Group I Intron RNA Base Pair Frequencies for Helical Element 318


 
Base Pair (318 : 331)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A -- 85.4* 6.1* 2.4* -- 2.4 -- -- -- -- -- 1.2 -- -- -- -- 2.4 82
B 14.3* 39.7* 22.2* 7.9* 3.2 1.6 -- -- -- -- -- 1.6 -- -- -- -- 9.5 63
C 3.3 80.5* 3.0* 1.7 5.3* 1.0 -- -- -- -- 0.3 1.0 0.3 -- -- -- 3.6 303
Z -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 124
D -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 17
E 2.2* 87.0* 2.2* 4.3* -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 4.3 46
U -- 74.2* 3.2* 3.2* 3.2 3.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 12.9 31
 
Base Pair (319 : 330)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A 2.4* 20.7* 28.0* 45.1* -- -- -- -- -- 1.2 -- -- -- -- -- -- 2.4 82
B 1.6* 17.5* 28.6* 31.7* 3.2 3.2 -- -- 1.6 -- -- -- -- -- -- 3.2 9.5 63
C 3.0* 21.1* 16.5* 10.9* 5.6 1.3 -- -- -- 5.9 -- 12.2 -- 1.3 0.3 -- 21.8 303
Z -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 124
D -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 17
E -- 21.7* 17.4* 54.3* 4.3 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.2 46
U 6.5* 48.4* 6.5* 6.5* 3.2 16.1 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 12.9 31
 
Base Pair (320 : 329)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A 15.9* 4.9* 20.7* 45.1* 4.9 4.9 -- -- -- -- -- 1.2 -- -- -- -- 2.4 82
B 4.8* 15.9* 25.4* 27.0* 9.5 4.8 -- -- -- -- -- -- -- -- -- 3.2 9.5 63
C 7.9* 65.0* 11.9* 6.3* 0.3 3.6 -- 0.3 -- -- 0.3 -- 0.3 -- 0.3 -- 3.6 303
Z -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 124
D -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 17
E 10.9* 34.8* 39.1* 13.0* -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.2 -- -- -- 46
U 3.2* 58.1* 6.5* 9.7* 3.2 3.2 -- -- -- -- -- -- -- 3.2 -- -- 12.9 31
 
Base Pair (321 : 328)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A 6.1* 9.8* 8.5* 3.7* -- 2.4 1.2 -- -- -- -- -- -- -- -- 1.2 67.1 82
B 6.3* 7.9* 27.0* 30.2* 12.7 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 1.6 14.3 63
C 13.5* 26.7* 43.9* 4.6* -- 2.6 0.3 1.3 -- 0.7 1.0 0.7 -- -- -- 0.3 4.3 303
Z -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 124
D -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 17
E 32.6* 34.8* 15.2* 15.2* -- 2.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 46
U 6.5* 16.1* 19.4* 6.5* 3.2 12.9 6.5 -- -- 3.2 3.2 -- -- 3.2 -- 3.2 16.1 31
 
Base Pair (322 : 327)   Get: Collective Score
Aln GC CG UA AU GU UG AA AC AG CA CC CU GA GG UC UU gap Seq
A 1.2* 3.7* 26.8 17.1 2.4 3.7 28.0* -- -- -- -- 3.7 1.2 2.4 2.4 4.9* 2.4 82
B 4.8* 15.9* 28.6* 20.6* 7.9 -- 1.6 -- 1.6 -- -- -- -- -- -- 6.3 12.7 63
C 42.4* 15.2* 12.9* 11.3* 1.0 4.3 0.7 0.3 -- 1.3 1.0 0.7 1.0 0.3 0.3 0.7 6.6 302
Z -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 124
D -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 100.0 17
E 43.5* 45.7* -- 6.5* -- 2.2 -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- 2.2 46
U 25.8* 6.5* -- 38.7* -- 3.2 -- -- -- -- 3.2 -- -- -- 3.2 3.2 16.1 31


Last generated: Mon Sep 20 12:28:08 1999