Filename: d.16.b.R.acidophilus.bpseq Organism: Rhodoblastus acidophilus Accession Number: M34128 Citation and related information available at http://www.rna.icmb.utexas.edu 1 U 0 2 A 0 3 C 0 4 A 0 5 A 0 6 C 0 7 U 0 8 U 0 9 G 0 10 A 0 11 G 27 12 A 26 13 G 25 14 U 24 15 U 23 16 U 0 17 G 0 18 A 0 19 U 864 20 C 863 21 C 862 22 U 0 23 G 15 24 G 14 25 C 13 26 U 12 27 C 11 28 A 0 29 G 503 30 A 502 31 A 501 32 C 500 33 G 0 34 A 499 35 A 498 36 C 497 37 G 496 38 C 495 39 U 494 40 G 0 41 G 375 42 C 374 43 G 373 44 G 372 45 C 371 46 A 370 47 G 368 48 G 367 49 C 333 50 U 0 51 U 0 52 A 0 53 A 0 54 C 331 55 A 330 56 C 329 57 A 0 58 U 328 59 G 327 60 C 326 61 A 0 62 A 0 63 G 92 64 U 91 65 C 90 66 G 0 67 A 0 68 A 89 69 C 88 70 G 87 71 G 86 72 G 85 73 C 84 74 A 83 75 U 82 76 A 81 77 G 0 78 C 0 79 A 0 80 A 0 81 U 76 82 A 75 83 U 74 84 G 73 85 U 72 86 C 71 87 A 70 88 G 69 89 U 68 90 G 65 91 G 64 92 C 63 93 A 0 94 G 0 95 A 0 96 C 0 97 G 0 98 G 0 99 G 286 100 U 285 101 G 284 102 A 0 103 G 0 104 G 0 105 A 0 106 A 0 107 C 0 108 A 211 109 C 210 110 G 209 111 U 208 112 G 207 113 G 206 114 G 205 115 A 204 116 A 0 117 C 203 118 A 202 119 U 0 120 G 0 121 C 0 122 C 199 123 C 198 124 U 197 125 U 196 126 U 195 127 G 194 128 G 193 129 U 0 130 U 164 131 C 163 132 G 162 133 G 161 134 A 0 135 A 0 136 C 0 137 A 0 138 A 155 139 C 154 140 U 153 141 C 152 142 A 151 143 G 150 144 G 149 145 G 0 146 A 0 147 A 0 148 A 0 149 C 144 150 U 143 151 U 142 152 G 141 153 A 140 154 G 139 155 C 138 156 U 0 157 A 0 158 A 0 159 U 0 160 A 0 161 C 133 162 C 132 163 G 131 164 G 130 165 A 0 166 U 0 167 A 0 168 A 0 169 G 0 170 C 179 171 C 178 172 U 177 173 U 0 174 U 0 175 C 0 176 G 0 177 A 172 178 G 171 179 G 170 180 G 0 181 A 0 182 A 0 183 A 0 184 G 191 185 A 190 186 U 0 187 U 0 188 U 0 189 A 0 190 U 185 191 C 184 192 G 0 193 C 128 194 C 127 195 G 126 196 A 125 197 A 124 198 G 123 199 G 122 200 A 0 201 G 0 202 U 118 203 G 117 204 G 115 205 C 114 206 C 113 207 C 112 208 G 111 209 C 110 210 G 109 211 U 108 212 C 258 213 C 257 214 G 256 215 A 0 216 U 0 217 U 255 218 A 0 219 G 249 220 C 248 221 U 247 222 A 0 223 G 0 224 U 246 225 U 245 226 G 244 227 G 243 228 U 242 229 G 241 230 A 240 231 G 239 232 G 0 233 U 0 234 A 0 235 A 0 236 U 0 237 G 0 238 G 0 239 C 231 240 U 230 241 C 229 242 A 228 243 C 227 244 C 226 245 A 225 246 A 224 247 G 221 248 G 220 249 C 219 250 G 0 251 A 0 252 C 0 253 G 0 254 A 0 255 U 217 256 C 214 257 G 213 258 G 212 259 N 0 260 A 0 261 G 283 262 C 282 263 U 281 264 N 280 265 G 276 266 U 275 267 C 274 268 U 273 269 G 0 270 A 0 271 G 0 272 A 0 273 G 268 274 G 267 275 A 266 276 U 265 277 G 0 278 A 0 279 U 0 280 C 264 281 A 263 282 G 262 283 C 261 284 C 101 285 A 100 286 C 99 287 A 0 288 U 309 289 U 308 290 G 307 291 G 306 292 G 305 293 A 304 294 C 0 295 U 0 296 G 0 297 A 0 298 G 0 299 A 0 300 C 0 301 A 0 302 C 0 303 G 0 304 G 293 305 C 292 306 C 291 307 C 290 308 A 289 309 A 288 310 A 0 311 C 322 312 U 321 313 C 320 314 C 319 315 U 0 316 A 0 317 C 0 318 G 0 319 G 314 320 G 313 321 A 312 322 G 311 323 G 0 324 C 0 325 A 0 326 G 60 327 C 59 328 A 58 329 G 56 330 U 55 331 G 54 332 G 0 333 G 49 334 G 0 335 A 0 336 A 0 337 U 0 338 A 0 339 U 365 340 U 0 341 G 364 342 G 363 343 A 362 344 C 0 345 A 0 346 A 0 347 U 360 348 G 359 349 G 358 350 G 357 351 C 356 352 G 0 353 C 0 354 A 0 355 A 0 356 G 351 357 C 350 358 C 349 359 N 348 360 G 347 361 A 0 362 U 343 363 C 342 364 C 341 365 A 339 366 G 0 367 C 48 368 C 47 369 A 0 370 U 46 371 G 45 372 C 44 373 C 43 374 G 42 375 C 41 376 G 0 377 U 0 378 G 408 379 A 407 380 G 406 381 U 405 382 G 0 383 A 0 384 U 0 385 G 0 386 A 0 387 C 0 388 G 399 389 G 398 390 C 397 391 C 396 392 C 0 393 U 0 394 A 0 395 G 0 396 G 391 397 G 390 398 U 389 399 U 388 400 G 0 401 U 0 402 A 0 403 A 0 404 A 0 405 G 381 406 C 380 407 U 379 408 C 378 409 U 0 410 U 443 411 U 0 412 C 444 413 A 440 414 C 439 415 C 438 416 C 437 417 A 436 418 C 435 419 G 0 420 A 0 421 C 0 422 G 430 423 A 0 424 U 0 425 A 0 426 A 0 427 U 0 428 G 0 429 A 0 430 C 422 431 G 0 432 G 0 433 U 0 434 A 0 435 G 418 436 U 417 437 G 416 438 G 415 439 G 414 440 C 413 441 G 0 442 A 0 443 A 410 444 G 412 445 A 0 446 A 0 447 G 492 448 C 491 449 C 490 450 C 489 451 C 488 452 G 473 453 G 472 454 C 471 455 U 0 456 A 0 457 A 0 458 C 487 459 U 486 460 U 485 461 C 484 462 G 483 463 U 0 464 G 0 465 C 0 466 C 0 467 A 0 468 G 475 469 C 474 470 A 0 471 G 454 472 C 453 473 C 452 474 G 469 475 C 468 476 G 0 477 G 0 478 U 0 479 A 0 480 A 0 481 U 0 482 A 0 483 C 462 484 G 461 485 A 460 486 A 459 487 G 458 488 G 451 489 G 450 490 G 449 491 G 448 492 C 447 493 N 0 494 A 39 495 G 38 496 C 37 497 G 36 498 U 35 499 U 34 500 G 32 501 U 31 502 U 30 503 C 29 504 G 0 505 G 0 506 A 0 507 U 0 508 U 0 509 U 0 510 A 0 511 C 0 512 U 0 513 G 0 514 G 829 515 G 828 516 C 827 517 G 812 518 U 811 519 A 0 520 A 0 521 A 0 522 G 826 523 C 0 524 G 711 525 C 710 526 A 709 527 C 708 528 G 0 529 U 705 530 A 0 531 G 704 532 G 703 533 C 702 534 N 0 535 G 598 536 A 597 537 U 596 538 C 595 539 U 594 540 U 593 541 U 592 542 A 0 543 A 591 544 G 590 545 U 587 546 C 586 547 A 585 548 G 584 549 G 583 550 G 582 551 G 581 552 U 580 553 G 579 554 A 0 555 A 0 556 A 0 557 U 0 558 G 576 559 C 575 560 C 574 561 G 573 562 G 572 563 A 571 564 G 570 565 C 0 566 U 0 567 C 0 568 A 0 569 A 0 570 C 564 571 U 563 572 U 562 573 C 561 574 G 560 575 G 559 576 A 558 577 A 0 578 C 0 579 U 553 580 G 552 581 C 551 582 C 550 583 U 549 584 U 548 585 U 547 586 G 546 587 A 545 588 U 0 589 A 0 590 C 544 591 U 543 592 G 541 593 G 540 594 A 539 595 G 538 596 A 537 597 U 536 598 C 535 599 U 0 600 U 0 601 G 0 602 A 698 603 G 697 604 U 696 605 U 694 606 C 693 607 G 692 608 A 691 609 G 690 610 A 689 611 G 0 612 A 0 613 G 687 614 G 686 615 U 685 616 G 684 617 A 683 618 G 682 619 U 681 620 G 664 621 G 663 622 A 0 623 A 0 624 C 660 625 U 659 626 G 658 627 C 657 628 G 656 629 A 655 630 G 654 631 U 653 632 G 0 633 U 0 634 A 0 635 G 646 636 A 645 637 G 644 638 G 0 639 U 0 640 G 0 641 A 0 642 A 0 643 A 0 644 U 637 645 U 636 646 C 635 647 G 0 648 U 0 649 A 0 650 G 0 651 A 0 652 U 0 653 A 631 654 U 630 655 U 629 656 C 628 657 G 627 658 C 626 659 A 625 660 A 624 661 G 0 662 A 0 663 A 621 664 C 620 665 A 0 666 C 0 667 C 0 668 A 0 669 G 680 670 U 0 671 G 0 672 G 679 673 C 678 674 G 0 675 A 0 676 A 0 677 G 0 678 G 673 679 C 672 680 G 669 681 G 619 682 C 618 683 U 617 684 C 616 685 A 615 686 C 614 687 U 613 688 G 0 689 G 610 690 C 609 691 U 608 692 C 607 693 G 606 694 A 605 695 U 0 696 A 604 697 C 603 698 U 602 699 G 0 700 A 0 701 C 0 702 G 533 703 C 532 704 U 531 705 G 529 706 A 0 707 G 0 708 G 527 709 U 526 710 G 525 711 C 524 712 N 0 713 N 0 714 A 0 715 A 0 716 G 757 717 C 756 718 G 755 719 U 754 720 G 753 721 G 752 722 G 0 723 G 0 724 A 0 725 G 751 726 C 750 727 A 0 728 A 0 729 A 0 730 C 746 731 A 745 732 G 744 733 G 743 734 A 0 735 U 0 736 U 0 737 A 0 738 G 0 739 A 0 740 U 0 741 A 0 742 C 0 743 C 733 744 C 732 745 U 731 746 G 730 747 G 0 748 U 0 749 A 0 750 G 726 751 U 725 752 C 721 753 C 720 754 A 719 755 C 718 756 G 717 757 C 716 758 C 0 759 G 0 760 U 0 761 A 0 762 A 0 763 A 0 764 C 0 765 G 0 766 A 0 767 U 0 768 G 825 769 G 824 770 A 823 771 U 822 772 G 821 773 C 820 774 U 0 775 A 0 776 G 803 777 C 802 778 C 801 779 G 800 780 U 799 781 U 798 782 A 797 783 G 796 784 G 795 785 C 794 786 A 793 787 G 792 788 C 0 789 U 0 790 U 0 791 G 0 792 C 787 793 U 786 794 G 785 795 C 784 796 U 783 797 U 782 798 A 781 799 G 780 800 U 779 801 G 778 802 G 777 803 C 776 804 G 0 805 C 0 806 A 0 807 G 814 808 C 813 809 U 0 810 A 0 811 A 518 812 C 517 813 G 808 814 C 807 815 U 0 816 U 0 817 U 0 818 A 0 819 A 0 820 G 773 821 C 772 822 A 771 823 U 770 824 C 769 825 C 768 826 C 522 827 G 516 828 C 515 829 C 514 830 U 0 831 G 858 832 G 857 833 G 856 834 G 0 835 A 0 836 G 0 837 U 0 838 A 0 839 C 0 840 G 851 841 G 850 842 U 849 843 C 848 844 G 0 845 C 0 846 A 0 847 A 0 848 G 843 849 A 842 850 U 841 851 U 840 852 A 0 853 A 0 854 A 0 855 A 0 856 C 833 857 U 832 858 C 831 859 A 0 860 A 0 861 A 0 862 G 21 863 G 20 864 A 19 865 A 0 866 U 0 867 U 1343 868 G 1342 869 A 1340 870 C 1339 871 G 1338 872 G 0 873 G 1337 874 G 1336 875 G 1335 876 C 1334 877 N 1333 878 C 1332 879 G 1331 880 C 0 881 A 1327 882 C 1326 883 A 0 884 A 0 885 G 1291 886 C 1290 887 G 1289 888 G 1288 889 U 1287 890 G 1185 891 G 1184 892 A 1183 893 G 1182 894 C 1181 895 A 1180 896 U 1179 897 G 1178 898 U 1177 899 G 1176 900 G 1174 901 U 1173 902 U 0 903 U 0 904 A 0 905 A 0 906 U 921 907 U 920 908 C 919 909 G 918 910 A 0 911 A 0 912 G 0 913 C 0 914 A 0 915 A 0 916 C 0 917 G 0 918 C 909 919 G 908 920 C 907 921 A 906 922 G 0 923 A 0 924 A 0 925 C 0 926 C 0 927 U 0 928 U 0 929 A 0 930 C 1169 931 C 1168 932 A 1167 933 G 1166 934 C 1165 935 U 1164 936 U 1163 937 U 0 938 U 0 939 G 0 940 A 0 941 C 0 942 A 993 943 U 992 944 G 991 945 U 989 946 C 988 947 U 987 948 U 986 949 G 985 950 G 0 951 A 0 952 C 0 953 G 0 954 G 971 955 A 970 956 U 969 957 A 968 958 G 967 959 C 966 960 A 965 961 G 0 962 A 0 963 G 0 964 A 0 965 U 960 966 G 959 967 U 958 968 U 957 969 A 956 970 U 955 971 C 954 972 U 0 973 U 0 974 C 983 975 U 982 976 C 981 977 U 0 978 U 0 979 C 0 980 G 0 981 G 976 982 A 975 983 G 974 984 C 0 985 C 949 986 G 948 987 A 947 988 G 946 989 A 945 990 A 0 991 C 944 992 A 943 993 C 942 994 A 0 995 G 1158 996 G 1157 997 U 0 998 G 1156 999 C 1155 1000 U 1154 1001 G 1153 1002 C 0 1003 A 0 1004 U 1152 1005 G 1151 1006 G 1147 1007 C 1146 1008 U 1145 1009 G 1143 1010 U 1142 1011 C 1141 1012 G 1140 1013 U 0 1014 C 0 1015 N 0 1016 G 1055 1017 C 1054 1018 U 1053 1019 C 1052 1020 G 1051 1021 U 1050 1022 G 1031 1023 U 1030 1024 C 1029 1025 G 0 1026 U 0 1027 G 0 1028 A 0 1029 G 1024 1030 A 1023 1031 U 1022 1032 G 0 1033 U 0 1034 U 1047 1035 G 1046 1036 G 1045 1037 G 1044 1038 U 0 1039 U 0 1040 A 0 1041 A 0 1042 G 0 1043 U 0 1044 C 1037 1045 C 1036 1046 C 1035 1047 G 1034 1048 C 0 1049 A 0 1050 A 1021 1051 C 1020 1052 G 1019 1053 A 1018 1054 G 1017 1055 C 1016 1056 G 0 1057 C 0 1058 A 0 1059 A 0 1060 C 0 1061 C 1135 1062 C 1134 1063 A 1133 1064 C 1132 1065 G 0 1066 U 1102 1067 C 1101 1068 C 1100 1069 U 1099 1070 U 1098 1071 A 1097 1072 G 1096 1073 U 0 1074 U 0 1075 G 0 1076 C 1091 1077 C 1090 1078 A 0 1079 U 0 1080 C 1089 1081 A 1088 1082 U 0 1083 U 0 1084 A 0 1085 A 0 1086 G 0 1087 U 0 1088 U 1081 1089 G 1080 1090 G 1077 1091 G 1076 1092 C 0 1093 A 0 1094 C 0 1095 U 0 1096 C 1072 1097 U 1071 1098 A 1070 1099 G 1069 1100 G 1068 1101 G 1067 1102 A 1066 1103 G 0 1104 A 0 1105 C 1126 1106 U 1125 1107 G 1124 1108 C 1123 1109 C 1121 1110 G 1120 1111 G 1119 1112 U 1117 1113 G 0 1114 A 0 1115 U 0 1116 A 0 1117 A 1112 1118 G 0 1119 C 1111 1120 C 1110 1121 G 1109 1122 A 0 1123 G 1108 1124 A 1107 1125 G 1106 1126 G 1105 1127 A 0 1128 A 0 1129 G 0 1130 G 0 1131 U 0 1132 G 1064 1133 U 1063 1134 G 1062 1135 G 1061 1136 A 0 1137 U 0 1138 G 0 1139 A 0 1140 C 1012 1141 G 1011 1142 U 1010 1143 C 1009 1144 A 0 1145 A 1008 1146 G 1007 1147 U 1006 1148 C 0 1149 C 0 1150 U 0 1151 C 1005 1152 A 1004 1153 U 1001 1154 G 1000 1155 G 999 1156 C 998 1157 C 996 1158 C 995 1159 U 0 1160 U 0 1161 A 0 1162 C 0 1163 A 936 1164 G 935 1165 G 934 1166 C 933 1167 U 932 1168 G 931 1169 G 930 1170 G 0 1171 C 0 1172 U 0 1173 A 901 1174 C 900 1175 A 0 1176 C 899 1177 A 898 1178 C 897 1179 G 896 1180 U 895 1181 G 894 1182 C 893 1183 U 892 1184 A 891 1185 C 890 1186 A 0 1187 A 0 1188 U 0 1189 G 1243 1190 G 1242 1191 C 1241 1192 G 1240 1193 G 1239 1194 U 1238 1195 G 1237 1196 A 0 1197 C 0 1198 A 0 1199 A 0 1200 U 0 1201 G 1232 1202 G 1231 1203 G 1230 1204 A 0 1205 A 0 1206 G 1225 1207 C 1224 1208 G 0 1209 A 0 1210 A 0 1211 A 1220 1212 G 1219 1213 G 1218 1214 G 0 1215 C 0 1216 G 0 1217 A 0 1218 C 1213 1219 C 1212 1220 U 1211 1221 C 0 1222 U 0 1223 A 0 1224 G 1207 1225 C 1206 1226 A 0 1227 A 0 1228 A 0 1229 U 0 1230 C 1203 1231 U 1202 1232 C 1201 1233 A 0 1234 A 0 1235 A 0 1236 A 0 1237 A 1195 1238 A 1194 1239 C 1193 1240 C 1192 1241 G 1191 1242 U 1190 1243 C 1189 1244 U 0 1245 C 0 1246 A 0 1247 G 0 1248 U 0 1249 U 0 1250 C 1281 1251 G 0 1252 G 0 1253 A 0 1254 U 1277 1255 U 1276 1256 G 1275 1257 U 1274 1258 A 1273 1259 C 1272 1260 U 1271 1261 C 1270 1262 U 0 1263 G 0 1264 C 0 1265 A 0 1266 A 0 1267 C 0 1268 U 0 1269 C 0 1270 G 1261 1271 A 1260 1272 G 1259 1273 U 1258 1274 G 1257 1275 C 1256 1276 A 1255 1277 U 1254 1278 G 0 1279 A 0 1280 A 0 1281 G 1250 1282 G 0 1283 U 0 1284 G 0 1285 G 0 1286 A 0 1287 A 889 1288 U 888 1289 C 887 1290 G 886 1291 C 885 1292 U 0 1293 A 0 1294 G 0 1295 U 0 1296 A 0 1297 A 1319 1298 U 1318 1299 C 1317 1300 G 1316 1301 C 1315 1302 A 1314 1303 G 1313 1304 A 1312 1305 U 0 1306 C 0 1307 A 0 1308 G 0 1309 A 0 1310 A 0 1311 C 0 1312 G 1304 1313 C 1303 1314 U 1302 1315 G 1301 1316 C 1300 1317 G 1299 1318 G 1298 1319 U 1297 1320 G 0 1321 A 0 1322 A 0 1323 U 0 1324 A 0 1325 C 0 1326 G 882 1327 U 881 1328 U 0 1329 C 0 1330 C 0 1331 C 879 1332 G 878 1333 G 877 1334 G 876 1335 C 875 1336 C 874 1337 U 873 1338 U 871 1339 G 870 1340 U 869 1341 A 0 1342 C 868 1343 A 867 1344 C 0 1345 A 0 1346 C 1451 1347 C 0 1348 G 1448 1349 C 1447 1350 C 0 1351 C 1444 1352 G 1443 1353 U 0 1354 C 0 1355 A 0 1356 C 1438 1357 A 1437 1358 C 1436 1359 C 1435 1360 A 1434 1361 U 1433 1362 G 1432 1363 G 1431 1364 G 0 1365 A 0 1366 G 1428 1367 U 1427 1368 U 1426 1369 G 1425 1370 G 1424 1371 C 1423 1372 U 1422 1373 U 1421 1374 U 1420 1375 A 1419 1376 C 1418 1377 C 1417 1378 C 0 1379 G 0 1380 A 0 1381 A 0 1382 G 1413 1383 G 1412 1384 C 1411 1385 G 1410 1386 U 1409 1387 U 1408 1388 U 0 1389 C 1407 1390 G 1406 1391 C 1405 1392 U 1404 1393 A 0 1394 A 0 1395 C 1402 1396 C 1401 1397 G 0 1398 C 0 1399 A 0 1400 A 0 1401 G 1396 1402 G 1395 1403 A 0 1404 G 1392 1405 G 1391 1406 C 1390 1407 A 1389 1408 G 1387 1409 G 1386 1410 C 1385 1411 G 1384 1412 A 1383 1413 C 1382 1414 C 0 1415 A 0 1416 C 0 1417 G 1377 1418 G 1376 1419 U 1375 1420 A 1374 1421 G 1373 1422 G 1372 1423 G 1371 1424 U 1370 1425 C 1369 1426 A 1368 1427 G 1367 1428 C 1366 1429 G 0 1430 N 0 1431 C 1363 1432 U 1362 1433 N 1361 1434 G 1360 1435 G 1359 1436 N 1358 1437 N 1357 1438 N 1356 1439 N 0 1440 N 0 1441 N 0 1442 N 0 1443 N 1352 1444 G 1351 1445 U 0 1446 A 0 1447 A 1349 1448 C 1348 1449 A 0 1450 A 0 1451 G 1346 1452 N 0 1453 N 1476 1454 N 1475 1455 N 1474 1456 N 1473 1457 N 1472 1458 N 1471 1459 N 1470 1460 N 1469 1461 N 1468 1462 N 1467 1463 N 0 1464 G 0 1465 A 0 1466 A 0 1467 C 1462 1468 C 1461 1469 U 1460 1470 G 1459 1471 N 1458 1472 N 1457 1473 N 1456 1474 N 1455 1475 N 1454 1476 N 1453 1477 G 0 1478 A 0 1479 U 0 1480 C 0 1481 A 0 1482 C 0 1483 C 0 1484 U 0 1485 C 0 1486 C 0 1487 U 0 1488 U 0 1489 U 0 1490 C 0 1491 U 0