Filename: d.16.c.C.paradoxa.bpseq Organism: Cyanophora paradoxa Accession Number: X81840 Citation and related information available at http://www.rna.icmb.utexas.edu 1 G 0 2 U 0 3 G 0 4 C 0 5 U 0 6 G 0 7 C 0 8 A 0 9 G 0 10 A 0 11 G 27 12 A 26 13 G 25 14 U 24 15 U 23 16 U 0 17 G 0 18 A 0 19 U 883 20 C 882 21 C 881 22 U 0 23 G 15 24 G 14 25 C 13 26 U 12 27 C 11 28 A 0 29 G 520 30 G 519 31 A 518 32 U 517 33 G 0 34 A 516 35 A 515 36 C 514 37 G 513 38 C 512 39 U 511 40 G 0 41 G 390 42 C 389 43 G 388 44 G 387 45 U 386 46 A 385 47 U 383 48 G 382 49 C 349 50 U 0 51 U 0 52 A 0 53 A 0 54 C 347 55 A 346 56 C 345 57 A 0 58 U 344 59 G 343 60 C 342 61 A 0 62 A 0 63 G 92 64 U 91 65 C 90 66 G 0 67 A 0 68 A 89 69 C 88 70 G 87 71 A 86 72 A 85 73 G 84 74 A 83 75 U 82 76 C 81 77 G 0 78 C 0 79 A 0 80 A 0 81 G 76 82 A 75 83 U 74 84 C 73 85 U 72 86 U 71 87 A 70 88 G 69 89 U 68 90 G 65 91 G 64 92 C 63 93 G 0 94 G 0 95 A 0 96 C 0 97 G 0 98 G 0 99 G 302 100 U 301 101 G 300 102 A 0 103 G 0 104 U 0 105 A 0 106 A 0 107 C 0 108 G 227 109 C 226 110 G 225 111 U 224 112 G 223 113 A 222 114 G 221 115 A 220 116 A 0 117 U 219 118 C 218 119 U 0 120 A 0 121 C 0 122 C 215 123 C 214 124 U 213 125 U 212 126 A 211 127 G 210 128 G 209 129 A 0 130 G 164 131 G 163 132 G 162 133 G 161 134 G 0 135 A 0 136 C 0 137 A 0 138 A 155 139 C 154 140 A 153 141 G 152 142 U 151 143 U 150 144 G 149 145 G 0 146 A 0 147 A 0 148 A 0 149 C 144 150 G 143 151 A 142 152 C 141 153 U 140 154 G 139 155 C 138 156 U 0 157 A 0 158 A 0 159 U 0 160 A 0 161 C 133 162 C 132 163 C 131 164 C 130 165 A 0 166 U 0 167 A 0 168 U 0 169 G 193 170 C 192 171 C 191 172 A 189 173 U 188 174 U 187 175 U 186 176 A 185 177 A 184 178 G 0 179 U 0 180 A 0 181 A 0 182 A 0 183 A 0 184 U 177 185 U 176 186 A 175 187 A 174 188 A 173 189 U 172 190 U 0 191 G 171 192 G 170 193 U 169 194 G 0 195 A 0 196 A 0 197 A 0 198 A 207 199 G 206 200 A 205 201 G 0 202 U 0 203 A 0 204 A 0 205 U 200 206 C 199 207 U 198 208 G 0 209 C 128 210 C 127 211 U 126 212 G 125 213 A 124 214 G 123 215 G 122 216 A 0 217 A 0 218 N 118 219 A 117 220 G 115 221 C 114 222 U 113 223 C 112 224 G 111 225 C 110 226 G 109 227 U 108 228 C 274 229 U 273 230 G 272 231 A 0 232 U 0 233 U 271 234 A 0 235 G 265 236 C 264 237 U 263 238 A 0 239 G 0 240 U 262 241 U 261 242 G 260 243 G 259 244 U 258 245 G 257 246 G 256 247 G 255 248 G 0 249 U 0 250 A 0 251 A 0 252 A 0 253 G 0 254 G 0 255 C 247 256 C 246 257 U 245 258 A 244 259 C 243 260 C 242 261 A 241 262 A 240 263 G 237 264 G 236 265 C 235 266 G 0 267 A 0 268 C 0 269 G 0 270 A 0 271 U 233 272 C 230 273 A 229 274 G 228 275 U 0 276 A 0 277 G 299 278 C 298 279 U 297 280 G 296 281 G 292 282 U 291 283 C 290 284 U 289 285 G 0 286 A 0 287 G 0 288 A 0 289 G 284 290 G 283 291 A 282 292 U 281 293 G 0 294 A 0 295 U 0 296 C 280 297 A 279 298 G 278 299 C 277 300 C 101 301 A 100 302 C 99 303 A 0 304 C 325 305 U 324 306 G 323 307 G 322 308 G 321 309 A 320 310 C 0 311 U 0 312 G 0 313 A 0 314 G 0 315 A 0 316 U 0 317 A 0 318 C 0 319 G 0 320 G 309 321 C 308 322 C 307 323 C 306 324 A 305 325 G 304 326 A 0 327 C 338 328 U 337 329 C 336 330 C 335 331 U 0 332 A 0 333 C 0 334 G 0 335 G 330 336 G 329 337 A 328 338 G 327 339 G 0 340 C 0 341 A 0 342 G 60 343 C 59 344 A 58 345 G 56 346 U 55 347 G 54 348 G 0 349 G 49 350 G 0 351 A 0 352 A 0 353 U 0 354 U 0 355 U 380 356 U 0 357 C 379 358 C 378 359 G 377 360 C 0 361 A 0 362 A 0 363 U 375 364 G 374 365 G 373 366 G 0 367 C 372 368 G 0 369 A 0 370 A 0 371 A 0 372 G 367 373 C 365 374 U 364 375 G 363 376 A 0 377 C 359 378 G 358 379 G 357 380 A 355 381 G 0 382 C 48 383 A 47 384 A 0 385 U 46 386 A 45 387 C 44 388 C 43 389 G 42 390 C 41 391 G 0 392 U 0 393 G 423 394 A 422 395 G 421 396 G 420 397 G 0 398 A 0 399 A 0 400 G 0 401 A 0 402 A 0 403 G 414 404 G 413 405 C 412 406 C 411 407 U 0 408 G 0 409 U 0 410 G 0 411 G 406 412 G 405 413 U 404 414 U 403 415 G 0 416 U 0 417 A 0 418 A 0 419 A 0 420 C 396 421 C 395 422 U 394 423 C 393 424 U 0 425 U 0 426 U 0 427 U 0 428 C 457 429 U 456 430 U 455 431 A 454 432 G 453 433 G 452 434 G 0 435 A 0 436 A 0 437 G 447 438 A 0 439 A 0 440 U 0 441 A 0 442 A 0 443 A 0 444 U 0 445 G 0 446 A 0 447 C 437 448 G 0 449 G 0 450 U 0 451 A 0 452 C 433 453 C 432 454 U 431 455 A 430 456 A 429 457 G 428 458 G 0 459 A 0 460 A 0 461 U 0 462 A 0 463 A 0 464 G 509 465 C 508 466 A 507 467 U 506 468 C 505 469 G 0 470 G 0 471 C 0 472 U 0 473 A 0 474 A 0 475 C 504 476 U 503 477 C 502 478 C 501 479 G 500 480 U 0 481 G 0 482 C 0 483 C 0 484 A 0 485 G 492 486 C 491 487 A 0 488 G 0 489 C 0 490 C 0 491 G 486 492 C 485 493 G 0 494 G 0 495 U 0 496 A 0 497 A 0 498 U 0 499 A 0 500 C 479 501 G 478 502 G 477 503 A 476 504 G 475 505 G 468 506 A 467 507 U 466 508 G 465 509 C 464 510 A 0 511 A 39 512 G 38 513 C 37 514 G 36 515 U 35 516 U 34 517 A 32 518 U 31 519 C 30 520 C 29 521 G 0 522 G 0 523 A 0 524 A 0 525 U 0 526 C 0 527 A 0 528 U 0 529 U 0 530 G 0 531 G 848 532 G 847 533 C 846 534 G 0 535 U 0 536 A 0 537 A 0 538 A 0 539 G 0 540 A 0 541 G 728 542 U 727 543 U 726 544 C 725 545 G 0 546 U 722 547 A 0 548 G 721 549 G 720 550 U 719 551 G 0 552 G 615 553 C 614 554 U 613 555 A 612 556 A 611 557 G 610 558 C 609 559 A 0 560 A 608 561 G 607 562 U 604 563 C 603 564 U 602 565 G 601 566 U 600 567 U 599 568 G 598 569 U 597 570 U 596 571 A 0 572 A 0 573 A 0 574 G 0 575 G 593 576 C 592 577 U 591 578 G 590 579 G 589 580 G 588 581 G 587 582 C 0 583 U 0 584 U 0 585 A 0 586 A 0 587 C 581 588 C 580 589 C 579 590 C 578 591 A 577 592 A 576 593 A 575 594 A 0 595 A 0 596 G 570 597 G 569 598 C 568 599 A 567 600 A 566 601 U 565 602 G 564 603 G 563 604 A 562 605 A 0 606 A 0 607 C 561 608 U 560 609 G 558 610 U 557 611 U 556 612 U 555 613 G 554 614 G 553 615 C 552 616 U 0 617 C 0 618 G 0 619 A 715 620 G 714 621 U 713 622 A 711 623 C 710 624 G 709 625 G 708 626 U 707 627 A 706 628 G 0 629 G 0 630 G 704 631 G 703 632 C 702 633 A 701 634 G 700 635 A 699 636 G 698 637 G 681 638 G 680 639 A 0 640 A 0 641 U 677 642 U 676 643 C 675 644 C 674 645 U 673 646 G 672 647 G 671 648 U 670 649 G 0 650 U 0 651 A 0 652 G 663 653 C 662 654 G 661 655 G 0 656 U 0 657 G 0 658 A 0 659 A 0 660 A 0 661 U 654 662 G 653 663 C 652 664 G 0 665 U 0 666 A 0 667 G 0 668 A 0 669 U 0 670 A 648 671 U 647 672 C 646 673 A 645 674 G 644 675 G 643 676 A 642 677 A 641 678 G 0 679 A 0 680 A 638 681 C 637 682 A 0 683 C 0 684 C 0 685 G 0 686 A 697 687 U 0 688 G 0 689 G 696 690 C 695 691 G 0 692 A 0 693 A 0 694 A 0 695 G 690 696 C 689 697 A 686 698 C 636 699 U 635 700 C 634 701 U 633 702 G 632 703 C 631 704 U 630 705 G 0 706 G 627 707 G 626 708 C 625 709 C 624 710 G 623 711 U 622 712 A 0 713 A 621 714 C 620 715 U 619 716 G 0 717 A 0 718 C 0 719 A 550 720 C 549 721 U 548 722 G 546 723 A 0 724 G 0 725 G 544 726 A 543 727 A 542 728 C 541 729 G 0 730 A 0 731 A 0 732 A 0 733 G 774 734 C 773 735 U 772 736 A 771 737 G 770 738 G 769 739 G 0 740 U 0 741 A 0 742 G 768 743 C 767 744 A 0 745 A 0 746 A 0 747 U 763 748 G 762 749 G 761 750 G 760 751 A 0 752 U 0 753 U 0 754 A 0 755 G 0 756 A 0 757 U 0 758 A 0 759 C 0 760 C 750 761 C 749 762 C 748 763 A 747 764 G 0 765 U 0 766 A 0 767 G 743 768 U 742 769 C 738 770 C 737 771 U 736 772 A 735 773 G 734 774 C 733 775 C 0 776 G 0 777 U 0 778 A 0 779 A 0 780 A 0 781 C 0 782 U 0 783 A 0 784 U 0 785 G 844 786 G 843 787 A 842 788 U 841 789 A 840 790 C 839 791 U 0 792 A 0 793 G 822 794 G 821 795 U 820 796 G 819 797 U 818 798 U 817 799 G 816 800 U 815 801 G 814 802 C 813 803 G 812 804 U 0 805 A 0 806 U 0 807 C 0 808 G 0 809 A 0 810 C 0 811 C 0 812 C 803 813 G 802 814 U 801 815 A 800 816 C 799 817 A 798 818 G 797 819 U 796 820 A 795 821 C 794 822 C 793 823 G 0 824 U 0 825 A 0 826 G 833 827 C 832 828 U 0 829 A 0 830 A 0 831 C 0 832 G 827 833 C 826 834 G 0 835 U 0 836 U 0 837 A 0 838 A 0 839 G 790 840 U 789 841 A 788 842 U 787 843 C 786 844 C 785 845 C 0 846 G 533 847 C 532 848 C 531 849 U 0 850 G 877 851 G 876 852 G 875 853 G 0 854 A 0 855 G 0 856 U 0 857 A 0 858 C 0 859 G 870 860 C 869 861 U 868 862 C 867 863 G 0 864 C 0 865 A 0 866 A 0 867 G 862 868 A 861 869 G 860 870 U 859 871 G 0 872 A 0 873 A 0 874 A 0 875 C 852 876 U 851 877 C 850 878 A 0 879 A 0 880 A 0 881 G 21 882 G 20 883 A 19 884 A 0 885 U 0 886 U 1360 887 G 1359 888 A 1357 889 C 1356 890 G 1355 891 G 0 892 G 1354 893 G 1353 894 G 1352 895 C 1351 896 C 1350 897 C 1349 898 G 1348 899 C 0 900 A 1344 901 C 1343 902 A 0 903 A 0 904 G 1307 905 C 1306 906 G 1305 907 G 1304 908 U 1303 909 G 1200 910 G 1199 911 A 1198 912 G 1197 913 U 1196 914 A 1195 915 U 1194 916 G 1193 917 U 1192 918 G 1191 919 G 1190 920 U 1189 921 U 0 922 U 0 923 A 0 924 A 0 925 U 940 926 U 939 927 C 938 928 G 937 929 A 0 930 U 0 931 G 0 932 C 0 933 A 0 934 A 0 935 C 0 936 G 0 937 C 928 938 G 927 939 A 926 940 A 925 941 G 0 942 A 0 943 A 0 944 C 0 945 C 0 946 U 0 947 U 0 948 A 0 949 C 1184 950 C 1183 951 A 1182 952 G 1181 953 G 1180 954 G 1179 955 U 1178 956 U 0 957 U 0 958 G 0 959 A 0 960 C 0 961 A 1009 962 U 1008 963 G 1007 964 U 1005 965 C 1004 966 G 1003 967 C 1002 968 G 1001 969 A 0 970 A 0 971 U 988 972 U 987 973 U 986 974 U 985 975 C 984 976 U 983 977 U 982 978 G 0 979 A 0 980 A 0 981 A 0 982 G 977 983 A 976 984 G 975 985 A 974 986 A 973 987 A 972 988 A 971 989 G 0 990 U 1000 991 G 999 992 C 998 993 U 0 994 U 0 995 C 0 996 G 0 997 G 0 998 G 992 999 A 991 1000 A 990 1001 C 968 1002 G 967 1003 C 966 1004 G 965 1005 A 964 1006 A 0 1007 C 963 1008 A 962 1009 C 961 1010 A 0 1011 G 1173 1012 G 1172 1013 U 0 1014 G 1171 1015 G 1170 1016 U 1169 1017 G 1168 1018 C 0 1019 A 0 1020 U 1167 1021 G 1166 1022 G 1162 1023 C 1161 1024 U 1160 1025 G 1158 1026 U 1157 1027 C 1156 1028 G 1155 1029 U 0 1030 C 0 1031 A 0 1032 G 1071 1033 C 1070 1034 U 1069 1035 C 1068 1036 G 1067 1037 U 1066 1038 G 1047 1039 U 1046 1040 C 1045 1041 G 0 1042 U 0 1043 G 0 1044 A 0 1045 G 1040 1046 A 1039 1047 U 1038 1048 G 0 1049 U 0 1050 U 1063 1051 G 1062 1052 G 1061 1053 G 1060 1054 U 0 1055 U 0 1056 A 0 1057 A 0 1058 G 0 1059 U 0 1060 C 1053 1061 C 1052 1062 C 1051 1063 G 1050 1064 C 0 1065 A 0 1066 A 1037 1067 C 1036 1068 G 1035 1069 A 1034 1070 G 1033 1071 C 1032 1072 G 0 1073 C 0 1074 A 0 1075 A 0 1076 C 0 1077 C 1150 1078 C 1149 1079 U 1148 1080 C 1147 1081 G 0 1082 U 1118 1083 U 1117 1084 U 1116 1085 U 1115 1086 U 1114 1087 A 1113 1088 G 1112 1089 U 0 1090 U 0 1091 G 0 1092 C 1107 1093 C 1106 1094 A 1104 1095 G 1103 1096 C 1102 1097 A 0 1098 U 0 1099 U 0 1100 A 0 1101 A 0 1102 G 1096 1103 U 1095 1104 U 1094 1105 G 0 1106 G 1093 1107 G 1092 1108 C 0 1109 A 0 1110 C 0 1111 U 0 1112 C 1088 1113 U 1087 1114 A 1086 1115 A 1085 1116 A 1084 1117 G 1083 1118 A 1082 1119 G 0 1120 A 0 1121 C 1141 1122 U 1140 1123 G 1139 1124 C 1138 1125 C 1137 1126 G 1136 1127 G 1135 1128 U 1134 1129 G 0 1130 A 0 1131 C 0 1132 A 0 1133 A 0 1134 G 1128 1135 C 1127 1136 C 1126 1137 G 1125 1138 G 1124 1139 A 1123 1140 G 1122 1141 G 1121 1142 A 0 1143 A 0 1144 G 0 1145 G 0 1146 U 0 1147 G 1080 1148 G 1079 1149 G 1078 1150 G 1077 1151 A 0 1152 U 0 1153 G 0 1154 A 0 1155 C 1028 1156 G 1027 1157 U 1026 1158 C 1025 1159 A 0 1160 A 1024 1161 G 1023 1162 U 1022 1163 C 0 1164 A 0 1165 G 0 1166 C 1021 1167 A 1020 1168 U 1017 1169 G 1016 1170 C 1015 1171 C 1014 1172 C 1012 1173 C 1011 1174 U 0 1175 U 0 1176 A 0 1177 U 0 1178 A 955 1179 C 954 1180 C 953 1181 C 952 1182 U 951 1183 G 950 1184 G 949 1185 G 0 1186 C 0 1187 U 0 1188 A 0 1189 C 920 1190 A 919 1191 C 918 1192 A 917 1193 C 916 1194 G 915 1195 U 914 1196 A 913 1197 C 912 1198 U 911 1199 A 910 1200 C 909 1201 A 0 1202 A 0 1203 U 0 1204 G 1259 1205 G 1258 1206 U 1257 1207 C 1256 1208 G 1255 1209 G 1254 1210 G 1253 1211 A 0 1212 C 0 1213 A 0 1214 A 0 1215 U 0 1216 A 1247 1217 G 1246 1218 G 1245 1219 U 0 1220 U 0 1221 G 1240 1222 C 1239 1223 C 0 1224 A 0 1225 A 0 1226 C 1235 1227 U 1234 1228 U 1233 1229 G 0 1230 C 0 1231 G 0 1232 A 0 1233 A 1228 1234 A 1227 1235 G 1226 1236 U 0 1237 G 0 1238 A 0 1239 G 1222 1240 C 1221 1241 U 0 1242 A 0 1243 A 0 1244 U 0 1245 C 1218 1246 C 1217 1247 N 1216 1248 U 0 1249 U 0 1250 A 0 1251 A 0 1252 A 0 1253 C 1210 1254 C 1209 1255 C 1208 1256 G 1207 1257 G 1206 1258 C 1205 1259 C 1204 1260 U 0 1261 C 0 1262 A 0 1263 G 0 1264 U 0 1265 U 0 1266 C 1297 1267 A 0 1268 G 0 1269 A 0 1270 U 1293 1271 U 1292 1272 G 1291 1273 C 1290 1274 A 1289 1275 G 1288 1276 G 1287 1277 C 1286 1278 U 0 1279 G 0 1280 C 0 1281 A 0 1282 A 0 1283 C 0 1284 U 0 1285 C 0 1286 G 1277 1287 C 1276 1288 C 1275 1289 U 1274 1290 G 1273 1291 C 1272 1292 A 1271 1293 U 1270 1294 G 0 1295 A 0 1296 A 0 1297 G 1266 1298 G 0 1299 U 0 1300 G 0 1301 G 0 1302 A 0 1303 A 908 1304 U 907 1305 C 906 1306 G 905 1307 C 904 1308 U 0 1309 A 0 1310 G 0 1311 U 0 1312 A 0 1313 A 1336 1314 U 1335 1315 C 1334 1316 G 1333 1317 C 1332 1318 C 1331 1319 G 1330 1320 G 1329 1321 U 0 1322 C 0 1323 A 0 1324 G 0 1325 C 0 1326 U 0 1327 A 0 1328 U 0 1329 A 1320 1330 C 1319 1331 G 1318 1332 G 1317 1333 C 1316 1334 G 1315 1335 G 1314 1336 U 1313 1337 G 0 1338 A 0 1339 A 0 1340 U 0 1341 C 0 1342 C 0 1343 G 901 1344 U 900 1345 U 0 1346 C 0 1347 C 0 1348 C 898 1349 G 897 1350 G 896 1351 G 895 1352 C 894 1353 C 893 1354 U 892 1355 U 890 1356 G 889 1357 U 888 1358 A 0 1359 C 887 1360 A 886 1361 C 0 1362 A 0 1363 C 0 1364 C 0 1365 G 1465 1366 C 1464 1367 C 0 1368 C 1461 1369 G 1460 1370 U 0 1371 C 1458 1372 A 0 1373 C 1455 1374 A 1454 1375 C 1453 1376 C 1452 1377 A 1451 1378 C 1450 1379 G 1449 1380 G 1448 1381 G 0 1382 A 0 1383 G 1445 1384 U 1444 1385 C 1443 1386 G 1442 1387 G 1441 1388 C 1440 1389 C 1439 1390 A 1438 1391 U 1437 1392 G 1436 1393 C 1435 1394 C 1434 1395 G 0 1396 A 0 1397 A 0 1398 G 1430 1399 U 1429 1400 C 1428 1401 G 1427 1402 U 1426 1403 U 1425 1404 A 0 1405 C 1424 1406 C 1423 1407 C 1422 1408 U 1421 1409 A 0 1410 A 0 1411 C 1419 1412 C 1418 1413 A 0 1414 U 0 1415 U 0 1416 U 0 1417 C 0 1418 G 1412 1419 G 1411 1420 A 0 1421 G 1408 1422 G 1407 1423 G 1406 1424 G 1405 1425 G 1403 1426 A 1402 1427 U 1401 1428 G 1400 1429 C 1399 1430 C 1398 1431 U 0 1432 A 0 1433 A 0 1434 G 1394 1435 G 1393 1436 C 1392 1437 A 1391 1438 G 1390 1439 G 1389 1440 G 1388 1441 C 1387 1442 U 1386 1443 G 1385 1444 G 1384 1445 U 1383 1446 G 0 1447 A 0 1448 C 1380 1449 U 1379 1450 G 1378 1451 G 1377 1452 G 1376 1453 G 1375 1454 U 1374 1455 G 1373 1456 A 0 1457 A 0 1458 G 1371 1459 U 0 1460 C 1369 1461 G 1368 1462 U 0 1463 A 0 1464 A 1366 1465 C 1365 1466 A 0 1467 A 0 1468 G 0 1469 G 0 1470 U 1493 1471 A 1492 1472 G 1491 1473 C 1490 1474 C 1489 1475 G 1488 1476 U 1487 1477 A 1486 1478 C 1485 1479 U 1484 1480 G 0 1481 G 0 1482 A 0 1483 A 0 1484 G 1479 1485 G 1478 1486 U 1477 1487 G 1476 1488 U 1475 1489 G 1474 1490 G 1473 1491 C 1472 1492 U 1471 1493 G 1470 1494 G 0 1495 A 0 1496 U 0 1497 C 0 1498 A 0 1499 C 0 1500 C 0 1501 U 0 1502 C 0 1503 C 0 1504 U 0 1505 U 0 1506 G 0