Filename: a.16.c.P.littoralis.bpseq Organism: Pylaiella littoralis Accession Number: X14873 Citation and related information available at http://www.rna.icmb.utexas.edu 1 A 0 2 A 0 3 A 0 4 C 0 5 U 0 6 A 0 7 U 0 8 C 0 9 G 0 10 A 0 11 G 27 12 A 26 13 G 25 14 U 24 15 U 23 16 U 0 17 G 0 18 A 0 19 U 886 20 C 885 21 C 884 22 U 0 23 G 15 24 G 14 25 C 13 26 U 12 27 C 11 28 A 0 29 G 523 30 G 522 31 A 521 32 U 520 33 G 0 34 A 519 35 A 518 36 C 517 37 G 516 38 C 515 39 U 514 40 G 0 41 G 390 42 C 389 43 G 388 44 G 387 45 U 386 46 A 385 47 U 383 48 G 382 49 C 0 50 U 0 51 U 0 52 U 0 53 A 0 54 C 347 55 A 346 56 C 345 57 A 0 58 U 344 59 G 343 60 C 342 61 A 0 62 A 0 63 G 92 64 U 91 65 C 90 66 G 0 67 U 0 68 A 89 69 C 88 70 G 87 71 A 86 72 A 85 73 A 84 74 G 83 75 U 82 76 G 0 77 U 0 78 U 0 79 A 0 80 A 0 81 A 0 82 A 75 83 C 74 84 U 73 85 U 72 86 U 71 87 A 70 88 G 69 89 U 68 90 G 65 91 G 64 92 C 63 93 G 0 94 G 0 95 A 0 96 C 0 97 G 0 98 G 0 99 G 303 100 U 302 101 G 301 102 A 0 103 G 0 104 U 0 105 A 0 106 A 0 107 C 0 108 A 229 109 C 228 110 G 227 111 U 226 112 G 225 113 A 224 114 G 223 115 A 222 116 A 0 117 U 221 118 U 220 119 U 0 120 A 0 121 C 0 122 C 217 123 U 216 124 U 215 125 U 214 126 A 213 127 G 212 128 G 211 129 A 0 130 G 164 131 G 163 132 G 162 133 G 161 134 A 160 135 A 0 136 U 0 137 A 0 138 A 155 139 C 154 140 A 153 141 G 152 142 U 151 143 U 150 144 G 149 145 G 0 146 A 0 147 A 0 148 A 0 149 U 144 150 G 143 151 A 142 152 C 141 153 U 140 154 G 139 155 C 138 156 U 0 157 A 0 158 A 0 159 U 0 160 G 134 161 C 133 162 C 132 163 G 131 164 C 130 165 A 0 166 U 0 167 A 0 168 U 0 169 C 0 170 G 195 171 U 194 172 A 193 173 A 0 174 U 191 175 U 190 176 A 189 177 U 188 178 G 187 179 A 186 180 G 0 181 A 0 182 C 0 183 A 0 184 U 0 185 A 0 186 U 179 187 C 178 188 A 177 189 U 176 190 A 175 191 A 174 192 C 0 193 U 172 194 A 171 195 U 170 196 G 0 197 A 0 198 A 0 199 A 0 200 G 209 201 A 208 202 A 207 203 G 0 204 A 0 205 A 0 206 A 0 207 U 202 208 U 201 209 C 200 210 G 0 211 C 128 212 C 127 213 U 126 214 A 125 215 A 124 216 A 123 217 G 122 218 A 0 219 A 0 220 A 118 221 A 117 222 G 115 223 C 114 224 U 113 225 U 112 226 G 111 227 C 110 228 G 109 229 U 108 230 C 275 231 U 274 232 G 273 233 A 0 234 U 0 235 U 272 236 A 0 237 G 266 238 C 265 239 U 264 240 A 0 241 G 0 242 U 263 243 U 262 244 G 261 245 G 0 246 U 260 247 A 0 248 A 259 249 G 258 250 G 0 251 G 0 252 U 0 253 A 0 254 A 0 255 A 0 256 G 0 257 G 0 258 C 249 259 U 248 260 A 246 261 C 244 262 A 243 263 A 242 264 G 239 265 G 238 266 C 237 267 G 0 268 A 0 269 C 0 270 G 0 271 A 0 272 U 235 273 C 232 274 A 231 275 G 230 276 U 0 277 A 0 278 G 300 279 C 299 280 U 298 281 G 297 282 G 293 283 U 292 284 U 291 285 U 290 286 G 0 287 A 0 288 G 0 289 A 0 290 G 285 291 G 284 292 A 283 293 C 282 294 G 0 295 A 0 296 C 0 297 C 281 298 A 280 299 G 279 300 U 278 301 C 101 302 A 100 303 C 99 304 A 0 305 C 325 306 U 324 307 G 323 308 G 322 309 A 321 310 C 0 311 U 0 312 G 0 313 A 0 314 G 0 315 A 0 316 C 0 317 A 0 318 C 0 319 G 0 320 G 0 321 U 309 322 C 308 323 C 307 324 A 306 325 G 305 326 A 0 327 C 338 328 U 337 329 A 336 330 C 335 331 U 0 332 A 0 333 C 0 334 G 0 335 G 330 336 G 329 337 A 328 338 G 327 339 G 0 340 C 0 341 A 0 342 G 60 343 C 59 344 A 58 345 G 56 346 U 55 347 G 54 348 G 0 349 G 0 350 G 0 351 A 0 352 A 0 353 U 0 354 U 0 355 U 380 356 U 0 357 C 379 358 U 378 359 G 377 360 C 0 361 A 0 362 A 0 363 U 375 364 G 374 365 G 373 366 G 372 367 C 0 368 G 0 369 A 0 370 A 0 371 A 0 372 C 366 373 U 365 374 G 364 375 A 363 376 A 0 377 C 359 378 A 358 379 G 357 380 A 355 381 G 0 382 C 48 383 A 47 384 A 0 385 U 46 386 A 45 387 C 44 388 C 43 389 G 42 390 C 41 391 G 0 392 U 0 393 G 424 394 A 423 395 G 422 396 G 421 397 G 0 398 A 0 399 A 0 400 G 0 401 A 0 402 A 0 403 A 415 404 G 414 405 C 413 406 C 412 407 C 0 408 A 0 409 C 0 410 A 0 411 G 0 412 G 406 413 G 405 414 U 404 415 U 403 416 G 0 417 U 0 418 A 0 419 A 0 420 A 0 421 C 396 422 C 395 423 U 394 424 C 393 425 U 0 426 U 462 427 U 0 428 U 0 429 G 459 430 U 458 431 C 457 432 A 456 433 A 455 434 G 454 435 G 0 436 A 0 437 A 0 438 G 449 439 A 0 440 A 0 441 G 0 442 A 0 443 U 0 444 U 0 445 C 0 446 U 0 447 G 0 448 A 0 449 C 438 450 G 0 451 U 0 452 U 0 453 A 0 454 C 434 455 U 433 456 U 432 457 G 431 458 A 430 459 C 429 460 G 0 461 A 0 462 A 426 463 U 0 464 A 0 465 A 0 466 G 512 467 C 511 468 A 510 469 U 509 470 C 508 471 G 0 472 G 0 473 C 0 474 U 0 475 A 0 476 A 0 477 C 507 478 U 506 479 C 505 480 C 504 481 G 503 482 U 0 483 G 0 484 C 0 485 C 0 486 A 0 487 G 0 488 C 0 489 A 0 490 G 0 491 C 0 492 C 0 493 G 0 494 C 0 495 G 0 496 G 0 497 U 0 498 A 0 499 A 0 500 G 0 501 G 0 502 A 0 503 C 481 504 G 480 505 G 479 506 G 478 507 G 477 508 G 470 509 A 469 510 U 468 511 G 467 512 C 466 513 A 0 514 A 39 515 G 38 516 U 37 517 G 36 518 U 35 519 U 34 520 A 32 521 U 31 522 C 30 523 C 29 524 G 0 525 G 0 526 A 0 527 A 0 528 U 0 529 U 0 530 A 0 531 C 0 532 U 0 533 G 0 534 G 851 535 G 850 536 C 849 537 G 0 538 U 0 539 A 0 540 A 0 541 A 0 542 G 0 543 C 0 544 G 731 545 U 730 546 U 729 547 U 728 548 G 0 549 U 0 550 A 0 551 G 724 552 G 723 553 U 722 554 G 721 555 G 618 556 U 617 557 U 616 558 U 615 559 A 614 560 G 613 561 U 612 562 A 0 563 A 611 564 G 610 565 U 607 566 C 606 567 U 605 568 A 604 569 U 603 570 U 602 571 G 601 572 U 600 573 U 599 574 A 0 575 A 0 576 A 0 577 G 0 578 C 0 579 U 595 580 U 594 581 G 593 582 A 592 583 A 591 584 G 590 585 C 0 586 U 0 587 U 0 588 A 0 589 A 0 590 C 584 591 U 583 592 U 582 593 C 581 594 A 580 595 A 579 596 A 0 597 A 0 598 G 0 599 U 573 600 G 572 601 U 571 602 A 570 603 A 569 604 U 568 605 A 567 606 G 566 607 A 565 608 A 0 609 A 0 610 C 564 611 U 563 612 A 561 613 C 560 614 U 559 615 A 558 616 G 557 617 A 556 618 C 555 619 U 0 620 U 0 621 G 0 622 A 718 623 G 717 624 G 716 625 A 715 626 U 713 627 A 712 628 G 711 629 U 710 630 A 709 631 G 0 632 G 708 633 G 707 634 G 706 635 U 705 636 A 704 637 A 703 638 A 702 639 G 701 640 G 684 641 G 683 642 A 682 643 A 681 644 U 680 645 U 679 646 U 678 647 C 677 648 C 676 649 A 675 650 G 674 651 U 673 652 G 0 653 G 0 654 A 0 655 G 666 656 C 665 657 G 664 658 G 0 659 U 0 660 G 0 661 A 0 662 A 0 663 A 0 664 U 657 665 G 656 666 C 655 667 G 0 668 U 0 669 A 0 670 G 0 671 A 0 672 G 0 673 A 651 674 U 650 675 U 649 676 G 648 677 G 647 678 A 646 679 A 645 680 G 644 681 G 643 682 A 642 683 C 641 684 C 640 685 A 0 686 C 0 687 C 0 688 G 0 689 A 700 690 U 0 691 G 0 692 G 699 693 C 698 694 G 0 695 A 0 696 A 0 697 G 0 698 G 693 699 C 692 700 A 689 701 C 639 702 U 638 703 U 637 704 U 636 705 A 635 706 C 634 707 U 633 708 G 632 709 G 630 710 G 629 711 C 628 712 U 627 713 A 626 714 U 0 715 U 625 716 U 624 717 C 623 718 U 622 719 G 0 720 A 0 721 C 554 722 A 553 723 C 552 724 U 551 725 A 0 726 A 0 727 G 0 728 A 547 729 G 546 730 A 545 731 C 544 732 G 0 733 A 0 734 A 0 735 A 0 736 G 777 737 C 776 738 U 775 739 A 774 740 G 773 741 G 772 742 G 771 743 U 0 744 A 0 745 G 0 746 C 770 747 A 0 748 A 0 749 A 0 750 U 766 751 G 765 752 G 764 753 G 763 754 A 0 755 U 0 756 U 0 757 A 0 758 G 0 759 A 0 760 U 0 761 A 0 762 C 0 763 C 753 764 C 752 765 C 751 766 A 750 767 G 0 768 U 0 769 A 0 770 G 746 771 U 742 772 C 741 773 C 740 774 U 739 775 A 738 776 G 737 777 C 736 778 U 0 779 G 0 780 U 0 781 A 0 782 A 0 783 A 0 784 C 0 785 G 0 786 A 0 787 U 0 788 G 847 789 A 846 790 A 845 791 U 844 792 A 843 793 C 842 794 U 841 795 A 0 796 G 825 797 A 824 798 U 823 799 G 822 800 U 821 801 U 820 802 G 819 803 C 818 804 G 817 805 U 816 806 G 815 807 U 0 808 A 0 809 U 0 810 C 0 811 G 0 812 A 0 813 U 0 814 C 0 815 C 806 816 A 805 817 U 804 818 G 803 819 C 802 820 A 801 821 G 800 822 U 799 823 A 798 824 U 797 825 C 796 826 G 0 827 U 0 828 A 0 829 G 836 830 C 835 831 U 0 832 A 0 833 A 0 834 C 0 835 G 830 836 C 829 837 G 0 838 U 0 839 U 0 840 A 0 841 A 794 842 G 793 843 U 792 844 A 791 845 U 790 846 U 789 847 C 788 848 C 0 849 G 536 850 C 535 851 C 534 852 U 0 853 G 0 854 G 0 855 G 0 856 A 0 857 A 0 858 C 0 859 U 0 860 A 0 861 U 0 862 G 873 863 C 872 864 U 871 865 C 870 866 G 0 867 C 0 868 A 0 869 A 0 870 G 865 871 A 864 872 G 863 873 U 862 874 G 0 875 A 0 876 A 0 877 A 0 878 C 0 879 U 0 880 C 0 881 A 0 882 A 0 883 A 0 884 G 21 885 G 20 886 A 19 887 A 0 888 U 0 889 U 1358 890 G 1357 891 A 1355 892 C 1354 893 G 1353 894 G 0 895 G 1352 896 G 1351 897 A 1350 898 C 1349 899 C 1348 900 C 1347 901 G 1346 902 C 0 903 A 0 904 C 0 905 A 0 906 A 1306 907 G 1305 908 C 1304 909 G 1303 910 U 1302 911 G 1301 912 G 0 913 C 1197 914 A 1196 915 G 1195 916 C 1194 917 A 1193 918 U 1192 919 G 1191 920 U 1190 921 G 1189 922 G 1187 923 U 1186 924 U 0 925 U 0 926 A 0 927 A 0 928 U 943 929 U 942 930 C 941 931 G 940 932 A 0 933 U 0 934 G 0 935 C 0 936 A 0 937 A 0 938 C 0 939 G 0 940 C 931 941 G 930 942 A 929 943 A 928 944 G 0 945 A 0 946 A 0 947 C 0 948 C 0 949 U 0 950 U 0 951 A 0 952 C 1182 953 C 1181 954 A 1180 955 G 1179 956 G 1178 957 G 1177 958 U 1176 959 U 0 960 U 0 961 G 0 962 A 0 963 C 0 964 A 1013 965 U 1012 966 U 1011 967 A 1009 968 U 1008 969 G 1007 970 U 1006 971 A 1005 972 A 0 973 A 0 974 U 991 975 C 990 976 U 989 977 A 988 978 U 987 979 U 986 980 U 985 981 G 0 982 A 0 983 A 0 984 A 0 985 G 980 986 A 979 987 A 978 988 C 977 989 A 976 990 G 975 991 A 974 992 G 0 993 U 1004 994 G 1003 995 C 1002 996 C 1001 997 C 0 998 U 0 999 C 0 1000 G 0 1001 G 996 1002 G 995 1003 A 994 1004 A 993 1005 U 971 1006 A 970 1007 C 969 1008 A 968 1009 U 967 1010 A 0 1011 A 966 1012 A 965 1013 C 964 1014 A 0 1015 G 1171 1016 G 1170 1017 U 0 1018 G 1169 1019 G 1168 1020 U 1167 1021 G 1166 1022 C 0 1023 A 0 1024 U 1165 1025 G 1164 1026 G 1160 1027 C 1159 1028 U 1158 1029 G 1156 1030 U 1155 1031 C 1154 1032 G 1153 1033 U 1152 1034 C 0 1035 A 0 1036 G 1075 1037 C 1074 1038 U 1073 1039 C 1072 1040 G 1071 1041 U 1070 1042 G 1051 1043 U 1050 1044 C 1049 1045 G 0 1046 U 0 1047 G 0 1048 A 0 1049 G 1044 1050 A 1043 1051 U 1042 1052 G 0 1053 U 0 1054 U 1067 1055 G 1066 1056 G 1065 1057 G 1064 1058 U 0 1059 U 0 1060 A 0 1061 A 0 1062 G 0 1063 U 0 1064 C 1057 1065 C 1056 1066 C 1055 1067 G 1054 1068 C 0 1069 A 0 1070 A 1041 1071 C 1040 1072 G 1039 1073 A 1038 1074 G 1037 1075 C 1036 1076 G 0 1077 C 0 1078 A 0 1079 A 0 1080 C 0 1081 C 1148 1082 C 1147 1083 U 1146 1084 U 1145 1085 G 1144 1086 U 1117 1087 U 1116 1088 U 1115 1089 C 1114 1090 U 1113 1091 A 1112 1092 G 1111 1093 U 0 1094 U 1108 1095 G 1107 1096 C 1106 1097 U 1105 1098 U 1104 1099 U 1103 1100 A 0 1101 C 0 1102 A 0 1103 A 1099 1104 A 1098 1105 A 1097 1106 G 1096 1107 G 1095 1108 A 1094 1109 A 0 1110 U 0 1111 C 1092 1112 U 1091 1113 U 1090 1114 G 1089 1115 A 1088 1116 A 1087 1117 G 1086 1118 A 0 1119 C 0 1120 U 0 1121 G 0 1122 C 1136 1123 C 1135 1124 G 1134 1125 G 1133 1126 U 1132 1127 U 0 1128 A 0 1129 U 0 1130 A 0 1131 A 0 1132 A 1126 1133 C 1125 1134 C 1124 1135 G 1123 1136 G 1122 1137 A 0 1138 G 0 1139 G 0 1140 A 0 1141 A 0 1142 G 0 1143 G 0 1144 U 1085 1145 G 1084 1146 A 1083 1147 G 1082 1148 G 1081 1149 A 0 1150 U 0 1151 G 0 1152 A 1033 1153 C 1032 1154 G 1031 1155 U 1030 1156 C 1029 1157 A 0 1158 A 1028 1159 G 1027 1160 U 1026 1161 C 0 1162 A 0 1163 U 0 1164 C 1025 1165 A 1024 1166 U 1021 1167 G 1020 1168 C 1019 1169 C 1018 1170 C 1016 1171 C 1015 1172 U 0 1173 U 0 1174 A 0 1175 U 0 1176 A 958 1177 C 957 1178 C 956 1179 C 955 1180 U 954 1181 G 953 1182 G 952 1183 G 0 1184 C 0 1185 U 0 1186 A 923 1187 C 922 1188 A 0 1189 C 921 1190 A 920 1191 C 919 1192 G 918 1193 U 917 1194 G 916 1195 C 915 1196 U 914 1197 A 913 1198 C 0 1199 A 0 1200 U 0 1201 U 0 1202 G 1257 1203 G 1256 1204 A 1255 1205 U 1254 1206 A 1253 1207 A 1252 1208 G 1251 1209 A 0 1210 C 0 1211 A 0 1212 A 0 1213 A 0 1214 A 1245 1215 A 1244 1216 G 1243 1217 U 0 1218 U 0 1219 G 1238 1220 C 1237 1221 G 0 1222 A 0 1223 A 0 1224 U 1233 1225 U 1232 1226 U 1231 1227 G 0 1228 U 0 1229 G 0 1230 A 0 1231 A 1226 1232 A 1225 1233 A 1224 1234 U 0 1235 A 0 1236 A 0 1237 G 1220 1238 C 1219 1239 U 0 1240 A 0 1241 A 0 1242 U 0 1243 C 1216 1244 U 1215 1245 U 1214 1246 U 0 1247 A 0 1248 A 0 1249 A 0 1250 C 0 1251 U 1208 1252 U 1207 1253 A 1206 1254 U 1205 1255 U 1204 1256 C 1203 1257 C 1202 1258 U 0 1259 A 0 1260 A 0 1261 G 0 1262 U 0 1263 U 0 1264 C 1295 1265 G 1294 1266 G 1293 1267 A 1292 1268 U 1291 1269 U 1290 1270 G 1289 1271 A 1288 1272 A 1287 1273 G 1286 1274 G 1285 1275 C 1284 1276 U 0 1277 G 0 1278 C 0 1279 A 0 1280 A 0 1281 C 0 1282 U 0 1283 C 0 1284 G 1275 1285 C 1274 1286 C 1273 1287 U 1272 1288 U 1271 1289 C 1270 1290 A 1269 1291 U 1268 1292 G 1267 1293 A 1266 1294 A 1265 1295 G 1264 1296 A 0 1297 U 0 1298 G 0 1299 G 0 1300 A 0 1301 A 911 1302 U 910 1303 C 909 1304 G 908 1305 C 907 1306 U 906 1307 A 0 1308 G 0 1309 U 0 1310 A 0 1311 A 1334 1312 U 1333 1313 C 1332 1314 G 1331 1315 C 1330 1316 U 1329 1317 G 1328 1318 G 1327 1319 U 0 1320 C 0 1321 A 0 1322 G 0 1323 C 0 1324 U 0 1325 A 0 1326 U 0 1327 A 1318 1328 C 1317 1329 A 1316 1330 G 1315 1331 C 1314 1332 G 1313 1333 G 1312 1334 U 1311 1335 G 0 1336 A 0 1337 A 0 1338 U 0 1339 C 0 1340 C 0 1341 G 0 1342 U 0 1343 U 0 1344 C 0 1345 C 0 1346 C 901 1347 G 900 1348 G 899 1349 G 898 1350 U 897 1351 C 896 1352 U 895 1353 U 893 1354 G 892 1355 U 891 1356 A 0 1357 C 890 1358 A 889 1359 C 0 1360 A 0 1361 C 0 1362 C 0 1363 G 1464 1364 C 1463 1365 C 0 1366 C 1460 1367 G 1459 1368 U 0 1369 C 1457 1370 A 0 1371 C 1454 1372 A 1453 1373 C 1452 1374 C 1451 1375 A 1450 1376 U 1449 1377 G 1448 1378 G 1447 1379 A 1446 1380 A 1445 1381 G 1444 1382 C 1443 1383 U 1442 1384 G 1441 1385 G 1440 1386 U 1439 1387 U 1438 1388 A 1437 1389 U 1436 1390 A 1435 1391 C 1434 1392 C 1433 1393 C 0 1394 G 0 1395 A 0 1396 A 0 1397 G 1429 1398 U 1428 1399 C 1427 1400 G 1426 1401 U 1425 1402 U 1424 1403 U 0 1404 U 1423 1405 C 1422 1406 U 1421 1407 U 1420 1408 A 0 1409 A 0 1410 C 1418 1411 C 1417 1412 U 0 1413 U 0 1414 U 0 1415 U 0 1416 U 0 1417 G 1411 1418 G 1410 1419 A 0 1420 G 1407 1421 A 1406 1422 G 1405 1423 A 1404 1424 G 1402 1425 G 1401 1426 C 1400 1427 G 1399 1428 C 1398 1429 C 1397 1430 U 0 1431 A 0 1432 A 0 1433 G 1392 1434 G 1391 1435 U 1390 1436 A 1389 1437 A 1388 1438 G 1387 1439 G 1386 1440 C 1385 1441 U 1384 1442 A 1383 1443 G 1382 1444 U 1381 1445 G 1380 1446 A 1379 1447 C 1378 1448 U 1377 1449 G 1376 1450 G 1375 1451 G 1374 1452 G 1373 1453 U 1372 1454 G 1371 1455 A 0 1456 A 0 1457 G 1369 1458 U 0 1459 C 1367 1460 G 1366 1461 U 0 1462 A 0 1463 A 1364 1464 C 1363 1465 A 0 1466 A 0 1467 G 0 1468 G 0 1469 U 1492 1470 A 1491 1471 G 1490 1472 C 1489 1473 C 1488 1474 G 1487 1475 U 1486 1476 A 1485 1477 C 1484 1478 G 1483 1479 G 0 1480 G 0 1481 A 0 1482 A 0 1483 C 1478 1484 G 1477 1485 U 1476 1486 G 1475 1487 C 1474 1488 G 1473 1489 G 1472 1490 C 1471 1491 U 1470 1492 G 1469 1493 G 0 1494 A 0 1495 U 0 1496 C 0 1497 A 0 1498 C 0 1499 C 0 1500 U 0 1501 C 0 1502 C 0 1503 U 0 1504 U 0 1505 A 0