16S rRNA Lousy Base Pair Frequencies for Helical Element 409


 
Base Pair (409 : 423)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.1 5.8 1.1 -- 0.5* 34.9* -- -- 0.1 0.4* -- 0.2 0.4 24.2 0.3 0.6 31.5 7251
3 -- 6.7 1.1 -- 0.1* 40.4* -- -- -- 0.5* -- 0.2 0.1 25.6 0.1 0.6 24.6 6262
B -- 8.4 1.4 -- 0.1* 50.6* -- -- 0.1 0.6* -- 0.2 0.1 32.0 0.1 0.8 5.5 4995
A -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 237
C 0.6 -- -- 0.6* 2.4 -- -- -- 0.6 -- -- -- 3.0 90.9* -- -- 1.8 164
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 1030
M 0.1 -- 0.8 -- 3.5* 0.2 -- 0.1 0.1* 0.1* -- 0.2 1.7 0.5 2.3* 0.5 89.8 833
 
Base Pair (410 : 422)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 48.5* -- 0.1* 0.2* 7.9 -- 0.1 0.1 -- -- 0.1 -- 14.3 0.3 0.1 -- 28.2 7228
3 55.0 -- -- -- 7.6 -- -- 0.1 -- -- 0.1 -- 16.2 0.3 0.1 -- 20.5 6237
B 69.0 -- -- -- 9.5 -- -- 0.2 -- -- 0.1 -- 20.4 0.4 0.2 -- 0.2 4971
A -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 237
C 35.2 -- -- -- 55.8* -- -- -- 0.6* -- -- -- 4.8 0.6 -- -- 3.0 165
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 1030
M 2.4* -- 0.7* 1.6* 1.1 -- 0.4 0.1 0.1 0.1 -- -- 1.6 0.2 -- 0.2 91.5 834
 
Base Pair (411 : 421)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- -- 0.8* 60.9* 0.1 -- 5.1 1.0 3.2 0.1 -- -- 0.1 -- -- 0.2 28.4 7162
3 -- -- -- 70.1 0.1 -- 5.2 1.1 2.6 -- -- -- -- -- -- 0.1 20.7 6171
B -- -- 0.1* 88.2* 0.2 -- 6.5 1.3 3.3 -- -- -- -- -- -- 0.2 0.2 4904
A -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 237
C -- -- 26.1* 16.4 -- 1.2 21.2 0.6 27.9* 3.0 -- -- -- -- 0.6 2.4 0.6 165
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 1030
M -- 0.2 1.2* 1.7 -- -- 1.7 0.4 2.6* -- -- -- 0.4 -- -- 0.2 91.6 834
 
Base Pair (412 : 420)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.4 -- 0.1 27.5 1.5 0.2 0.2 1.8* 1.2 -- 0.1 1.7 0.1* -- 3.5 33.5* 28.1 7201
3 0.4* -- 0.1 30.5 1.6 0.2 0.1 1.3 1.3* -- 0.1 1.9 -- -- 3.9 37.9* 20.5 6209
B 0.5* 0.1 0.1 38.3 2.0 0.3 0.1 1.6 1.7* -- 0.1 2.4 -- 0.1 4.9 47.7* 0.1 4942
A -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 237
C 1.2 -- 0.6 25.5 3.0 0.6 0.6 28.5* 1.8 -- -- 1.2 1.8* -- 6.1 27.9* 1.2 165
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 1030
M -- -- 0.4* 5.6* 0.4 0.1 0.7 0.4 0.2 0.1 -- 0.1 0.1 -- 0.1 0.8 90.9 835
 
Base Pair (413 : 419)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 55.7* -- 0.2* 0.1* 12.8 -- -- 0.2 -- -- -- -- 0.3 0.3 0.2 -- 30.3 7208
3 62.1 -- -- -- 14.1 -- -- 0.1 -- -- -- -- 0.2 0.3 0.2 -- 23.0 6216
B 78.0 -- -- -- 17.7 -- -- 0.1 -- -- -- -- 0.2 0.4 0.2 -- 3.3 4948
A -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 237
C 80.6* -- -- 1.2* 11.5 -- -- 1.8 -- -- -- -- 0.6 -- 3.0 -- 1.2 165
E -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 1030
M 2.2 -- 1.2* 0.1 3.6* -- -- 0.4* 0.1 0.1 -- -- 1.1 -- -- 0.1 91.1 835


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