23S rRNA Tentative Base Pair Frequencies for Helical Element 2081


 
Base Pair (2081 : 2239) Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- 18.4 0.8 1.1* 0.1 49.3* 0.5 0.2 1.4 -- 0.5* 0.1 0.1* 0.2 1.9 1.2 24.1 846
3 -- 33.4 -- -- -- 66.1 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.2 -- 0.2 437
B -- 39.4 -- -- -- 60.6 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 241
A -- 100.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 41
C -- 3.0 -- -- -- 96.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.0 100
E -- 6.5 -- -- -- 92.2 -- -- -- -- -- -- -- -- 0.6 -- 0.6 154
M -- 2.3 2.3 0.6 0.3* 10.4* 1.3* 0.6 3.9 -- 1.3* 0.3 0.3 0.6 4.9 3.2 67.6 309
 
Base Pair (2082 : 2237) (Tertiary)   Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T -- -- 5.2* 4.6 1.2* 0.4 3.9 0.2 58.4* 0.4 0.4* -- 0.2 -- 0.2 0.8 24.1 846
3 -- -- -- 2.5 -- -- 5.3 -- 91.8 -- -- -- -- -- -- -- 0.5 437
B -- -- -- -- -- -- 7.9 -- 91.7 -- -- -- -- -- -- -- 0.4 241
A -- -- -- -- -- -- 2.4 -- 97.6 -- -- -- -- -- -- -- -- 41
C -- -- 15.0* -- -- -- 6.0 -- 79.0* -- -- -- -- -- -- -- -- 100
E -- -- -- 7.1 -- -- 1.9 -- 90.3 -- -- -- -- -- -- -- 0.6 154
M -- -- 9.4* 7.4* 2.6 1.0 1.3 0.6 4.5 1.0 1.0* -- 0.6 -- 0.6 2.3 67.6 309
 
Base Pair (2083 : 2236)     Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
T 5.9 3.4* 7.6* 11.1 42.2* 0.4 2.5 4.6* 2.0 1.3 1.8 1.9 0.6 0.5 0.2 5.7 8.3 845
3 9.6 -- 3.7* 5.5 73.5* -- -- 3.9* -- -- 2.3 -- 0.2 0.7 -- 0.5 0.2 437
B 11.2 -- -- 8.3 69.3* -- -- 6.6* -- -- 4.1 -- -- -- -- 0.4 -- 241
A 19.5 -- -- 2.4 78.0 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 41
C 4.0 -- 2.0 4.0 21.0 1.0 2.0 10.0* 1.0 -- 2.0 13.0 -- -- -- 40.0* -- 100
E 4.5 -- 10.4* 1.9 78.6* -- -- 0.6* -- -- -- -- 0.6 1.9 -- 0.6 0.6 154
M 1.3* 9.4* 14.9* 21.4* 4.9 0.6 6.2 3.9 3.6 3.6 1.0 1.0 1.0 -- 0.6 1.9 24.7 308


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