Filename: d.16.b.R.erythropolis.bpseq Organism: Rhodococcus erythropolis Accession Number: AF001265 Citation and related information available at http://www.rna.icmb.utexas.edu 1 U 0 2 C 0 3 A 0 4 A 0 5 C 0 6 G 0 7 G 0 8 A 0 9 G 25 10 A 24 11 G 23 12 U 22 13 U 21 14 U 0 15 G 0 16 A 0 17 U 890 18 C 889 19 C 888 20 U 0 21 G 13 22 G 12 23 C 11 24 U 10 25 C 9 26 A 0 27 G 527 28 G 526 29 A 525 30 C 524 31 G 0 32 A 523 33 A 522 34 C 521 35 G 520 36 C 519 37 U 518 38 G 0 39 G 394 40 C 393 41 G 392 42 G 391 43 C 390 44 G 389 45 U 387 46 G 386 47 C 352 48 U 0 49 U 0 50 A 0 51 A 0 52 C 350 53 A 349 54 C 348 55 A 0 56 U 347 57 G 346 58 C 345 59 A 0 60 A 0 61 G 95 62 U 94 63 C 93 64 G 0 65 A 0 66 G 92 67 C 91 68 G 90 69 G 88 70 U 87 71 A 0 72 A 0 73 G 0 74 G 84 75 C 83 76 C 82 77 U 81 78 U 0 79 C 0 80 G 0 81 G 77 82 G 76 83 G 75 84 U 74 85 A 0 86 C 0 87 A 70 88 C 69 89 G 0 90 A 68 91 G 67 92 C 66 93 G 63 94 G 62 95 C 61 96 G 0 97 A 0 98 A 0 99 C 0 100 G 0 101 G 0 102 G 305 103 U 304 104 G 303 105 A 0 106 G 0 107 U 0 108 A 0 109 A 0 110 C 0 111 A 230 112 C 229 113 G 228 114 U 227 115 G 226 116 G 225 117 G 224 118 U 223 119 G 0 120 A 0 121 U 222 122 C 221 123 U 0 124 G 0 125 C 0 126 C 218 127 C 217 128 U 216 129 G 215 130 C 214 131 A 213 132 C 212 133 U 0 134 U 168 135 C 167 136 G 166 137 G 165 138 G 0 139 A 0 140 U 0 141 A 0 142 A 159 143 G 158 144 C 157 145 C 156 146 U 155 147 G 154 148 G 153 149 G 0 150 A 0 151 A 0 152 A 0 153 C 148 154 U 147 155 G 146 156 G 145 157 G 144 158 U 143 159 C 142 160 U 0 161 A 0 162 A 0 163 U 0 164 A 0 165 C 137 166 C 136 167 G 135 168 G 134 169 A 0 170 U 0 171 A 0 172 U 0 173 G 0 174 A 197 175 C 196 176 C 195 177 U 194 178 C 193 179 C 192 180 U 191 181 A 190 182 U 189 183 C 188 184 G 0 185 C 0 186 A 0 187 U 0 188 G 183 189 G 182 190 U 181 191 G 180 192 G 179 193 G 178 194 U 177 195 G 176 196 G 175 197 U 174 198 G 0 199 G 0 200 A 0 201 A 0 202 A 0 203 G 210 204 A 209 205 U 0 206 U 0 207 U 0 208 A 0 209 U 204 210 C 203 211 G 0 212 G 132 213 U 131 214 G 130 215 C 129 216 A 128 217 G 127 218 G 126 219 A 0 220 U 0 221 G 122 222 G 121 223 G 118 224 C 117 225 C 116 226 C 115 227 G 114 228 C 113 229 G 112 230 G 111 231 C 277 232 C 276 233 U 275 234 A 0 235 U 0 236 C 274 237 A 0 238 G 268 239 C 267 240 U 266 241 U 0 242 G 0 243 U 265 244 U 264 245 G 263 246 G 262 247 U 261 248 G 260 249 G 259 250 G 258 251 G 0 252 U 0 253 A 0 254 A 0 255 U 0 256 G 0 257 G 0 258 C 250 259 C 249 260 U 248 261 A 247 262 C 246 263 C 245 264 A 244 265 A 243 266 G 240 267 G 239 268 C 238 269 G 0 270 A 0 271 C 0 272 G 0 273 A 0 274 C 236 275 G 233 276 G 232 277 G 231 278 U 0 279 A 0 280 G 302 281 C 301 282 C 300 283 G 299 284 A 295 285 C 294 286 C 293 287 U 292 288 G 0 289 A 0 290 G 0 291 A 0 292 G 287 293 G 286 294 G 285 295 U 284 296 G 0 297 A 0 298 C 0 299 C 283 300 G 282 301 G 281 302 C 280 303 C 104 304 A 103 305 C 102 306 A 0 307 C 328 308 U 327 309 G 326 310 G 325 311 G 324 312 A 323 313 C 0 314 U 0 315 G 0 316 A 0 317 G 0 318 A 0 319 C 0 320 A 0 321 C 0 322 G 0 323 G 312 324 C 311 325 C 310 326 C 309 327 A 308 328 G 307 329 A 0 330 C 341 331 U 340 332 C 339 333 C 338 334 U 0 335 A 0 336 C 0 337 G 0 338 G 333 339 G 332 340 A 331 341 G 330 342 G 0 343 C 0 344 A 0 345 G 58 346 C 57 347 A 56 348 G 54 349 U 53 350 G 52 351 G 0 352 G 47 353 G 0 354 A 0 355 A 0 356 U 0 357 A 0 358 U 384 359 U 0 360 G 383 361 C 382 362 A 381 363 C 0 364 A 0 365 A 0 366 U 379 367 G 378 368 G 377 369 G 376 370 C 375 371 G 0 372 A 0 373 A 0 374 A 0 375 G 370 376 C 369 377 C 368 378 U 367 379 G 366 380 A 0 381 U 362 382 G 361 383 C 360 384 A 358 385 G 0 386 C 46 387 G 45 388 A 0 389 C 44 390 G 43 391 C 42 392 C 41 393 G 40 394 C 39 395 G 0 396 U 0 397 G 427 398 A 426 399 G 425 400 G 424 401 G 0 402 A 0 403 U 0 404 G 0 405 A 0 406 C 0 407 G 418 408 G 417 409 C 416 410 C 415 411 U 0 412 U 0 413 C 0 414 G 0 415 G 410 416 G 409 417 U 408 418 U 407 419 G 0 420 U 0 421 A 0 422 A 0 423 A 0 424 C 400 425 C 399 426 U 398 427 C 397 428 U 0 429 U 467 430 U 0 431 C 468 432 A 464 433 G 463 434 C 462 435 A 461 436 G 460 437 G 459 438 G 0 439 A 0 440 C 0 441 G 454 442 A 0 443 A 0 444 G 451 445 C 450 446 G 0 447 C 0 448 A 0 449 A 0 450 G 445 451 U 444 452 G 0 453 A 0 454 C 441 455 G 0 456 G 0 457 U 0 458 A 0 459 C 437 460 C 436 461 U 435 462 G 434 463 C 433 464 A 432 465 G 0 466 A 0 467 A 429 468 G 431 469 A 0 470 A 0 471 G 516 472 C 515 473 A 514 474 C 513 475 C 512 476 G 497 477 G 496 478 C 495 479 U 0 480 A 0 481 A 0 482 C 511 483 U 510 484 A 509 485 C 508 486 G 507 487 U 0 488 G 0 489 C 0 490 C 0 491 A 0 492 G 499 493 C 498 494 A 0 495 G 478 496 C 477 497 C 476 498 G 493 499 C 492 500 G 0 501 G 0 502 U 0 503 A 0 504 A 0 505 U 0 506 A 0 507 C 486 508 G 485 509 U 484 510 A 483 511 G 482 512 G 475 513 G 474 514 A 473 515 G 472 516 C 471 517 A 0 518 A 37 519 G 36 520 C 35 521 G 34 522 U 33 523 U 32 524 G 30 525 U 29 526 C 28 527 C 27 528 G 0 529 G 0 530 A 0 531 A 0 532 U 0 533 U 0 534 A 0 535 C 0 536 U 0 537 G 0 538 G 855 539 G 854 540 C 853 541 G 838 542 U 837 543 A 0 544 A 0 545 A 0 546 G 852 547 A 0 548 G 735 549 U 734 550 U 733 551 C 732 552 G 0 553 U 729 554 A 0 555 G 728 556 G 727 557 C 726 558 G 0 559 G 622 560 U 621 561 U 620 562 U 619 563 G 618 564 U 617 565 C 616 566 G 0 567 C 615 568 G 614 569 U 611 570 C 610 571 G 609 572 U 608 573 U 607 574 U 606 575 G 605 576 U 604 577 G 603 578 A 0 579 A 0 580 A 0 581 A 0 582 C 600 583 C 599 584 A 598 585 G 597 586 C 596 587 A 595 588 G 594 589 C 0 590 U 0 591 C 0 592 A 0 593 A 0 594 C 588 595 U 587 596 G 586 597 C 585 598 U 584 599 G 583 600 G 582 601 C 0 602 U 0 603 U 577 604 G 576 605 C 575 606 A 574 607 G 573 608 G 572 609 C 571 610 G 570 611 A 569 612 U 0 613 A 0 614 C 568 615 G 567 616 G 565 617 G 564 618 C 563 619 A 562 620 G 561 621 A 560 622 C 559 623 U 0 624 U 0 625 G 0 626 A 722 627 G 721 628 U 720 629 A 718 630 C 717 631 U 716 632 G 715 633 C 714 634 A 713 635 G 0 636 G 0 637 G 711 638 G 710 639 A 709 640 G 708 641 A 707 642 C 706 643 U 705 644 G 688 645 G 687 646 A 0 647 A 0 648 U 684 649 U 683 650 C 682 651 C 681 652 U 680 653 G 679 654 G 678 655 U 677 656 G 0 657 U 0 658 A 0 659 G 670 660 C 669 661 G 668 662 G 0 663 U 0 664 G 0 665 A 0 666 A 0 667 A 0 668 U 661 669 G 660 670 C 659 671 G 0 672 C 0 673 A 0 674 G 0 675 A 0 676 U 0 677 A 655 678 U 654 679 C 653 680 A 652 681 G 651 682 G 650 683 A 649 684 G 648 685 G 0 686 A 0 687 A 645 688 C 644 689 A 0 690 C 0 691 C 0 692 G 0 693 G 704 694 U 0 695 G 0 696 G 703 697 C 702 698 G 0 699 A 0 700 A 0 701 G 0 702 G 697 703 C 696 704 G 693 705 G 643 706 G 642 707 U 641 708 C 640 709 U 639 710 C 638 711 U 637 712 G 0 713 G 634 714 G 633 715 C 632 716 A 631 717 G 630 718 U 629 719 A 0 720 A 628 721 C 627 722 U 626 723 G 0 724 A 0 725 C 0 726 G 557 727 C 556 728 U 555 729 G 553 730 A 0 731 G 0 732 G 551 733 A 550 734 A 549 735 C 548 736 G 0 737 A 0 738 A 0 739 A 0 740 G 781 741 C 780 742 G 779 743 U 778 744 G 777 745 G 776 746 G 0 747 U 0 748 A 0 749 G 775 750 C 774 751 G 0 752 A 0 753 A 0 754 C 770 755 A 769 756 G 768 757 G 767 758 A 0 759 U 0 760 U 0 761 A 0 762 G 0 763 A 0 764 U 0 765 A 0 766 C 0 767 C 757 768 C 756 769 U 755 770 G 754 771 G 0 772 U 0 773 A 0 774 G 750 775 U 749 776 C 745 777 C 744 778 A 743 779 C 742 780 G 741 781 C 740 782 C 0 783 G 0 784 U 0 785 A 0 786 A 0 787 A 0 788 C 0 789 G 0 790 G 0 791 U 0 792 G 851 793 G 850 794 G 849 795 C 848 796 G 847 797 C 846 798 U 0 799 A 0 800 G 829 801 G 828 802 U 827 803 G 826 804 U 825 805 G 824 806 G 823 807 G 822 808 U 821 809 U 820 810 C 819 811 C 818 812 U 0 813 U 0 814 C 0 815 C 0 816 A 0 817 C 0 818 G 811 819 G 810 820 A 809 821 A 808 822 U 807 823 C 806 824 C 805 825 G 804 826 U 803 827 G 802 828 C 801 829 C 800 830 G 0 831 U 0 832 A 0 833 G 840 834 C 839 835 U 0 836 A 0 837 A 542 838 C 541 839 G 834 840 C 833 841 A 0 842 U 0 843 U 0 844 A 0 845 A 0 846 G 797 847 C 796 848 G 795 849 C 794 850 C 793 851 C 792 852 C 546 853 G 540 854 C 539 855 C 538 856 U 0 857 G 884 858 G 883 859 G 882 860 G 0 861 A 0 862 G 0 863 U 0 864 A 0 865 C 0 866 G 877 867 G 876 868 C 875 869 C 874 870 G 0 871 C 0 872 A 0 873 A 0 874 G 869 875 G 868 876 C 867 877 U 866 878 A 0 879 A 0 880 A 0 881 A 0 882 C 859 883 U 858 884 C 857 885 A 0 886 A 0 887 A 0 888 G 19 889 G 18 890 A 17 891 A 0 892 U 0 893 U 1368 894 G 1367 895 A 1365 896 C 1364 897 G 1363 898 G 0 899 G 1362 900 G 1361 901 G 1360 902 C 1359 903 C 1358 904 C 1357 905 G 1356 906 C 0 907 A 1352 908 C 1351 909 A 0 910 A 0 911 G 1315 912 C 1314 913 G 1313 914 G 1312 915 C 1311 916 G 1208 917 G 1207 918 A 1206 919 G 1205 920 C 1204 921 A 1203 922 U 1202 923 G 1201 924 U 1200 925 G 1199 926 G 1197 927 A 1196 928 U 0 929 U 0 930 A 0 931 A 0 932 U 947 933 U 946 934 C 945 935 G 944 936 A 0 937 U 0 938 G 0 939 C 0 940 A 0 941 A 0 942 C 0 943 G 0 944 C 935 945 G 934 946 A 933 947 A 932 948 G 0 949 A 0 950 A 0 951 C 0 952 C 0 953 U 0 954 U 0 955 A 0 956 C 1192 957 C 1191 958 U 1190 959 G 1189 960 G 1188 961 G 1187 962 U 1186 963 U 0 964 U 0 965 G 0 966 A 0 967 C 0 968 A 1015 969 U 1014 970 A 1013 971 U 1012 972 A 1011 973 C 1010 974 C 1009 975 G 1008 976 G 1007 977 A 0 978 A 0 979 A 996 980 G 995 981 C 994 982 U 993 983 G 992 984 C 991 985 A 990 986 G 0 987 A 0 988 G 0 989 A 0 990 U 985 991 G 984 992 U 983 993 G 982 994 G 981 995 C 980 996 C 979 997 C 0 998 C 1006 999 C 1005 1000 C 0 1001 U 0 1002 U 0 1003 G 0 1004 U 0 1005 G 999 1006 G 998 1007 U 976 1008 C 975 1009 G 974 1010 G 973 1011 U 972 1012 A 971 1013 U 970 1014 A 969 1015 C 968 1016 A 0 1017 G 1181 1018 G 1180 1019 U 0 1020 G 1179 1021 G 1178 1022 U 1177 1023 G 1176 1024 C 0 1025 A 0 1026 U 1175 1027 G 1174 1028 G 1170 1029 C 1169 1030 U 1168 1031 G 1166 1032 U 1165 1033 C 1164 1034 G 1163 1035 U 0 1036 C 0 1037 A 0 1038 G 1077 1039 C 1076 1040 U 1075 1041 C 1074 1042 G 1073 1043 U 1072 1044 G 1053 1045 U 1052 1046 C 1051 1047 G 0 1048 U 0 1049 G 0 1050 A 0 1051 G 1046 1052 A 1045 1053 U 1044 1054 G 0 1055 U 0 1056 U 1069 1057 G 1068 1058 G 1067 1059 G 1066 1060 U 0 1061 U 0 1062 A 0 1063 A 0 1064 G 0 1065 U 0 1066 C 1059 1067 C 1058 1068 C 1057 1069 G 1056 1070 C 0 1071 A 0 1072 A 1043 1073 C 1042 1074 G 1041 1075 A 1040 1076 G 1039 1077 C 1038 1078 G 0 1079 C 0 1080 A 0 1081 A 0 1082 C 0 1083 C 1158 1084 C 1157 1085 C 1156 1086 U 1155 1087 A 0 1088 U 1126 1089 C 1125 1090 U 1124 1091 U 1123 1092 A 1122 1093 U 1121 1094 G 1120 1095 U 0 1096 U 0 1097 G 0 1098 C 1115 1099 C 1114 1100 A 0 1101 G 0 1102 C 1113 1103 A 1112 1104 C 1111 1105 G 0 1106 U 0 1107 U 0 1108 A 0 1109 U 0 1110 G 0 1111 G 1104 1112 U 1103 1113 G 1102 1114 G 1099 1115 G 1098 1116 G 0 1117 A 0 1118 C 0 1119 U 0 1120 C 1094 1121 G 1093 1122 U 1092 1123 A 1091 1124 A 1090 1125 G 1089 1126 A 1088 1127 G 0 1128 A 0 1129 C 1149 1130 U 1148 1131 G 1147 1132 C 1146 1133 C 1145 1134 G 1144 1135 G 1143 1136 G 1142 1137 G 0 1138 U 0 1139 C 0 1140 A 0 1141 A 0 1142 C 1136 1143 U 1135 1144 C 1134 1145 G 1133 1146 G 1132 1147 A 1131 1148 G 1130 1149 G 1129 1150 A 0 1151 A 0 1152 G 0 1153 G 0 1154 U 0 1155 G 1086 1156 G 1085 1157 G 1084 1158 G 1083 1159 A 0 1160 C 0 1161 G 0 1162 A 0 1163 C 1034 1164 G 1033 1165 U 1032 1166 C 1031 1167 A 0 1168 A 1030 1169 G 1029 1170 U 1028 1171 C 0 1172 A 0 1173 U 0 1174 C 1027 1175 A 1026 1176 U 1023 1177 G 1022 1178 C 1021 1179 C 1020 1180 C 1018 1181 C 1017 1182 U 0 1183 U 0 1184 A 0 1185 U 0 1186 G 962 1187 U 961 1188 C 960 1189 C 959 1190 A 958 1191 G 957 1192 G 956 1193 G 0 1194 C 0 1195 U 0 1196 U 927 1197 C 926 1198 A 0 1199 C 925 1200 A 924 1201 C 923 1202 A 922 1203 U 921 1204 G 920 1205 C 919 1206 U 918 1207 A 917 1208 C 916 1209 A 0 1210 A 0 1211 U 0 1212 G 1267 1213 G 1266 1214 C 1265 1215 C 1264 1216 A 1263 1217 G 1262 1218 U 1261 1219 A 0 1220 C 0 1221 A 0 1222 G 0 1223 A 0 1224 G 1255 1225 G 1254 1226 G 1253 1227 C 0 1228 U 0 1229 G 1248 1230 C 1247 1231 G 0 1232 A 0 1233 G 0 1234 A 1243 1235 C 1242 1236 C 1241 1237 G 0 1238 U 0 1239 G 0 1240 A 0 1241 G 1236 1242 G 1235 1243 U 1234 1244 G 0 1245 G 0 1246 A 0 1247 G 1230 1248 C 1229 1249 G 0 1250 A 0 1251 A 0 1252 U 0 1253 C 1226 1254 C 1225 1255 C 1224 1256 U 0 1257 U 0 1258 A 0 1259 A 0 1260 A 0 1261 G 1218 1262 C 1217 1263 U 1216 1264 G 1215 1265 G 1214 1266 U 1213 1267 C 1212 1268 U 0 1269 C 0 1270 A 0 1271 G 0 1272 U 0 1273 U 0 1274 C 1305 1275 G 0 1276 G 0 1277 A 0 1278 U 1301 1279 C 1300 1280 G 1299 1281 G 1298 1282 G 1297 1283 G 1296 1284 U 1295 1285 C 1294 1286 U 0 1287 G 0 1288 C 0 1289 A 0 1290 A 0 1291 C 0 1292 U 0 1293 C 0 1294 G 1285 1295 A 1284 1296 C 1283 1297 C 1282 1298 C 1281 1299 C 1280 1300 G 1279 1301 U 1278 1302 G 0 1303 A 0 1304 A 0 1305 G 1274 1306 U 0 1307 C 0 1308 G 0 1309 G 0 1310 A 0 1311 G 915 1312 U 914 1313 C 913 1314 G 912 1315 C 911 1316 U 0 1317 A 0 1318 G 0 1319 U 0 1320 A 0 1321 A 1344 1322 U 1343 1323 C 1342 1324 G 1341 1325 C 1340 1326 A 1339 1327 G 1338 1328 A 1337 1329 U 0 1330 C 0 1331 A 0 1332 G 0 1333 C 0 1334 A 0 1335 A 0 1336 C 0 1337 G 1328 1338 C 1327 1339 U 1326 1340 G 1325 1341 C 1324 1342 G 1323 1343 G 1322 1344 U 1321 1345 G 0 1346 A 0 1347 A 0 1348 U 0 1349 A 0 1350 C 0 1351 G 908 1352 U 907 1353 U 0 1354 C 0 1355 C 0 1356 C 905 1357 G 904 1358 G 903 1359 G 902 1360 C 901 1361 C 900 1362 U 899 1363 U 897 1364 G 896 1365 U 895 1366 A 0 1367 C 894 1368 A 893 1369 C 0 1370 A 0 1371 C 1479 1372 C 0 1373 G 1476 1374 C 1475 1375 C 0 1376 C 1472 1377 G 1471 1378 U 0 1379 C 0 1380 A 0 1381 C 1466 1382 G 1465 1383 U 1464 1384 C 1463 1385 A 1462 1386 U 1461 1387 G 1460 1388 A 1459 1389 A 0 1390 A 0 1391 G 1456 1392 U 1455 1393 C 1454 1394 G 1453 1395 G 1452 1396 U 1451 1397 A 1450 1398 A 1449 1399 C 1448 1400 A 1447 1401 C 1446 1402 C 1445 1403 C 0 1404 G 0 1405 A 0 1406 A 0 1407 G 1441 1408 C 1440 1409 C 1439 1410 G 1438 1411 G 1437 1412 U 1436 1413 G 0 1414 G 1435 1415 C 1434 1416 U 1433 1417 U 1432 1418 A 0 1419 A 0 1420 C 1430 1421 C 1429 1422 C 1428 1423 C 0 1424 U 0 1425 U 0 1426 G 0 1427 U 0 1428 G 1422 1429 G 1421 1430 G 1420 1431 A 0 1432 G 1417 1433 G 1416 1434 G 1415 1435 A 1414 1436 G 1412 1437 C 1411 1438 C 1410 1439 G 1409 1440 U 1408 1441 C 1407 1442 G 0 1443 A 0 1444 A 0 1445 G 1402 1446 G 1401 1447 U 1400 1448 G 1399 1449 G 1398 1450 G 1397 1451 A 1396 1452 U 1395 1453 C 1394 1454 G 1393 1455 G 1392 1456 C 1391 1457 G 0 1458 A 0 1459 U 1388 1460 U 1387 1461 G 1386 1462 G 1385 1463 G 1384 1464 A 1383 1465 C 1382 1466 G 1381 1467 A 0 1468 A 0 1469 G 0 1470 U 0 1471 C 1377 1472 G 1376 1473 U 0 1474 A 0 1475 A 1374 1476 C 1373 1477 A 0 1478 A 0 1479 G 1371 1480 G 0 1481 U 1504 1482 A 1503 1483 G 1502 1484 C 1501 1485 C 1500 1486 G 1499 1487 U 1498 1488 A 1497 1489 C 1496 1490 C 1495 1491 G 0 1492 G 0 1493 A 0 1494 A 0 1495 G 1490 1496 G 1489 1497 U 1488 1498 G 1487 1499 C 1486 1500 G 1485 1501 G 1484 1502 C 1483 1503 U 1482 1504 G 1481 1505 G 0 1506 A 0 1507 U 0 1508 C 0 1509 A 0 1510 C 0 1511 C 0 1512 U 0 1513 C 0 1514 C 0 1515 U 0 1516 U 0 1517 U 0 1518 C 0 1519 U 0