Filename: d.16.b.S.dysenteriae.2.bpseq Organism: Shigella dysenteriae Accession Number: X96966 Citation and related information available at http://www.rna.icmb.utexas.edu 1 N 0 2 N 0 3 N 0 4 N 0 5 N 0 6 N 0 7 N 0 8 N 24 9 N 23 10 N 22 11 N 21 12 N 20 13 N 0 14 N 0 15 N 0 16 N 916 17 N 915 18 N 914 19 U 0 20 G 12 21 G 11 22 C 10 23 U 9 24 C 8 25 A 0 26 G 554 27 A 553 28 U 552 29 U 551 30 G 0 31 A 550 32 A 549 33 C 548 34 G 547 35 C 546 36 U 545 37 G 0 38 G 401 39 C 400 40 G 399 41 G 398 42 C 397 43 A 396 44 G 394 45 G 393 46 C 359 47 C 0 48 U 0 49 A 0 50 A 0 51 C 357 52 A 356 53 C 355 54 A 0 55 U 354 56 G 353 57 C 352 58 A 0 59 A 0 60 G 104 61 U 103 62 C 102 63 G 0 64 A 0 65 A 101 66 C 100 67 G 99 68 G 97 69 U 96 70 A 0 71 A 0 72 C 95 73 A 94 74 G 93 75 A 91 76 A 90 77 A 89 78 G 0 79 C 88 80 A 87 81 G 86 82 C 0 83 U 0 84 U 0 85 G 0 86 C 81 87 U 80 88 G 79 89 U 77 90 U 76 91 U 75 92 G 0 93 C 74 94 U 73 95 G 72 96 A 69 97 C 68 98 G 0 99 A 67 100 G 66 101 U 65 102 G 62 103 G 61 104 C 60 105 G 0 106 G 0 107 A 0 108 C 0 109 G 0 110 G 0 111 G 312 112 U 311 113 G 310 114 A 0 115 G 0 116 U 0 117 A 0 118 A 0 119 U 0 120 G 237 121 U 236 122 C 235 123 U 234 124 G 233 125 G 232 126 G 231 127 A 230 128 A 0 129 A 229 130 C 228 131 U 0 132 G 0 133 C 0 134 C 225 135 U 224 136 G 223 137 A 222 138 U 221 139 G 220 140 G 219 141 A 0 142 G 176 143 G 175 144 G 174 145 G 173 146 G 0 147 A 0 148 U 0 149 A 0 150 A 167 151 C 166 152 U 165 153 A 164 154 C 163 155 U 162 156 G 161 157 G 0 158 A 0 159 A 0 160 A 0 161 C 156 162 G 155 163 G 154 164 U 153 165 A 152 166 G 151 167 C 150 168 U 0 169 A 0 170 A 0 171 U 0 172 A 0 173 C 145 174 C 144 175 G 143 176 C 142 177 A 0 178 U 0 179 A 0 180 A 0 181 C 0 182 G 191 183 U 190 184 C 189 185 G 0 186 C 0 187 A 0 188 A 0 189 G 184 190 A 183 191 C 182 192 C 0 193 A 0 194 A 0 195 A 0 196 G 217 197 A 216 198 G 215 199 G 214 200 G 213 201 G 212 202 G 0 203 A 0 204 C 211 205 C 210 206 U 0 207 U 0 208 C 0 209 G 0 210 G 205 211 G 204 212 C 201 213 C 200 214 U 199 215 C 198 216 U 197 217 U 196 218 G 0 219 C 140 220 C 139 221 A 138 222 U 137 223 C 136 224 G 135 225 G 134 226 A 0 227 U 0 228 G 130 229 U 129 230 G 127 231 C 126 232 C 125 233 C 124 234 A 123 235 G 122 236 A 121 237 U 120 238 G 284 239 G 283 240 G 282 241 A 0 242 U 0 243 U 281 244 A 0 245 G 275 246 C 274 247 U 273 248 A 0 249 G 0 250 U 272 251 A 271 252 G 270 253 G 269 254 U 268 255 G 267 256 G 266 257 G 265 258 G 0 259 U 0 260 A 0 261 A 0 262 C 0 263 G 0 264 G 0 265 C 257 266 U 256 267 C 255 268 A 254 269 C 253 270 C 252 271 U 251 272 A 250 273 G 247 274 G 246 275 C 245 276 G 0 277 A 0 278 C 0 279 G 0 280 A 0 281 U 243 282 C 240 283 C 239 284 C 238 285 U 0 286 A 0 287 G 309 288 C 308 289 U 307 290 G 306 291 G 302 292 U 301 293 C 300 294 U 299 295 G 0 296 A 0 297 G 0 298 A 0 299 G 294 300 G 293 301 A 292 302 U 291 303 G 0 304 A 0 305 C 0 306 C 290 307 A 289 308 G 288 309 C 287 310 C 113 311 A 112 312 C 111 313 A 0 314 C 335 315 U 334 316 G 333 317 G 332 318 A 331 319 A 330 320 C 0 321 U 0 322 G 0 323 A 0 324 G 0 325 A 0 326 C 0 327 A 0 328 C 0 329 G 0 330 G 319 331 U 318 332 C 317 333 C 316 334 A 315 335 G 314 336 A 0 337 C 348 338 U 347 339 C 346 340 C 345 341 U 0 342 A 0 343 C 0 344 G 0 345 G 340 346 G 339 347 A 338 348 G 337 349 G 0 350 C 0 351 A 0 352 G 57 353 C 56 354 A 55 355 G 53 356 U 52 357 G 51 358 G 0 359 G 46 360 G 0 361 A 0 362 A 0 363 U 0 364 A 0 365 U 391 366 U 0 367 G 390 368 C 389 369 A 388 370 C 0 371 A 0 372 A 0 373 U 386 374 G 385 375 G 384 376 G 383 377 C 382 378 G 0 379 C 0 380 A 0 381 A 0 382 G 377 383 C 376 384 C 375 385 U 374 386 G 373 387 A 0 388 U 369 389 G 368 390 C 367 391 A 365 392 G 0 393 C 45 394 C 44 395 A 0 396 U 43 397 G 42 398 C 41 399 C 40 400 G 39 401 C 38 402 G 0 403 U 0 404 G 434 405 U 433 406 A 432 407 U 431 408 G 0 409 A 0 410 A 0 411 G 0 412 A 0 413 A 0 414 G 425 415 G 424 416 C 423 417 C 422 418 U 0 419 U 0 420 C 0 421 G 0 422 G 417 423 G 416 424 U 415 425 U 414 426 G 0 427 U 0 428 A 0 429 A 0 430 A 0 431 G 407 432 U 406 433 A 405 434 C 404 435 U 0 436 U 494 437 U 0 438 C 0 439 A 491 440 G 490 441 C 489 442 G 488 443 G 487 444 G 486 445 G 0 446 A 0 447 G 0 448 G 481 449 A 0 450 A 0 451 G 0 452 G 0 453 G 475 454 A 474 455 G 473 456 U 472 457 A 471 458 A 470 459 A 469 460 G 468 461 U 0 462 U 0 463 A 0 464 A 0 465 U 0 466 A 0 467 C 0 468 C 460 469 U 459 470 U 458 471 U 457 472 G 456 473 C 455 474 U 454 475 C 453 476 A 0 477 U 0 478 U 0 479 G 0 480 A 0 481 C 448 482 G 0 483 U 0 484 U 0 485 A 0 486 C 444 487 C 443 488 C 442 489 G 441 490 C 440 491 A 439 492 G 0 493 A 0 494 A 436 495 G 0 496 A 0 497 A 0 498 G 543 499 C 542 500 A 541 501 C 540 502 C 539 503 G 0 504 G 0 505 C 0 506 U 0 507 A 0 508 A 0 509 C 538 510 U 537 511 C 536 512 C 535 513 G 534 514 U 0 515 G 0 516 C 0 517 C 0 518 A 0 519 G 526 520 C 525 521 A 0 522 G 0 523 C 0 524 C 0 525 G 520 526 C 519 527 G 0 528 G 0 529 U 0 530 A 0 531 A 0 532 U 0 533 A 0 534 C 513 535 G 512 536 G 511 537 A 510 538 G 509 539 G 502 540 G 501 541 U 500 542 G 499 543 C 498 544 A 0 545 A 36 546 G 35 547 C 34 548 G 33 549 U 32 550 U 31 551 A 29 552 A 28 553 U 27 554 C 26 555 G 0 556 G 0 557 A 0 558 A 0 559 U 0 560 U 0 561 A 0 562 C 0 563 U 0 564 G 0 565 G 881 566 G 880 567 C 879 568 G 0 569 U 0 570 A 0 571 A 0 572 A 0 573 G 0 574 C 0 575 G 762 576 C 761 577 A 760 578 C 759 579 G 0 580 C 756 581 A 0 582 G 755 583 G 754 584 C 753 585 G 0 586 G 649 587 U 648 588 U 647 589 U 646 590 G 645 591 U 644 592 U 643 593 A 0 594 A 642 595 G 641 596 U 638 597 C 637 598 A 636 599 G 635 600 A 634 601 U 633 602 G 632 603 U 631 604 G 630 605 A 0 606 A 0 607 A 0 608 U 0 609 C 627 610 C 626 611 C 625 612 C 624 613 G 623 614 G 622 615 G 621 616 C 0 617 U 0 618 C 0 619 A 0 620 A 0 621 C 615 622 C 614 623 U 613 624 G 612 625 G 611 626 G 610 627 A 609 628 A 0 629 C 0 630 U 604 631 G 603 632 C 602 633 A 601 634 U 600 635 C 599 636 U 598 637 G 597 638 A 596 639 U 0 640 A 0 641 C 595 642 U 594 643 G 592 644 G 591 645 C 590 646 A 589 647 A 588 648 G 587 649 C 586 650 U 0 651 U 0 652 G 0 653 A 749 654 G 748 655 U 747 656 C 746 657 U 744 658 C 743 659 G 742 660 U 741 661 A 740 662 G 0 663 A 0 664 G 738 665 G 737 666 G 736 667 G 735 668 G 734 669 G 733 670 U 732 671 A 715 672 G 714 673 A 0 674 A 0 675 U 711 676 U 710 677 C 709 678 C 708 679 A 707 680 G 706 681 G 705 682 U 704 683 G 0 684 U 0 685 A 0 686 G 697 687 C 696 688 G 695 689 G 0 690 U 0 691 G 0 692 A 0 693 A 0 694 A 0 695 U 688 696 G 687 697 C 686 698 G 0 699 U 0 700 A 0 701 G 0 702 A 0 703 G 0 704 A 682 705 U 681 706 C 680 707 U 679 708 G 678 709 G 677 710 A 676 711 G 675 712 G 0 713 A 0 714 A 672 715 U 671 716 A 0 717 C 0 718 C 0 719 G 0 720 G 731 721 U 0 722 G 0 723 G 730 724 C 729 725 G 0 726 A 0 727 A 0 728 G 0 729 G 724 730 C 723 731 G 720 732 G 670 733 C 669 734 C 668 735 C 667 736 C 666 737 C 665 738 U 664 739 G 0 740 G 661 741 A 660 742 C 659 743 G 658 744 A 657 745 A 0 746 A 656 747 A 655 748 C 654 749 U 653 750 G 0 751 A 0 752 C 0 753 G 584 754 C 583 755 U 582 756 C 580 757 A 0 758 G 0 759 G 578 760 U 577 761 G 576 762 C 575 763 G 0 764 A 0 765 A 0 766 A 0 767 G 808 768 C 807 769 G 806 770 U 805 771 G 804 772 G 803 773 G 0 774 G 0 775 A 0 776 G 802 777 C 801 778 A 0 779 A 0 780 A 0 781 C 797 782 A 796 783 G 795 784 G 794 785 A 0 786 U 0 787 U 0 788 A 0 789 G 0 790 A 0 791 U 0 792 A 0 793 C 0 794 C 784 795 C 783 796 U 782 797 G 781 798 G 0 799 U 0 800 A 0 801 G 777 802 U 776 803 C 772 804 C 771 805 A 770 806 C 769 807 G 768 808 C 767 809 C 0 810 G 0 811 U 0 812 A 0 813 A 0 814 A 0 815 C 0 816 G 0 817 A 0 818 U 0 819 G 877 820 U 876 821 C 875 822 G 874 823 A 873 824 C 872 825 U 0 826 U 0 827 G 855 828 G 854 829 A 853 830 G 852 831 G 851 832 U 850 833 U 849 834 G 848 835 U 847 836 G 846 837 C 845 838 C 844 839 C 0 840 U 0 841 U 0 842 G 0 843 A 0 844 G 838 845 G 837 846 C 836 847 G 835 848 U 834 849 G 833 850 G 832 851 C 831 852 U 830 853 U 829 854 C 828 855 C 827 856 G 0 857 G 0 858 A 0 859 G 866 860 C 865 861 U 0 862 A 0 863 A 0 864 C 0 865 G 860 866 C 859 867 G 0 868 U 0 869 U 0 870 A 0 871 A 0 872 G 824 873 U 823 874 C 822 875 G 821 876 A 820 877 C 819 878 C 0 879 G 567 880 C 566 881 C 565 882 U 0 883 G 910 884 G 909 885 G 908 886 G 0 887 A 0 888 G 0 889 U 0 890 A 0 891 C 0 892 G 903 893 G 902 894 C 901 895 C 900 896 G 0 897 C 0 898 A 0 899 A 0 900 G 895 901 G 894 902 U 893 903 U 892 904 A 0 905 A 0 906 A 0 907 A 0 908 C 885 909 U 884 910 C 883 911 A 0 912 A 0 913 A 0 914 U 18 915 G 17 916 A 16 917 A 0 918 U 0 919 U 1394 920 G 1393 921 A 1391 922 C 1390 923 G 1389 924 G 0 925 G 1388 926 G 1387 927 G 1386 928 C 1385 929 C 1384 930 C 1383 931 G 1382 932 C 0 933 A 1378 934 C 1377 935 A 0 936 A 0 937 G 1342 938 C 1341 939 G 1340 940 G 1339 941 U 1338 942 G 1235 943 G 1234 944 A 1233 945 G 1232 946 C 1231 947 A 1230 948 U 1229 949 G 1228 950 U 1227 951 G 1226 952 G 1224 953 U 1223 954 U 0 955 U 0 956 A 0 957 A 0 958 U 973 959 U 972 960 C 971 961 G 970 962 A 0 963 U 0 964 G 0 965 C 0 966 A 0 967 A 0 968 C 0 969 G 0 970 C 961 971 G 960 972 A 959 973 A 958 974 G 0 975 A 0 976 A 0 977 C 0 978 C 0 979 U 0 980 U 0 981 A 0 982 C 1219 983 C 1218 984 U 1217 985 G 1216 986 G 1215 987 U 1214 988 C 1213 989 U 0 990 U 0 991 G 0 992 A 0 993 C 0 994 A 1043 995 U 1042 996 C 1041 997 C 1039 998 A 1038 999 C 1037 1000 A 1036 1001 G 1035 1002 A 0 1003 A 0 1004 C 1021 1005 C 1020 1006 U 1019 1007 U 1018 1008 G 1017 1009 U 1016 1010 A 1015 1011 G 0 1012 A 0 1013 G 0 1014 A 0 1015 U 1010 1016 A 1009 1017 C 1008 1018 G 1007 1019 A 1006 1020 G 1005 1021 G 1004 1022 G 0 1023 U 1034 1024 G 1033 1025 C 1032 1026 C 1031 1027 U 0 1028 U 0 1029 C 0 1030 G 0 1031 G 1026 1032 G 1025 1033 A 1024 1034 A 1023 1035 C 1001 1036 U 1000 1037 G 999 1038 U 998 1039 G 997 1040 A 0 1041 G 996 1042 A 995 1043 C 994 1044 A 0 1045 G 1208 1046 G 1207 1047 U 0 1048 G 1206 1049 C 1205 1050 U 1204 1051 G 1203 1052 C 0 1053 A 0 1054 U 1202 1055 G 1201 1056 G 1197 1057 C 1196 1058 U 1195 1059 G 1193 1060 U 1192 1061 C 1191 1062 G 1190 1063 U 0 1064 C 0 1065 A 0 1066 G 1105 1067 C 1104 1068 U 1103 1069 C 1102 1070 G 1101 1071 U 1100 1072 G 1081 1073 U 1080 1074 U 1079 1075 G 0 1076 U 0 1077 G 0 1078 A 0 1079 A 1074 1080 A 1073 1081 U 1072 1082 G 0 1083 U 0 1084 U 1097 1085 G 1096 1086 G 1095 1087 G 1094 1088 U 0 1089 U 0 1090 A 0 1091 A 0 1092 G 0 1093 U 0 1094 C 1087 1095 C 1086 1096 C 1085 1097 G 1084 1098 C 0 1099 A 0 1100 A 1071 1101 C 1070 1102 G 1069 1103 A 1068 1104 G 1067 1105 C 1066 1106 G 0 1107 C 0 1108 A 0 1109 A 0 1110 C 0 1111 C 1185 1112 C 1184 1113 U 1183 1114 U 1182 1115 A 0 1116 U 1153 1117 C 1152 1118 C 1151 1119 U 1150 1120 U 1149 1121 U 1148 1122 G 1147 1123 U 0 1124 U 0 1125 G 0 1126 C 1142 1127 C 1141 1128 A 0 1129 G 0 1130 C 1140 1131 G 1139 1132 G 1138 1133 U 0 1134 C 0 1135 C 0 1136 G 0 1137 G 0 1138 C 1132 1139 C 1131 1140 G 1130 1141 G 1127 1142 G 1126 1143 A 0 1144 A 0 1145 C 0 1146 U 0 1147 C 1122 1148 A 1121 1149 A 1120 1150 A 1119 1151 G 1118 1152 G 1117 1153 A 1116 1154 G 0 1155 A 0 1156 C 1176 1157 U 1175 1158 G 1174 1159 C 1173 1160 C 1172 1161 A 1171 1162 G 1170 1163 U 1169 1164 G 0 1165 A 0 1166 U 0 1167 A 0 1168 A 0 1169 A 1163 1170 C 1162 1171 U 1161 1172 G 1160 1173 G 1159 1174 A 1158 1175 G 1157 1176 G 1156 1177 A 0 1178 A 0 1179 G 0 1180 G 0 1181 U 0 1182 G 1114 1183 G 1113 1184 G 1112 1185 G 1111 1186 A 0 1187 U 0 1188 G 0 1189 A 0 1190 C 1062 1191 G 1061 1192 U 1060 1193 C 1059 1194 A 0 1195 A 1058 1196 G 1057 1197 U 1056 1198 C 0 1199 A 0 1200 U 0 1201 C 1055 1202 A 1054 1203 U 1051 1204 G 1050 1205 G 1049 1206 C 1048 1207 C 1046 1208 C 1045 1209 U 0 1210 U 0 1211 A 0 1212 C 0 1213 G 988 1214 A 987 1215 C 986 1216 C 985 1217 A 984 1218 G 983 1219 G 982 1220 G 0 1221 C 0 1222 U 0 1223 A 953 1224 C 952 1225 A 0 1226 C 951 1227 A 950 1228 C 949 1229 G 948 1230 U 947 1231 G 946 1232 C 945 1233 U 944 1234 A 943 1235 C 942 1236 A 0 1237 A 0 1238 U 0 1239 G 1294 1240 G 1293 1241 C 1292 1242 G 1291 1243 C 1290 1244 A 1289 1245 U 1288 1246 A 0 1247 C 0 1248 A 0 1249 A 0 1250 A 0 1251 G 1282 1252 A 1281 1253 G 1280 1254 A 0 1255 A 0 1256 G 1275 1257 C 1274 1258 G 0 1259 A 0 1260 C 0 1261 C 1270 1262 U 1269 1263 C 1268 1264 G 0 1265 C 0 1266 G 0 1267 A 0 1268 G 1263 1269 A 1262 1270 G 1261 1271 C 0 1272 A 0 1273 A 0 1274 G 1257 1275 C 1256 1276 G 0 1277 G 0 1278 A 0 1279 C 0 1280 C 1253 1281 U 1252 1282 C 1251 1283 A 0 1284 U 0 1285 A 0 1286 A 0 1287 A 0 1288 G 1245 1289 U 1244 1290 G 1243 1291 C 1242 1292 G 1241 1293 U 1240 1294 C 1239 1295 G 0 1296 U 0 1297 A 0 1298 G 0 1299 U 0 1300 C 0 1301 C 1332 1302 G 0 1303 G 0 1304 A 0 1305 U 1328 1306 U 1327 1307 G 1326 1308 G 1325 1309 A 1324 1310 G 1323 1311 U 1322 1312 C 1321 1313 U 0 1314 G 0 1315 C 0 1316 A 0 1317 A 0 1318 C 0 1319 U 0 1320 C 0 1321 G 1312 1322 A 1311 1323 C 1310 1324 U 1309 1325 C 1308 1326 C 1307 1327 A 1306 1328 U 1305 1329 G 0 1330 A 0 1331 A 0 1332 G 1301 1333 U 0 1334 C 0 1335 G 0 1336 G 0 1337 A 0 1338 A 941 1339 U 940 1340 C 939 1341 G 938 1342 C 937 1343 U 0 1344 A 0 1345 G 0 1346 U 0 1347 A 0 1348 A 1370 1349 U 1369 1350 C 1368 1351 G 1367 1352 U 1366 1353 G 1365 1354 G 1364 1355 A 1363 1356 U 0 1357 C 0 1358 A 0 1359 G 0 1360 A 0 1361 A 0 1362 U 0 1363 G 1355 1364 U 1354 1365 C 1353 1366 A 1352 1367 C 1351 1368 G 1350 1369 G 1349 1370 U 1348 1371 G 0 1372 A 0 1373 A 0 1374 U 0 1375 A 0 1376 C 0 1377 G 934 1378 U 933 1379 U 0 1380 C 0 1381 C 0 1382 C 931 1383 G 930 1384 G 929 1385 G 928 1386 C 927 1387 C 926 1388 U 925 1389 U 923 1390 G 922 1391 U 921 1392 A 0 1393 C 920 1394 A 919 1395 C 0 1396 A 0 1397 C 0 1398 C 0 1399 G 1499 1400 C 1498 1401 C 0 1402 C 1495 1403 G 1494 1404 U 0 1405 C 0 1406 A 0 1407 C 1489 1408 A 1488 1409 C 1487 1410 C 1486 1411 A 1485 1412 U 1484 1413 G 1483 1414 G 1482 1415 G 0 1416 A 0 1417 G 1479 1418 U 1478 1419 G 1477 1420 G 1476 1421 G 1475 1422 U 1474 1423 U 1473 1424 G 1472 1425 C 1471 1426 A 1470 1427 A 1469 1428 A 1468 1429 A 0 1430 G 0 1431 A 0 1432 A 0 1433 G 1464 1434 U 1463 1435 A 1462 1436 G 1461 1437 G 1460 1438 U 1459 1439 A 0 1440 G 1458 1441 C 1457 1442 U 1456 1443 U 1455 1444 A 0 1445 A 0 1446 C 1453 1447 C 1452 1448 U 0 1449 U 0 1450 C 0 1451 G 0 1452 G 1447 1453 G 1446 1454 A 0 1455 G 1443 1456 G 1442 1457 G 1441 1458 C 1440 1459 G 1438 1460 C 1437 1461 U 1436 1462 U 1435 1463 A 1434 1464 C 1433 1465 C 0 1466 A 0 1467 C 0 1468 U 1428 1469 U 1427 1470 U 1426 1471 G 1425 1472 U 1424 1473 G 1423 1474 A 1422 1475 U 1421 1476 U 1420 1477 C 1419 1478 A 1418 1479 U 1417 1480 G 0 1481 A 0 1482 C 1414 1483 U 1413 1484 G 1412 1485 G 1411 1486 G 1410 1487 G 1409 1488 U 1408 1489 G 1407 1490 A 0 1491 A 0 1492 G 0 1493 U 0 1494 C 1403 1495 G 1402 1496 U 0 1497 A 0 1498 A 1400 1499 C 1399 1500 A 0 1501 A 0 1502 G 0 1503 G 0 1504 U 1527 1505 A 1526 1506 N 1525 1507 N 1524 1508 N 1523 1509 N 1522 1510 N 1521 1511 N 1520 1512 N 1519 1513 N 1518 1514 N 0 1515 N 0 1516 N 0 1517 N 0 1518 N 1513 1519 N 1512 1520 N 1511 1521 N 1510 1522 N 1509 1523 N 1508 1524 N 1507 1525 N 1506 1526 N 1505 1527 N 1504 1528 N 0 1529 N 0 1530 N 0 1531 N 0 1532 N 0 1533 N 0 1534 N 0 1535 N 0 1536 N 0 1537 N 0 1538 N 0 1539 N 0 1540 N 0