Group I Intron RNA Base Pair Collective Scoring Data for Helical Element 58

 
Base Pair (58 : 93)   Get: Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel Seq
A 0 0 0 0.00 0.20 0.00 0.20 0.81 0.86 -0.40 -0.54 0.06 0.26 82
B 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.16 -0.08 0.01 0.01 72
C 0 0 0 0.00 0.96 0.99 1.96 0.99 0.99 0.74 0.77 0.01 0.90 305
Z 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 125
D 0 0 0 0.00 1.00 1.00 2.00 0.00 0.00 -0.48 -0.41 0.05 0.10 19
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.98 0.98 2.00 1.85 0.00 1.00 46
U 0 0 0 0.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 -0.76 -0.66 0.02 0.37 41
 
Base Pair (59 : 92)   Get: Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel Seq
A 0 0 0 0.00 0.62 0.84 1.47 0.84 0.95 -0.66 -0.68 0.05 0.23 82
B 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 -0.16 -0.08 0.01 0.01 72
C 0 0 0 0.00 0.48 0.80 1.28 0.39 1.00 0.16 0.73 0.01 0.90 305
Z 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 125
D 0 0 0 0.00 1.00 1.00 2.00 0.50 0.50 -0.60 -0.41 0.05 0.10 19
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 2.00 2.00 0.00 1.00 46
U 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.67 0.93 -0.65 -0.06 0.02 0.37 41
 
Base Pair (60 : 91)   Get: Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel Seq
A 0 0 0 0.00 0.55 0.76 1.31 0.76 0.81 -0.83 -0.65 0.06 0.26 82
B 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 -0.13 -0.08 0.01 0.01 72
C 0 0 0 0.00 0.68 0.82 1.50 0.82 0.96 -0.14 0.08 0.02 0.89 305
Z 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 125
D 0 0 0 0.00 1.00 1.00 2.00 0.00 0.00 -0.60 -0.41 0.05 0.10 19
E 0 0 0 0.00 0.50 0.91 1.41 0.87 0.98 1.11 1.29 0.00 1.00 46
U 0 0 0 0.00 0.50 0.93 1.43 0.86 0.86 -0.43 -0.44 0.05 0.34 41
 
Base Pair (61 : 90)   Get: Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel Seq
A 0 0 0 0.00 0.40 0.71 1.11 0.71 0.76 -0.75 -0.69 0.06 0.26 82
B 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.13 -0.08 0.01 0.01 72
C 0 0 0 0.00 0.66 0.77 1.43 0.77 0.82 -0.37 -0.36 0.02 0.88 305
Z 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 125
D 0 0 0 0.00 1.00 1.00 2.00 1.00 1.00 -0.60 -0.41 0.05 0.10 19
E 0 0 0 0.00 0.79 0.91 1.70 0.91 0.95 0.42 0.55 0.04 0.96 46
U 0 0 0 0.00 0.25 0.54 0.79 0.23 0.38 -0.68 -0.74 0.00 0.32 41
 
Base Pair (62 : 89)   Get: Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel Seq
A 0 0 0 0.00 0.73 0.86 1.58 0.86 0.90 -0.85 -0.78 0.06 0.26 82
B 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 -0.13 -0.08 0.01 0.01 72
C 0 0 0 0.00 0.25 0.54 0.79 0.23 0.23 -0.39 -0.26 0.84 0.04 305
Z 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 125
D 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.48 -0.29 0.05 0.10 19
E 0 0 0 0.00 0.16 0.00 0.16 0.23 0.23 1.10 0.35 0.04 0.96 46
U 0 0 0 0.00 0.40 0.77 1.17 0.77 0.77 -0.64 -0.53 0.00 0.32 41
 
 
Base Pair (63 : 87)   Get: Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel Seq
A 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.50 -0.71 -0.26 0.19 0.02 82
B 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.16 0.00 0.03 0.00 72
C 0 0 0 0.00 0.64 0.74 1.37 0.74 0.79 -0.97 -0.81 0.13 0.51 305
Z 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 125
D 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.60 0.00 0.16 0.00 19
E 0 0 0 0.00 0.30 0.47 0.77 0.28 0.40 0.14 -0.02 0.13 0.87 46
U 0 0 0 0.00 1.00 1.00 2.00 0.00 0.50 -0.55 -0.42 0.12 0.05 41
 
Base Pair (64 : 86)   Get: Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel Seq
A 0 0 0 0.00 0.40 0.75 1.15 0.58 0.75 -0.66 -0.55 0.05 0.15 82
B 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.16 -0.08 0.01 0.01 72
C 0 0 0 0.00 0.53 0.66 1.20 0.66 0.74 -0.97 -0.96 0.09 0.40 305
Z 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 125
D 0 0 0 0.00 1.00 1.00 2.00 0.00 0.50 -0.60 -0.41 0.05 0.10 19
E 0 0 0 0.00 0.17 0.00 0.17 0.31 0.48 0.02 -0.32 0.35 0.63 46
U 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.21 -0.41 0.02 0.02 41
 
Base Pair (65 : 85)   Get: Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel Seq
A 0 0 0 0.00 0.14 0.00 0.14 0.46 0.55 -0.53 -0.59 0.02 0.13 82
B 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 -0.08 -0.08 0.00 0.01 72
C 0 0 0 0.00 0.58 0.74 1.32 0.74 0.84 -0.90 -0.87 0.13 0.33 305
Z 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 125
D 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.50 0.50 -0.60 -0.29 0.05 0.10 19
E 0 0 0 0.00 0.50 0.70 1.20 0.00 0.50 -0.22 -0.51 0.74 0.22 46
U 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 -0.22 -0.14 0.05 0.02 41
 
Base Pair (66 : 84)   Get: Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel Seq
A 0 0 0 0.00 0.17 0.00 0.17 0.46 0.46 -0.51 -0.56 0.01 0.13 82
B 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 -0.08 -0.08 0.00 0.01 72
C 0 0 0 0.00 0.72 0.79 1.52 0.79 0.91 -0.87 -0.86 0.15 0.28 305
Z 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 125
D 0 0 0 0.00 1.00 1.00 2.00 0.00 0.33 -0.60 -0.60 0.00 0.16 19
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.39 -0.11 0.87 0.02 46
U 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.35 -0.14 0.05 0.02 41
 
Base Pair (67 : 83)   Get: Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel Seq
A 0 0 0 0.00 0.25 0.57 0.82 0.29 0.71 -0.49 -0.44 0.02 0.09 82
B 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 -0.08 -0.08 0.00 0.01 72
C 0 0 0 0.00 0.73 0.81 1.54 0.81 0.89 -0.78 -0.81 0.15 0.23 305
Z 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 125
D 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.67 1.00 -0.32 -0.48 0.00 0.16 19
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.39 -0.11 0.67 0.02 46
U 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.28 -0.14 0.05 0.02 41
 
Base Pair (68 : 82)   Get: Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel Seq
A 0 0 0 0.00 1.00 1.00 2.00 0.50 0.50 -0.36 -0.34 0.01 0.07 82
B 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.08 -0.08 0.00 0.01 72
C 0 0 0 0.00 0.62 0.75 1.37 0.75 0.84 -0.71 -0.67 0.16 0.20 305
Z 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 125
D 0 0 0 0.00 0.50 0.67 1.17 0.33 0.33 -0.48 -0.60 0.00 0.16 19
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.84 0.00 0.30 0.00 46
U 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.28 -0.14 0.05 0.02 41
 
Base Pair (69 : 81) (Tertiary) Get: Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel Seq
A 0 0 0 0.00 0.50 0.67 1.17 0.17 0.33 -0.41 -0.34 0.02 0.07 82
B 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.08 -0.08 0.00 0.01 72
C 0 0 0 0.00 0.21 0.42 0.63 0.42 0.66 -0.52 -0.74 0.17 0.12 305
Z 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 125
D 0 0 0 0.00 1.00 1.00 2.00 0.00 0.67 -0.48 -0.48 0.00 0.16 19
E 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.37 -0.95 1.65 0.54 0.41 46
U 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 -0.28 -0.14 0.02 0.02 41
 
Base Pair (70 : 80)   Get: Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel Seq
A 0 0 0 0.00 0.67 0.80 1.47 0.20 0.20 -0.42 -0.29 0.02 0.06 82
B 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 -0.08 -0.08 0.00 0.01 72
C 0 0 0 0.00 0.78 0.85 1.64 0.85 0.88 -0.51 -0.73 0.09 0.11 305
Z 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 125
D 0 0 0 0.00 0.50 0.67 1.17 0.67 1.00 -0.60 -0.48 0.00 0.16 19
E 0 0 0 0.00 0.15 0.00 0.15 0.16 0.28 -0.90 0.38 0.41 0.54 46
U 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.41 -0.14 0.02 0.02 41
 
Base Pair (71 : 79)   Get: Frequencies
Aln Xch Ych PE PES Cov1 Cov3 C1+C3 WC WCGU XCons YCons DfDel Seq
A 0 0 0 0.00 0.33 0.60 0.93 0.60 0.60 -0.41 -0.29 0.02 0.06 82
B 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 1.00 -0.08 -0.08 0.00 0.01 72
C 0 0 0 0.00 0.86 0.93 1.79 0.86 0.93 -0.31 -0.58 0.09 0.05 305
Z 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 125
D 0 0 0 0.00 1.00 1.00 2.00 0.00 0.33 -0.48 -0.48 0.00 0.16 19
E 0 0 0 0.00 0.26 0.48 0.75 0.22 0.37 -0.30 -0.50 0.11 0.59 46
U 0 0 0 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 -0.28 -0.14 0.02 0.02 41

Last generated: Mon Sep 20 12:28:08 1999