Filename: d.16.b.P.staleyi.bpseq Organism: Pirellula staleyi Accession Number: M34126 Citation and related information available at http://www.rna.icmb.utexas.edu 1 C 0 2 A 0 3 A 0 4 U 0 5 U 0 6 G 0 7 A 0 8 A 0 9 G 25 10 A 24 11 G 23 12 U 22 13 U 21 14 U 0 15 G 0 16 A 0 17 U 894 18 C 893 19 C 892 20 U 0 21 G 13 22 G 12 23 C 11 24 U 10 25 C 9 26 A 0 27 G 533 28 A 532 29 A 531 30 U 530 31 G 0 32 A 529 33 A 528 34 C 527 35 G 526 36 U 525 37 U 524 38 G 0 39 G 382 40 C 381 41 G 380 42 G 379 43 C 378 44 A 377 45 U 375 46 G 374 47 G 340 48 A 0 49 U 0 50 U 0 51 A 0 52 G 338 53 G 337 54 C 336 55 A 0 56 U 335 57 G 334 58 C 333 59 A 0 60 A 0 61 G 96 62 U 95 63 C 94 64 G 0 65 U 0 66 G 93 67 C 92 68 G 91 69 C 90 70 G 89 71 A 88 72 U 87 73 A 86 74 U 85 75 G 84 76 U 83 77 A 82 78 G 0 79 C 0 80 A 0 81 A 0 82 U 77 83 A 76 84 C 75 85 A 74 86 U 73 87 G 72 88 G 71 89 A 70 90 G 69 91 A 68 92 G 67 93 C 66 94 G 63 95 G 62 96 C 61 97 G 0 98 A 0 99 A 0 100 A 0 101 G 0 102 G 0 103 G 293 104 A 292 105 G 291 106 A 0 107 G 0 108 U 0 109 A 0 110 A 0 111 U 0 112 A 218 113 C 217 114 G 216 115 U 215 116 A 214 117 G 213 118 G 212 119 A 211 120 A 0 121 C 210 122 C 209 123 U 0 124 A 0 125 C 0 126 C 206 127 U 205 128 U 204 129 C 203 130 G 202 131 G 201 132 G 200 133 U 0 134 C 168 135 U 167 136 G 166 137 G 165 138 G 0 139 A 0 140 U 0 141 A 0 142 G 159 143 C 158 144 G 157 145 G 156 146 C 155 147 G 154 148 G 153 149 G 0 150 A 0 151 A 0 152 A 0 153 C 148 154 U 147 155 G 146 156 C 145 157 C 144 158 G 143 159 G 142 160 U 0 161 A 0 162 A 0 163 U 0 164 A 0 165 C 137 166 C 136 167 A 135 168 G 134 169 A 0 170 U 0 171 G 0 172 A 0 173 U 0 174 G 183 175 U 182 176 U 181 177 U 0 178 C 0 179 C 0 180 G 0 181 A 176 182 A 175 183 C 174 184 C 0 185 A 0 186 A 0 187 A 0 188 G 198 189 G 197 190 U 0 191 G 0 192 U 0 193 G 0 194 A 0 195 U 0 196 U 0 197 C 189 198 C 188 199 G 0 200 C 132 201 C 131 202 U 130 203 G 129 204 A 128 205 A 127 206 G 126 207 A 0 208 G 0 209 G 122 210 G 121 211 G 119 212 C 118 213 C 117 214 U 116 215 A 115 216 C 114 217 G 113 218 U 112 219 C 265 220 G 264 221 U 263 222 A 0 223 U 0 224 U 262 225 A 0 226 G 256 227 C 255 228 U 254 229 A 0 230 G 0 231 U 253 232 U 252 233 G 251 234 G 250 235 U 249 236 A 248 237 G 247 238 G 246 239 G 0 240 U 0 241 A 0 242 A 0 243 U 0 244 G 0 245 G 0 246 C 238 247 C 237 248 U 236 249 A 235 250 C 234 251 C 233 252 A 232 253 A 231 254 G 228 255 G 227 256 C 226 257 A 0 258 A 0 259 A 0 260 G 0 261 A 0 262 U 224 263 G 221 264 C 220 265 G 219 266 U 0 267 A 0 268 U 290 269 G 289 270 G 288 271 G 287 272 G 283 273 U 282 274 G 281 275 U 280 276 G 0 277 A 0 278 G 0 279 A 0 280 G 275 281 C 274 282 A 273 283 U 272 284 G 0 285 C 0 286 C 0 287 C 271 288 C 270 289 C 269 290 A 268 291 C 105 292 U 104 293 C 103 294 A 0 295 C 316 296 U 315 297 G 314 298 G 313 299 G 312 300 A 311 301 C 0 302 U 0 303 G 0 304 A 0 305 G 0 306 A 0 307 C 0 308 A 0 309 C 0 310 U 0 311 G 300 312 C 299 313 C 298 314 C 297 315 A 296 316 G 295 317 A 0 318 C 329 319 A 328 320 C 327 321 C 326 322 U 0 323 A 0 324 C 0 325 G 0 326 G 321 327 G 320 328 U 319 329 G 318 330 G 0 331 C 0 332 U 0 333 G 58 334 C 57 335 A 56 336 G 54 337 U 53 338 C 52 339 G 0 340 A 47 341 G 0 342 A 0 343 A 0 344 U 0 345 C 0 346 U 372 347 U 0 348 C 371 349 G 370 350 G 369 351 C 0 352 A 0 353 A 0 354 U 367 355 G 366 356 G 365 357 G 364 358 C 363 359 G 0 360 A 0 361 A 0 362 A 0 363 G 358 364 C 357 365 C 356 366 U 355 367 G 354 368 A 0 369 C 350 370 C 349 371 G 348 372 A 346 373 G 0 374 C 46 375 G 45 376 A 0 377 U 44 378 G 43 379 C 42 380 C 41 381 G 40 382 C 39 383 G 0 384 U 0 385 G 415 386 C 414 387 G 413 388 G 412 389 G 0 390 A 0 391 U 0 392 G 0 393 A 0 394 A 0 395 G 406 396 G 405 397 C 404 398 C 403 399 U 0 400 U 0 401 C 0 402 G 0 403 G 398 404 G 397 405 U 396 406 U 395 407 G 0 408 U 0 409 A 0 410 A 0 411 A 0 412 C 388 413 C 387 414 G 386 415 C 385 416 U 0 417 G 473 418 U 0 419 C 474 420 G 470 421 U 469 422 A 468 423 G 0 424 G 467 425 G 466 426 G 0 427 A 0 428 U 0 429 G 461 430 A 0 431 A 0 432 G 0 433 U 0 434 G 0 435 C 454 436 U 453 437 A 452 438 G 451 439 G 450 440 G 449 441 G 448 442 G 447 443 U 0 444 U 0 445 C 0 446 U 0 447 C 442 448 C 441 449 C 440 450 U 439 451 C 438 452 U 437 453 A 436 454 G 435 455 U 0 456 U 0 457 U 0 458 G 0 459 A 0 460 G 0 461 C 429 462 U 0 463 G 0 464 A 0 465 A 0 466 C 425 467 C 424 468 U 422 469 A 421 470 G 420 471 G 0 472 A 0 473 G 417 474 G 419 475 A 0 476 A 0 477 G 522 478 G 521 479 G 520 480 C 519 481 C 518 482 G 503 483 G 502 484 C 501 485 U 0 486 A 0 487 A 0 488 U 517 489 C 516 490 U 515 491 C 514 492 G 513 493 U 0 494 G 0 495 C 0 496 C 0 497 A 0 498 N 505 499 N 504 500 A 0 501 G 484 502 C 483 503 C 482 504 G 499 505 C 498 506 G 0 507 G 0 508 U 0 509 A 0 510 A 0 511 U 0 512 A 0 513 C 492 514 G 491 515 A 490 516 G 489 517 A 488 518 G 481 519 G 480 520 C 479 521 C 478 522 C 477 523 A 0 524 A 37 525 A 36 526 C 35 527 G 34 528 U 33 529 U 32 530 A 30 531 U 29 532 U 28 533 C 27 534 G 0 535 G 0 536 A 0 537 U 0 538 U 0 539 U 0 540 A 0 541 C 0 542 U 0 543 G 0 544 G 859 545 G 858 546 C 857 547 U 842 548 U 841 549 A 0 550 A 0 551 A 0 552 G 856 553 A 0 554 G 741 555 U 740 556 U 739 557 C 738 558 G 0 559 U 735 560 A 0 561 G 734 562 G 733 563 C 732 564 G 0 565 G 628 566 U 627 567 C 626 568 U 625 569 U 624 570 G 623 571 U 622 572 A 0 573 A 621 574 G 620 575 U 617 576 G 616 577 G 615 578 G 614 579 G 613 580 U 612 581 G 611 582 U 610 583 G 609 584 A 0 585 A 0 586 A 0 587 U 0 588 C 606 589 C 605 590 C 604 591 U 603 592 C 602 593 G 601 594 G 600 595 C 0 596 U 0 597 C 0 598 A 0 599 A 0 600 C 594 601 C 593 602 G 592 603 A 591 604 G 590 605 G 589 606 A 588 607 A 0 608 C 0 609 U 583 610 G 582 611 C 581 612 G 580 613 C 579 614 U 578 615 C 577 616 C 576 617 A 575 618 A 0 619 A 0 620 C 574 621 U 573 622 A 571 623 C 570 624 A 569 625 A 568 626 G 567 627 A 566 628 C 565 629 U 0 630 U 0 631 G 0 632 A 728 633 G 727 634 G 726 635 G 725 636 G 723 637 G 722 638 A 721 639 U 720 640 A 719 641 G 0 642 A 0 643 G 717 644 G 716 645 U 715 646 A 714 647 A 713 648 G 712 649 C 711 650 G 694 651 G 693 652 A 0 653 A 0 654 C 690 655 U 689 656 G 688 657 A 687 658 U 686 659 G 685 660 G 684 661 U 683 662 G 0 663 G 0 664 A 0 665 G 676 666 C 675 667 G 674 668 G 0 669 U 0 670 G 0 671 A 0 672 A 0 673 A 0 674 U 667 675 G 666 676 C 665 677 G 0 678 U 0 679 U 0 680 G 0 681 A 0 682 U 0 683 A 661 684 U 660 685 C 659 686 A 658 687 U 657 688 C 656 689 A 655 690 G 654 691 G 0 692 A 0 693 A 651 694 C 650 695 A 0 696 C 0 697 C 0 698 G 0 699 G 710 700 A 0 701 G 0 702 G 709 703 C 708 704 G 0 705 A 0 706 A 0 707 G 0 708 G 703 709 C 702 710 G 699 711 G 649 712 C 648 713 U 647 714 U 646 715 A 645 716 C 644 717 U 643 718 G 0 719 G 640 720 G 639 721 U 638 722 C 637 723 C 636 724 U 0 725 U 635 726 U 634 727 C 633 728 U 632 729 G 0 730 A 0 731 C 0 732 G 563 733 C 562 734 U 561 735 G 559 736 A 0 737 G 0 738 G 557 739 A 556 740 A 555 741 C 554 742 G 0 743 A 0 744 A 0 745 A 0 746 G 787 747 C 786 748 U 785 749 A 784 750 G 783 751 G 782 752 G 0 753 G 0 754 A 0 755 G 781 756 C 780 757 A 0 758 A 0 759 A 0 760 C 776 761 G 775 762 G 774 763 G 773 764 A 0 765 U 0 766 U 0 767 A 0 768 G 0 769 A 0 770 U 0 771 A 0 772 C 0 773 C 763 774 C 762 775 C 761 776 G 760 777 G 0 778 U 0 779 A 0 780 G 756 781 U 755 782 C 751 783 C 750 784 U 749 785 A 748 786 G 747 787 C 746 788 C 0 789 G 0 790 U 0 791 A 0 792 A 0 793 A 0 794 C 0 795 G 0 796 A 0 797 U 0 798 G 855 799 A 854 800 G 853 801 C 852 802 A 851 803 C 850 804 U 0 805 G 0 806 G 833 807 A 832 808 C 831 809 C 830 810 G 829 811 G 828 812 A 827 813 G 826 814 C 825 815 U 824 816 C 823 817 U 822 818 G 0 819 C 0 820 A 0 821 C 0 822 A 817 823 G 816 824 G 815 825 G 814 826 U 813 827 U 812 828 U 811 829 C 810 830 G 809 831 G 808 832 U 807 833 C 806 834 G 0 835 U 0 836 A 0 837 G 844 838 C 843 839 G 0 840 A 0 841 A 548 842 A 547 843 G 838 844 U 837 845 G 0 846 U 0 847 U 0 848 A 0 849 A 0 850 G 803 851 U 802 852 G 801 853 C 800 854 U 799 855 C 798 856 C 552 857 G 546 858 C 545 859 C 544 860 U 0 861 G 888 862 G 887 863 G 886 864 G 0 865 A 0 866 G 0 867 U 0 868 A 0 869 U 0 870 G 881 871 G 880 872 U 879 873 C 878 874 G 0 875 C 0 876 A 0 877 A 0 878 G 873 879 G 872 880 C 871 881 U 870 882 G 0 883 A 0 884 A 0 885 A 0 886 C 863 887 U 862 888 C 861 889 A 0 890 A 0 891 A 0 892 G 19 893 G 18 894 A 17 895 A 0 896 U 0 897 U 1377 898 G 1376 899 A 1374 900 C 1373 901 G 1372 902 G 0 903 G 1371 904 G 1370 905 G 1369 906 C 1368 907 U 1367 908 C 1366 909 A 1365 910 C 0 911 A 1361 912 C 1360 913 A 0 914 A 0 915 G 1325 916 C 1324 917 G 1323 918 G 1322 919 U 1321 920 G 1218 921 G 1217 922 A 1216 923 G 1215 924 G 1214 925 A 1213 926 U 1212 927 G 1211 928 U 1210 929 G 1209 930 G 1207 931 C 1206 932 U 0 933 U 0 934 A 0 935 A 0 936 U 951 937 U 950 938 C 949 939 G 948 940 A 0 941 G 0 942 G 0 943 C 0 944 U 0 945 A 0 946 C 0 947 G 0 948 C 939 949 G 938 950 A 937 951 A 936 952 G 0 953 A 0 954 A 0 955 C 0 956 C 0 957 U 0 958 U 0 959 A 0 960 U 0 961 C 1202 962 C 1201 963 U 1200 964 A 1199 965 G 1198 966 U 1197 967 C 1196 968 U 0 969 U 0 970 G 0 971 A 0 972 C 0 973 A 1025 974 U 1024 975 G 1023 976 C 1022 977 U 1021 978 U 1020 979 A 1019 980 G 1018 981 G 1017 982 A 0 983 A 0 984 U 1001 985 C 1000 986 U 999 987 U 998 988 C 997 989 C 996 990 U 995 991 G 0 992 A 0 993 A 0 994 A 0 995 G 990 996 G 989 997 G 988 998 A 987 999 G 986 1000 G 985 1001 A 984 1002 G 0 1003 U 1016 1004 G 1015 1005 C 1014 1006 U 1013 1007 C 1012 1008 G 0 1009 C 0 1010 A 0 1011 A 0 1012 G 1007 1013 A 1006 1014 G 1005 1015 A 1004 1016 G 1003 1017 C 981 1018 C 980 1019 U 979 1020 U 978 1021 U 977 1022 G 976 1023 C 975 1024 A 974 1025 C 973 1026 A 0 1027 G 1191 1028 G 1190 1029 U 0 1030 G 1189 1031 C 1188 1032 U 1187 1033 G 1186 1034 C 0 1035 A 0 1036 U 1185 1037 G 1184 1038 G 1180 1039 C 1179 1040 U 1178 1041 G 1176 1042 U 1175 1043 C 1174 1044 G 1173 1045 U 0 1046 C 0 1047 A 0 1048 G 1087 1049 C 1086 1050 U 1085 1051 C 1084 1052 G 1083 1053 U 1082 1054 G 1063 1055 U 1062 1056 C 1061 1057 G 0 1058 U 0 1059 G 0 1060 A 0 1061 G 1056 1062 A 1055 1063 U 1054 1064 G 0 1065 U 0 1066 C 1079 1067 G 1078 1068 G 1077 1069 G 1076 1070 U 0 1071 U 0 1072 A 0 1073 A 0 1074 G 0 1075 U 0 1076 C 1069 1077 C 1068 1078 C 1067 1079 U 1066 1080 U 0 1081 A 0 1082 A 1053 1083 C 1052 1084 G 1051 1085 A 1050 1086 G 1049 1087 C 1048 1088 G 0 1089 A 0 1090 A 0 1091 A 0 1092 C 0 1093 C 1168 1094 C 1167 1095 U 1166 1096 U 1165 1097 G 0 1098 U 1136 1099 C 1135 1100 C 1134 1101 U 1133 1102 U 1132 1103 A 1131 1104 G 1130 1105 U 0 1106 U 0 1107 A 0 1108 C 1125 1109 C 1124 1110 A 0 1111 G 0 1112 C 1123 1113 G 1122 1114 C 1121 1115 G 0 1116 U 0 1117 C 0 1118 A 0 1119 U 0 1120 G 0 1121 G 1114 1122 C 1113 1123 G 1112 1124 G 1109 1125 G 1108 1126 G 0 1127 A 0 1128 C 0 1129 U 0 1130 C 1104 1131 U 1103 1132 A 1102 1133 A 1101 1134 G 1100 1135 G 1099 1136 A 1098 1137 G 0 1138 A 0 1139 C 1159 1140 U 1158 1141 G 1157 1142 C 1156 1143 C 1155 1144 G 1154 1145 G 1153 1146 U 1152 1147 G 0 1148 U 0 1149 U 0 1150 A 0 1151 A 0 1152 A 1146 1153 C 1145 1154 C 1144 1155 G 1143 1156 G 1142 1157 A 1141 1158 G 1140 1159 G 1139 1160 A 0 1161 A 0 1162 G 0 1163 G 0 1164 U 0 1165 G 1096 1166 G 1095 1167 G 1094 1168 G 1093 1169 A 0 1170 U 0 1171 G 0 1172 A 0 1173 C 1044 1174 G 1043 1175 U 1042 1176 C 1041 1177 A 0 1178 A 1040 1179 G 1039 1180 U 1038 1181 C 0 1182 C 0 1183 U 0 1184 C 1037 1185 A 1036 1186 U 1033 1187 G 1032 1188 G 1031 1189 C 1030 1190 C 1028 1191 U 1027 1192 U 0 1193 U 0 1194 A 0 1195 U 0 1196 G 967 1197 A 966 1198 U 965 1199 U 964 1200 A 963 1201 G 962 1202 G 961 1203 G 0 1204 C 0 1205 U 0 1206 G 931 1207 C 930 1208 A 0 1209 C 929 1210 A 928 1211 C 927 1212 G 926 1213 U 925 1214 C 924 1215 C 923 1216 U 922 1217 A 921 1218 C 920 1219 A 0 1220 A 0 1221 U 0 1222 G 1277 1223 G 1276 1224 U 1275 1225 G 1274 1226 C 1273 1227 A 1272 1228 C 1271 1229 A 0 1230 C 0 1231 A 0 1232 A 0 1233 A 0 1234 G 1265 1235 C 1264 1236 G 1263 1237 A 0 1238 C 0 1239 G 1258 1240 C 1257 1241 A 0 1242 A 0 1243 A 0 1244 C 1253 1245 U 1252 1246 C 1251 1247 G 0 1248 U 0 1249 G 0 1250 A 0 1251 G 1246 1252 A 1245 1253 G 1244 1254 C 0 1255 C 0 1256 A 0 1257 G 1240 1258 C 1239 1259 U 0 1260 A 0 1261 A 0 1262 U 0 1263 C 1236 1264 G 1235 1265 C 1234 1266 A 0 1267 A 0 1268 A 0 1269 A 0 1270 A 0 1271 A 1228 1272 U 1227 1273 G 1226 1274 U 1225 1275 A 1224 1276 C 1223 1277 C 1222 1278 U 0 1279 C 0 1280 A 0 1281 G 0 1282 U 0 1283 U 0 1284 C 1315 1285 G 0 1286 G 0 1287 A 0 1288 U 1311 1289 U 1310 1290 G 1309 1291 C 1308 1292 A 1307 1293 G 1306 1294 G 1305 1295 C 1304 1296 U 0 1297 G 0 1298 C 0 1299 A 0 1300 A 0 1301 C 0 1302 U 0 1303 C 0 1304 G 1295 1305 C 1294 1306 C 1293 1307 U 1292 1308 G 1291 1309 C 1290 1310 A 1289 1311 U 1288 1312 G 0 1313 A 0 1314 A 0 1315 G 1284 1316 C 0 1317 U 0 1318 G 0 1319 G 0 1320 A 0 1321 A 919 1322 U 918 1323 C 917 1324 G 916 1325 C 915 1326 U 0 1327 A 0 1328 G 0 1329 U 0 1330 A 0 1331 A 1353 1332 U 1352 1333 C 1351 1334 G 1350 1335 C 1349 1336 G 1348 1337 G 1347 1338 G 1346 1339 U 0 1340 C 0 1341 A 0 1342 G 0 1343 C 0 1344 A 0 1345 U 0 1346 A 1338 1347 C 1337 1348 C 1336 1349 G 1335 1350 C 1334 1351 G 1333 1352 G 1332 1353 U 1331 1354 G 0 1355 A 0 1356 A 0 1357 U 0 1358 N 0 1359 U 0 1360 G 912 1361 U 911 1362 U 0 1363 C 0 1364 C 0 1365 U 909 1366 G 908 1367 A 907 1368 G 906 1369 C 905 1370 C 904 1371 U 903 1372 U 901 1373 G 900 1374 U 899 1375 A 0 1376 C 898 1377 A 897 1378 C 0 1379 A 0 1380 C 1485 1381 C 0 1382 G 1482 1383 C 1481 1384 C 0 1385 C 1478 1386 N 1477 1387 U 0 1388 C 0 1389 A 0 1390 A 1472 1391 G 1471 1392 C 1470 1393 C 1469 1394 A 1468 1395 C 1467 1396 G 1466 1397 A 1465 1398 A 0 1399 A 0 1400 G 1462 1401 U 1461 1402 G 1460 1403 G 1459 1404 G 1458 1405 G 1457 1406 G 1456 1407 G 1455 1408 G 1454 1409 A 1453 1410 C 1452 1411 C 1451 1412 C 0 1413 A 0 1414 A 0 1415 C 0 1416 A 1447 1417 G 1446 1418 C 1445 1419 G 1444 1420 C 1443 1421 U 1442 1422 G 0 1423 C 1441 1424 C 1440 1425 G 1439 1426 U 1438 1427 A 0 1428 A 0 1429 C 1436 1430 C 1435 1431 G 0 1432 C 0 1433 A 0 1434 A 0 1435 G 1430 1436 G 1429 1437 A 0 1438 A 1426 1439 C 1425 1440 A 1424 1441 A 1423 1442 G 1421 1443 G 1420 1444 C 1419 1445 G 1418 1446 C 1417 1447 C 1416 1448 U 0 1449 A 0 1450 A 0 1451 G 1411 1452 G 1410 1453 U 1409 1454 C 1408 1455 A 1407 1456 A 1406 1457 C 1405 1458 U 1404 1459 C 1403 1460 C 1402 1461 G 1401 1462 U 1400 1463 G 0 1464 A 0 1465 U 1397 1466 U 1396 1467 G 1395 1468 G 1394 1469 G 1393 1470 A 1392 1471 C 1391 1472 U 1390 1473 A 0 1474 A 0 1475 G 0 1476 U 0 1477 C 1386 1478 G 1385 1479 U 0 1480 A 0 1481 A 1383 1482 C 1382 1483 A 0 1484 A 0 1485 G 1380 1486 G 0 1487 U 1510 1488 A 1509 1489 G 1508 1490 C 1507 1491 C 1506 1492 G 1505 1493 U 1504 1494 A 1503 1495 G 1502 1496 G 1501 1497 G 0 1498 G 0 1499 A 0 1500 A 0 1501 C 1496 1502 C 1495 1503 U 1494 1504 G 1493 1505 C 1492 1506 G 1491 1507 G 1490 1508 C 1489 1509 U 1488 1510 G 1487 1511 G 0 1512 A 0 1513 U 0 1514 C 0 1515 A 0 1516 C 0 1517 C 0 1518 U 0 1519 C 0 1520 C 0 1521 U 0 1522 U 0 1523 U 0 1524 C 0 1525 U 47