Filename: d.16.a.T.acidophilum.bpseq Organism: Thermoplasma acidophilum Accession Number: AL445067 M38637 Citation and related information available at http://www.rna.icmb.utexas.edu 1 A 0 2 C 0 3 U 0 4 C 20 5 C 19 6 G 18 7 G 17 8 U 16 9 C 0 10 G 0 11 A 0 12 U 860 13 C 859 14 C 858 15 U 0 16 G 8 17 C 7 18 C 6 19 G 5 20 G 4 21 C 0 22 G 494 23 G 493 24 U 492 25 C 491 26 A 490 27 C 489 28 U 488 29 G 487 30 C 486 31 U 485 32 A 0 33 U 382 34 C 381 35 A 380 36 G 379 37 G 378 38 U 377 39 U 376 40 C 375 41 C 374 42 G 340 43 A 0 44 C 0 45 U 0 46 A 0 47 A 0 48 G 338 49 C 337 50 C 336 51 A 0 52 U 335 53 G 334 54 C 333 55 A 0 56 A 0 57 G 80 58 U 79 59 C 78 60 A 0 61 U 0 62 G 77 63 G 76 64 G 75 65 G 74 66 C 73 67 C 72 68 G 0 69 U 0 70 A 0 71 A 0 72 G 67 73 G 66 74 C 65 75 A 64 76 C 63 77 C 62 78 G 59 79 G 58 80 C 57 81 G 0 82 A 0 83 A 0 84 C 0 85 A 0 86 G 0 87 C 293 88 U 292 89 C 291 90 A 0 91 G 0 92 U 0 93 A 0 94 A 0 95 C 0 96 A 218 97 C 217 98 G 216 99 U 215 100 G 214 101 G 213 102 A 212 103 U 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