Organism Phylogeny Accession L IN IP RC ORF Size Structure Comment
Acarospora complanata cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AF356654
 Nucleus 1 800 I N 195    
2 1094 I N 224    
Acarospora hilaris cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AY640942
 Nucleus 1 800 I U 194    
2 1094 I U 224    
Acarospora schleicheri cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AY640945
 Nucleus 1 798 I U 341    
2 1090 I U 354    
Aeropyrum pernix cellular organisms »
Archaea »
Crenarchaeota »
Thermoprotei »
Desulfurococcales »
... »		 AB019554
 Nucleus 1 1085 Unknown N 198   Archaeal; strain:TB7
2 1927 Unknown N 57   Archaeal; strain:TB7
AB078019
 Nucleus 1 1085 Unknown N 202   Archaeal
2 1927 Unknown N 56   Archaeal
AB078020
 Nucleus 1 1085 Unknown N 202   Archaeal
2 1927 Unknown N 56   Archaeal
AB078021
 Nucleus 1 1085 Unknown N 202   Archaeal
2 1927 Unknown N 56   Archaeal
AP000062
 Nucleus 1 1085 Unknown N 202   Archaeal; replaces AB008745; strain:K1
2 1927 Unknown U 574   Archaeal; replaces AB008745; strain:K1
Anaptychia runcinata cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AY773919
 Nucleus 1 777 Unknown 67   spliceosomal; unannotated
2 1094 I U 231    
Ankistrodesmus stipitatus cellular organisms »
Eukaryota »
Viridiplantae »
Chlorophyta »
Chlorophyceae »
... »		 L42984
 Chloroplast 1 1923 IB4 U 1025    
2 2500 IB4 U 1125    
Bacidia rosella cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AY300829
 Nucleus 1 776 Unknown U 51   spliceosomal
2 798 I U 199    
Bacidia schweinitzii cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 DQ782911
 Nucleus 1 798 I U 245    
2 1098 Unknown N 60   spliceosomal
Biatoridium monasteriense cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AY640947
 Nucleus 1 798 I U 252    
2 1090 I U 288    
Buellia alboatra cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AY773928
 Nucleus 1 1921 I U 234    
2 2066 IE U 219    
Byssoporia terrestris cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AD001572
 Mitochondrion 1 1923 Unknown U NSEQ    
2 1974 Unknown U NSEQ    
Calicium adaequatum cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AY452503
 Nucleus 1 777 Unknown U 53   spliceosomal
2 800 I U 205    
Calicium glaucellum cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AY453646
 Nucleus 1 800 I U 61    
2 1090 I U 313    
Calicium montanum cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AY453635
 Nucleus 1 678 Unknown U 56   spliceosomal
2 1025 I U 248    
Calicium quercinum cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AY453636
 Nucleus 1 678 Unknown U 243   spliceosomal
2 777 Unknown U 49   spliceosomal
Calicium tricolor cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AY453637
 Nucleus 1 898 Unknown U 56   spliceosomal
2 1090 I U 229    
Capronia pilosella cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AF279378
 Nucleus 1 776 Unknown N 69   spliceosomal
2 798 IC1 N 391    
Carteria lunzensis cellular organisms »
Eukaryota »
Viridiplantae »
Chlorophyta »
Chlorophyceae »
... »		 L42986
 Chloroplast 1 1923 IB4 U 961    
2 2593 IA3 U 788    
Carteria olivieri cellular organisms »
Eukaryota »
Viridiplantae »
Chlorophyta »
Chlorophyceae »
... »		 L43500
 Chloroplast 1 2449 IA1 U 1270    
2 2593 IA3 U 964    
Chlamydomonas komma cellular organisms »
Eukaryota »
Viridiplantae »
Chlorophyta »
Chlorophyceae »
... »		 L43502
 Chloroplast 1 1255 IA1 U 1439    
2 1931 IB4 U 767    
Chlamydomonas mexicana cellular organisms »
Eukaryota »
Viridiplantae »
Chlorophyta »
Chlorophyceae »
... »		 L49148
 Chloroplast 1 1931 IB4 U 767    
2 2593 IA3 N 495    
Chlorella vulgaris cellular organisms »
Eukaryota »
Viridiplantae »
Chlorophyta »
Trebouxiophyceae »
... »		 AY008337
 Mitochondrion 1 1931 IB4 U 789   IP noted by authors in manuscript
AY008338
 Mitochondrion 2 1951 IA3 U 781   IP noted by authors in manuscript
Coemansia reversa cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Fungi incertae sedis »
... »		 AY546689
 Nucleus 1 1090 I U 733    
2 2449 IC1 U 578    
Coxiella burnetii RSA 493 cellular organisms »
Bacteria »
Proteobacteria »
Gammaproteobacteria »
Legionellales »
... »		 AE016960
 Nucleus 1 1917 IB4 U 288    
2 1951 IA3 U 720    
Cryptococcus neoformans var. neoformans cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AY560611
 Mitochondrion 1 2449 IA1 U 1168    
2 2504 IA1 U 417    
Cyphelium tigillare cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AY453641
 Nucleus 1 678 Unknown U 53   spliceosomal
2 704 Unknown U 50   spliceosomal
AY453642
 Nucleus 1 678 Unknown U 53   spliceosomal
2 704 Unknown U 50   spliceosomal
Dermatocarpon miniatum cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AY584644
 Nucleus 1 798 I U 224    
2 1094 I U 239    
Dibaeis baeomyces cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AF279385
 Nucleus 1 775 Unknown N 53   spliceosomal
2 787 Unknown N 56   spliceosomal
Didymium iridis cellular organisms »
Eukaryota »
Amoebozoa »
Mycetozoa »
Myxogastria »
... »		 X60210
 Nucleus 1 1949 IB1 N 573    
2 2449 IC1 N 688    
Diplotomma alboatrum cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AY452500
 Nucleus 1 779 I U 210    
2 1090 I U 234    
Diplotomma epipolium cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AY773916
 Nucleus 1 779 I U 209    
2 1090 I U 219    
Exobasidium gracile cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 DQ663699
 Nucleus 1 798 IC1 U 382    
2 958 IE U 330   misannotated
Flavoparmelia caperata cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AY584639
 Nucleus 1 678 Unknown U 61   spliceosomal
2 775 Unknown U 59   spliceosomal
Gaeumannomyces graminis var. avenae cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 U17161
 Nucleus 1 1921 IC1 N 396    
2 2449 IC1 N 439    
Gaeumannomyces graminis var. tritici cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 U17160
 Nucleus 1 2449 IC1 N 440    
2 2563 IE N 409    
Glypholecia scabra cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AY640951
 Nucleus 1 798 I U 479    
2 1090 I U 668    
Gyalecta hypoleuca cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AF465453
 Nucleus 1 798 I N 430    
2 1090 I N 412    
Hymenelia lacustris cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AY640953
 Nucleus 1 678 Unknown U 59   spliceosomal
2 798 I U 262    
Lecanora cenisia cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AY532992
 Nucleus 1 1025 I U 223    
2 1094 I U 225    
Melanelia disjuncta cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AJ421431
 Nucleus 1 678 Unknown N 66   spliceosomal
2 1090 I N 247    
Melanochaeta sp. 8 cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AF279421
 Nucleus 1 678 Unknown N 61   spliceosomal
2 784 Unknown N 58   spliceosomal
Melanohalea elegantula cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AJ421437
 Nucleus 1 1025 I N 307   synonym: Melanelia elegantula
2 1090 I N 201   synonym: Melanelia elegantula
Melanohalea exasperatula cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AJ421436
 Nucleus 1 1025 I N 307   synonym: Melanelia exasperatula
2 1090 I N 201   synonym: Melanelia exasperatula
Mesostigma viride cellular organisms »
Eukaryota »
Viridiplantae »
Streptophyta »
Mesostigmatophyceae »
... »		 AF353999
 Mitochondrion 1 1931 IB4 U 623    
2 2593 IA3 U 730    
Naegleria sp. cellular organisms »
Eukaryota »
Heterolobosea »
Schizopyrenida »
Vahlkampfiidae »
... »		 AJ001314
 Nucleus 1 1949 IC1 N 389   IP from LIT: Nucleic Acids Res. 26(2):456-461 (1998).
AJ001315
 Nucleus 2 2563 IC1 Y 919   IP from LIT: Nucleic Acids Res. 26(2):456-461 (1998).
Ocellularia alborosella cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AF465452
 Nucleus 1 1024 Unknown N 59   spliceosomal
2 1093 Unknown N 101   spliceosomal
Pertusaria hymenea cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AF279297
 Nucleus 1 776 Unknown N 55   spliceosomal
2 798 I N 309    
Physarum flavicomum cellular organisms »
Eukaryota »
Amoebozoa »
Mycetozoa »
Myxogastria »
... »		 X78959
 Nucleus 1 1949 IC3 N 637    
2 2449 IC3 N 1184    
Physarum polycephalum cellular organisms »
Eukaryota »
Amoebozoa »
Mycetozoa »
Myxogastria »
... »		 X60211
 Nucleus 1 1949 IC3 N 496    
2 2449 IC3 N 1003    
V01159
 Nucleus 1 1949 IC3 N 501    
2 2449 IC3 N 991    
Physconia enteroxantha cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AF457573
 Nucleus 1 1903 Unknown N 74   spliceosomal
2 1921 I N 292    
AY773931
 Nucleus 1 1903 Unknown U 74   spliceosomal
2 1921 I U 292    
Physconia perisidiosa cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AY773911
 Nucleus 1 798 I U 258    
2 1094 I U 239    
Podospora anserina cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 X14735
 Mitochondrion 1 1699 IA1 Y 1544    
2 2449 IA1 Y 2404    
Polysporina simplex cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AY640961
 Nucleus 1 800 I U 205    
2 1090 I U 275    
Porphyra purpurea cellular organisms »
Eukaryota »
Rhodophyta »
Bangiophyceae »
Bangiales »
... »		 AF114794
 Mitochondrion 1 2509 IIB Y 2484    
2 2610 IIB Y 2479    
Protoblastenia rupestris cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AY533008
 Nucleus 1 798 I U 383    
2 1025 I U 264    
Prototheca wickerhamii cellular organisms »
Eukaryota »
Viridiplantae »
Chlorophyta »
Trebouxiophyceae »
... »		 X68722
 Mitochondrion 1 2449 IA1 N 375    
2 2504 IA1 N 500    
Pyrgillus javanicus cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 DQ823103
 Nucleus 1 798 I U 222    
2 1025 I U 235    
Pyrobaculum organotrophum cellular organisms »
Archaea »
Crenarchaeota »
Thermoprotei »
Thermoproteales »
... »		   Nucleus 1 1809 Unknown U 607   Archaeal; LIT: Gene 121(1):103-110 (1992).
  Nucleus 2 2552 Unknown U 598   Archaeal; LIT: Gene 121(1):103-110 (1992).
Pyrobaculum sp. M0H cellular organisms »
Archaea »
Crenarchaeota »
Thermoprotei »
Thermoproteales »
... »		 AB178786
 Nucleus 1 1927 Unknown U 534   Archaeal
2 2409 Unknown U 638   Archaeal
Rhizoplaca chrysoleuca cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AY648104
 Nucleus 1 798 I U 263    
2 1090 I U 600    
Rhizoplaca huashanensis cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AY648105
 Nucleus 1 798 I U 251    
2 1094 I U 215    
Rinodina atrocinerea cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AY773923
 Nucleus 1 779 I U 203    
2 1094 I U 215    
AY773932
 Nucleus 1 1921 I U 287    
2 2069 I U 230    
Rinodina capensis cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AY773924
 Nucleus 1 779 I U 204    
2 1025 I U 214    
AY773938
 Nucleus 1 2449 I U 248    
2 2563 IE U 218    
Rinodina tunicata cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AF457568
 Nucleus 1 777 Unknown N 64   spliceosomal
2 800 I N 207    
AY773939
 Nucleus 1 2449 I U 214    
2 2563 IE U 371    
Roccella boergesenii cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AY548814
 Nucleus 1 798 I U 380    
2 1102 Unknown U 60   spliceosomal
Sarcogyne regularis var. regularis cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AY640964
 Nucleus 1 800 I U 197    
2 1094 I U 227    
Scenedesmus obliquus cellular organisms »
Eukaryota »
Viridiplantae »
Chlorophyta »
Chlorophyceae »
... »		 X17375
 Mitochondrion 1 2455 IIB N 608 a.I2  
2 2504 IA1 N 1266    
AF204057
 Mitochondrion 1 2455 IIB U 608    
2 2504 IA1 U 1273    
L43360
 Chloroplast 1 1923 IB4 U 1003    
2 2593 IA3 U 855    
Spizellomyces punctatus cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Chytridiomycota »
... »		 AY546692
 Nucleus 1 798 IC1 U 471    
2 1926 IE U 466    
Staphylothermus marinus cellular organisms »
Archaea »
Crenarchaeota »
Thermoprotei »
Desulfurococcales »
... »		 M38363
 Nucleus 1 1927 Unknown N 56   Archaeal
2 2601 Unknown N 54   Archaeal
M86623
 Nucleus 1 1927 Unknown N 56   Archaeal
2 2601 Unknown N 54   Archaeal
Thermoproteus sp. IC-061 cellular organisms »
Archaea »
Crenarchaeota »
Thermoprotei »
Thermoproteales »
... »		 AB178789
 Nucleus 1 323 Unknown U 640   Archaeal
2 1952 Unknown U 551   Archaeal
Tholurna dissimilis cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AY453644
 Nucleus 1 798 I U 353    
2 1025 I U 229    
Trapeliopsis granulosa cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AF279415
 Nucleus 1 858 Unknown N 52   spliceosomal
2 1094 I N 220    
Trapeliopsis percrenata cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AF279302
 Nucleus 1 678 Unknown N 58   spliceosomal
2 858 Unknown N 66   spliceosomal
Trichosarcina mucosa cellular organisms »
Eukaryota »
Viridiplantae »
Chlorophyta »
Ulvophyceae »
... »		 AY008341
 Chloroplast 1 2500 IB4 Y 1048    
2 2593 IA3 Y 795    
Verrucaria pachyderma cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AF356668
 Nucleus 1 798 I N 194    
2 1094 I N 231    
Vulcanisaeta distributa cellular organisms »
Archaea »
Crenarchaeota »
Thermoprotei »
Thermoproteales »
... »		 AB178784
 Nucleus 1 1809 Unknown U 638   Archaeal
2 2534 Unknown U 699   Archaeal
Xanthoparmelia pulla cellular organisms »
Eukaryota »
Fungi/Metazoa group »
Fungi »
Dikarya »
... »		 AJ421433
 Nucleus 1 678 Unknown N 54   synonym Neofuscelia pulla; spliceosomal
2 1090 I N 263   synonym Neofuscelia pulla