Filename: d.16.b.P.vulgaris.bpseq Organism: Proteus vulgaris Accession Number: X07652 Citation and related information available at http://www.rna.icmb.utexas.edu 1 U 0 2 A 0 3 A 0 4 U 0 5 U 0 6 G 0 7 A 0 8 A 0 9 G 25 10 A 24 11 G 23 12 U 22 13 U 21 14 U 0 15 G 0 16 A 0 17 U 918 18 C 917 19 A 916 20 U 0 21 G 13 22 G 12 23 C 11 24 U 10 25 C 9 26 A 0 27 G 556 28 A 555 29 U 554 30 U 553 31 G 0 32 A 552 33 A 551 34 C 550 35 G 549 36 C 548 37 U 547 38 G 0 39 G 403 40 C 402 41 G 401 42 G 400 43 C 399 44 A 398 45 G 396 46 G 395 47 C 361 48 C 0 49 U 0 50 A 0 51 A 0 52 C 359 53 A 358 54 C 357 55 A 0 56 U 356 57 G 355 58 C 354 59 A 0 60 A 0 61 G 106 62 U 105 63 C 104 64 G 0 65 A 0 66 G 103 67 C 102 68 G 101 69 G 99 70 U 98 71 A 0 72 A 0 73 C 97 74 A 96 75 G 95 76 G 93 77 A 92 78 G 91 79 A 90 80 A 89 81 A 88 82 G 87 83 C 0 84 U 0 85 U 0 86 G 0 87 C 82 88 U 81 89 U 80 90 U 79 91 C 78 92 U 77 93 U 76 94 G 0 95 C 75 96 U 74 97 G 73 98 A 70 99 C 69 100 G 0 101 A 68 102 G 67 103 C 66 104 G 63 105 G 62 106 C 61 107 G 0 108 G 0 109 A 0 110 C 0 111 G 0 112 G 0 113 G 314 114 U 313 115 G 312 116 A 0 117 G 0 118 U 0 119 A 0 120 A 0 121 U 0 122 G 239 123 U 238 124 A 237 125 U 236 126 G 235 127 G 234 128 G 233 129 G 232 130 A 0 131 U 231 132 C 230 133 U 0 134 G 0 135 C 0 136 C 227 137 C 226 138 G 225 139 A 224 140 U 223 141 A 222 142 G 221 143 A 0 144 G 178 145 G 177 146 G 176 147 G 175 148 G 0 149 A 0 150 U 0 151 A 0 152 A 169 153 C 168 154 U 167 155 A 166 156 C 165 157 U 164 158 G 163 159 G 0 160 A 0 161 A 0 162 A 0 163 C 158 164 G 157 165 G 156 166 U 155 167 G 154 168 G 153 169 C 152 170 U 0 171 A 0 172 A 0 173 U 0 174 A 0 175 C 147 176 C 146 177 G 145 178 C 144 179 A 0 180 U 0 181 G 0 182 A 0 183 C 0 184 G 193 185 U 192 186 C 191 187 U 0 188 A 0 189 C 0 190 G 0 191 G 186 192 A 185 193 C 184 194 C 0 195 A 0 196 A 0 197 A 0 198 G 219 199 C 218 200 A 217 201 G 216 202 G 215 203 G 214 204 G 0 205 C 0 206 U 213 207 C 212 208 U 0 209 U 0 210 C 0 211 G 0 212 G 207 213 A 206 214 C 203 215 C 202 216 U 201 217 U 200 218 G 199 219 C 198 220 G 0 221 C 142 222 U 141 223 A 140 224 U 139 225 C 138 226 G 137 227 G 136 228 A 0 229 U 0 230 G 132 231 A 131 232 A 129 233 C 128 234 C 127 235 C 126 236 A 125 237 U 124 238 A 123 239 U 122 240 G 286 241 G 285 242 G 284 243 A 0 244 U 0 245 U 283 246 A 0 247 G 277 248 C 276 249 U 275 250 A 0 251 G 0 252 U 274 253 A 273 254 G 272 255 G 271 256 U 270 257 G 269 258 A 268 259 G 267 260 G 0 261 U 0 262 A 0 263 A 0 264 U 0 265 G 0 266 G 0 267 C 259 268 U 258 269 C 257 270 A 256 271 C 255 272 C 254 273 U 253 274 A 252 275 G 249 276 G 248 277 C 247 278 A 0 279 A 0 280 C 0 281 G 0 282 A 0 283 U 245 284 C 242 285 U 241 286 C 240 287 U 0 288 A 0 289 G 311 290 C 310 291 U 309 292 G 308 293 G 304 294 U 303 295 C 302 296 U 301 297 G 0 298 A 0 299 G 0 300 A 0 301 G 296 302 G 295 303 A 294 304 U 293 305 G 0 306 A 0 307 U 0 308 C 292 309 A 291 310 G 290 311 C 289 312 C 115 313 A 114 314 C 113 315 A 0 316 C 337 317 U 336 318 G 335 319 G 334 320 G 333 321 A 332 322 C 0 323 U 0 324 G 0 325 A 0 326 G 0 327 A 0 328 C 0 329 A 0 330 C 0 331 G 0 332 G 321 333 C 320 334 C 319 335 C 318 336 A 317 337 G 316 338 A 0 339 C 350 340 U 349 341 C 348 342 C 347 343 U 0 344 A 0 345 C 0 346 G 0 347 G 342 348 G 341 349 A 340 350 G 339 351 G 0 352 C 0 353 A 0 354 G 58 355 C 57 356 A 56 357 G 54 358 U 53 359 G 52 360 G 0 361 G 47 362 G 0 363 A 0 364 A 0 365 U 0 366 A 0 367 U 393 368 U 0 369 G 392 370 C 391 371 A 390 372 C 0 373 A 0 374 A 0 375 U 388 376 G 387 377 G 386 378 G 385 379 C 384 380 G 0 381 C 0 382 A 0 383 A 0 384 G 379 385 C 378 386 C 377 387 U 376 388 G 375 389 A 0 390 U 371 391 G 370 392 C 369 393 A 367 394 G 0 395 C 46 396 C 45 397 A 0 398 U 44 399 G 43 400 C 42 401 C 41 402 G 40 403 C 39 404 G 0 405 U 0 406 G 436 407 U 435 408 A 434 409 U 433 410 G 0 411 A 0 412 A 0 413 G 0 414 A 0 415 A 0 416 G 427 417 G 426 418 C 425 419 C 424 420 U 0 421 U 0 422 A 0 423 G 0 424 G 419 425 G 418 426 U 417 427 U 416 428 G 0 429 U 0 430 A 0 431 A 0 432 A 0 433 G 409 434 U 408 435 A 407 436 C 406 437 U 0 438 U 496 439 U 0 440 C 497 441 A 493 442 G 492 443 C 491 444 G 490 445 G 489 446 G 488 447 G 0 448 A 0 449 G 0 450 G 483 451 A 0 452 A 0 453 G 0 454 G 0 455 U 477 456 G 476 457 A 475 458 U 474 459 A 473 460 A 472 461 A 471 462 G 470 463 U 0 464 U 0 465 A 0 466 A 0 467 U 0 468 A 0 469 C 0 470 C 462 471 U 461 472 U 460 473 U 459 474 A 458 475 U 457 476 C 456 477 A 455 478 A 0 479 U 0 480 U 0 481 G 0 482 A 0 483 C 450 484 G 0 485 U 0 486 U 0 487 A 0 488 C 446 489 C 445 490 C 444 491 G 443 492 C 442 493 A 441 494 G 0 495 A 0 496 A 438 497 G 440 498 A 0 499 A 0 500 G 545 501 C 544 502 A 543 503 C 542 504 C 541 505 G 526 506 G 525 507 C 524 508 U 0 509 A 0 510 A 0 511 C 540 512 U 539 513 C 538 514 C 537 515 G 536 516 U 0 517 G 0 518 C 0 519 C 0 520 A 0 521 G 528 522 C 527 523 A 0 524 G 507 525 C 506 526 C 505 527 G 522 528 C 521 529 G 0 530 G 0 531 U 0 532 A 0 533 A 0 534 U 0 535 A 0 536 C 515 537 G 514 538 G 513 539 A 512 540 G 511 541 G 504 542 G 503 543 U 502 544 G 501 545 C 500 546 A 0 547 A 37 548 G 36 549 C 35 550 G 34 551 U 33 552 U 32 553 A 30 554 A 29 555 U 28 556 C 27 557 G 0 558 G 0 559 A 0 560 A 0 561 U 0 562 U 0 563 A 0 564 C 0 565 U 0 566 G 0 567 G 883 568 G 882 569 C 881 570 G 866 571 U 865 572 A 0 573 A 0 574 A 0 575 G 880 576 C 0 577 G 764 578 C 763 579 A 762 580 C 761 581 G 0 582 C 758 583 A 0 584 G 757 585 G 756 586 C 755 587 G 0 588 G 651 589 U 650 590 C 649 591 A 648 592 A 647 593 U 646 594 U 645 595 A 0 596 A 644 597 G 643 598 U 640 599 C 639 600 A 638 601 G 637 602 A 636 603 U 635 604 G 634 605 U 633 606 G 632 607 A 0 608 A 0 609 A 0 610 G 0 611 C 629 612 C 628 613 C 627 614 C 626 615 G 625 616 A 624 617 G 623 618 C 0 619 U 0 620 U 0 621 A 0 622 A 0 623 C 617 624 U 616 625 U 615 626 G 614 627 G 613 628 G 612 629 A 611 630 A 0 631 U 0 632 U 606 633 G 605 634 C 604 635 A 603 636 U 602 637 C 601 638 U 600 639 G 599 640 A 598 641 A 0 642 A 0 643 C 597 644 U 596 645 G 594 646 G 593 647 U 592 648 U 591 649 G 590 650 G 589 651 C 588 652 U 0 653 A 0 654 G 0 655 A 751 656 G 750 657 U 749 658 C 748 659 U 746 660 U 745 661 G 744 662 U 743 663 A 742 664 G 0 665 A 0 666 G 740 667 G 739 668 G 738 669 G 737 670 G 736 671 G 735 672 U 734 673 A 717 674 G 716 675 A 0 676 A 0 677 U 713 678 U 712 679 C 711 680 C 710 681 A 709 682 C 708 683 G 707 684 U 706 685 G 0 686 U 0 687 A 0 688 G 699 689 C 698 690 G 697 691 G 0 692 U 0 693 G 0 694 A 0 695 A 0 696 A 0 697 U 690 698 G 689 699 C 688 700 G 0 701 U 0 702 A 0 703 G 0 704 A 0 705 G 0 706 A 684 707 U 683 708 G 682 709 U 681 710 G 680 711 G 679 712 A 678 713 G 677 714 G 0 715 A 0 716 A 674 717 U 673 718 A 0 719 C 0 720 C 0 721 G 0 722 G 733 723 U 0 724 G 0 725 G 732 726 C 731 727 G 0 728 A 0 729 A 0 730 G 0 731 G 726 732 C 725 733 G 722 734 G 672 735 C 671 736 C 670 737 C 669 738 C 668 739 C 667 740 U 666 741 G 0 742 G 663 743 A 662 744 C 661 745 A 660 746 A 659 747 A 0 748 G 658 749 A 657 750 C 656 751 U 655 752 G 0 753 A 0 754 C 0 755 G 586 756 C 585 757 U 584 758 C 582 759 A 0 760 G 0 761 G 580 762 U 579 763 G 578 764 C 577 765 G 0 766 A 0 767 A 0 768 A 0 769 G 810 770 C 809 771 G 808 772 U 807 773 G 806 774 G 805 775 G 0 776 G 0 777 A 0 778 G 804 779 C 803 780 A 0 781 A 0 782 A 0 783 C 799 784 A 798 785 G 797 786 G 796 787 A 0 788 U 0 789 U 0 790 A 0 791 G 0 792 A 0 793 U 0 794 A 0 795 C 0 796 C 786 797 C 785 798 U 784 799 G 783 800 G 0 801 U 0 802 A 0 803 G 779 804 U 778 805 C 774 806 C 773 807 A 772 808 C 771 809 G 770 810 C 769 811 U 0 812 G 0 813 U 0 814 A 0 815 A 0 816 A 0 817 C 0 818 G 0 819 A 0 820 U 0 821 G 879 822 U 878 823 C 877 824 G 876 825 A 875 826 U 874 827 U 0 828 U 0 829 A 857 830 G 856 831 A 855 832 G 854 833 G 853 834 U 852 835 U 851 836 G 850 837 U 849 838 G 848 839 G 847 840 U 846 841 C 0 842 U 0 843 U 0 844 G 0 845 A 0 846 A 840 847 C 839 848 U 838 849 G 837 850 U 836 851 G 835 852 G 834 853 C 833 854 U 832 855 U 831 856 C 830 857 U 829 858 G 0 859 G 0 860 A 0 861 G 868 862 C 867 863 U 0 864 A 0 865 A 571 866 C 570 867 G 862 868 C 861 869 G 0 870 U 0 871 U 0 872 A 0 873 A 0 874 A 826 875 U 825 876 C 824 877 G 823 878 A 822 879 C 821 880 C 575 881 G 569 882 C 568 883 C 567 884 U 0 885 G 912 886 G 911 887 G 910 888 G 0 889 A 0 890 G 0 891 U 0 892 A 0 893 C 0 894 G 905 895 G 904 896 C 903 897 C 902 898 G 0 899 C 0 900 A 0 901 A 0 902 G 897 903 G 896 904 U 895 905 U 894 906 A 0 907 A 0 908 A 0 909 A 0 910 C 887 911 U 886 912 C 885 913 A 0 914 A 0 915 A 0 916 U 19 917 G 18 918 A 17 919 A 0 920 U 0 921 U 1397 922 G 1396 923 A 1394 924 C 1393 925 G 1392 926 G 0 927 G 1391 928 G 1390 929 G 1389 930 C 1388 931 C 1387 932 C 1386 933 G 1385 934 C 0 935 A 1381 936 C 1380 937 A 0 938 A 0 939 G 1345 940 C 1344 941 G 1343 942 G 1342 943 U 1341 944 G 1238 945 G 1237 946 A 1236 947 G 1235 948 C 1234 949 A 1233 950 U 1232 951 G 1231 952 U 1230 953 G 1229 954 G 1227 955 U 1226 956 U 0 957 U 0 958 A 0 959 A 0 960 U 975 961 U 974 962 C 973 963 G 972 964 A 0 965 U 0 966 G 0 967 C 0 968 A 0 969 A 0 970 C 0 971 G 0 972 C 963 973 G 962 974 A 961 975 A 960 976 G 0 977 A 0 978 A 0 979 C 0 980 C 0 981 U 0 982 U 0 983 A 0 984 C 1222 985 C 1221 986 U 1220 987 A 1219 988 C 1218 989 U 1217 990 C 1216 991 U 0 992 U 0 993 G 0 994 A 0 995 C 0 996 A 1045 997 U 1044 998 C 1043 999 C 1041 1000 A 1040 1001 G 1039 1002 C 1038 1003 G 1037 1004 A 0 1005 A 0 1006 U 1023 1007 C 1022 1008 C 1021 1009 U 1020 1010 U 1019 1011 U 1018 1012 A 1017 1013 G 0 1014 A 0 1015 G 0 1016 A 0 1017 U 1012 1018 A 1011 1019 G 1010 1020 A 1009 1021 G 1008 1022 G 1007 1023 A 1006 1024 G 0 1025 U 1036 1026 G 1035 1027 C 1034 1028 C 1033 1029 U 0 1030 U 0 1031 C 0 1032 G 0 1033 G 1028 1034 G 1027 1035 A 1026 1036 A 1025 1037 C 1003 1038 G 1002 1039 C 1001 1040 U 1000 1041 G 999 1042 A 0 1043 G 998 1044 A 997 1045 C 996 1046 A 0 1047 G 1211 1048 G 1210 1049 U 0 1050 G 1209 1051 C 1208 1052 U 1207 1053 G 1206 1054 C 0 1055 A 0 1056 U 1205 1057 G 1204 1058 G 1200 1059 C 1199 1060 U 1198 1061 G 1196 1062 U 1195 1063 C 1194 1064 G 1193 1065 U 0 1066 C 0 1067 A 0 1068 G 1107 1069 C 1106 1070 U 1105 1071 C 1104 1072 G 1103 1073 U 1102 1074 G 1083 1075 U 1082 1076 U 1081 1077 G 0 1078 U 0 1079 G 0 1080 A 0 1081 A 1076 1082 A 1075 1083 U 1074 1084 G 0 1085 U 0 1086 U 1099 1087 G 1098 1088 G 1097 1089 G 1096 1090 U 0 1091 U 0 1092 A 0 1093 A 0 1094 G 0 1095 U 0 1096 C 1089 1097 C 1088 1098 C 1087 1099 G 1086 1100 C 0 1101 A 0 1102 A 1073 1103 C 1072 1104 G 1071 1105 A 1070 1106 G 1069 1107 C 1068 1108 G 0 1109 C 0 1110 A 0 1111 A 0 1112 C 0 1113 C 1188 1114 C 1187 1115 U 1186 1116 U 1185 1117 A 0 1118 U 1156 1119 C 1155 1120 C 1154 1121 U 1153 1122 U 1152 1123 U 1151 1124 G 1150 1125 U 0 1126 U 0 1127 G 0 1128 C 1145 1129 C 1144 1130 A 0 1131 G 0 1132 C 1143 1133 G 1142 1134 C 1141 1135 G 0 1136 U 0 1137 A 0 1138 A 0 1139 U 0 1140 G 0 1141 G 1134 1142 C 1133 1143 G 1132 1144 G 1129 1145 G 1128 1146 A 0 1147 A 0 1148 C 0 1149 U 0 1150 C 1124 1151 A 1123 1152 A 1122 1153 A 1121 1154 G 1120 1155 G 1119 1156 A 1118 1157 G 0 1158 A 0 1159 C 1179 1160 U 1178 1161 G 1177 1162 C 1176 1163 C 1175 1164 G 1174 1165 G 1173 1166 U 1172 1167 G 0 1168 A 0 1169 U 0 1170 A 0 1171 A 0 1172 A 1166 1173 C 1165 1174 C 1164 1175 G 1163 1176 G 1162 1177 A 1161 1178 G 1160 1179 G 1159 1180 A 0 1181 A 0 1182 G 0 1183 G 0 1184 U 0 1185 G 1116 1186 G 1115 1187 G 1114 1188 G 1113 1189 A 0 1190 U 0 1191 G 0 1192 A 0 1193 C 1064 1194 G 1063 1195 U 1062 1196 C 1061 1197 A 0 1198 A 1060 1199 G 1059 1200 U 1058 1201 C 0 1202 A 0 1203 U 0 1204 C 1057 1205 A 1056 1206 U 1053 1207 G 1052 1208 G 1051 1209 C 1050 1210 C 1048 1211 C 1047 1212 U 0 1213 U 0 1214 A 0 1215 C 0 1216 G 990 1217 A 989 1218 G 988 1219 U 987 1220 A 986 1221 G 985 1222 G 984 1223 G 0 1224 C 0 1225 U 0 1226 A 955 1227 C 954 1228 A 0 1229 C 953 1230 A 952 1231 C 951 1232 G 950 1233 U 949 1234 G 948 1235 C 947 1236 U 946 1237 A 945 1238 C 944 1239 A 0 1240 A 0 1241 U 0 1242 G 1297 1243 G 1296 1244 C 1295 1245 A 1294 1246 G 1293 1247 A 1292 1248 U 1291 1249 A 0 1250 C 0 1251 A 0 1252 A 0 1253 A 0 1254 G 1285 1255 A 1284 1256 G 1283 1257 A 0 1258 A 0 1259 G 1278 1260 C 1277 1261 G 0 1262 A 0 1263 C 0 1264 C 1273 1265 U 1272 1266 C 1271 1267 G 0 1268 C 0 1269 G 0 1270 A 0 1271 G 1266 1272 A 1265 1273 G 1264 1274 C 0 1275 A 0 1276 A 0 1277 G 1260 1278 C 1259 1279 G 0 1280 G 0 1281 A 0 1282 A 0 1283 C 1256 1284 U 1255 1285 C 1254 1286 A 0 1287 U 0 1288 A 0 1289 A 0 1290 A 0 1291 G 1248 1292 U 1247 1293 C 1246 1294 U 1245 1295 G 1244 1296 U 1243 1297 C 1242 1298 G 0 1299 U 0 1300 A 0 1301 G 0 1302 U 0 1303 C 0 1304 C 1335 1305 G 0 1306 G 0 1307 A 0 1308 U 1331 1309 U 1330 1310 G 1329 1311 G 1328 1312 A 1327 1313 G 1326 1314 U 1325 1315 C 1324 1316 U 0 1317 G 0 1318 C 0 1319 A 0 1320 A 0 1321 C 0 1322 U 0 1323 C 0 1324 G 1315 1325 A 1314 1326 C 1313 1327 U 1312 1328 C 1311 1329 C 1310 1330 A 1309 1331 U 1308 1332 G 0 1333 A 0 1334 A 0 1335 G 1304 1336 U 0 1337 C 0 1338 G 0 1339 G 0 1340 A 0 1341 A 943 1342 U 942 1343 C 941 1344 G 940 1345 C 939 1346 U 0 1347 A 0 1348 G 0 1349 U 0 1350 A 0 1351 A 1373 1352 U 1372 1353 C 1371 1354 G 1370 1355 U 1369 1356 A 1368 1357 G 1367 1358 A 1366 1359 U 0 1360 C 0 1361 A 0 1362 G 0 1363 A 0 1364 A 0 1365 U 0 1366 G 1358 1367 C 1357 1368 U 1356 1369 A 1355 1370 C 1354 1371 G 1353 1372 G 1352 1373 U 1351 1374 G 0 1375 A 0 1376 A 0 1377 U 0 1378 A 0 1379 C 0 1380 G 936 1381 U 935 1382 U 0 1383 C 0 1384 C 0 1385 C 933 1386 G 932 1387 G 931 1388 G 930 1389 C 929 1390 C 928 1391 U 927 1392 U 925 1393 G 924 1394 U 923 1395 A 0 1396 C 922 1397 A 921 1398 C 0 1399 A 0 1400 C 1505 1401 C 0 1402 G 1502 1403 C 1501 1404 C 0 1405 C 1498 1406 G 1497 1407 U 0 1408 C 0 1409 A 0 1410 C 1492 1411 A 1491 1412 C 1490 1413 C 1489 1414 A 1488 1415 U 1487 1416 G 1486 1417 G 1485 1418 G 0 1419 A 0 1420 G 1482 1421 U 1481 1422 G 1480 1423 G 1479 1424 G 1478 1425 U 1477 1426 U 1476 1427 G 1475 1428 C 1474 1429 A 1473 1430 A 1472 1431 A 1471 1432 A 0 1433 G 0 1434 A 0 1435 A 0 1436 G 1467 1437 U 1466 1438 A 1465 1439 G 1464 1440 G 1463 1441 U 1462 1442 A 0 1443 G 1461 1444 C 1460 1445 U 1459 1446 U 1458 1447 A 0 1448 A 0 1449 C 1456 1450 C 1455 1451 U 0 1452 U 0 1453 C 0 1454 G 0 1455 G 1450 1456 G 1449 1457 A 0 1458 G 1446 1459 G 1445 1460 G 1444 1461 C 1443 1462 G 1441 1463 C 1440 1464 U 1439 1465 U 1438 1466 A 1437 1467 C 1436 1468 C 0 1469 A 0 1470 C 0 1471 U 1431 1472 U 1430 1473 U 1429 1474 G 1428 1475 U 1427 1476 G 1426 1477 A 1425 1478 U 1424 1479 U 1423 1480 C 1422 1481 A 1421 1482 U 1420 1483 G 0 1484 A 0 1485 C 1417 1486 U 1416 1487 G 1415 1488 G 1414 1489 G 1413 1490 G 1412 1491 U 1411 1492 G 1410 1493 A 0 1494 A 0 1495 G 0 1496 U 0 1497 C 1406 1498 G 1405 1499 U 0 1500 A 0 1501 A 1403 1502 C 1402 1503 A 0 1504 A 0 1505 G 1400 1506 G 0 1507 U 1530 1508 A 1529 1509 A 1528 1510 C 1527 1511 C 1526 1512 G 1525 1513 U 1524 1514 A 1523 1515 G 1522 1516 G 1521 1517 G 0 1518 G 0 1519 A 0 1520 A 0 1521 C 1516 1522 C 1515 1523 U 1514 1524 G 1513 1525 C 1512 1526 G 1511 1527 G 1510 1528 U 1509 1529 U 1508 1530 G 1507 1531 G 0 1532 A 0 1533 U 0 1534 C 0 1535 A 0 1536 C 0 1537 C 0 1538 U 0 1539 C 0 1540 C 0 1541 U 0 1542 U 0 1543 A 0