Filename: d.16.e.Encephalitozoon.sp.bpseq Organism: Encephalitozoon sp. Accession Number: L16867 Citation and related information available at http://www.rna.icmb.utexas.edu 1 C 0 2 A 0 3 C 0 4 C 20 5 A 19 6 G 18 7 G 17 8 U 16 9 U 0 10 G 0 11 A 0 12 U 790 13 U 789 14 C 788 15 U 0 16 G 8 17 C 7 18 C 6 19 U 5 20 G 4 21 A 0 22 C 446 23 G 445 24 U 444 25 G 443 26 G 442 27 A 441 28 U 440 29 G 439 30 C 438 31 U 437 32 G 0 33 U 352 34 U 351 35 C 350 36 U 349 37 C 348 38 U 0 39 G 345 40 G 344 41 G 314 42 A 0 43 C 0 44 U 0 45 A 0 46 A 0 47 G 312 48 C 311 49 C 310 50 A 0 51 U 309 52 G 308 53 C 307 54 A 0 55 U 0 56 G 81 57 U 80 58 U 0 59 G 79 60 A 78 61 U 77 62 G 0 63 A 0 64 A 0 65 C 73 66 C 72 67 U 71 68 U 0 69 G 0 70 U 0 71 G 67 72 G 66 73 G 65 74 G 0 75 G 0 76 A 0 77 U 61 78 U 60 79 G 59 80 A 57 81 C 56 82 G 0 83 G 0 84 A 0 85 C 0 86 G 0 87 G 0 88 C 267 89 U 266 90 C 265 91 A 0 92 G 0 93 U 0 94 G 0 95 A 0 96 U 0 97 A 191 98 G 190 99 U 189 100 A 188 101 C 187 102 G 186 103 A 185 104 U 184 105 G 0 106 A 0 107 U 183 108 U 182 109 U 0 110 G 0 111 G 0 112 U 179 113 U 178 114 G 177 115 G 176 116 C 175 117 G 0 118 G 0 119 G 0 120 A 0 121 G 0 122 A 155 123 G 154 124 C 153 125 U 152 126 G 0 127 U 0 128 A 0 129 A 146 130 C 145 131 U 144 132 G 143 133 C 142 134 G 141 135 G 140 136 G 0 137 A 0 138 A 0 139 A 0 140 C 135 141 U 134 142 G 133 143 C 132 144 A 131 145 G 130 146 G 129 147 U 0 148 A 0 149 G 0 150 G 0 151 G 0 152 G 125 153 G 124 154 C 123 155 U 122 156 A 167 157 G 166 158 G 165 159 A 164 160 G 0 161 U 0 162 G 0 163 U 0 164 U 159 165 U 158 166 U 157 167 U 156 168 G 0 169 A 0 170 C 0 171 A 0 172 C 0 173 G 0 174 A 0 175 G 116 176 C 115 177 C 114 178 A 113 179 A 112 180 G 0 181 U 0 182 A 108 183 A 107 184 G 104 185 C 103 186 U 102 187 G 101 188 U 100 189 A 99 190 G 98 191 G 97 192 C 238 193 C 237 194 U 236 195 A 0 196 U 0 197 C 235 198 A 0 199 G 229 200 C 228 201 U 227 202 G 0 203 G 0 204 U 226 205 A 0 206 G 224 207 U 223 208 U 222 209 A 221 210 G 220 211 G 219 212 G 0 213 U 0 214 A 0 215 A 0 216 U 0 217 G 0 218 G 0 219 C 211 220 C 210 221 U 209 222 A 208 223 A 207 224 C 206 225 U 0 226 A 204 227 G 201 228 G 200 229 C 199 230 G 0 231 G 0 232 A 0 233 G 0 234 A 0 235 C 197 236 G 194 237 G 193 238 G 192 239 A 0 240 G 0 241 A 0 242 C 264 243 G 263 244 G 262 245 G 261 246 G 257 247 G 256 248 A 255 249 U 254 250 C 0 251 G 0 252 G 0 253 G 0 254 G 249 255 U 248 256 U 247 257 U 246 258 G 0 259 A 0 260 U 0 261 U 245 262 C 244 263 C 243 264 G 242 265 G 90 266 A 89 267 G 88 268 A 0 269 G 290 270 G 289 271 G 288 272 A 287 273 G 286 274 C 285 275 C 0 276 U 0 277 G 0 278 A 0 279 G 0 280 A 0 281 G 0 282 A 0 283 U 0 284 G 0 285 G 274 286 C 273 287 U 272 288 A 271 289 C 270 290 U 269 291 A 0 292 C 303 293 G 302 294 U 301 295 C 300 296 C 0 297 A 0 298 A 0 299 G 0 300 G 295 301 A 294 302 U 293 303 G 292 304 G 0 305 C 0 306 A 0 307 G 53 308 C 52 309 A 51 310 G 49 311 G 48 312 C 47 313 G 0 314 C 41 315 G 0 316 A 0 317 A 0 318 A 0 319 C 0 320 U 342 321 U 0 322 G 341 323 C 340 324 C 339 325 U 0 326 A 0 327 A 0 328 U 337 329 C 336 330 C 335 331 U 0 332 U 0 333 U 0 334 G 0 335 G 330 336 G 329 337 G 328 338 A 0 339 G 324 340 G 323 341 C 322 342 G 320 343 G 0 344 U 40 345 U 39 346 A 0 347 U 0 348 G 37 349 A 36 350 G 35 351 A 34 352 A 33 353 G 0 354 U 0 355 G 363 356 A 362 357 G 361 358 U 0 359 U 0 360 U 0 361 U 357 362 U 356 363 U 355 364 U 382 365 C 381 366 G 380 367 A 379 368 G 0 369 U 0 370 G 0 371 U 0 372 A 0 373 A 0 374 A 0 375 G 0 376 G 0 377 A 0 378 G 0 379 U 367 380 C 366 381 G 365 382 A 364 383 G 0 384 A 0 385 U 0 386 U 0 387 G 0 388 A 0 389 U 435 390 U 434 391 G 433 392 G 432 393 A 431 394 G 430 395 G 416 396 G 415 397 C 414 398 A 0 399 A 0 400 G 0 401 U 0 402 C 429 403 G 428 404 C 427 405 G 426 406 U 0 407 G 0 408 C 0 409 C 0 410 A 0 411 G 418 412 C 417 413 A 0 414 G 397 415 C 396 416 C 395 417 G 412 418 C 411 419 G 0 420 G 0 421 U 0 422 A 0 423 A 0 424 U 0 425 A 0 426 C 405 427 C 404 428 U 403 429 G 402 430 C 394 431 U 393 432 C 392 433 C 391 434 A 390 435 A 389 436 U 0 437 A 31 438 G 30 439 U 29 440 G 28 441 U 27 442 C 26 443 U 25 444 A 24 445 U 23 446 G 22 447 G 0 448 U 0 449 G 0 450 A 0 451 A 0 452 U 0 453 G 0 454 C 0 455 U 0 456 G 0 457 C 755 458 A 754 459 G 753 460 U 735 461 U 734 462 A 0 463 A 0 464 A 0 465 A 0 466 A 0 467 G 640 468 U 639 469 C 638 470 C 637 471 G 0 472 U 634 473 A 0 474 G 633 475 U 632 476 C 631 477 U 0 478 U 526 479 U 525 480 U 524 481 G 0 482 U 521 483 A 520 484 U 519 485 G 518 486 U 517 487 C 516 488 U 515 489 U 0 490 U 0 491 G 514 492 U 513 493 U 511 494 U 510 495 G 509 496 G 508 497 G 507 498 G 506 499 G 0 500 A 0 501 U 0 502 U 0 503 A 0 504 U 0 505 G 0 506 U 498 507 C 497 508 C 496 509 U 495 510 G 494 511 A 493 512 U 0 513 G 492 514 U 491 515 G 488 516 G 487 517 A 486 518 U 485 519 G 484 520 U 483 521 A 482 522 A 0 523 G 0 524 A 480 525 G 479 526 G 478 527 U 0 528 U 0 529 U 0 530 G 0 531 G 627 532 C 626 533 A 625 534 G 623 535 A 622 536 G 621 537 G 0 538 A 0 539 C 618 540 G 0 541 A 0 542 G 616 543 G 615 544 G 614 545 G 613 546 C 612 547 A 611 548 C 610 549 C 593 550 G 592 551 G 0 552 A 0 553 U 589 554 A 588 555 G 587 556 U 586 557 U 585 558 G 584 559 G 583 560 G 582 561 C 0 562 G 0 563 A 0 564 G 575 565 G 574 566 G 573 567 G 0 568 U 0 569 G 0 570 A 0 571 A 0 572 A 0 573 U 566 574 A 565 575 C 564 576 G 0 577 A 0 578 A 0 579 G 0 580 A 0 581 C 0 582 C 560 583 C 559 584 U 558 585 G 557 586 A 556 587 C 555 588 U 554 589 G 553 590 G 0 591 A 0 592 C 550 593 G 549 594 G 0 595 A 0 596 C 0 597 A 0 598 G 609 599 A 0 600 A 0 601 G 608 602 C 607 603 G 0 604 A 0 605 A 0 606 G 0 607 G 602 608 C 601 609 U 598 610 G 548 611 U 547 612 G 546 613 C 545 614 U 544 615 C 543 616 U 542 617 U 0 618 G 539 619 G 0 620 A 0 621 C 536 622 U 535 623 U 534 624 A 0 625 U 533 626 G 532 627 U 531 628 G 0 629 A 0 630 C 0 631 G 476 632 A 475 633 U 474 634 G 472 635 A 0 636 A 0 637 G 470 638 G 469 639 A 468 640 C 467 641 G 0 642 A 0 643 A 0 644 G 0 645 G 686 646 C 685 647 U 684 648 A 683 649 G 682 650 A 681 651 G 0 652 G 0 653 A 0 654 U 680 655 C 679 656 G 0 657 A 0 658 A 0 659 A 675 660 U 674 661 C 673 662 G 672 663 A 0 664 U 0 665 U 0 666 A 0 667 G 0 668 A 0 669 U 0 670 A 0 671 C 0 672 C 662 673 G 661 674 U 660 675 U 659 676 U 0 677 U 0 678 A 0 679 G 655 680 U 654 681 U 650 682 C 649 683 U 648 684 A 647 685 G 646 686 C 645 687 A 0 688 G 0 689 U 0 690 A 0 691 A 0 692 A 0 693 C 0 694 G 0 695 A 0 696 U 0 697 G 751 698 C 750 699 C 749 700 G 744 701 A 743 702 C 742 703 U 0 704 G 0 705 G 726 706 A 725 707 C 724 708 G 723 709 G 722 710 G 721 711 A 720 712 C 719 713 U 718 714 A 0 715 U 0 716 A 0 717 U 0 718 A 713 719 G 712 720 U 711 721 G 710 722 U 709 723 U 708 724 G 707 725 U 706 726 G 705 727 C 0 728 A 0 729 U 0 730 G 737 731 A 736 732 G 0 733 A 0 734 A 461 735 A 460 736 U 731 737 C 730 738 U 0 739 U 0 740 G 0 741 A 0 742 G 702 743 U 701 744 A 700 745 U 0 746 G 0 747 U 0 748 G 0 749 G 699 750 G 698 751 U 697 752 U 0 753 C 459 754 U 458 755 G 457 756 G 0 757 G 784 758 G 783 759 A 782 760 U 0 761 A 0 762 G 0 763 U 0 764 A 0 765 U 0 766 G 777 767 C 776 768 U 775 769 C 774 770 G 0 771 C 0 772 A 0 773 A 0 774 G 769 775 A 768 776 G 767 777 U 766 778 G 0 779 A 0 780 A 0 781 A 0 782 C 759 783 U 758 784 U 757 785 G 0 786 A 0 787 A 0 788 G 14 789 A 13 790 G 12 791 A 0 792 U 0 793 U 1173 794 G 1172 795 A 1170 796 C 1169 797 G 1168 798 G 0 799 A 1167 800 A 1166 801 G 1165 802 G 1164 803 A 1163 804 C 1162 805 A 1161 806 C 0 807 C 0 808 A 1157 809 C 1156 810 A 0 811 A 0 812 G 1121 813 G 1120 814 A 1119 815 G 1118 816 U 1117 817 G 1054 818 G 1053 819 A 1052 820 G 1051 821 U 1050 822 G 1049 823 U 1048 824 G 1047 825 C 1046 826 G 1045 827 G 1043 828 C 1042 829 U 0 830 U 0 831 A 0 832 A 0 833 U 848 834 U 847 835 U 846 836 G 845 837 A 0 838 C 0 839 U 0 840 C 0 841 A 0 842 A 0 843 C 0 844 G 0 845 C 836 846 G 835 847 G 834 848 G 833 849 G 0 850 C 0 851 A 0 852 A 0 853 C 0 854 U 0 855 U 0 856 A 0 857 C 1038 858 C 1037 859 G 1036 860 G 1035 861 U 1034 862 U 1033 863 C 1032 864 U 0 865 G 0 866 A 0 867 A 0 868 G 898 869 C 897 870 G 896 871 G 895 872 G 894 873 C 893 874 A 892 875 G 891 876 G 0 877 A 0 878 G 0 879 A 0 880 A 889 881 C 888 882 G 887 883 A 0 884 G 0 885 G 0 886 A 0 887 C 882 888 G 881 889 G 880 890 G 0 891 A 875 892 U 874 893 G 873 894 C 872 895 G 871 896 U 870 897 G 869 898 C 868 899 G 0 900 G 0 901 C 0 902 G 1026 903 G 1025 904 U 0 905 G 1024 906 G 1023 907 U 1022 908 G 1021 909 C 0 910 A 0 911 U 1020 912 G 1018 913 G 1014 914 C 1013 915 C 1012 916 G 1010 917 U 1009 918 U 1008 919 U 1007 920 G 0 921 A 0 922 A 0 923 A 961 924 U 960 925 G 959 926 G 958 927 A 957 928 U 956 929 G 938 930 G 937 931 C 936 932 G 0 933 U 0 934 G 0 935 A 0 936 G 931 937 C 930 938 U 929 939 U 0 940 U 953 941 G 952 942 G 951 943 A 950 944 U 0 945 U 0 946 A 0 947 A 0 948 G 0 949 U 0 950 U 943 951 G 942 952 C 941 953 G 940 954 U 0 955 A 0 956 A 928 957 G 927 958 A 926 959 U 925 960 G 924 961 U 923 962 G 0 963 A 0 964 G 0 965 A 0 966 C 0 967 C 1002 968 C 1001 969 U 1000 970 U 999 971 U 0 972 G 0 973 A 0 974 C 993 975 A 992 976 G 991 977 U 990 978 G 989 979 C 988 980 U 987 981 C 986 982 U 0 983 U 0 984 U 0 985 G 0 986 G 981 987 G 980 988 G 979 989 C 978 990 A 977 991 A 976 992 G 975 993 G 974 994 G 0 995 A 0 996 G 0 997 G 0 998 A 0 999 A 970 1000 U 969 1001 G 968 1002 G 967 1003 A 0 1004 A 0 1005 C 0 1006 A 0 1007 G 919 1008 A 918 1009 A 917 1010 C 916 1011 A 0 1012 G 915 1013 G 914 1014 U 913 1015 C 0 1016 C 0 1017 G 0 1018 U 912 1019 U 0 1020 A 911 1021 U 908 1022 G 907 1023 C 906 1024 C 905 1025 C 903 1026 U 902 1027 G 0 1028 A 0 1029 G 0 1030 A 0 1031 U 0 1032 G 863 1033 A 862 1034 A 861 1035 G 860 1036 C 859 1037 G 858 1038 G 857 1039 G 0 1040 C 0 1041 G 0 1042 G 828 1043 C 827 1044 A 0 1045 C 826 1046 G 825 1047 C 824 1048 G 823 1049 C 822 1050 A 821 1051 C 820 1052 U 819 1053 A 818 1054 C 817 1055 G 0 1056 A 0 1057 U 0 1058 A 1077 1059 G 1076 1060 A 0 1061 U 0 1062 G 1073 1063 G 1072 1064 C 1071 1065 G 0 1066 A 0 1067 G 0 1068 G 0 1069 G 0 1070 A 0 1071 G 1064 1072 C 1063 1073 C 1062 1074 U 0 1075 G 0 1076 C 1059 1077 U 1058 1078 G 0 1079 U 0 1080 G 0 1081 A 0 1082 G 1111 1083 G 0 1084 G 0 1085 A 0 1086 U 1107 1087 G 1106 1088 A 1105 1089 A 1104 1090 G 1103 1091 C 1102 1092 U 1101 1093 G 1100 1094 U 0 1095 G 0 1096 U 0 1097 A 0 1098 A 0 1099 U 0 1100 G 1093 1101 G 1092 1102 G 1091 1103 C 1090 1104 U 1089 1105 U 1088 1106 C 1087 1107 U 1086 1108 G 0 1109 A 0 1110 A 0 1111 C 1082 1112 G 0 1113 U 0 1114 G 0 1115 G 0 1116 A 0 1117 A 816 1118 U 815 1119 U 814 1120 C 813 1121 C 812 1122 U 0 1123 A 0 1124 G 0 1125 U 0 1126 A 0 1127 A 1149 1128 U 1148 1129 A 1147 1130 A 1146 1131 C 1145 1132 G 1144 1133 A 1143 1134 U 1142 1135 U 0 1136 G 0 1137 A 0 1138 A 0 1139 C 0 1140 A 0 1141 A 0 1142 G 1134 1143 U 1133 1144 U 1132 1145 G 1131 1146 U 1130 1147 U 1129 1148 U 1128 1149 U 1127 1150 G 0 1151 A 0 1152 A 0 1153 U 0 1154 G 0 1155 G 0 1156 G 809 1157 U 808 1158 C 0 1159 C 0 1160 C 0 1161 U 805 1162 G 804 1163 U 803 1164 C 802 1165 C 801 1166 U 800 1167 U 799 1168 U 797 1169 G 796 1170 U 795 1171 A 0 1172 C 794 1173 A 793 1174 C 0 1175 A 0 1176 C 0 1177 C 0 1178 G 1259 1179 C 1258 1180 C 0 1181 C 1255 1182 G 1254 1183 U 0 1184 C 0 1185 G 0 1186 C 1249 1187 U 1248 1188 A 1247 1189 U 1246 1190 C 1245 1191 C 1244 1192 A 1243 1193 A 1242 1194 G 0 1195 A 0 1196 U 1239 1197 G 1238 1198 A 1237 1199 C 1236 1200 G 1235 1201 C 1234 1202 A 1233 1203 G 1232 1204 U 1231 1205 G 1230 1206 G 1229 1207 A 1228 1208 C 1227 1209 G 1226 1210 A 1225 1211 A 1224 1212 G 1223 1213 A 1222 1214 U 1221 1215 U 1220 1216 G 0 1217 G 0 1218 A 0 1219 A 0 1220 G 1215 1221 G 1214 1222 U 1213 1223 C 1212 1224 U 1211 1225 G 1210 1226 A 1209 1227 G 1208 1228 U 1207 1229 C 1206 1230 C 1205 1231 U 1204 1232 U 1203 1233 C 1202 1234 G 1201 1235 U 1200 1236 G 1199 1237 U 1198 1238 U 1197 1239 A 1196 1240 G 0 1241 A 0 1242 U 1193 1243 A 1192 1244 A 1191 1245 G 1190 1246 A 1189 1247 U 1188 1248 A 1187 1249 U 1186 1250 A 0 1251 A 0 1252 G 0 1253 U 0 1254 C 1182 1255 G 1181 1256 U 0 1257 A 0 1258 A 1179 1259 C 1178 1260 A 0 1261 U 0 1262 G 0 1263 G 0 1264 C 1287 1265 U 1286 1266 G 1285 1267 C 1284 1268 U 1283 1269 G 1282 1270 U 1281 1271 U 1280 1272 G 1279 1273 G 1278 1274 A 0 1275 G 0 1276 A 0 1277 A 0 1278 C 1273 1279 C 1272 1280 A 1271 1281 U 1270 1282 U 1269 1283 A 1268 1284 G 1267 1285 C 1266 1286 A 1265 1287 G 1264 1288 G 0 1289 A 0 1290 U 0 1291 C 0 1292 A 0 1293 U 0 1294 A 0 1295 A 0