Filename: d.16.b.S.mutans.bpseq Organism: Streptococcus mutans Accession Number: X58303 Citation and related information available at http://www.rna.icmb.utexas.edu 1 N 0 2 N 0 3 N 0 4 N 0 5 N 0 6 N 0 7 N 0 8 N 0 9 N 25 10 N 24 11 N 23 12 N 22 13 N 21 14 N 0 15 N 0 16 N 0 17 N 923 18 N 922 19 N 921 20 N 0 21 N 13 22 N 12 23 N 11 24 N 10 25 N 9 26 N 0 27 N 561 28 N 560 29 N 559 30 N 558 31 N 0 32 N 557 33 N 556 34 N 555 35 N 554 36 N 553 37 N 552 38 N 0 39 N 407 40 N 406 41 N 405 42 N 404 43 N 403 44 N 402 45 N 400 46 N 399 47 N 365 48 N 0 49 N 0 50 N 0 51 N 0 52 N 363 53 N 362 54 N 361 55 N 0 56 N 360 57 N 359 58 N 358 59 N 0 60 N 0 61 N 106 62 N 105 63 N 104 64 N 0 65 N 0 66 N 103 67 N 102 68 N 101 69 N 99 70 N 98 71 N 0 72 N 0 73 N 97 74 N 96 75 N 95 76 N 93 77 N 92 78 N 91 79 N 90 80 N 89 81 N 88 82 N 87 83 N 0 84 N 0 85 N 0 86 N 0 87 N 82 88 N 81 89 N 80 90 N 79 91 N 78 92 N 77 93 N 76 94 N 0 95 N 75 96 N 74 97 N 73 98 N 70 99 N 69 100 N 0 101 N 68 102 N 67 103 N 66 104 N 63 105 N 62 106 N 61 107 G 0 108 A 0 109 A 0 110 C 0 111 G 0 112 G 0 113 G 318 114 U 317 115 G 316 116 A 0 117 G 0 118 U 0 119 N 0 120 A 0 121 C 0 122 G 243 123 C 242 124 G 241 125 U 240 126 A 239 127 G 238 128 G 237 129 U 236 130 A 0 131 A 0 132 C 235 133 C 234 134 U 0 135 N 0 136 C 0 137 C 231 138 U 230 139 A 229 140 U 228 141 U 227 142 A 226 143 G 225 144 C 0 145 G 179 146 G 178 147 G 177 148 G 176 149 G 0 150 A 0 151 U 0 152 A 0 153 A 170 154 C 169 155 U 168 156 N 167 157 U 166 158 U 165 159 G 164 160 G 0 161 A 0 162 A 0 163 A 0 164 C 159 165 G 158 166 A 157 167 U 156 168 A 155 169 G 154 170 C 153 171 U 0 172 N 0 173 A 0 174 U 0 175 A 0 176 C 148 177 C 147 178 G 146 179 C 145 180 A 0 181 U 0 182 A 0 183 A 0 184 U 206 185 A 205 186 U 204 187 U 203 188 A 202 189 U 0 190 U 201 191 A 200 192 U 199 193 U 198 194 G 0 195 C 0 196 A 0 197 U 0 198 G 193 199 A 192 200 U 191 201 A 190 202 U 188 203 A 187 204 U 186 205 U 185 206 G 184 207 A 0 208 A 0 209 A 0 210 G 223 211 A 222 212 U 221 213 G 220 214 C 219 215 A 0 216 A 0 217 G 0 218 C 0 219 G 214 220 C 213 221 A 212 222 U 211 223 C 210 224 A 0 225 C 143 226 U 142 227 A 141 228 G 140 229 U 139 230 A 138 231 G 137 232 A 0 233 U 0 234 G 133 235 G 132 236 A 129 237 C 128 238 C 127 239 U 126 240 N 125 241 C 124 242 G 123 243 U 122 244 U 290 245 G 289 246 U 288 247 A 0 248 U 0 249 U 287 250 A 0 251 G 281 252 C 280 253 U 279 254 N 0 255 G 0 256 U 278 257 U 277 258 G 276 259 G 275 260 U 274 261 A 273 262 A 272 263 G 271 264 G 0 265 U 0 266 A 0 267 A 0 268 G 0 269 A 0 270 G 0 271 C 263 272 U 262 273 U 261 274 A 260 275 C 259 276 C 258 277 A 257 278 A 256 279 G 253 280 G 252 281 C 251 282 G 0 283 A 0 284 C 0 285 G 0 286 A 0 287 U 249 288 A 246 289 C 245 290 A 244 291 U 0 292 A 0 293 G 315 294 C 314 295 C 313 296 G 312 297 A 308 298 C 307 299 C 306 300 U 305 301 G 0 302 A 0 303 G 0 304 A 0 305 G 300 306 G 299 307 G 298 308 U 297 309 G 0 310 A 0 311 U 0 312 C 296 313 G 295 314 G 294 315 C 293 316 C 115 317 A 114 318 C 113 319 A 0 320 C 341 321 U 340 322 G 339 323 G 338 324 G 337 325 A 336 326 C 0 327 U 0 328 G 0 329 A 0 330 G 0 331 A 0 332 C 0 333 A 0 334 C 0 335 G 0 336 G 325 337 C 324 338 C 323 339 C 322 340 A 321 341 G 320 342 A 0 343 C 354 344 U 353 345 C 352 346 C 351 347 U 0 348 A 0 349 C 0 350 G 0 351 G 346 352 G 345 353 A 344 354 G 343 355 G 0 356 C 0 357 A 0 358 G 58 359 C 57 360 A 56 361 G 54 362 U 53 363 A 52 364 G 0 365 G 47 366 G 0 367 A 0 368 A 0 369 U 0 370 C 0 371 U 397 372 U 0 373 C 396 374 G 395 375 G 394 376 C 0 377 A 0 378 A 0 379 U 392 380 G 391 381 G 390 382 A 389 383 C 388 384 G 0 385 A 0 386 A 0 387 A 0 388 G 383 389 U 382 390 C 381 391 U 380 392 G 379 393 A 0 394 C 375 395 C 374 396 G 373 397 A 371 398 G 0 399 C 46 400 A 45 401 A 0 402 C 44 403 G 43 404 C 42 405 C 41 406 G 40 407 C 39 408 G 0 409 U 0 410 G 440 411 A 439 412 G 438 413 U 437 414 G 0 415 A 0 416 A 0 417 G 0 418 A 0 419 A 0 420 G 431 421 G 430 422 U 429 423 U 428 424 U 0 425 U 0 426 C 0 427 G 0 428 G 423 429 A 422 430 U 421 431 C 420 432 G 0 433 U 0 434 A 0 435 A 0 436 A 0 437 G 413 438 C 412 439 U 411 440 C 410 441 U 0 442 G 501 443 U 0 444 U 502 445 G 498 446 U 497 447 A 496 448 A 495 449 G 494 450 U 493 451 C 0 452 A 0 453 A 0 454 G 488 455 A 0 456 A 0 457 C 0 458 G 0 459 U 0 460 G 482 461 U 481 462 G 480 463 U 479 464 G 478 465 A 477 466 G 476 467 A 0 468 G 0 469 U 0 470 G 0 471 G 0 472 A 0 473 A 0 474 A 0 475 G 0 476 U 466 477 U 465 478 C 464 479 A 463 480 C 462 481 A 461 482 C 460 483 A 0 484 G 0 485 U 0 486 G 0 487 A 0 488 C 454 489 G 0 490 G 0 491 U 0 492 A 0 493 G 450 494 C 449 495 U 448 496 U 447 497 A 446 498 C 445 499 C 0 500 A 0 501 G 442 502 A 444 503 A 0 504 A 0 505 G 550 506 G 549 507 G 548 508 A 547 509 C 546 510 G 531 511 G 530 512 C 529 513 U 0 514 N 0 515 A 0 516 C 545 517 U 544 518 A 543 519 C 542 520 G 541 521 U 0 522 G 0 523 C 0 524 C 0 525 A 0 526 G 533 527 C 532 528 A 0 529 G 512 530 C 511 531 C 510 532 G 527 533 C 526 534 G 0 535 G 0 536 U 0 537 A 0 538 A 0 539 U 0 540 A 0 541 C 520 542 G 519 543 U 518 544 A 517 545 G 516 546 G 509 547 U 508 548 C 507 549 C 506 550 C 505 551 N 0 552 A 37 553 G 36 554 C 35 555 G 34 556 U 33 557 U 32 558 G 30 559 U 29 560 C 28 561 C 27 562 G 0 563 G 0 564 A 0 565 U 0 566 U 0 567 U 0 568 A 0 569 U 0 570 U 0 571 G 0 572 G 888 573 G 887 574 C 886 575 G 871 576 U 870 577 N 0 578 A 0 579 A 0 580 G 885 581 G 0 582 G 768 583 A 767 584 G 766 585 C 765 586 G 0 587 C 762 588 A 0 589 G 761 590 G 760 591 C 759 592 G 0 593 G 655 594 U 654 595 C 653 596 A 652 597 G 651 598 G 650 599 A 649 600 A 0 601 A 648 602 G 647 603 U 644 604 C 643 605 U 642 606 G 641 607 G 640 608 A 639 609 G 638 610 U 637 611 A 0 612 A 0 613 A 0 614 A 0 615 G 0 616 G 634 617 C 633 618 U 632 619 A 631 620 U 630 621 G 629 622 G 628 623 C 0 624 U 0 625 C 0 626 A 0 627 A 0 628 C 622 629 C 621 630 A 620 631 U 619 632 A 618 633 G 617 634 U 616 635 G 0 636 U 0 637 G 610 638 C 609 639 U 608 640 C 607 641 U 606 642 G 605 643 G 604 644 A 603 645 A 0 646 A 0 647 C 602 648 U 601 649 G 599 650 U 598 651 C 597 652 U 596 653 G 595 654 A 594 655 C 593 656 U 0 657 U 0 658 G 0 659 A 755 660 G 754 661 U 753 662 G 751 663 C 750 664 A 749 665 G 748 666 A 747 667 A 746 668 G 0 669 G 0 670 G 744 671 G 743 672 A 742 673 G 741 674 A 740 675 G 739 676 U 738 677 G 721 678 G 720 679 A 0 680 A 0 681 U 717 682 U 716 683 C 715 684 C 714 685 A 713 686 U 712 687 G 711 688 U 710 689 G 0 690 U 0 691 A 0 692 G 703 693 C 702 694 G 701 695 G 0 696 U 0 697 G 0 698 A 0 699 A 0 700 A 0 701 U 694 702 G 693 703 C 692 704 G 0 705 U 0 706 A 0 707 G 0 708 A 0 709 U 0 710 A 688 711 U 687 712 A 686 713 U 685 714 G 684 715 G 683 716 A 682 717 G 681 718 G 0 719 A 0 720 A 678 721 C 677 722 A 0 723 C 0 724 C 0 725 A 0 726 G 737 727 U 0 728 G 0 729 G 736 730 C 735 731 G 0 732 A 0 733 A 0 734 A 0 735 G 730 736 C 729 737 G 726 738 G 676 739 C 675 740 U 674 741 C 673 742 U 672 743 C 671 744 U 670 745 G 0 746 G 667 747 U 666 748 C 665 749 U 664 750 G 663 751 U 662 752 C 0 753 A 661 754 C 660 755 U 659 756 G 0 757 A 0 758 C 0 759 G 591 760 C 590 761 U 589 762 G 587 763 A 0 764 G 0 765 G 585 766 C 584 767 U 583 768 C 582 769 G 0 770 A 0 771 A 0 772 A 0 773 G 814 774 C 813 775 G 812 776 U 811 777 G 810 778 G 809 779 G 0 780 U 0 781 A 0 782 G 808 783 C 807 784 G 0 785 A 0 786 A 0 787 C 803 788 A 802 789 G 801 790 G 800 791 A 0 792 U 0 793 U 0 794 A 0 795 G 0 796 A 0 797 U 0 798 A 0 799 C 0 800 C 790 801 C 789 802 U 788 803 N 787 804 G 0 805 U 0 806 A 0 807 G 783 808 U 782 809 C 778 810 C 777 811 A 776 812 C 775 813 G 774 814 C 773 815 C 0 816 G 0 817 U 0 818 A 0 819 A 0 820 A 0 821 C 0 822 G 0 823 A 0 824 U 0 825 G 884 826 A 883 827 G 882 828 U 881 829 G 880 830 C 879 831 U 0 832 A 0 833 G 862 834 G 861 835 U 860 836 G 859 837 U 858 838 U 857 839 A 856 840 G 855 841 G 854 842 C 853 843 C 852 844 C 851 845 U 850 846 U 0 847 U 0 848 C 0 849 C 0 850 G 845 851 G 844 852 G 843 853 G 842 854 C 841 855 U 840 856 U 839 857 A 838 858 G 837 859 U 836 860 G 835 861 C 834 862 C 833 863 G 0 864 G 0 865 A 0 866 G 873 867 C 872 868 U 0 869 A 0 870 A 576 871 C 575 872 G 867 873 C 866 874 A 0 875 A 0 876 U 0 877 A 0 878 A 0 879 G 830 880 C 829 881 A 828 882 C 827 883 U 826 884 C 825 885 C 580 886 G 574 887 C 573 888 C 572 889 U 0 890 N 917 891 G 916 892 G 915 893 G 0 894 A 0 895 G 0 896 U 0 897 A 0 898 C 0 899 G 910 900 A 909 901 C 908 902 C 907 903 G 0 904 C 0 905 A 0 906 A 0 907 G 902 908 G 901 909 U 900 910 U 899 911 G 0 912 A 0 913 A 0 914 A 0 915 C 892 916 U 891 917 C 890 918 A 0 919 A 0 920 A 0 921 G 19 922 G 18 923 A 17 924 A 0 925 U 0 926 U 1400 927 G 1399 928 A 1397 929 C 1396 930 G 1395 931 G 0 932 G 1394 933 G 1393 934 G 1392 935 C 1391 936 C 1390 937 N 1389 938 G 1388 939 C 0 940 A 1384 941 C 1383 942 A 0 943 A 0 944 G 1348 945 C 1347 946 N 1346 947 G 1345 948 U 1344 949 G 1241 950 G 1240 951 A 1239 952 G 1238 953 C 1237 954 A 1236 955 U 1235 956 G 1234 957 U 1233 958 N 1232 959 G 1230 960 U 1229 961 U 0 962 U 0 963 A 0 964 A 0 965 U 980 966 U 979 967 C 978 968 G 977 969 A 0 970 A 0 971 G 0 972 N 0 973 A 0 974 A 0 975 C 0 976 G 0 977 C 968 978 G 967 979 A 966 980 A 965 981 G 0 982 A 0 983 A 0 984 C 0 985 C 0 986 U 0 987 U 0 988 A 0 989 C 1225 990 C 1224 991 A 1223 992 G 1222 993 G 1221 994 U 1220 995 C 1219 996 U 0 997 U 0 998 G 0 999 A 0 1000 C 0 1001 A 1050 1002 U 1049 1003 C 1048 1004 C 1046 1005 C 1045 1006 G 1044 1007 A 1043 1008 U 1042 1009 G 0 1010 C 0 1011 U 0 1012 N 1029 1013 U 1028 1014 U 1027 1015 C 1026 1016 U 1025 1017 U 1024 1018 A 1023 1019 G 0 1020 A 0 1021 G 0 1022 A 0 1023 U 1018 1024 A 1017 1025 G 1016 1026 G 1015 1027 A 1014 1028 A 1013 1029 G 1012 1030 U 0 1031 U 1040 1032 A 1039 1033 C 1038 1034 U 0 1035 U 0 1036 C 0 1037 G 0 1038 G 1033 1039 U 1032 1040 A 1031 1041 C 0 1042 A 1008 1043 U 1007 1044 C 1006 1045 G 1005 1046 G 1004 1047 A 0 1048 G 1003 1049 A 1002 1050 C 1001 1051 A 0 1052 G 1214 1053 G 1213 1054 U 0 1055 G 1212 1056 G 1211 1057 N 1210 1058 G 1209 1059 C 0 1060 A 0 1061 U 1208 1062 N 1207 1063 G 1203 1064 U 1202 1065 N 1201 1066 G 1199 1067 U 1198 1068 C 1197 1069 G 1196 1070 U 0 1071 C 0 1072 A 0 1073 G 1112 1074 C 1111 1075 U 1110 1076 C 1109 1077 G 1108 1078 U 1107 1079 G 1088 1080 U 1087 1081 C 1086 1082 G 0 1083 U 0 1084 G 0 1085 A 0 1086 G 1081 1087 A 1080 1088 U 1079 1089 G 0 1090 U 0 1091 U 1104 1092 G 1103 1093 G 1102 1094 G 1101 1095 U 0 1096 U 0 1097 A 0 1098 A 0 1099 G 0 1100 U 0 1101 C 1094 1102 C 1093 1103 C 1092 1104 G 1091 1105 C 0 1106 A 0 1107 A 1078 1108 C 1077 1109 G 1076 1110 A 1075 1111 G 1074 1112 C 1073 1113 G 0 1114 C 0 1115 A 0 1116 A 0 1117 C 0 1118 C 1191 1119 C 1190 1120 U 1189 1121 N 1188 1122 A 0 1123 U 1159 1124 U 1158 1125 G 1157 1126 U 1156 1127 U 1155 1128 A 1154 1129 G 1153 1130 U 0 1131 U 0 1132 G 0 1133 C 1148 1134 C 1147 1135 A 0 1136 U 0 1137 C 1146 1138 A 1145 1139 U 0 1140 U 0 1141 A 0 1142 A 0 1143 G 0 1144 U 0 1145 U 1138 1146 G 1137 1147 G 1134 1148 G 1133 1149 C 0 1150 A 0 1151 C 0 1152 U 0 1153 C 1129 1154 U 1128 1155 A 1127 1156 G 1126 1157 C 1125 1158 G 1124 1159 A 1123 1160 G 0 1161 A 0 1162 C 1182 1163 U 1181 1164 G 1180 1165 C 1179 1166 C 1178 1167 G 1177 1168 G 1176 1169 U 1175 1170 A 0 1171 A 0 1172 U 0 1173 A 0 1174 A 0 1175 A 1169 1176 C 1168 1177 C 1167 1178 G 1166 1179 G 1165 1180 A 1164 1181 G 1163 1182 G 1162 1183 A 0 1184 A 0 1185 G 0 1186 G 0 1187 U 0 1188 G 1121 1189 G 1120 1190 G 1119 1191 G 1118 1192 A 0 1193 U 0 1194 G 0 1195 A 0 1196 C 1069 1197 G 1068 1198 U 1067 1199 C 1066 1200 A 0 1201 A 1065 1202 A 1064 1203 U 1063 1204 C 0 1205 A 0 1206 U 0 1207 C 1062 1208 A 1061 1209 U 1058 1210 G 1057 1211 C 1056 1212 C 1055 1213 C 1053 1214 C 1052 1215 U 0 1216 U 0 1217 A 0 1218 U 0 1219 G 995 1220 A 994 1221 C 993 1222 C 992 1223 U 991 1224 N 990 1225 G 989 1226 G 0 1227 C 0 1228 U 0 1229 A 960 1230 C 959 1231 A 0 1232 C 958 1233 A 957 1234 C 956 1235 G 955 1236 U 954 1237 G 953 1238 C 952 1239 U 951 1240 A 950 1241 C 949 1242 A 0 1243 A 0 1244 U 0 1245 G 1300 1246 G 1299 1247 U 1298 1248 C 1297 1249 G 1296 1250 G 1295 1251 U 1294 1252 A 0 1253 C 0 1254 A 0 1255 A 0 1256 C 0 1257 G 1288 1258 A 1287 1259 G 1286 1260 U 0 1261 U 0 1262 G 1281 1263 C 1280 1264 G 0 1265 A 0 1266 G 0 1267 C 1276 1268 C 1275 1269 G 1274 1270 G 0 1271 U 0 1272 G 0 1273 A 0 1274 C 1269 1275 G 1268 1276 G 1267 1277 C 0 1278 A 0 1279 A 0 1280 G 1263 1281 C 1262 1282 U 0 1283 A 0 1284 A 0 1285 U 0 1286 C 1259 1287 U 1258 1288 C 1257 1289 U 0 1290 G 0 1291 A 0 1292 A 0 1293 A 0 1294 G 1251 1295 C 1250 1296 C 1249 1297 G 1248 1298 A 1247 1299 U 1246 1300 C 1245 1301 U 0 1302 C 0 1303 A 0 1304 G 0 1305 U 0 1306 U 0 1307 C 1338 1308 G 0 1309 G 0 1310 A 0 1311 U 1334 1312 U 1333 1313 G 1332 1314 G 1331 1315 A 1330 1316 G 1329 1317 G 1328 1318 C 1327 1319 U 0 1320 G 0 1321 C 0 1322 A 0 1323 A 0 1324 C 0 1325 U 0 1326 C 0 1327 G 1318 1328 C 1317 1329 C 1316 1330 U 1315 1331 N 1314 1332 C 1313 1333 A 1312 1334 U 1311 1335 G 0 1336 A 0 1337 A 0 1338 G 1307 1339 U 0 1340 C 0 1341 G 0 1342 G 0 1343 A 0 1344 A 948 1345 U 947 1346 C 946 1347 G 945 1348 C 944 1349 U 0 1350 A 0 1351 G 0 1352 U 0 1353 A 0 1354 A 1376 1355 U 1375 1356 C 1374 1357 G 1373 1358 C 1372 1359 G 1371 1360 G 1370 1361 A 1369 1362 U 0 1363 C 0 1364 A 0 1365 G 0 1366 C 0 1367 A 0 1368 C 0 1369 G 1361 1370 C 1360 1371 C 1359 1372 G 1358 1373 C 1357 1374 G 1356 1375 G 1355 1376 U 1354 1377 G 0 1378 A 0 1379 A 0 1380 U 0 1381 A 0 1382 C 0 1383 G 941 1384 U 940 1385 U 0 1386 C 0 1387 C 0 1388 C 938 1389 G 937 1390 G 936 1391 G 935 1392 C 934 1393 N 933 1394 U 932 1395 U 930 1396 G 929 1397 U 928 1398 N 0 1399 C 927 1400 A 926 1401 C 0 1402 A 0 1403 C 1508 1404 C 0 1405 G 1505 1406 C 1504 1407 C 0 1408 C 1501 1409 G 1500 1410 U 0 1411 C 1498 1412 A 0 1413 C 1495 1414 A 1494 1415 C 1493 1416 C 1492 1417 A 1491 1418 C 1490 1419 G 1489 1420 A 1488 1421 G 0 1422 A 0 1423 G 1485 1424 U 1484 1425 U 1483 1426 U 1482 1427 G 1481 1428 U 1480 1429 A 1479 1430 A 1478 1431 C 1477 1432 A 1476 1433 C 1475 1434 C 1474 1435 C 0 1436 G 0 1437 A 0 1438 N 0 1439 N 1470 1440 N 1469 1441 N 1468 1442 N 1467 1443 N 1466 1444 N 1465 1445 N 0 1446 N 1464 1447 N 1463 1448 N 1462 1449 N 1461 1450 N 0 1451 N 0 1452 N 1459 1453 N 1458 1454 N 0 1455 N 0 1456 N 0 1457 N 0 1458 N 1453 1459 N 1452 1460 N 0 1461 N 1449 1462 N 1448 1463 N 1447 1464 N 1446 1465 N 1444 1466 N 1443 1467 N 1442 1468 N 1441 1469 N 1440 1470 N 1439 1471 N 0 1472 N 0 1473 N 0 1474 N 1434 1475 N 1433 1476 N 1432 1477 N 1431 1478 N 1430 1479 N 1429 1480 N 1428 1481 N 1427 1482 N 1426 1483 N 1425 1484 N 1424 1485 N 1423 1486 N 0 1487 N 0 1488 N 1420 1489 N 1419 1490 N 1418 1491 N 1417 1492 N 1416 1493 N 1415 1494 N 1414 1495 N 1413 1496 N 0 1497 N 0 1498 N 1411 1499 N 0 1500 N 1409 1501 N 1408 1502 N 0 1503 N 0 1504 N 1406 1505 N 1405 1506 N 0 1507 N 0 1508 N 1403 1509 N 0 1510 N 1533 1511 N 1532 1512 N 1531 1513 N 1530 1514 N 1529 1515 N 1528 1516 N 1527 1517 N 1526 1518 N 1525 1519 N 1524 1520 N 0 1521 N 0 1522 N 0 1523 N 0 1524 N 1519 1525 N 1518 1526 N 1517 1527 N 1516 1528 N 1515 1529 N 1514 1530 N 1513 1531 N 1512 1532 N 1511 1533 N 1510 1534 N 0 1535 N 0 1536 N 0 1537 N 0 1538 N 0 1539 N 0 1540 N 0 1541 N 0 1542 N 0 1543 N 0 1544 N 0 1545 N 0 1546 N 0