Group I Intron RNA Base Pair Collective Scoring Data for Helical Element 139


 
Base Pair (139 : 164) (Tertiary) Get: Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel Seq
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.12 0.00 0.02 0.00 82
B 0 0 0 0.00 1.00 1.00 2.00 0.00 0.00 -0.65 -0.24 0.24 0.03 72
C 0 0 0 0.00 0.94 0.97 1.91 0.57 0.58 0.92 0.83 0.00 0.99 305
Z 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.09 0.00 0.02 0.00 125
D 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 19
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.22 -0.11 0.02 0.00 46
U 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 41
 
Base Pair (140 : 163) (Tertiary) Get: Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel Seq
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 82
B 0 0 0 0.00 0.50 0.67 1.17 0.67 0.67 -0.73 -0.21 0.17 0.04 72
C 0 0 0 0.00 0.05 0.00 0.05 0.58 0.59 0.81 1.76 0.00 0.99 305
Z 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 125
D 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 19
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.11 -0.11 0.00 0.02 46
U 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 41
 
Base Pair (141 : 162)   Get: Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel Seq
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 -0.14 -0.07 0.01 0.01 82
B 0 0 0 0.00 0.50 0.67 1.17 0.33 0.67 -0.72 -0.21 0.17 0.04 72
C 0 0 0 0.00 0.25 0.53 0.79 0.52 0.90 0.61 0.24 0.00 0.99 305
Z 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 125
D 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 19
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 -0.11 -0.11 0.00 0.02 46
U 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 41
 
Base Pair (142 : 161)   Get: Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel Seq
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 -0.12 -0.07 0.01 0.01 82
B 0 0 0 0.00 0.50 0.67 1.17 0.33 0.33 -0.71 -0.21 0.17 0.04 72
C 0 0 0 0.00 0.76 0.88 1.63 0.88 0.91 0.23 -0.26 0.20 0.79 305
Z 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 125
D 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 19
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.11 -0.11 0.00 0.02 46
U 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 41
 
Base Pair (143 : 160)   Get: Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel Seq
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 -0.14 -0.07 0.01 0.01 82
B 0 0 0 0.00 0.50 0.67 1.17 0.33 0.33 -0.56 -0.21 0.14 0.04 72
C 0 0 0 0.00 0.60 0.82 1.42 0.82 0.92 0.40 0.46 0.00 0.99 305
Z 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 125
D 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 19
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 -0.11 -0.11 0.00 0.02 46
U 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 41
 
Base Pair (144 : 159)   Get: Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel Seq
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.14 -0.12 0.00 0.02 82
B 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.33 0.33 -0.56 -0.17 0.14 0.04 72
C 0 0 0 0.00 0.61 0.76 1.36 0.76 0.89 -0.19 0.03 0.01 0.94 305
Z 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 125
D 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 19
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.11 -0.11 0.00 0.02 46
U 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 41
 
Base Pair (145 : 158)   Get: Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel Seq
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.50 0.50 -0.14 -0.12 0.00 0.02 82
B 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.33 0.33 -0.54 -0.17 0.11 0.04 72
C 0 0 0 0.00 0.55 0.68 1.24 0.68 0.84 -0.66 -0.71 0.01 0.75 305
Z 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 125
D 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 19
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 -0.11 -0.11 0.00 0.02 46
U 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 41
 
Base Pair (146 : 157)   Get: Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel Seq
A 0 0 0 0.00 1.00 1.00 2.00 0.00 0.00 -0.14 -0.14 0.00 0.02 82
B 0 0 0 0.00 1.00 1.00 2.00 0.00 0.33 -0.57 -0.21 0.11 0.04 72
C 0 0 0 0.00 0.72 0.81 1.53 0.81 0.86 -0.74 -0.71 0.01 0.75 305
Z 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 125
D 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 19
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 -0.11 -0.11 0.00 0.02 46
U 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 41
 
Base Pair (147 : 156)   Get: Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel Seq
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.50 0.50 -0.14 -0.12 0.00 0.02 82
B 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 -0.46 -0.17 0.08 0.04 72
C 0 0 0 0.00 0.68 0.81 1.49 0.81 0.96 -0.60 -0.66 0.00 0.75 305
Z 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 125
D 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 19
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 -0.11 -0.11 0.00 0.02 46
U 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 41
 
Base Pair (148 : 155)   Get: Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel Seq
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.50 0.50 -0.14 -0.12 0.00 0.02 82
B 0 0 0 0.00 1.00 1.00 2.00 0.67 0.67 -0.41 -0.21 0.06 0.04 72
C 0 0 0 0.00 0.70 0.80 1.50 0.80 0.94 -0.53 -0.60 0.00 0.77 305
Z 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 125
D 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 19
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 -0.11 -0.11 0.00 0.02 46
U 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 41
 
Base Pair (149 : 154)   Get: Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel Seq
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 -0.12 -0.12 0.00 0.02 82
B 0 0 0 0.00 1.00 1.00 2.00 0.00 0.00 -0.51 -0.21 0.07 0.04 72
C 0 0 0 0.00 0.77 0.88 1.65 0.88 0.97 -0.53 -0.40 0.01 0.76 305
Z 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 125
D 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 19
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.11 -0.11 0.00 0.02 46
U 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 41


Last generated: Mon Sep 20 12:28:08 1999