 C 1072 1084 G 1071 1085 C 0 1086 A 0 1087 A 1058 1088 C 1057 1089 G 1056 1090 A 1055 1091 G 1054 1092 C 1053 1093 G 0 1094 C 0 1095 A 0 1096 A 0 1097 C 0 1098 C 1173 1099 C 1172 1100 C 1171 1101 U 1170 1102 A 0 1103 C 1141 1104 A 1140 1105 A 1139 1106 U 1138 1107 U 1137 1108 A 1136 1109 G 1135 1110 U 0 1111 U 0 1112 G 0 1113 C 1130 1114 U 1129 1115 A 0 1116 G 0 1117 C 1128 1118 A 1127 1119 G 1126 1120 G 0 1121 U 0 1122 A 0 1123 A 0 1124 A 0 1125 G 0 1126 C 1119 1127 U 1118 1128 G 1117 1129 A 1114 1130 G 1113 1131 G 0 1132 A 0 1133 C 0 1134 U 0 1135 C 1109 1136 U 1108 1137 A 1107 1138 A 1106 1139 U 1105 1140 U 1104 1141 G 1103 1142 A 0 1143 A 0 1144 C 1164 1145 U 1163 1146 G 1162 1147 C 1161 1148 C 1159 1149 U 1158 1150 A 1157 1151 C 1156 1152 G 0 1153 C 0 1154 A 0 1155 A 0 1156 G 1151 1157 U 1150 1158 A 1149 1159 G 1148 1160 A 0 1161 G 1147 1162 A 1146 1163 G 1145 1164 G 1144 1165 A 0 1166 A 0 1167 G 0 1168 G 0 1169 A 0 1170 G 1101 1171 G 1100 1172 G 1099 1173 G 1098 1174 A 0 1175 U 0 1176 G 0 1177 A 0 1178 C 1049 1179 G 1048 1180 U 1047 1181 C 1046 1182 A 0 1183 A 1045 1184 G 1044 1185 U 1043 1186 C 0 1187 C 0 1188 U 0 1189 C 1042 1190 A 1041 1191 U 1038 1192 G 1037 1193 G 1036 1194 C 1035 1195 C 1033 1196 C 1032 1197 U 0 1198 U 0 1199 A 0 1200 C 0 1201 G 977 1202 U 976 1203 C 975 1204 C 974 1205 G 973 1206 G 972 1207 G 971 1208 G 0 1209 C 0 1210 U 0 1211 A 942 1212 C 941 1213 A 0 1214 C 940 1215 A 939 1216 C 938 1217 G 937 1218 U 936 1219 G 935 1220 A 934 1221 U 933 1222 A 932 1223 C 931 1224 A 0 1225 A 0 1226 U 0 1227 G 1279 1228 G 1278 1229 U 1277 1230 A 1276 1231 A 1275 1232 C 1274 1233 U 1273 1234 A 0 1235 C 0 1236 A 0 1237 G 0 1238 A 0 1239 G 1267 1240 G 1266 1241 G 1265 1242 C 0 1243 A 0 1244 A 0 1245 A 0 1246 G 1255 1247 C 1254 1248 C 1253 1249 G 0 1250 C 0 1251 G 0 1252 A 0 1253 G 1248 1254 G 1247 1255 C 1246 1256 A 0 1257 G 0 1258 A 0 1259 G 0 1260 G 0 1261 A 0 1262 A 0 1263 A 0 1264 U 0 1265 C 1241 1266 C 1240 1267 C 1239 1268 U 0 1269 U 0 1270 A 0 1271 A 0 1272 A 0 1273 A 1233 1274 G 1232 1275 U 1231 1276 U 1230 1277 A 1229 1278 U 1228 1279 C 1227 1280 C 0 1281 U 0 1282 A 0 1283 G 0 1284 U 0 1285 C 0 1286 C 1317 1287 G 0 1288 G 0 1289 A 0 1290 U 1313 1291 C 1312 1292 G 1311 1293 G 1310 1294 A 1309 1295 G 1308 1296 U 1307 1297 C 1306 1298 U 0 1299 G 0 1300 C 0 1301 A 0 1302 A 0 1303 C 0 1304 U 0 1305 C 0 1306 G 1297 1307 A 1296 1308 C 1295 1309 U 1294 1310 C 1293 1311 C 1292 1312 G 1291 1313 U 1290 1314 G 0 1315 A 0 1316 A 0 1317 G 1286 1318 C 0 1319 U 0 1320 G 0 1321 G 0 1322 A 0 1323 A 930 1324 U 929 1325 C 928 1326 G 927 1327 C 926 1328 U 0 1329 A 0 1330 G 0 1331 U 0 1332 A 0 1333 A 1355 1334 U 1354 1335 C 1353 1336 G 1352 1337 C 1351 1338 A 1350 1339 G 1349 1340 A 1348 1341 U 0 1342 C 0 1343 A 0 1344 G 0 1345 C 0 1346 A 0 1347 U 0 1348 G 1340 1349 C 1339 1350 U 1338 1351 G 1337 1352 C 1336 1353 G 1335 1354 G 1334 1355 U 1333 1356 G 0 1357 A 0 1358 A 0 1359 U 0 1360 G 0 1361 U 0 1362 G 923 1363 U 922 1364 U 0 1365 C 0 1366 C 0 1367 U 920 1368 G 919 1369 G 918 1370 G 917 1371 C 916 1372 C 915 1373 U 914 1374 U 912 1375 G 911 1376 U 910 1377 A 0 1378 C 909 1379 A 908 1380 C 0 1381 A 0 1382 C 1469 1383 C 0 1384 G 1466 1385 C 1465 1386 C 0 1387 C 1462 1388 G 1461 1389 U 0 1390 C 0 1391 A 0 1392 A 1456 1393 G 1455 1394 U 1454 1395 C 1453 1396 A 1452 1397 U 1451 1398 G 1450 1399 G 1449 1400 A 0 1401 A 0 1402 G 1446 1403 U 1445 1404 U 1444 1405 G 1443 1406 G 1442 1407 G 1441 1408 A 1440 1409 G 1439 1410 U 1438 1411 A 1437 1412 C 1436 1413 C 1435 1414 C 0 1415 G 0 1416 A 0 1417 A 0 1418 G 1431 1419 A 1430 1420 C 1429 1421 G 1428 1422 C 1427 1423 G 0 1424 U 0 1425 A 0 1426 U 0 1427 G 1422 1428 C 1421 1429 G 1420 1430 U 1419 1431 U 1418 1432 U 0 1433 A 0 1434 A 0 1435 G 1413 1436 G 1412 1437 U 1411 1438 A 1410 1439 A 1409 1440 G 1408 1441 A 1407 1442 C 1406 1443 C 1405 1444 A 1404 1445 G 1403 1446 U 1402 1447 A 0 1448 A 0 1449 C 1399 1450 U 1398 1451 G 1397 1452 G 1396 1453 G 1395 1454 A 1394 1455 C 1393 1456 U 1392 1457 A 0 1458 A 0 1459 G 0 1460 U 0 1461 C 1388 1462 G 1387 1463 U 0 1464 A 0 1465 A 1385 1466 C 1384 1467 A 0 1468 A 0 1469 G 1382 1470 G 0 1471 U 1494 1472 A 1493 1473 G 1492 1474 C 1491 1475 C 1490 1476 G 1489 1477 U 1488 1478 A 1487 1479 C 1486 1480 C 1485 1481 G 0 1482 G 0 1483 A 0 1484 A 0 1485 G 1480 1486 G 1479 1487 U 1478 1488 G 1477 1489 C 1476 1490 G 1475 1491 G 1474 1492 C 1473 1493 U 1472 1494 G 1471 1495 G 0 1496 A 0 1497 U 0 1498 C 0 1499 A 0 1500 C 0 1501 C 0 1502 U 0 1503 C 0 1504 C 0 1505 U 0 1506 U 0 1507 U 0