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rRNA Conservation Diagrams:
Phylogeny | 5S | 16S | 23S | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RSD | CD | #S | RSD | CD | #S | RSD | CD | #S | |
* root (3DOM+2ORG) | 5S | 5S | 686 | 16S | 16S | 6389 | 23S-5 23S-3 | 23S-5 23S-3 | 922 |
* root | 5S | 5S | 678 | 16S | 16S | 5591 | 23S-5 23S-3 | 23S-5 23S-3 | 585 |
* Archaea | 5S | 5S | 53 | 16S | 16S | 171 | 23S-5 23S-3 | 23S-5 23S-3 | 39 |
* Bacteria | 5S | 5S | 323 | 16S | 16S | 4213 | 23S-5 23S-3 | 23S-5 23S-3 | 431 |
* Firmicutes | 5S | 5S | 125 | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
* Actinobacteria | 5S | 5S | 55 | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
* Bacillus/Clostridium group | 5S | 5S | 71 | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
* Proteobacteria | 5S | 5S* | 165 | 16S | 16S* | 1594 | 23S-5 23S-3 | 23S-5* 23S-3* | 164 |
* Alphaproteobacteria | 5S | 5S* | 47 | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
* Betaproteobacteria | 5S | 5S* | 28 | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
* Gammaproteobacteria | 5S | 5S* | 82 | 16S | 16S* | 784 | 23S-5 23S-3 | 23S-5* 23S-3* | 78 |
* Eukaryota | 5S | 5S | 299 | 16S | 16S | 1937 | 23S-5 23S-3 | 23S-5 23S-3 | 115 |
* Acanthamoebidae | -- | -- | -- | 16S | 16S | 132 | -- | -- | -- |
* Coccidia | -- | -- | -- | 16S | 16S | 125 | -- | -- | -- |
* Entamoebidae | -- | -- | -- | 16S | 16S | 17 | -- | -- | -- |
* Giardiinae | -- | -- | -- | 16S | 16S | 18 | -- | -- | -- |
* Haemosporida | -- | -- | -- | 16S | 16S | 24 | -- | -- | -- |
* Haplosporida | -- | -- | -- | 16S | 16S | 10 | -- | -- | -- |
* Heterolobosea | -- | -- | -- | 16S | 16S | 29 | -- | -- | -- |
* Litostomatea (Ciliophora) | -- | -- | -- | 16S | 16S | 28 | -- | -- | -- |
* Lobosea | -- | -- | -- | 16S | 16S | 58 | -- | -- | -- |
* Microsporidia | -- | -- | -- | 16S | 16S | 200 | -- | -- | -- |
* Parabasalidea | -- | -- | -- | 16S | 16S | 68 | -- | -- | -- |
* Perkinsea | -- | -- | -- | 16S | 16S | 10 | -- | -- | -- |
* Piroplasmida | -- | -- | -- | 16S | 16S | 106 | -- | -- | -- |
* Bacillariophyta (stramenopiles) | -- | -- | -- | 16S | 16S | 181 | -- | -- | -- |
* Blastocystis (stramenopiles) | -- | -- | -- | 16S | 16S | 49 | -- | -- | -- |
* Oomycetes (stramenopiles) | -- | -- | -- | 16S | 16S | 19 | -- | -- | -- |
* Trypanosomatidae (Euglenozoa) | -- | -- | -- | 16S | 16S | 174 | -- | -- | -- |
* Eukaryota (C) | -- | -- | -- | 16S | 16S | 127 | 23S-5 23S-3 | 23S-5 23S-3 | 52 |
* Eukaryota (M) | -- | -- | -- | 16S | 16S | 899 | 23S-5 23S-3 | 23S-5 23S-3 | 285 |
* Mollusca (M) | -- | -- | -- | -- | -- | -- | 23S-5 23S-3 | 23S-5 23S-3 | 10 |
Intron RNA Conservation Diagrams:
Grouping | RSD | CD | #S |
---|---|---|---|
Group IA Introns | I1 | I1 | 109 |
Group IB Introns | I1 | I1 | 201 |
Group IC1 Introns | I1 | I1 | 818 |
Group IC2 Introns | I1 | I1 | 31 |
Group IC3 Introns | I1 | I1 | 361 |
Group IE Introns | I1 | I1 | 248 |
Group IIA Introns | I2 | I2* | 172 |
Group IIB Introns | I2 | I2* | 574 |