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Global Phylogeny rRNA Intron
5S 16S 23S I II Unk
Seq Str Seq Str Seq Str Seq Str Seq Str Seq Str
Archaea 67 27 1166 25 57 6 - - - - 109 -
Bacteria 918 85 40977 238 5218 50 97 6 8 3 - -
Eukaryota 2635 97 23423 267 1761 6 2270 96 - - 338 -
Eukaryota (C) 190 - 741 36 172 5 396 12 654 15 - -
Eukaryota (M) 57 - 8195 97 4442 18 243 26 112 20 4 -
TOTAL 3867 209 74502 663 11650 85 3006 140 774 38 451 -
Archaea (N) Phylogeny rRNA Intron
5S 16S 23S I II Unk
Seq Str Seq Str Seq Str Seq Str Seq Str Seq Str
Archaea 67 27 1166 25 57 6 - - - - 109 -
Crenarchaeota 10 6 115 6 30 - - - - - 86 -
Euryarchaeota 57 21 651 18 26 6 - - - - 4 -
Nanoarchaeota - - 3 1 1 - - - - - - -
unclassified Archaea - - 3 - - - - - - - - -
Bacteria (N) Phylogeny rRNA Intron
5S 16S 23S I II Unk
Seq Str Seq Str Seq Str Seq Str Seq Str Seq Str
Bacteria 918 85 40977 238 5218 50 97 6 8 3 - -
Actinobacteria 97 6 4534 60 449 3 - - - - - -
Aquificae - - 12 2 4 - - - - - - -
Bacteroidetes/Chlorobi group 7 1 343 3 97 - - - - - - -
Chlamydiae/Verrucomicrobia group 14 - 71 8 86 2 1 1 - - - -
Chloroflexi 2 - 12 2 3 - - - - - - -
Cyanobacteria 4 1 263 7 244 - 73 5 1 1 - -
Deferribacteres - - 4 1 - - - - - - - -
Deinococcus-Thermus 13 8 125 9 18 3 - - - - - -
Dictyoglomi - - 3 - 1 - - - - - - -
Fibrobacteres/Acidobacteria group - - 33 2 21 - - - - - - -
Firmicutes 335 9 5397 34 1551 15 2 - 3 1 - -
Bacilli 313 7 4167 16 1119 8 2 - 3 1 - -
Clostridia 8 - 540 7 201 4 - - - - - -
Mollicutes 14 2 531 11 231 3 - - - - - -
Fusobacteria 1 - 59 3 32 - - - - - - -
Nitrospirae - - 22 1 - - - - - - - -
Planctomycetes 7 1 36 5 17 - - - - - - -
Proteobacteria 426 59 16985 88 2530 23 5 - 4 1 - -
Alphaproteobacteria 71 2 3140 17 847 3 2 - 1 - - -
Betaproteobacteria 93 2 2653 9 343 7 1 - - - - -
delta/epsilon subdivisions 13 - 719 8 252 2 - - - - - -
Gammaproteobacteria 249 55 10327 52 1074 11 2 - 3 1 - -
Spirochaetes 11 - 512 9 68 3 - - - - - -
Thermodesulfobacteria - - 3 - - - - - - - - -
Thermotogae 1 - 34 4 28 1 16 - - - - -
unclassified Bacteria - - 1157 - 28 - - - - - - -
Eukaryota (N) Phylogeny rRNA Intron
5S 16S 23S I II Unk
Seq Str Seq Str Seq Str Seq Str Seq Str Seq Str
Eukaryota 2635 97 23423 267 1761 6 2270 96 - - 338 -
Acanthamoebidae 1 - 147 1 1 - 17 2 - - - -
Alveolata 36 5 700 36 129 2 15 6 - - - -
Apicomplexa 20 - 500 17 44 2 - - - - - -
Coccidia 15 - 187 1 37 - - - - - - -
Ciliophora 11 5 173 17 36 - 15 6 - - - -
Dinophyceae 1 - 13 1 49 - - - - - - -
Cercozoa - - 18 2 2 - 3 - - - - -
Cryptophyta 5 - 34 - 4 - - - - - - -
Euglenozoa 187 5 115 3 32 - 1 - - - - -
Euglenida 7 2 51 - 1 - 1 - - - - -
Kinetoplastida 180 3 64 3 31 - - - - - - -
Fungi/Metazoa group 1124 66 17246 119 1255 1 1522 52 - - 325 -
Fungi 438 7 16729 96 876 1 1522 52 - - 324 -
Ascomycota 229 5 7724 7 532 1 1331 47 - - 313 -
Basidiomycota 159 2 5093 3 254 - 159 5 - - 6 -
Chytridiomycota 2 - 180 2 6 - 8 - - - - -
Microsporidia 37 - 345 73 76 - - - - - 3 -
Zygomycota 11 - 671 6 8 - 4 - - - - -
Metazoa 685 59 499 17 379 - - - - - 1 -
Bilateria 673 52 437 14 364 - - - - - 1 -
Coelomata 655 47 408 13 334 - - - - - 1 -
Deuterostomia 302 26 140 6 64 - - - - - - -
Chordata 296 23 128 6 61 - - - - - - -
Craniata 293 23 106 6 60 - - - - - - -
Vertebrata 293 23 105 6 57 - - - - - - -
Chondrichthyes 30 1 2 - 2 - - - - - - -
Actinopterygii 201 5 4 - 12 - - - - - - -
Tetrapoda 58 16 96 6 38 - - - - - - -
Amniota 46 13 75 4 24 - - - - - - -
Mammalia 41 12 69 4 21 - - - - - - -
Sauropsida 5 1 6 - 3 - - - - - - -
Amphibia 12 3 21 2 14 - - - - - - -
Protostomia 353 21 268 7 270 - - - - - 1 -
Mollusca 78 3 177 2 11 - - - - - - -
Panarthropoda 264 12 85 5 259 - - - - - 1 -
Arthropoda 264 12 85 5 259 - - - - - 1 -
Crustacea 47 3 16 1 - - - - - - - -
Insecta 216 9 60 2 259 - - - - - 1 -
Glaucocystophyceae 2 - 6 3 - - - - - - - -
Granuloreticulosea - - 27 - 10 - 1 - - - - -
Haptophyceae - - 13 - - - - - - - - -
Heterolobosea - - 41 2 3 - 29 - - - - -
Lobosea - - 24 1 1 - 1 - - - - -
Mycetozoa 6 - 19 - 7 - 29 1 - - - -
Parabasalidea 1 - 19 1 7 - - - - - - -
Rhodophyta 12 - 620 34 88 - 211 11 - - - -
Bangiophyceae 4 - 292 8 1 - 200 10 - - - -
Florideophyceae 8 - 327 26 87 - 10 1 - - - -
stramenopiles 19 1 469 40 19 - 2 1 - - 13 -
Bacillariophyta 2 - 116 33 13 - 1 - - - 3 -
Oomycetes 6 - 16 2 1 - - - - - - -
Phaeophyceae 8 - 105 - 1 - - - - - - -
Viridiplantae 1242 20 3762 16 194 2 433 23 - - - -
Chlorophyta 10 - 1405 1 6 - 308 14 - - - -
Streptophyta 1232 20 2357 15 188 2 125 9 - - - -
Embryophyta 1227 20 2023 13 187 2 13 - - - - -
Bryophyta 2 1 184 - 47 - 7 - - - - -
Marchantiophyta 5 - 92 - 42 - - - - - - -
Tracheophyta 1219 19 1740 13 96 2 6 - - - - -
Zygnemophyceae 2 - 247 2 - - 108 9 - - - -
Eukaryota (C) Phylogeny rRNA Intron
5S 16S 23S I II Unk
Seq Str Seq Str Seq Str Seq Str Seq Str Seq Str
Eukaryota (C) 190 - 741 36 172 5 396 12 654 15 - -
Alveolata (C) - - 25 4 4 1 - - - - - -
Apicomplexa (C) - - 17 4 4 1 - - - - - -
Coccidia (C) - - 10 1 3 - - - - - - -
Dinophyceae (C) - - 8 - - - - - - - - -
Cercozoa (C) - - 1 - - - - - - - - -
Cryptophyta (C) - - 28 1 2 - - - - - - -
Euglenozoa (C) 9 - 29 1 4 1 - - - - - -
Euglenida (C) 9 - 29 1 4 1 - - - - - -
Glaucocystophyceae (C) 1 - 7 4 1 1 2 - - - - -
Haptophyceae (C) 2 - 9 1 - - - - - - - -
Rhodophyta (C) 6 - 13 2 6 - - - - - - -
Bangiophyceae (C) 4 - 7 1 5 - - - - - - -
Florideophyceae (C) 2 - 5 1 1 - - - - - - -
stramenopiles (C) 7 - 191 3 2 - 4 - - - - -
Bacillariophyta (C) 6 - 150 1 1 - - - - - - -
Phaeophyceae (C) 1 - 2 1 1 - 2 - - - - -
Viridiplantae (C) 165 - 328 20 153 2 390 12 654 15 - -
Chlorophyta (C) 15 - 104 12 75 1 128 3 4 - - -
Streptophyta (C) 150 - 224 8 78 1 262 9 650 15 - -
Embryophyta (C) 138 - 178 8 58 1 256 9 640 15 - -
Bryophyta (C) 2 - 11 - 4 - - - - - - -
Marchantiophyta (C) 4 - 5 1 3 - 1 - 17 - - -
Tracheophyta (C) 128 - 154 7 46 1 252 9 621 15 - -
Zygnemophyceae (C) 2 - 8 - 7 - - - 2 - - -
Eukaryota (M) Phylogeny rRNA Intron
5S 16S 23S I II Unk
Seq Str Seq Str Seq Str Seq Str Seq Str Seq Str
Eukaryota (M) 57 - 8195 97 4442 18 243 26 112 20 4 -
Acanthamoebidae (M) - - 2 1 1 - 6 1 - - - -
Alveolata (M) - - 13 2 13 - - - - - - -
Apicomplexa (M) - - 8 - 8 - - - - - - -
Ciliophora (M) - - 5 2 5 - - - - - - -
Cercozoa (M) - - 1 - - - - - - - - -
Cryptophyta (M) - - - - - - - - 2 - - -
Euglenozoa (M) - - 11 3 10 - - - - - - -
Kinetoplastida (M) - - 11 3 10 - - - - - - -
Fungi/Metazoa group (M) - - 8099 76 4384 16 162 25 36 10 4 -
Fungi (M) - - 1282 7 57 2 154 23 34 10 4 -
Ascomycota (M) - - 1144 6 22 1 96 14 28 9 2 -
Basidiomycota (M) - - 124 1 32 1 43 9 4 1 2 -
Chytridiomycota (M) - - 8 - 3 - 15 - 2 - - -
Zygomycota (M) - - 6 - - - - - - - - -
Metazoa (M) - - 6815 69 4326 14 2 2 - - - -
Bilateria (M) - - 6812 68 4323 14 - - - - - -
Coelomata (M) - - 6809 67 4317 13 - - - - - -
Deuterostomia (M) - - 6697 63 4145 1 - - - - - -
Chordata (M) - - 6690 62 4139 1 - - - - - -
Craniata (M) - - 6688 62 4137 1 - - - - - -
Vertebrata (M) - - 6688 62 4137 1 - - - - - -
Chondrichthyes (M) - - 4 1 4 - - - - - - -
Actinopterygii (M) - - 179 4 111 - - - - - - -
Tetrapoda (M) - - 6498 56 4014 1 - - - - - -
Amniota (M) - - 6260 54 3954 - - - - - - -
Mammalia (M) - - 5937 47 3898 - - - - - - -
Sauropsida (M) - - 323 7 56 - - - - - - -
Amphibia (M) - - 238 2 60 1 - - - - - -
Protostomia (M) - - 112 4 172 12 - - - - - -
Mollusca (M) - - 20 - 59 9 - - - - - -
Panarthropoda (M) - - 91 4 112 2 - - - - - -
Arthropoda (M) - - 91 4 112 2 - - - - - -
Crustacea (M) - - 9 1 24 1 - - - - - -
Insecta (M) - - 80 3 85 1 - - - - - -
Mycetozoa (M) - - 3 2 5 - 1 - - - - -
Rhodophyta (M) - - 3 1 3 - - - 2 - - -
Bangiophyceae (M) - - 2 - 2 - - - 2 - - -
Florideophyceae (M) - - 1 1 1 - - - - - - -
stramenopiles (M) 5 - 3 1 8 - - - 10 4 - -
Oomycetes (M) - - - - 4 - - - - - - -
Phaeophyceae (M) 5 - 1 1 2 - - - 10 4 - -
Viridiplantae (M) 50 - 59 11 17 2 74 - 62 6 - -
Chlorophyta (M) 4 - 9 5 7 1 25 - 6 1 - -
Streptophyta (M) 46 - 50 6 10 1 49 - 56 5 - -
Embryophyta (M) 44 - 46 6 7 1 35 - 56 5 - -
Bryophyta (M) 1 - 5 - - - 4 - 2 - - -
Marchantiophyta (M) 1 - 2 1 1 - - - 7 2 - -
Tracheophyta (M) 42 - 36 5 6 1 31 - 46 3 - -
Zygnemophyceae (M) - - 1 - - - - - - - - -