16S rRNA Lousy Base Pair Frequencies for Helical Element 659


 
Base Pair (659 : 747)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.3 6.5 15.4* 4.2 1.0 1.7 2.0 1.5* 1.3 11.5 3.5 28.2* 0.7 0.1* 3.2 11.2 7.9 7055
3 0.3 7.6 16.0* 4.7 1.1 1.7 1.5 1.3* 1.1 11.8 3.9 32.9* 0.7 0.1* 3.3 11.9 0.2 5999
B 0.3* 7.0 20.2* 5.2 1.4 2.0 1.8 1.1 1.3* 14.3 2.6 27.4* 0.9 -- 3.1 11.2 0.2 4749
A -- 54.3* -- -- -- 2.3 -- -- 0.9 9.5 23.5 -- -- -- 9.5* -- -- 221
C -- 0.6 12.6 3.6 1.2 2.4 -- 0.6* 0.6 43.1* 1.2 4.2 -- 0.6* 0.6 28.1* 0.6 167
E -- 0.2 0.4 2.9 -- -- 0.7* 2.5 0.1 1.2 5.4 65.3* -- 0.2* 2.8* 18.0 0.3 1029
M 0.3 0.3 11.3* 1.2 0.3 1.3 5.6 2.7* 2.3 3.3 1.7 0.9* 1.1 0.1* 3.1 2.7 61.6 897
 

 
Base Pair (665 : 740)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 0.4 0.5* 1.3 50.0* 22.8 0.2 1.7 2.2 2.4 1.2 0.2 0.3 13.0* 0.6 0.1* 0.5 2.7 7107
3 0.3 -- 0.1 56.7* 24.4 -- 0.2 1.6 0.7 -- -- 0.1 15.2* 0.5 -- -- -- 6052
B 0.3* -- -- 68.5* 29.9 -- 0.1 0.5 0.4 -- 0.1 0.1 -- 0.1 -- -- 0.1 4802
A -- -- -- 49.1* 1.4 -- 0.9 32.0 10.8 -- -- -- -- 5.9* -- -- -- 222
C -- -- -- 32.3 67.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 0.6 167
E 0.8 -- 0.7 3.4* 3.8 -- 0.6 0.3 -- 0.1 -- -- 89.4* 0.9 -- -- 0.1 1028
M 0.6* 3.8 9.2 7.5 3.5 1.8 11.8 6.7 14.5* 9.5* 1.0 1.7 0.6 1.6 0.9 3.9* 21.7 896
 
Base Pair (666 : 739)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 82.1* 0.3* 0.6 0.2 2.4 0.2 5.6* 2.8 0.1 4.1 0.5 0.1 0.1 0.1 0.2 0.2* 0.5 7116
3 93.3* 0.3* -- -- 2.8 -- -- 2.5 -- 0.2 0.5 -- -- 0.1 0.1 -- 0.1 6058
B 92.9 -- -- -- 3.5 -- -- 2.8 -- -- 0.5 -- -- -- 0.2 -- 0.1 4808
A 81.5* 7.2* -- -- -- 0.9 -- 0.9 -- 5.4 4.1 -- -- -- -- -- -- 222
C 92.8* -- -- 0.6* 1.2 -- -- 4.8 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.6 167
E 97.8 -- -- -- 0.2 -- -- 1.2 -- -- -- -- 0.2 0.5 0.1 -- 0.1 1028
M 3.8* 0.7* 5.0 1.1 0.1 1.0 44.2* 4.3 0.4 31.1 0.4 0.7 0.6 -- 0.8 1.7* 4.1 899
 
Base Pair (667 : 738)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 28.5 0.1 0.1 0.8 32.6* 0.2* 0.1 2.0* -- 0.2* -- 0.2 16.2 8.4 0.4 10.1 0.2 7116
3 33.4 -- -- 0.5 37.0* 0.2* -- 2.3* -- 0.1* -- 0.2 17.7 8.4 -- -- -- 6057
B 23.4 -- -- 0.7 44.5* -- -- 2.9* -- -- -- -- 20.1 8.3 -- -- 0.1 4809
A 0.9 0.9 0.5* -- 6.3 5.4 -- -- -- 3.2 -- 3.6* 34.7 44.6* -- -- -- 222
C 0.6 -- -- 0.6 6.0 -- 0.6* -- -- -- -- -- 38.9 52.7* -- -- 0.6 167
E 87.2* -- -- -- 8.4 -- -- -- 0.2* -- 0.1 0.1* 2.9 0.9 0.2 -- -- 1026
M 0.4 0.1* 0.7 2.6 8.1 0.2 0.6 0.3* 0.1 0.4 0.1 0.7 1.3* 0.1 2.8 79.6* 1.9 900
 
Base Pair (668 : 737)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 9.5 1.0 1.8 14.9 3.5 1.0 4.0 21.2* 1.5 0.3* 0.9 5.2 7.1 12.2* 5.9 9.5* 0.3 7060
3 11.0 1.2 2.0 9.1 3.9 1.1 4.3 20.2* 1.7 0.3* 1.0 4.6 8.3 14.3* 6.9 9.6* 0.2 6002
B 13.5 0.3* 2.3 11.4 4.3 1.0 5.3 25.3* 1.7 0.1 0.8 5.6 8.9* 0.6 7.6 11.0* 0.2 4754
A -- 21.2* 5.0 0.9 -- 7.2 -- 3.6* 5.0 7.7 9.9 5.0 -- 0.9 13.5 20.3* -- 222
C -- 0.6 2.4* 1.2 0.6 -- -- -- -- -- 1.2 50.6* -- -- -- 42.8 0.6 166
E 1.7 1.1 -- 0.2 3.1 0.4 0.8* 0.4 1.4 -- -- -- 7.2 80.9* 2.2* 0.5 0.2 1026
M 1.2* 0.1* 0.6* 56.0* 1.4 -- 2.9 31.6 0.1 0.1 -- 0.3 0.3 0.2 0.4 2.9 1.8 900
 
Base Pair (669 : 736)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 9.7 0.2* 1.0* 19.1 26.4* 0.5 0.7 12.8* 0.4 -- 1.7 13.2 1.0 0.6 6.5 6.0 0.2 7058
3 10.1 0.2* 0.8* 16.5 27.6* 0.5 0.6 9.9* 0.4 -- 2.0 15.5 0.9 0.6 7.6 6.8 0.1 5999
B 12.5 0.1* 1.0* 20.1 33.8* 0.6 0.7 11.3* 0.4 -- 0.7 2.0 0.6 0.4 8.9 6.7 0.1 4749
A 4.0 -- -- 14.6 20.4* -- 0.4* 11.9 0.4 -- 26.5* 6.6 2.7 -- 8.4 4.0 -- 226
C 0.6 -- 1.8* 18.0 3.6* -- 1.2 70.7* 3.0 -- -- -- -- -- -- 0.6 0.6 167
E 0.4 0.8 -- -- 0.6 0.1* 0.4 2.6* 0.2 -- 2.8 79.8* 1.9* 1.7 1.1 7.6 0.1 1024
M 8.9* -- 2.2* 36.6* 22.2 0.2 1.4 21.6 0.1 -- -- 0.2 2.0 0.2 0.6 1.9 1.9 900
 
Base Pair (670 : 735)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 20.1 0.2 0.2 12.7 9.7* 0.2* 2.0 38.5* 9.8 -- 0.4 0.7 1.7 1.3 1.5 0.6 0.2 7089
3 21.9 0.2 0.2 12.6 6.8* 0.3* 2.2 37.8* 11.5 -- 0.5 0.7 1.9 1.4 1.7 0.4 -- 6030
B 26.3 0.3 0.2 3.1 6.2* 0.3* 2.7 39.8* 14.2 -- 0.6 0.3 2.3 1.6 2.0 0.1 -- 4777
A 26.5 -- -- 7.4 20.0* -- -- 32.6* 7.0 -- -- -- -- 3.5 2.6 0.4 -- 230
C 1.2 -- 1.2* 15.0 71.9* -- -- 3.0* 0.6 -- -- 3.0 -- 1.8 -- 1.8 0.6 167
E 0.3* 0.1* -- 58.1* 6.8 -- 0.1 29.4 -- -- -- 2.9 -- -- 0.2 2.1 -- 1023
M 11.4 0.1 0.3 13.2 17.9* 0.4* 1.2 49.3* 0.2 -- 0.1 -- 0.6 0.4 0.8 2.0 1.9 900


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