Filename: d.16.b.M.mycoides.bpseq Organism: Mycoplasma mycoides Accession Number: M23943 Citation and related information available at http://www.rna.icmb.utexas.edu 1 U 0 2 U 0 3 A 0 4 A 0 5 A 0 6 A 0 7 U 0 8 G 0 9 A 0 10 G 26 11 A 25 12 G 24 13 U 23 14 U 22 15 U 0 16 G 0 17 A 0 18 U 905 19 C 904 20 C 903 21 U 0 22 G 14 23 G 13 24 C 12 25 U 11 26 C 10 27 A 0 28 G 551 29 G 550 30 A 549 31 U 548 32 N 0 33 A 547 34 A 546 35 C 545 36 G 544 37 C 543 38 U 542 39 G 0 40 G 398 41 C 397 42 G 396 43 G 395 44 C 394 45 A 393 46 U 391 47 G 390 48 C 356 49 C 0 50 U 0 51 A 0 52 A 0 53 U 354 54 A 353 55 C 352 56 A 0 57 U 351 58 G 350 59 C 349 60 A 0 61 A 0 62 G 91 63 U 90 64 C 89 65 G 0 66 A 0 67 A 88 68 C 87 69 G 86 70 G 85 71 A 84 72 G 83 73 G 82 74 U 81 75 G 80 76 C 0 77 U 0 78 U 0 79 G 0 80 C 75 81 A 74 82 C 73 83 C 72 84 U 71 85 C 70 86 A 69 87 G 68 88 U 67 89 G 64 90 G 63 91 C 62 92 G 0 93 A 0 94 A 0 95 C 0 96 G 0 97 G 0 98 G 309 99 U 308 100 G 307 101 A 0 102 G 0 103 U 0 104 A 0 105 A 0 106 C 0 107 A 234 108 C 233 109 G 232 110 U 231 111 A 230 112 U 229 113 C 228 114 U 227 115 A 0 116 A 0 117 C 226 118 C 225 119 U 0 120 A 0 121 C 0 122 C 222 123 U 221 124 N 220 125 A 219 126 U 218 127 A 217 128 G 216 129 C 0 130 G 164 131 G 163 132 G 162 133 G 161 134 G 0 135 A 0 136 U 0 137 A 0 138 A 155 139 C 154 140 U 153 141 U 152 142 U 151 143 U 150 144 G 149 145 G 0 146 A 0 147 A 0 148 A 0 149 C 144 150 G 143 151 A 142 152 A 141 153 A 140 154 G 139 155 A 138 156 U 0 157 A 0 158 A 0 159 U 0 160 A 0 161 C 133 162 C 132 163 G 131 164 C 130 165 A 0 166 U 0 167 G 0 168 U 0 169 A 0 170 G 196 171 A 195 172 U 194 173 C 193 174 U 192 175 U 191 176 A 190 177 U 189 178 U 188 179 A 0 180 U 187 181 C 186 182 G 0 183 C 0 184 A 0 185 U 0 186 G 181 187 A 180 188 G 178 189 A 177 190 A 176 191 A 175 192 A 174 193 G 173 194 A 172 195 U 171 196 C 170 197 A 0 198 A 0 199 A 0 200 A 0 201 G 214 202 A 213 203 A 212 204 C 211 205 C 210 206 G 0 207 U 0 208 U 0 209 U 0 210 G 205 211 G 204 212 U 203 213 U 202 214 C 201 215 A 0 216 C 128 217 U 127 218 A 126 219 U 125 220 G 124 221 A 123 222 G 122 223 A 0 224 U 0 225 G 118 226 G 117 227 G 114 228 G 113 229 A 112 230 U 111 231 G 110 232 C 109 233 G 108 234 G 107 235 C 281 236 G 280 237 U 279 238 A 0 239 U 0 240 U 278 241 A 0 242 G 272 243 C 271 244 U 270 245 A 0 246 G 0 247 U 269 248 A 268 249 G 267 250 G 266 251 U 265 252 G 264 253 A 263 254 G 262 255 A 0 256 U 0 257 A 0 258 A 0 259 U 0 260 A 0 261 G 0 262 C 254 263 C 253 264 C 252 265 A 251 266 C 250 267 C 249 268 U 248 269 A 247 270 G 244 271 G 243 272 C 242 273 G 0 274 A 0 275 U 0 276 G 0 277 A 0 278 U 240 279 A 237 280 C 236 281 G 235 282 U 0 283 A 0 284 G 306 285 C 305 286 C 304 287 G 303 288 A 299 289 A 298 290 C 297 291 U 296 292 G 0 293 A 0 294 G 0 295 A 0 296 G 291 297 G 290 298 U 289 299 U 288 300 G 0 301 A 0 302 U 0 303 C 287 304 G 286 305 G 285 306 C 284 307 C 100 308 A 99 309 C 98 310 A 0 311 U 332 312 U 331 313 G 330 314 G 329 315 G 328 316 A 327 317 C 0 318 U 0 319 G 0 320 A 0 321 G 0 322 A 0 323 U 0 324 A 0 325 C 0 326 G 0 327 G 316 328 C 315 329 C 314 330 C 313 331 A 312 332 G 311 333 A 0 334 C 345 335 U 344 336 N 343 337 N 342 338 U 0 339 A 0 340 C 0 341 G 0 342 G 337 343 G 336 344 A 335 345 G 334 346 G 0 347 C 0 348 A 0 349 G 59 350 C 58 351 A 57 352 G 55 353 U 54 354 A 53 355 G 0 356 G 48 357 G 0 358 A 0 359 A 0 360 U 0 361 U 0 362 U 388 363 U 0 364 U 387 365 C 386 366 A 385 367 C 0 368 A 0 369 A 0 370 U 383 371 G 382 372 G 381 373 A 380 374 C 379 375 G 0 376 A 0 377 A 0 378 A 0 379 G 374 380 U 373 381 C 372 382 U 371 383 G 370 384 A 0 385 U 366 386 G 365 387 A 364 388 A 362 389 G 0 390 C 47 391 A 46 392 A 0 393 U 45 394 G 44 395 C 43 396 C 42 397 G 41 398 C 40 399 G 0 400 U 0 401 G 431 402 A 430 403 G 429 404 U 428 405 G 0 406 A 0 407 U 0 408 G 0 409 A 0 410 C 0 411 G 422 412 G 421 413 C 420 414 C 419 415 U 0 416 U 0 417 C 0 418 G 0 419 G 414 420 G 413 421 U 412 422 U 411 423 G 0 424 U 0 425 A 0 426 A 0 427 A 0 428 G 404 429 C 403 430 U 402 431 C 401 432 U 0 433 G 491 434 U 0 435 U 492 436 G 488 437 U 487 438 A 486 439 A 485 440 G 484 441 G 483 442 G 0 443 A 0 444 A 0 445 G 478 446 A 0 447 A 0 448 A 0 449 A 0 450 A 0 451 A 472 452 U 471 453 A 470 454 A 469 455 A 468 456 G 467 457 U 466 458 A 0 459 G 0 460 G 0 461 A 0 462 A 0 463 A 0 464 U 0 465 G 0 466 A 457 467 C 456 468 U 455 469 U 454 470 U 453 471 A 452 472 U 451 473 C 0 474 U 0 475 U 0 476 G 0 477 A 0 478 C 445 479 A 0 480 G 0 481 U 0 482 A 0 483 C 441 484 C 440 485 U 439 486 U 438 487 A 437 488 C 436 489 C 0 490 A 0 491 G 433 492 A 435 493 A 0 494 A 0 495 G 540 496 C 539 497 C 538 498 A 537 499 C 536 500 G 521 501 G 520 502 C 519 503 U 0 504 A 0 505 A 0 506 C 535 507 U 534 508 A 533 509 U 532 510 G 531 511 U 0 512 G 0 513 C 0 514 C 0 515 A 0 516 G 523 517 C 522 518 A 0 519 G 502 520 C 501 521 C 500 522 G 517 523 C 516 524 G 0 525 G 0 526 U 0 527 A 0 528 A 0 529 U 0 530 A 0 531 C 510 532 A 509 533 U 508 534 A 507 535 G 506 536 G 499 537 U 498 538 G 497 539 G 496 540 C 495 541 A 0 542 A 38 543 G 37 544 C 36 545 G 35 546 U 34 547 U 33 548 A 31 549 U 30 550 C 29 551 C 28 552 G 0 553 G 0 554 A 0 555 U 0 556 U 0 557 U 0 558 A 0 559 U 0 560 U 0 561 G 0 562 G 870 563 G 869 564 C 868 565 G 853 566 U 852 567 A 0 568 U 0 569 A 0 570 G 867 571 G 0 572 G 758 573 U 757 574 G 756 575 C 755 576 G 0 577 U 752 578 A 0 579 G 751 580 G 750 581 C 749 582 G 0 583 G 645 584 U 644 585 U 643 586 U 642 587 U 641 588 G 640 589 C 639 590 A 0 591 A 638 592 G 637 593 U 634 594 U 633 595 U 632 596 G 631 597 A 630 598 G 629 599 G 628 600 U 627 601 U 0 602 A 0 603 A 0 604 A 0 605 G 0 606 U 0 607 C 623 608 Y 622 609 G 621 610 G 620 611 A 619 612 G 618 613 C 0 614 U 0 615 C 0 616 A 0 617 A 0 618 C 612 619 U 611 620 C 610 621 C 609 622 G 608 623 G 607 624 U 0 625 U 0 626 C 0 627 G 600 628 C 599 629 C 598 630 U 597 631 U 596 632 G 595 633 A 594 634 A 593 635 A 0 636 A 0 637 C 592 638 U 591 639 G 589 640 U 588 641 A 587 642 U 586 643 U 585 644 A 584 645 C 583 646 U 0 647 A 0 648 G 0 649 A 745 650 A 744 651 U 743 652 G 741 653 C 740 654 A 739 655 A 738 656 G 737 657 A 736 658 G 0 659 A 0 660 G 734 661 G 733 662 U 732 663 A 731 664 A 730 665 G 729 666 C 728 667 G 711 668 G 710 669 A 0 670 A 0 671 U 707 672 U 706 673 C 705 674 C 704 675 A 703 676 U 702 677 G 701 678 U 700 679 G 0 680 U 0 681 A 0 682 G 693 683 C 692 684 G 691 685 G 0 686 U 0 687 G 0 688 A 0 689 A 0 690 A 0 691 U 684 692 G 683 693 C 682 694 G 0 695 U 0 696 A 0 697 G 0 698 A 0 699 U 0 700 A 678 701 U 677 702 A 676 703 U 675 704 G 674 705 G 673 706 A 672 707 A 671 708 G 0 709 A 0 710 A 668 711 C 667 712 A 0 713 C 0 714 C 0 715 U 0 716 G 727 717 U 0 718 G 0 719 G 726 720 C 725 721 G 0 722 A 0 723 A 0 724 A 0 725 G 720 726 C 719 727 G 716 728 G 666 729 C 665 730 U 664 731 U 663 732 A 662 733 C 661 734 U 660 735 G 0 736 G 657 737 C 656 738 U 655 739 U 654 740 G 653 741 U 652 742 U 0 743 A 651 744 U 650 745 U 649 746 G 0 747 A 0 748 C 0 749 G 581 750 C 580 751 U 579 752 G 577 753 A 0 754 G 0 755 G 575 756 C 574 757 A 573 758 C 572 759 G 0 760 A 0 761 A 0 762 A 0 763 G 804 764 C 803 765 N 802 766 U 801 767 G 800 768 G 799 769 G 0 770 G 0 771 A 0 772 G 798 773 C 797 774 A 0 775 A 0 776 A 0 777 U 793 778 A 792 779 G 791 780 G 790 781 A 0 782 U 0 783 U 0 784 A 0 785 G 0 786 A 0 787 U 0 788 A 0 789 C 0 790 C 780 791 C 779 792 U 778 793 A 777 794 G 0 795 U 0 796 A 0 797 G 773 798 U 772 799 C 768 800 C 767 801 A 766 802 C 765 803 G 764 804 C 763 805 C 0 806 G 0 807 U 0 808 A 0 809 A 0 810 A 0 811 C 0 812 G 0 813 A 0 814 U 0 815 G 866 816 A 865 817 G 864 818 U 863 819 A 862 820 C 861 821 U 0 822 A 0 823 A 844 824 G 843 825 U 842 826 G 841 827 U 840 828 U 839 829 G 838 830 G 837 831 G 836 832 G 0 833 U 0 834 A 0 835 A 0 836 C 831 837 U 830 838 C 829 839 A 828 840 G 827 841 C 826 842 G 825 843 C 824 844 U 823 845 G 0 846 C 0 847 A 0 848 G 855 849 C 854 850 U 0 851 A 0 852 A 566 853 C 565 854 G 849 855 C 848 856 A 0 857 U 0 858 U 0 859 A 0 860 A 0 861 G 820 862 U 819 863 A 818 864 C 817 865 U 816 866 C 815 867 C 570 868 G 564 869 C 563 870 C 562 871 U 0 872 G 899 873 A 898 874 G 897 875 U 0 876 A 0 877 G 0 878 U 0 879 A 0 880 U 0 881 G 892 882 C 891 883 U 890 884 C 889 885 G 0 886 C 0 887 A 0 888 A 0 889 G 884 890 A 883 891 G 882 892 C 881 893 N 0 894 N 0 895 N 0 896 N 0 897 N 874 898 N 873 899 N 872 900 N 0 901 N 0 902 N 0 903 N 20 904 N 19 905 N 18 906 N 0 907 N 0 908 N 1378 909 N 1377 910 N 1375 911 N 1374 912 N 1373 913 N 0 914 N 1372 915 N 1371 916 N 1370 917 N 1369 918 N 1368 919 N 1367 920 N 1366 921 N 0 922 N 1362 923 N 1361 924 N 0 925 N 0 926 N 1325 927 N 1324 928 N 1323 929 N 1322 930 N 1321 931 N 1218 932 N 1217 933 N 1216 934 N 1215 935 N 1214 936 N 1213 937 N 1212 938 N 1211 939 N 1210 940 N 1209 941 N 1207 942 N 1206 943 N 0 944 N 0 945 N 0 946 N 0 947 N 962 948 N 961 949 N 960 950 N 959 951 N 0 952 N 0 953 N 0 954 N 0 955 N 0 956 A 0 957 C 0 958 A 0 959 C 950 960 G 949 961 A 948 962 A 947 963 G 0 964 A 0 965 A 0 966 C 0 967 C 0 968 U 0 969 U 0 970 A 0 971 C 1202 972 C 1201 973 A 1200 974 G 1199 975 G 1198 976 G 1197 977 C 1196 978 U 0 979 U 0 980 G 0 981 A 0 982 C 0 983 A 1028 984 U 1027 985 C 1026 986 C 1024 987 A 1023 988 G 1022 989 U 1021 990 G 1020 991 C 0 992 A 0 993 A 0 994 A 1011 995 G 1010 996 C 1009 997 U 1008 998 A 1007 999 U 1006 1000 A 1005 1001 G 0 1002 A 0 1003 G 0 1004 A 0 1005 U 1000 1006 A 999 1007 U 998 1008 A 997 1009 G 996 1010 U 995 1011 A 994 1012 G 0 1013 A 0 1014 G 0 1015 G 0 1016 U 0 1017 U 0 1018 A 0 1019 A 0 1020 C 990 1021 A 989 1022 U 988 1023 U 987 1024 G 986 1025 A 0 1026 G 985 1027 A 984 1028 C 983 1029 A 0 1030 G 1191 1031 G 1190 1032 U 0 1033 G 1189 1034 G 1188 1035 U 1187 1036 N 1186 1037 C 0 1038 A 0 1039 U 1185 1040 G 1184 1041 G 1180 1042 U 1179 1043 U 1178 1044 G 1176 1045 U 1175 1046 C 1174 1047 G 1173 1048 U 0 1049 C 0 1050 A 0 1051 G 1090 1052 U 1089 1053 U 1088 1054 C 1087 1055 G 1086 1056 U 1085 1057 G 1066 1058 C 1065 1059 C 1064 1060 G 0 1061 U 0 1062 G 0 1063 A 0 1064 G 1059 1065 G 1058 1066 U 1057 1067 G 0 1068 U 0 1069 U 1082 1070 G 1081 1071 G 1080 1072 G 1079 1073 U 0 1074 U 0 1075 A 0 1076 A 0 1077 G 0 1078 U 0 1079 C 1072 1080 C 1071 1081 C 1070 1082 G 1069 1083 C 0 1084 A 0 1085 A 1056 1086 C 1055 1087 G 1054 1088 A 1053 1089 A 1052 1090 C 1051 1091 G 0 1092 C 0 1093 A 0 1094 A 0 1095 C 0 1096 C 1168 1097 C 1167 1098 U 1166 1099 U 1165 1100 G 0 1101 U 1137 1102 C 1136 1103 G 1135 1104 U 1134 1105 U 1133 1106 A 1132 1107 G 1131 1108 U 0 1109 U 0 1110 A 0 1111 C 1126 1112 U 1125 1113 A 0 1114 A 0 1115 C 1124 1116 A 1123 1117 U 0 1118 U 0 1119 A 0 1120 A 0 1121 G 0 1122 U 0 1123 U 1116 1124 G 1115 1125 A 1112 1126 G 1111 1127 A 0 1128 A 0 1129 C 0 1130 U 0 1131 C 1107 1132 U 1106 1133 A 1105 1134 A 1104 1135 C 1103 1136 G 1102 1137 A 1101 1138 G 0 1139 A 0 1140 C 1159 1141 U 1158 1142 G 1157 1143 C 1156 1144 U 1155 1145 A 1154 1146 G 1153 1147 U 1152 1148 G 0 1149 U 0 1150 A 0 1151 A 0 1152 G 1147 1153 C 1146 1154 U 1145 1155 A 1144 1156 G 1143 1157 A 1142 1158 G 1141 1159 G 1140 1160 A 0 1161 A 0 1162 G 0 1163 G 0 1164 U 0 1165 G 1099 1166 G 1098 1167 G 1097 1168 G 1096 1169 N 0 1170 U 0 1171 G 0 1172 A 0 1173 C 1047 1174 G 1046 1175 U 1045 1176 C 1044 1177 A 0 1178 A 1043 1179 A 1042 1180 U 1041 1181 C 0 1182 A 0 1183 U 0 1184 C 1040 1185 A 1039 1186 U 1036 1187 G 1035 1188 C 1034 1189 C 1033 1190 C 1031 1191 C 1030 1192 U 0 1193 U 0 1194 A 0 1195 U 0 1196 G 977 1197 U 976 1198 C 975 1199 C 974 1200 U 973 1201 G 972 1202 G 971 1203 G 0 1204 C 0 1205 U 0 1206 A 942 1207 C 941 1208 A 0 1209 C 940 1210 A 939 1211 C 938 1212 G 937 1213 U 936 1214 G 935 1215 C 934 1216 U 933 1217 A 932 1218 C 931 1219 A 0 1220 A 0 1221 U 0 1222 G 1277 1223 G 1276 1224 C 1275 1225 U 1274 1226 G 1273 1227 G 1272 1228 U 1271 1229 A 0 1230 C 0 1231 A 0 1232 A 0 1233 A 0 1234 G 1265 1235 A 1264 1236 G 1263 1237 U 0 1238 U 0 1239 G 1258 1240 C 1257 1241 A 0 1242 A 0 1243 U 0 1244 C 1253 1245 C 1252 1246 U 1251 1247 G 0 1248 U 0 1249 G 0 1250 A 0 1251 A 1246 1252 G 1245 1253 G 1244 1254 G 0 1255 G 0 1256 A 0 1257 G 1240 1258 C 1239 1259 U 0 1260 A 0 1261 A 0 1262 U 0 1263 C 1236 1264 U 1235 1265 C 1234 1266 A 0 1267 A 0 1268 A 0 1269 A 0 1270 A 0 1271 A 1228 1272 C 1227 1273 C 1226 1274 A 1225 1275 G 1224 1276 U 1223 1277 C 1222 1278 U 0 1279 C 0 1280 A 0 1281 G 0 1282 U 0 1283 U 0 1284 C 1315 1285 G 0 1286 G 0 1287 A 0 1288 U 1311 1289 U 1310 1290 G 1309 1291 A 1308 1292 A 1307 1293 G 1306 1294 U 1305 1295 C 1304 1296 U 0 1297 G 0 1298 C 0 1299 A 0 1300 A 0 1301 C 0 1302 U 0 1303 C 0 1304 G 1295 1305 A 1294 1306 C 1293 1307 U 1292 1308 U 1291 1309 C 1290 1310 A 1289 1311 U 1288 1312 G 0 1313 A 0 1314 A 0 1315 G 1284 1316 C 0 1317 C 0 1318 G 0 1319 G 0 1320 A 0 1321 A 930 1322 U 929 1323 C 928 1324 A 927 1325 C 926 1326 U 0 1327 A 0 1328 G 0 1329 U 0 1330 A 0 1331 A 1354 1332 U 1353 1333 C 1352 1334 G 1351 1335 C 1350 1336 G 1349 1337 A 1348 1338 A 1347 1339 U 0 1340 C 0 1341 A 0 1342 G 0 1343 C 0 1344 U 0 1345 A 0 1346 U 0 1347 G 1338 1348 U 1337 1349 C 1336 1350 G 1335 1351 C 1334 1352 G 1333 1353 G 1332 1354 U 1331 1355 G 0 1356 A 0 1357 A 0 1358 U 0 1359 A 0 1360 C 0 1361 G 923 1362 U 922 1363 U 0 1364 C 0 1365 U 0 1366 C 920 1367 G 919 1368 G 918 1369 G 917 1370 U 916 1371 C 915 1372 U 914 1373 U 912 1374 G 911 1375 U 910 1376 A 0 1377 C 909 1378 A 908 1379 C 0 1380 A 0 1381 C 1486 1382 C 0 1383 G 1483 1384 C 1482 1385 C 0 1386 C 1479 1387 G 1478 1388 U 0 1389 C 1476 1390 A 0 1391 C 1473 1392 A 1472 1393 C 1471 1394 C 1470 1395 A 1469 1396 U 1468 1397 G 1467 1398 A 1466 1399 G 0 1400 A 0 1401 G 1463 1402 U 1462 1403 U 1461 1404 G 1460 1405 G 1459 1406 U 1458 1407 A 0 1408 A 0 1409 U 1455 1410 A 1454 1411 C 1453 1412 C 1452 1413 A 0 1414 G 0 1415 A 0 1416 A 0 1417 G 1448 1418 U 1447 1419 A 1446 1420 G 1445 1421 G 1444 1422 U 1443 1423 A 0 1424 G 1442 1425 C 1441 1426 U 1440 1427 U 1439 1428 A 0 1429 A 0 1430 C 1437 1431 C 1436 1432 G 0 1433 U 0 1434 U 0 1435 U 0 1436 G 1431 1437 G 1430 1438 A 0 1439 G 1427 1440 A 1426 1441 G 1425 1442 C 1424 1443 G 1422 1444 C 1421 1445 U 1420 1446 U 1419 1447 C 1418 1448 C 1417 1449 C 0 1450 A 0 1451 A 0 1452 G 1412 1453 G 1411 1454 U 1410 1455 A 1409 1456 G 0 1457 G 0 1458 A 1406 1459 C 1405 1460 U 1404 1461 A 1403 1462 G 1402 1463 C 1401 1464 A 0 1465 A 0 1466 N 1398 1467 U 1397 1468 G 1396 1469 G 1395 1470 G 1394 1471 G 1393 1472 N 1392 1473 N 1391 1474 N 0 1475 N 0 1476 N 1389 1477 N 0 1478 N 1387 1479 N 1386 1480 N 0 1481 N 0 1482 N 1384 1483 N 1383 1484 N 0 1485 N 0 1486 N 1381 1487 N 0 1488 N 1511 1489 N 1510 1490 N 1509 1491 N 1508 1492 N 1507 1493 N 1506 1494 N 1505 1495 N 1504 1496 N 1503 1497 N 1502 1498 N 0 1499 N 0 1500 N 0 1501 N 0 1502 N 1497 1503 N 1496 1504 N 1495 1505 N 1494 1506 N 1493 1507 N 1492 1508 N 1491 1509 N 1490 1510 N 1489 1511 N 1488 1512 N 0 1513 N 0 1514 N 0 1515 N 0 1516 N 0 1517 N 0 1518 N 0 1519 N 0 1520 N 0 1521 N 0 1522 N 0 1523 N 0 1524 N 0