Filename: d.23.m.K.tunicata.bpseq Organism: Katharina tunicata Accession Number: U09810 Citation and related information available at http://www.rna.icmb.utexas.edu 1 A 0 2 C 0 3 C 0 4 U 111 5 U 110 6 C 0 7 C 0 8 A 0 9 A 0 10 U 0 11 A 0 12 A 0 13 C 0 14 A 0 15 A 0 16 U 0 17 U 0 18 A 0 19 C 0 20 A 0 21 A 0 22 A 0 23 U 0 24 U 0 25 U 0 26 U 0 27 U 0 28 U 0 29 A 0 30 A 0 31 U 0 32 U 0 33 C 0 34 A 0 35 A 0 36 A 0 37 A 0 38 C 0 39 C 0 40 C 0 41 U 0 42 U 0 43 A 0 44 U 0 45 A 0 46 U 71 47 A 70 48 A 69 49 A 68 50 U 0 51 U 0 52 A 0 53 G 0 54 U 0 55 A 0 56 U 63 57 C 62 58 C 0 59 A 0 60 A 0 61 A 0 62 A 57 63 A 56 64 A 0 65 A 0 66 A 0 67 C 0 68 U 49 69 U 48 70 U 47 71 A 46 72 A 0 73 U 0 74 U 0 75 U 0 76 A 0 77 A 0 78 A 0 79 C 0 80 A 0 81 A 0 82 C 0 83 A 0 84 G 0 85 U 0 86 A 0 87 C 94 88 U 93 89 G 0 90 U 0 91 A 0 92 A 0 93 A 88 94 G 87 95 G 0 96 A 0 97 A 0 98 U 0 99 A 0 100 A 0 101 A 0 102 U 0 103 G 0 104 A 0 105 A 0 106 G 0 107 U 0 108 A 0 109 C 0 110 A 5 111 G 4 112 U 0 113 A 0 114 A 0 115 A 0 116 G 0 117 U 829 118 A 0 119 U 131 120 A 130 121 G 129 122 A 0 123 U 0 124 U 0 125 A 0 126 A 0 127 C 0 128 A 0 129 C 121 130 U 120 131 A 119 132 G 0 133 U 0 134 A 149 135 C 148 136 C 147 137 U 146 138 U 0 139 U 0 140 U 0 141 G 0 142 C 0 143 A 0 144 U 0 145 U 0 146 A 137 147 U 136 148 G 135 149 G 134 150 U 539 151 U 538 152 U 537 153 A 536 154 A 535 155 C 534 156 G 0 157 A 0 158 G 0 159 A 0 160 U 0 161 U 0 162 A 178 163 U 177 164 U 176 165 U 175 166 U 174 167 A 173 168 U 0 169 A 0 170 U 0 171 U 0 172 A 0 173 U 167 174 A 166 175 A 165 176 U 164 177 A 163 178 U 162 179 C 0 180 A 0 181 C 283 182 U 282 183 A 0 184 G 280 185 A 0 186 A 0 187 A 0 188 A 273 189 A 272 190 A 271 191 A 270 192 A 269 193 G 268 194 G 0 195 A 0 196 G 0 197 C 249 198 U 248 199 A 247 200 U 246 201 A 245 202 U 244 203 A 243 204 U 242 205 A 241 206 A 240 207 A 239 208 C 237 209 U 0 210 U 234 211 U 233 212 A 232 213 U 231 214 U 229 215 A 228 216 A 227 217 U 226 218 G 0 219 U 0 220 A 0 221 G 0 222 C 0 223 A 0 224 A 0 225 A 0 226 A 217 227 U 216 228 U 215 229 A 214 230 A 0 231 A 213 232 U 212 233 U 211 234 A 210 235 A 0 236 U 0 237 G 208 238 A 0 239 U 207 240 U 206 241 U 205 242 A 204 243 U 203 244 U 202 245 U 201 246 A 200 247 U 199 248 A 198 249 G 197 250 A 0 251 A 261 252 G 260 253 U 259 254 U 0 255 A 0 256 A 0 257 A 0 258 U 0 259 G 253 260 C 252 261 A 251 262 U 0 263 G 0 264 C 0 265 C 0 266 G 0 267 U 0 268 C 193 269 U 192 270 U 191 271 U 190 272 U 189 273 U 188 274 U 0 275 G 0 276 A 0 277 U 0 278 A 0 279 G 0 280 C 184 281 U 0 282 A 182 283 G 181 284 U 0 285 U 0 286 A 499 287 A 498 288 A 497 289 A 496 290 G 495 291 A 494 292 G 0 293 A 0 294 A 0 295 A 0 296 A 309 297 G 308 298 U 307 299 A 306 300 U 305 301 A 0 302 U 0 303 A 0 304 A 0 305 G 300 306 U 299 307 A 298 308 C 297 309 U 296 310 A 0 311 A 356 312 U 354 313 U 353 314 U 352 315 A 351 316 A 350 317 A 349 318 U 348 319 U 347 320 A 346 321 C 345 322 U 0 323 A 0 324 A 0 325 A 0 326 A 0 327 A 0 328 U 0 329 U 0 330 A 0 331 U 0 332 U 0 333 U 0 334 U 0 335 U 0 336 U 0 337 A 0 338 A 0 339 U 0 340 A 0 341 U 0 342 A 0 343 C 0 344 C 0 345 G 321 346 U 320 347 A 319 348 A 318 349 U 317 350 U 316 351 U 315 352 A 314 353 A 313 354 A 312 355 U 0 356 U 311 357 A 0 358 C 0 359 A 0 360 A 385 361 U 384 362 U 383 363 U 382 364 U 381 365 A 380 366 U 379 367 U 378 368 A 377 369 G 376 370 G 0 371 C 0 372 U 0 373 A 0 374 A 0 375 G 0 376 C 369 377 U 368 378 A 367 379 A 366 380 U 365 381 A 364 382 A 363 383 A 362 384 A 361 385 U 360 386 U 0 387 U 0 388 A 0 389 A 400 390 A 399 391 A 398 392 G 0 393 A 0 394 A 0 395 A 0 396 A 0 397 U 0 398 U 391 399 G 390 400 U 389 401 U 0 402 A 0 403 A 0 404 C 0 405 C 0 406 U 462 407 U 461 408 U 460 409 A 459 410 A 0 411 U 0 412 U 0 413 A 0 414 A 438 415 U 437 416 G 436 417 U 0 418 A 0 419 A 433 420 G 432 421 C 431 422 U 0 423 U 0 424 A 0 425 A 0 426 U 0 427 A 0 428 G 0 429 U 0 430 A 0 431 G 421 432 C 420 433 U 419 434 A 0 435 U 0 436 C 416 437 A 415 438 U 414 439 A 0 440 U 0 441 U 0 442 A 0 443 A 0 444 U 457 445 A 0 446 G 455 447 U 454 448 U 0 449 C 0 450 U 0 451 U 0 452 U 0 453 A 0 454 A 447 455 C 446 456 A 0 457 A 444 458 A 0 459 U 409 460 A 408 461 A 407 462 A 406 463 A 0 464 U 0 465 C 0 466 A 0 467 A 0 468 A 0 469 A 0 470 A 0 471 U 0 472 U 0 473 A 0 474 U 0 475 A 0 476 C 0 477 C 0 478 U 0 479 A 0 480 A 0 481 U 0 482 U 0 483 U 0 484 C 0 485 U 0 486 U 0 487 U 0 488 U 0 489 U 0 490 A 0 491 A 0 492 U 0 493 A 0 494 U 291 495 C 290 496 U 289 497 U 288 498 U 287 499 U 286 500 C 528 501 U 0 502 U 0 503 A 525 504 U 524 505 U 523 506 U 522 507 A 521 508 A 520 509 A 0 510 A 0 511 U 0 512 U 0 513 U 0 514 A 0 515 A 0 516 A 0 517 A 0 518 A 0 519 C 0 520 U 508 521 U 507 522 A 506 523 A 505 524 A 504 525 U 503 526 U 0 527 A 0 528 G 500 529 U 0 530 U 0 531 U 0 532 A 0 533 U 0 534 G 155 535 U 154 536 U 153 537 A 152 538 A 151 539 A 150 540 A 828 541 U 827 542 G 0 543 A 0 544 G 0 545 U 0 546 A 0 547 U 823 548 U 822 549 A 0 550 A 0 551 A 0 552 A 0 553 U 0 554 C 0 555 A 0 556 A 0 557 A 0 558 U 0 559 A 0 560 U 0 561 A 0 562 G 0 563 U 0 564 U 0 565 U 0 566 A 0 567 U 0 568 A 0 569 A 0 570 A 0 571 G 0 572 C 0 573 C 0 574 C 0 575 A 0 576 A 0 577 G 0 578 A 0 579 A 0 580 U 0 581 A 0 582 A 0 583 A 0 584 A 0 585 A 0 586 C 0 587 U 0 588 U 0 589 U 0 590 U 0 591 A 0 592 A 0 593 A 0 594 C 0 595 A 0 596 A 0 597 A 0 598 A 0 599 A 0 600 A 0 601 A 0 602 U 0 603 A 821 604 U 820 605 U 819 606 A 818 607 U 0 608 A 0 609 A 0 610 A 816 611 U 815 612 G 814 613 U 813 614 A 812 615 A 811 616 A 810 617 A 809 618 A 0 619 A 807 620 G 806 621 G 805 622 A 0 623 A 0 624 C 0 625 U 0 626 C 0 627 G 0 628 G 0 629 C 0 630 A 0 631 A 0 632 A 0 633 U 0 634 U 0 635 C 800 636 U 799 637 A 798 638 G 797 639 C 796 640 C 795 641 C 794 642 C 792 643 G 791 644 C 0 645 C 0 646 U 660 647 G 659 648 U 658 649 U 0 650 U 0 651 A 0 652 U 0 653 C 1181 654 A 0 655 A 0 656 A 0 657 A 0 658 A 648 659 C 647 660 A 646 661 U 0 662 C 0 663 G 689 664 C 688 665 U 687 666 C 686 667 U 685 668 U 684 669 U 683 670 G 682 671 A 679 672 A 0 673 A 0 674 A 0 675 U 0 676 U 0 677 A 0 678 U 0 679 U 671 680 A 0 681 A 0 682 U 670 683 A 669 684 A 668 685 A 667 686 G 666 687 A 665 688 G 664 689 U 663 690 C 0 691 G 0 692 U 787 693 G 786 694 C 785 695 C 784 696 U 0 697 G 718 698 C 717 699 C 716 700 C 0 701 A 0 702 G 715 703 U 714 704 G 711 705 A 710 706 A 0 707 A 0 708 U 0 709 U 0 710 U 705 711 U 704 712 A 0 713 A 0 714 A 703 715 C 702 716 G 699 717 G 698 718 C 697 719 C 736 720 G 735 721 C 734 722 A 733 723 G 732 724 U 731 725 A 0 726 C 0 727 C 0 728 C 0 729 U 0 730 G 0 731 A 724 732 C 723 733 U 722 734 G 721 735 U 720 736 G 719 737 C 741 738 U 0 739 A 0 740 A 0 741 G 737 742 G 0 743 U 0 744 A 0 745 G 0 746 C 0 747 A 774 748 U 0 749 A 0 750 A 0 751 U 0 752 A 0 753 A 0 754 C 0 755 U 0 756 U 0 757 G 773 758 U 772 759 U 771 760 U 770 761 U 769 762 U 768 763 U 0 764 A 0 765 A 0 766 U 0 767 U 0 768 G 762 769 A 761 770 A 760 771 A 759 772 G 758 773 C 757 774 U 747 775 U 0 776 G 0 777 U 0 778 A 0 779 U 0 780 G 0 781 A 0 782 A 0 783 U 0 784 G 695 785 G 694 786 C 693 787 U 692 788 U 0 789 G 0 790 A 0 791 C 643 792 G 642 793 U 0 794 G 641 795 G 640 796 G 639 797 C 638 798 A 637 799 A 636 800 G 635 801 A 0 802 C 0 803 U 0 804 G 0 805 U 621 806 C 620 807 U 619 808 C 0 809 U 617 810 A 616 811 U 615 812 U 614 813 A 613 814 C 612 815 A 611 816 U 610 817 U 0 818 A 606 819 A 605 820 A 604 821 U 603 822 A 548 823 A 547 824 A 0 825 A 0 826 A 0 827 U 541 828 U 540 829 A 117 830 A 0 831 U 0 832 U 0 833 U 0 834 U 851 835 U 850 836 A 849 837 A 848 838 G 847 839 U 0 840 G 0 841 A 0 842 A 0 843 G 0 844 A 0 845 A 0 846 G 0 847 C 838 848 U 837 849 U 836 850 A 835 851 A 834 852 A 0 853 U 0 854 A 0 855 A 0 856 U 0 857 C 1217 858 U 1216 859 C 1215 860 A 1214 861 A 1213 862 A 0 863 A 1212 864 G 1211 865 A 1210 866 C 0 867 G 1207 868 A 1206 869 A 0 870 A 0 871 A 0 872 G 0 873 A 0 874 C 0 875 C 1039 876 C 1038 877 U 1037 878 A 1036 879 U 0 880 C 1035 881 G 1034 882 A 1031 883 G 1030 884 C 1029 885 U 1028 886 U 1027 887 U 0 888 A 938 889 A 937 890 A 936 891 U 935 892 U 934 893 U 0 894 A 932 895 U 931 896 G 930 897 U 929 898 A 928 899 U 927 900 A 926 901 A 925 902 A 0 903 U 0 904 A 0 905 A 0 906 A 0 907 A 0 908 U 0 909 C 0 910 U 0 911 U 0 912 U 0 913 U 0 914 A 0 915 G 0 916 A 0 917 A 0 918 A 0 919 A 0 920 A 0 921 C 0 922 A 0 923 A 0 924 A 0 925 A 901 926 U 900 927 U 899 928 U 898 929 A 897 930 U 896 931 A 895 932 U 894 933 C 0 934 C 892 935 A 891 936 U 890 937 U 889 938 U 888 939 U 0 940 U 0 941 A 953 942 G 952 943 U 951 944 U 950 945 G 0 946 G 0 947 G 0 948 G 0 949 C 0 950 G 944 951 A 943 952 C 942 953 A 941 954 A 975 955 A 974 956 A 973 957 G 972 958 A 971 959 A 970 960 C 0 961 A 0 962 A 0 963 A 0 964 U 0 965 A 0 966 A 0 967 A 0 968 G 0 969 C 0 970 U 959 971 U 958 972 C 957 973 U 956 974 U 955 975 U 954 976 U 1020 977 U 0 978 A 996 979 U 995 980 U 994 981 A 0 982 U 993 983 G 992 984 U 991 985 A 990 986 A 0 987 A 0 988 U 0 989 U 0 990 U 985 991 A 984 992 U 983 993 A 982 994 A 980 995 A 979 996 U 978 997 U 0 998 U 0 999 A 0 1000 U 0 1001 A 0 1002 G 0 1003 A 0 1004 G 0 1005 C 0 1006 C 1015 1007 A 1014 1008 U 1013 1009 A 0 1010 A 0 1011 U 0 1012 U 0 1013 A 1008 1014 U 1007 1015 G 1006 1016 A 0 1017 U 0 1018 U 0 1019 A 0 1020 A 976 1021 A 0 1022 A 0 1023 G 0 1024 A 0 1025 A 0 1026 A 0 1027 A 886 1028 A 885 1029 G 884 1030 C 883 1031 U 882 1032 A 0 1033 C 0 1034 C 881 1035 G 880 1036 U 878 1037 A 877 1038 G 876 1039 G 875 1040 G 0 1041 A 0 1042 U 0 1043 A 0 1044 A 0 1045 C 0 1046 A 0 1047 G 0 1048 C 1090 1049 A 0 1050 G 1089 1051 U 1088 1052 U 0 1053 A 1087 1054 U 1084 1055 U 1083 1056 U 1082 1057 U 1081 1058 U 1080 1059 U 1079 1060 C 1078 1061 A 0 1062 G 0 1063 A 0 1064 G 1074 1065 A 1073 1066 G 0 1067 U 0 1068 C 0 1069 C 0 1070 U 0 1071 A 0 1072 A 0 1073 U 1065 1074 C 1064 1075 G 0 1076 A 0 1077 A 0 1078 G 1060 1079 A 1059 1080 A 1058 1081 A 1057 1082 A 1056 1083 A 1055 1084 G 1054 1085 U 0 1086 U 0 1087 U 1053 1088 G 1051 1089 C 1050 1090 G 1048 1091 A 0 1092 C 0 1093 C 0 1094 U 0 1095 C 0 1096 G 0 1097 A 0 1098 U 0 1099 G 0 1100 U 0 1101 U 1177 1102 G 1175 1103 G 1174 1104 A 1173 1105 U 1172 1106 U 1169 1107 A 1166 1108 A 1165 1109 A 1164 1110 G 1163 1111 U 1162 1112 A 0 1113 A 0 1114 C 1140 1115 U 1139 1116 U 1135 1117 U 1134 1118 U 1133 1119 A 1132 1120 A 1131 1121 G 1130 1122 U 1129 1123 G 0 1124 C 0 1125 A 0 1126 G 0 1127 A 0 1128 A 0 1129 G 1122 1130 C 1121 1131 U 1120 1132 U 1119 1133 A 1118 1134 A 1117 1135 A 1116 1136 A 0 1137 U 0 1138 A 0 1139 A 1115 1140 G 1114 1141 U 0 1142 G 1156 1143 G 1155 1144 G 1154 1145 U 1153 1146 C 1152 1147 U 0 1148 G 0 1149 U 0 1150 U 0 1151 C 0 1152 G 1146 1153 A 1145 1154 C 1144 1155 C 1143 1156 C 1142 1157 U 0 1158 U 0 1159 A 0 1160 A 0 1161 A 0 1162 C 1111 1163 C 1110 1164 U 1109 1165 U 1108 1166 U 1107 1167 A 0 1168 C 0 1169 A 1106 1170 U 0 1171 G 0 1172 A 1105 1173 U 1104 1174 C 1103 1175 U 1102 1176 G 0 1177 A 1101 1178 G 0 1179 U 0 1180 U 0 1181 C 653 1182 A 0 1183 G 1201 1184 A 1200 1185 C 1199 1186 C 1198 1187 G 1196 1188 G 1195 1189 C 1194 1190 G 0 1191 U 0 1192 A 0 1193 A 0 1194 G 1189 1195 C 1188 1196 C 1187 1197 A 0 1198 G 1186 1199 G 1185 1200 U 1184 1201 U 1183 1202 G 0 1203 G 0 1204 U 0 1205 U 0 1206 U 868 1207 C 867 1208 U 0 1209 A 0 1210 U 865 1211 C 864 1212 U 863 1213 U 861 1214 U 860 1215 G 859 1216 A 858 1217 G 857 1218 C 0 1219 U 0 1220 A 0 1221 A 0 1222 U 0 1223 U 0 1224 A 0 1225 U 0 1226 U 1256 1227 U 1255 1228 A 1254 1229 U 1253 1230 G 1252 1231 U 1251 1232 U 1250 1233 U 1249 1234 U 0 1235 A 0 1236 G 0 1237 U 0 1238 A 0 1239 C 0 1240 G 0 1241 A 0 1242 A 0 1243 A 0 1244 G 0 1245 G 0 1246 A 0 1247 C 0 1248 C 0 1249 A 1233 1250 A 1232 1251 A 1231 1252 C 1230 1253 A 1229 1254 U 1228 1255 A 1227 1256 A 1226 1257 C 1267 1258 A 1266 1259 A 1265 1260 A 1264 1261 U 0 1262 A 0 1263 A 0 1264 U 1260 1265 U 1259 1266 U 1258 1267 G 1257 1268 C 0 1269 C 0 1270 C 0 1271 A 0 1272 C 0 1273 U 0 1274 A 0 1275 U 0