Filename: d.16.e.A.scoticae.bpseq Organism: Antonospora scoticae Accession Number: AF024655 Citation and related information available at http://www.rna.icmb.utexas.edu 1 C 0 2 A 0 3 C 0 4 C 20 5 A 19 6 G 18 7 G 17 8 U 16 9 U 0 10 G 0 11 A 0 12 U 829 13 U 828 14 C 827 15 U 0 16 G 8 17 C 7 18 C 6 19 U 5 20 G 4 21 A 0 22 C 473 23 G 472 24 U 471 25 G 470 26 U 469 27 G 468 28 U 467 29 G 466 30 C 465 31 U 464 32 A 0 33 G 373 34 U 372 35 C 371 36 U 370 37 U 369 38 G 368 39 G 366 40 G 365 41 G 332 42 A 0 43 C 0 44 U 0 45 U 0 46 A 0 47 G 330 48 C 329 49 C 328 50 A 0 51 U 327 52 G 326 53 C 325 54 A 0 55 A 0 56 G 79 57 C 78 58 U 0 59 A 77 60 G 76 61 C 75 62 G 0 63 A 0 64 A 0 65 G 71 66 C 70 67 G 0 68 G 0 69 A 0 70 G 66 71 C 65 72 G 0 73 G 0 74 A 0 75 G 61 76 C 60 77 G 59 78 G 57 79 C 56 80 G 0 81 G 0 82 A 0 83 C 0 84 G 0 85 G 0 86 C 285 87 U 284 88 C 283 89 A 0 90 G 0 91 U 0 92 A 0 93 G 0 94 G 0 95 A 209 96 C 208 97 G 207 98 G 206 99 C 205 100 G 204 101 A 203 102 U 202 103 A 0 104 A 0 105 U 201 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