Archaea   Hairpin Loop Closing Internal Loop Closing Multistem Loop Closing Bulge Loop Closing
C1 P M ME C P M ME C P M ME C P M ME
Aeropyrum pernix AP000062 179 163 149 119 87 159 59 49 106 95 51 40 79 74 24 17
Archaeoglobus fulgidus X05567 AE000965 176 151 124 109 86 148 34 24 105 102 15 13 81 95 35 17
Haloarcula marismortui rrnA X61688 165 146 128 113 96 129 57 41 105 107 51 31 72 93 31 15
Haloarcula marismortui rrnB X61689 166 149 143 117 96 146 61 38 105 83 58 38 73 101 42 21
Halobacterium sp. AE005128 167 151 140 118 88 130 60 47 105 99 74 60 80 100 45 27
Haloferax volcanii K00421 167 148 150 128 97 153 79 64 103 94 74 60 72 85 47 31
Methanobacterium formicicum M36508 167 130 151 113 92 150 49 41 106 123 65 45 73 58 38 25
Methanococcus jannaschii U67517 L77117 177 145 145 125 86 166 49 38 105 88 22 21 77 100 20 14
Methanococcus vannielii M36507 170 142 130 107 93 142 52 38 105 119 36 34 69 68 18 10
Methanospirillum hungatei M60880 164 138 116 103 94 132 48 39 103 111 18 16 71 66 16 6
Methanothermobacter thermautotrophicus AE000930 171 154 148 125 92 141 59 51 106 117 47 44 73 58 25 18
Natronobacterium innermongoliae AF009601 167 165 152 133 92 141 62 47 105 96 47 39 78 73 36 16
Natronorubrum bangense Y14028 167 160 152 133 92 135 62 47 105 94 46 39 77 93 35 21
Pyrococcus abyssi AJ248283 181 164 149 127 88 164 55 44 106 95 66 44 78 77 35 25
Pyrococcus furiosus U20163 173 159 143 119 84 160 52 40 104 98 44 27 83 71 26 17
Pyrococcus horikoshii AP000001 181 166 150 128 95 158 62 44 106 93 66 44 70 77 27 17
Pyrodictium occultum M21087 180 160 139 117 93 146 62 52 105 108 31 21 69 64 11 4
Sulfolobus acidocaldarius D14876 179 153 149 115 91 157 51 37 106 110 38 17 70 74 23 8
Sulfolobus P2 NPA2 178 132 135 105 93 180 45 28 106 109 29 16 70 70 21 6
Sulfolobus solfataricus X03235 179 153 149 115 91 157 51 37 106 110 38 17 70 74 23 8
Thermococcus celer M21529 176 164 148 126 95 139 69 44 106 97 75 53 70 91 31 14
Thermoplasma acidophilum AL445067 M38637 170 172 145 132 95 118 58 43 106 110 35 32 69 69 27 12
Thermoproteus tenax M35966 186 181 152 135 94 131 66 38 106 112 58 49 70 81 21 14
Bacteria   Hairpin Loop Closing Internal Loop Closing Multistem Loop Closing Bulge Loop Closing
C1 P M ME C P M ME C P M ME C P M ME
Acidobacterium capsulatum D26171 125 127 95 82 103 118 37 32 92 122 30 20 81 61 23 10
Acinetobacter calcoaceticus M34139 132 134 98 96 107 154 41 36 98 98 34 30 97 63 22 9
Actinomyces israelii X82450 154 82 63 44 96 187 38 35 84 107 14 12 73 76 8 8
Aeromonas hydrophila X60407 137 138 107 94 109 158 51 51 99 112 38 30 101 52 36 13
Agrobacterium tumefaciens M11223 138 127 102 91 107 179 69 59 95 109 33 29 89 56 35 9
Allochromatium vinosum M26629 135 104 77 62 103 145 57 47 98 109 7 5 87 92 16 10
Anabaena sp. X59559 139 130 84 82 109 154 54 48 98 124 37 33 86 57 29 8
Aquifex aeolicus AE000709 AE000751 163 169 140 127 115 174 78 70 100 111 43 34 95 88 31 17
Aquifex pyrophilus M83548 157 165 127 114 115 166 78 70 101 111 48 34 95 88 34 20
Arthrobacter globiformis M23411 150 129 116 100 111 144 48 44 98 129 36 34 87 83 9 5
Azorhizobium caulinodans D11342 129 123 91 87 103 165 49 38 95 119 32 25 97 62 35 6
Bacillus anthracis X55059 148 141 124 113 83 125 30 25 78 109 16 15 84 61 19 16
Bacillus cereus X55060 149 141 117 108 80 123 30 25 96 124 40 36 82 64 27 17
Bacillus halodurans AB013373 155 144 121 112 112 135 55 50 96 124 43 38 87 87 38 16
Bacillus subtilis K00637 157 152 124 115 106 112 45 40 96 135 38 33 92 94 33 16
Bacteroides fragilis M61006 145 130 107 97 108 141 71 58 102 120 51 45 87 88 33 21
Bartonella bacilliformis Z11683 124 113 83 67 105 164 62 57 89 97 25 23 90 68 34 11
Bartonella henselae M73229 127 121 91 81 105 139 70 60 85 114 29 26 93 63 28 8
Bartonella quintana M11927 139 126 98 88 108 168 69 59 95 103 17 13 87 71 27 12
Beggiatoa sp. 1401-13 L40997 140 139 97 92 109 140 53 39 91 88 13 6 88 85 16 6
Bordetella bronchiseptica U04948 142 133 118 107 109 176 58 58 97 112 28 26 100 51 35 18
Bordetella parapertussis U04949 132 118 95 86 92 166 65 55 97 90 48 39 100 87 52 28
Bordetella pertussis U04950 132 115 92 83 92 176 46 41 96 93 18 16 100 71 30 19
Borrelia burgdorferi M88329 158 146 108 108 105 163 52 52 101 105 28 26 91 71 33 11
Borrelia hermsii U42292 154 143 108 108 105 158 43 43 99 107 27 23 92 75 32 11
Brachyspira hyodysenteriae U23035 143 131 91 85 104 134 31 26 89 119 17 15 85 62 19 8
Bradyrhizobium japonicum Z35330 137 156 104 104 107 108 59 39 98 147 37 33 90 61 27 10
Brevinema andersonii L31543 135 100 94 76 86 154 52 52 99 124 29 28 88 66 20 9
Brucella melitensis L26166 125 115 85 80 106 152 69 59 84 112 39 30 85 55 31 15
Buchnera sp. APS AP000398 137 129 96 83 96 147 43 38 89 91 8 5 98 79 19 9
Burkholderia mallei S55008 121 114 93 80 101 128 47 47 72 119 8 6 82 52 23 13
Burkholderia sp. U37342 138 108 101 82 108 185 74 74 82 93 26 19 104 79 30 15
Campylobacter jejuni Z29326 151 157 110 103 104 120 37 32 98 120 46 30 89 65 19 12
Campylobacter sputorum X67775 139 158 89 76 105 158 53 48 88 151 30 26 88 53 24 8
Chlamydia muridarum AE002280 155 108 100 85 109 201 64 59 102 105 39 30 92 71 33 11
Chlamydia trachomatis U68443 155 124 100 95 109 193 65 60 102 105 39 30 92 65 33 5
Chlamydophila pneumoniae L06108 153 125 110 102 110 159 61 56 102 118 46 30 95 82 31 24
Chlamydophila psittaci U68447 150 117 102 94 110 154 59 52 99 118 36 27 97 95 34 25
Chlorobium vibrioforme M62791 145 127 97 85 101 127 34 29 99 134 41 28 85 84 34 12
Chlorogloeopsis sp. PCC 7518 X68780 139 141 104 100 110 131 59 53 99 123 44 40 84 57 41 15
Chromohalobacter marismortui X87222 135 130 97 90 109 147 49 36 91 92 14 5 96 92 28 5
Citrobacter freundii M59291 128 128 77 71 98 132 40 40 93 122 14 6 97 59 35 17
Clostridium botulinum F L37593 133 133 119 113 106 143 76 70 93 114 39 36 89 46 39 18
Clostridium difficile X73450 133 139 113 101 106 123 47 41 95 93 35 34 89 86 37 23
Clostridium innocuum M23732 145 155 114 106 118 143 50 50 90 120 32 29 87 56 40 16
Clostridium perfringens M69264 144 146 122 109 107 125 50 38 98 128 30 29 89 68 33 16
Clostridium tetani X74770 144 138 111 104 109 114 33 33 89 111 21 19 94 90 27 12
Comamonas testosteroni M11224 144 119 93 88 108 206 72 72 83 101 26 26 106 57 28 15
Corynebacterium diphtheriae X84248 139 124 88 84 106 138 26 26 94 118 19 17 93 78 13 10
Coxiella burnetii M21291 132 122 93 85 95 146 44 39 81 108 26 19 110 80 39 13
Cristispira CP1 U42638 144 119 81 72 107 155 57 50 91 126 22 20 88 62 12 6
Deferribacter thermophilus U75602 164 169 122 118 111 140 66 61 95 116 38 28 90 63 19 5
Deinococcus radiodurans M21413 147 154 116 107 104 115 48 37 97 126 47 33 89 80 38 20
Desulfovibrio desulfuricans M34113 147 143 113 99 116 140 63 46 97 127 43 35 87 85 49 23
Dichelobacter nodosus M35016 150 140 110 104 107 126 50 39 99 118 33 24 92 75 35 19
Edwardsiella tarda AF015259 136 118 99 85 108 160 68 59 80 79 39 17 78 77 38 15
Enterococcus faecalis Y18293 141 145 129 120 97 125 64 59 90 109 42 37 79 72 37 17
Enterococcus faecium AF070223 143 139 122 118 116 136 62 57 90 115 42 37 86 80 37 17
environ.Eubacteria clone W15 NPA 155 129 120 98 76 137 51 51 77 102 27 27 99 89 41 15
Epulopiscium sp. M99572 140 138 97 90 100 99 38 29 89 106 31 29 83 88 40 21
Erysipelothrix rhusiopathiae M23728 141 130 112 105 106 151 56 51 96 93 40 30 87 82 35 19
Escherichia coli J01695 147 132 103 92 110 156 65 56 99 105 33 11 101 87 39 16
Eubacterium brachy Z36272 136 126 93 82 112 158 49 42 94 112 24 23 83 77 31 10
Francisella tularensis Z21931 143 132 83 79 104 146 48 48 95 113 20 18 97 73 29 12
Frankia sp. M55343 148 139 97 73 108 150 52 45 101 109 16 13 85 79 10 6
Fusobacterium necrophorum X74408 135 126 83 61 106 147 47 47 96 115 27 24 86 76 23 16
Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum M58683 143 128 96 84 100 146 48 39 99 109 34 31 88 72 28 19
Gemmata obscuriglobus X56305 142 149 112 103 92 124 47 41 90 129 33 33 80 43 24 3
Geotoga subterranea L10659 145 153 120 117 104 140 53 48 95 111 50 46 90 63 47 31
Gluconacetobacter liquefaciens X75617 143 107 64 53 107 191 78 68 98 103 15 12 86 71 29 13
Haemobartonella felis U95297 132 115 92 81 77 109 23 18 89 94 7 5 84 109 9 0
Haemophilus influenzae X87977 140 139 91 81 88 154 34 29 74 79 12 12 105 89 28 11
Haemophilus influenzae (operons A-F) U32741 U32744 U32755 U32847 U32697 U32708 150 148 103 93 108 174 50 45 82 80 12 12 107 88 34 17
Halomonas halodenitrificans L04942 143 114 85 73 102 160 44 31 97 115 29 21 98 70 25 8
Helicobacter pylori M88157 135 134 86 69 99 129 41 30 95 115 32 21 90 58 20 5
Heliobacterium chlorum M11212 151 132 112 99 106 169 52 47 92 107 24 21 87 53 21 12
Holophaga foetida X77215 137 115 83 71 106 147 50 45 100 143 40 31 98 65 33 12
Isosphaera pallida X64372 134 115 99 85 93 163 54 54 93 108 46 44 78 58 33 22
Klebsiella pneumoniae X80684 130 115 87 76 78 164 44 39 98 92 27 12 98 73 24 7
Lactobacillus acidophilus M58802 140 149 115 104 109 134 45 45 94 117 31 29 87 84 32 13
Lactococcus lactis subsp. lactis AE006456 156 142 120 107 109 155 75 70 98 116 41 36 88 83 44 28
Legionella pneumophila M59157 138 119 90 75 99 170 53 48 82 87 7 7 106 75 33 15
Leptonema illini M88719 150 155 110 103 101 105 42 36 100 129 27 24 91 84 21 8
Leptospira interrogans X17547 146 140 136 127 104 133 58 58 100 114 50 47 90 89 50 40
Leptospirillum ferriphilum AF356830 144 136 99 83 96 135 32 32 88 120 19 14 96 74 17 3
Listeria monocytogenes M58822 138 113 88 86 106 139 42 37 98 123 32 27 87 79 22 13
Mesorhizobium loti AP003001 137 127 106 92 109 166 72 62 96 114 35 31 87 57 37 14
Methylobacterium sp. Z23160 124 98 71 59 103 137 29 23 93 109 20 18 89 96 10 10
Methylococcus capsulatus X72771 130 106 64 61 96 182 37 37 93 78 0 0 101 87 22 12
Micrococcus luteus M38242 134 108 88 72 105 146 58 47 97 112 50 42 84 79 20 12
Microcystis aeruginosa U03402 Z28699 128 130 87 82 111 144 28 23 88 101 25 21 79 41 19 3
Mycobacterium avium X52918 136 129 78 60 106 167 37 32 88 96 7 3 85 75 20 13
Mycobacterium leprae X56657 152 122 64 57 106 195 16 16 102 87 2 0 92 83 3 0
Mycobacterium tuberculosis X52917 138 122 60 53 109 188 23 23 88 79 3 0 83 83 3 0
Mycoplasma capricolum X00921 143 132 93 82 113 157 29 29 92 91 21 19 89 67 16 4
Mycoplasma gallisepticum M22441 143 135 86 77 103 142 43 38 93 126 30 21 95 69 27 14
Mycoplasma genitalium U39694 158 168 130 118 102 100 42 32 92 126 35 30 85 69 16 4
Mycoplasma hyopneumoniae Y00149 152 146 119 106 113 141 78 64 92 94 47 38 86 98 40 18
Mycoplasma mycoides M23943 123 106 74 65 96 140 18 18 80 124 13 11 77 48 11 0
Mycoplasma pneumoniae M29061 148 137 112 101 98 126 41 31 91 102 33 30 83 71 23 7
Myxococcus xanthus M34114 155 136 103 93 112 134 53 48 99 121 27 20 80 95 12 12
Neisseria gonorrhoeae X07714 148 125 100 91 107 173 62 57 81 119 34 34 107 67 36 22
Neisseria meningitidis AE002364 149 130 121 110 107 184 69 69 81 112 34 34 107 49 42 22
Nocardia asteroides X80606 134 128 61 53 108 164 26 26 94 116 7 6 87 59 0 0
Oscillatoria agardhii X84811 134 137 104 89 107 107 49 32 91 121 60 54 88 78 53 30
Pasteurella multocida M35018 136 137 93 85 100 108 33 33 98 121 15 6 101 93 32 12
Petrotoga miotherma L10657 133 143 102 95 70 96 26 21 93 95 43 39 68 59 26 23
Pirellula marina X62912 134 140 90 88 99 152 20 20 95 129 14 12 81 34 6 3
Pirellula staleyi M34126 149 159 122 120 99 171 38 38 97 109 20 15 88 23 22 3
Planctomycetaceae Schlesner 670 X81948 144 143 113 111 102 153 64 59 92 121 30 22 89 58 25 11
Plesiomonas shigelloides X74688 134 132 89 78 84 143 42 37 98 92 23 12 95 77 37 7
Pleurocapsa sp. X78681 133 110 78 78 109 165 47 42 90 109 19 17 87 66 28 5
Porphyromonas gingivalis L16492 133 127 81 70 98 152 39 34 99 115 15 13 89 72 6 3
Proteus vulgaris X07652 147 131 115 102 109 152 69 60 99 109 34 24 101 93 44 21
Pseudomonas aeruginosa M34133 132 116 83 83 102 167 58 58 97 110 22 20 93 63 24 18
Pseudomonas putida D84020 148 126 109 107 108 171 60 60 97 107 36 33 95 71 44 17
Pseudomonas sp. U37339 136 113 86 81 106 189 69 64 94 81 27 23 93 68 31 19
Psychrobacter pacificensis AB016054 136 126 81 75 111 151 64 56 97 122 39 37 104 64 29 4
Rhodobium orientis D30792 127 114 91 83 104 178 72 62 90 110 36 31 86 40 41 10
Rhodoblastus acidophilus M34128 122 123 83 83 101 172 55 50 99 111 30 25 92 61 35 12
Rhodococcus erythropolis AF001265 144 130 88 76 110 158 62 57 101 122 23 19 87 55 0 0
Rickettsia bellii U11014 145 145 108 96 109 141 67 39 99 120 49 43 86 66 23 8
Rickettsia prowazekii M21789 145 138 111 99 109 145 69 47 99 113 36 32 86 74 26 15
Rickettsia rickettsii L36217 134 117 95 86 107 154 71 42 93 104 36 32 83 77 24 6
Salmonella typhimurium X80681 140 128 81 75 103 167 63 59 97 109 25 17 107 77 40 13
Serratia marcescens M59160 132 122 94 83 107 157 60 51 98 98 17 5 94 87 38 15
Shewanella putrefaciens X81623 136 134 104 93 108 137 59 45 97 105 39 24 105 100 41 18
Shigella dysenteriae X96966 137 116 88 77 109 166 66 57 74 100 24 11 108 82 43 14
Spirochaeta aurantia M57740 152 156 108 98 97 109 46 41 100 99 47 34 87 103 38 24
Staphylococcus aureus L36472 155 148 121 112 114 129 48 41 95 129 26 24 82 85 27 13
Streptobacillus moniliformis Z35305 136 134 73 69 113 182 37 32 98 90 14 12 81 62 17 6
Streptococcus mutans X58303 128 115 91 80 79 106 32 32 76 102 33 31 65 81 31 15
Streptococcus pneumoniae X58312 132 112 93 87 79 128 37 37 78 108 40 33 60 49 39 15
Streptococcus pyogenes X59029 125 108 72 59 77 138 21 21 74 95 22 20 57 45 0 0
Streptomyces acidiscabies D63865 145 132 94 87 109 137 67 56 102 105 60 49 90 113 49 46
Streptomyces albidoflavus Z76676 137 120 90 81 109 142 56 46 94 117 23 19 86 79 20 13
Streptomyces albus X53163 120 115 85 74 70 145 43 43 79 83 15 12 72 50 17 4
Streptomyces ambofaciens M27245 145 126 100 94 109 174 54 48 102 104 35 31 90 71 30 20
Streptomyces bikiniensis X79851 147 138 90 78 109 154 59 54 102 102 29 12 87 74 14 7
Streptomyces bluensis X79324 141 133 96 87 109 150 73 62 102 102 24 19 93 97 13 13
Streptomyces bottropensis D63868 139 124 95 86 109 152 69 64 102 101 18 13 96 101 23 23
Streptomyces brasiliensis X53162 122 106 78 71 68 103 33 29 74 109 21 19 71 68 20 20
Streptomyces caelestis X80824 144 141 97 91 109 133 59 48 102 122 37 31 90 76 30 27
Streptomyces coelicolor Y00411 141 125 98 87 109 166 55 49 102 117 29 26 89 70 10 10
Streptomyces diastaticus X53161 121 116 81 72 60 88 24 24 65 103 32 29 56 70 13 7
Streptomyces diastatochromogenes D63867 138 145 96 92 109 139 52 52 102 108 23 20 97 89 28 21
Streptomyces espinosus X80826 133 149 98 85 109 154 55 44 102 96 19 14 100 96 15 12
Streptomyces eurythermus D63870 144 127 96 92 109 165 54 48 102 103 35 24 90 80 30 20
Streptomyces felleus Z76681 137 120 90 81 109 142 56 46 94 117 23 19 86 79 20 13
Streptomyces galbus X79325 142 125 92 77 109 124 51 40 102 126 23 13 89 100 9 7
Streptomyces glaucescens X79322 143 128 91 81 109 150 56 50 102 117 35 31 90 73 23 20
Streptomyces gougerotii Z76687 138 116 92 83 109 134 68 57 94 111 29 19 86 100 22 13
Streptomyces griseus X61478 143 114 83 76 107 156 33 28 102 113 29 19 91 98 7 7
Streptomyces hygroscopicus X79853 144 138 99 90 109 124 51 40 102 122 18 13 89 90 9 7
Streptomyces intermedius Z76686 136 115 91 82 109 134 68 57 94 111 29 19 86 100 22 13
Streptomyces lavendulae X53173 120 110 96 87 67 108 49 49 68 85 22 12 63 61 18 16
Streptomyces limosus Z76679 137 120 90 81 109 142 56 46 94 117 23 19 86 79 20 13
Streptomyces lincolnensis X79854 145 141 92 85 109 165 66 55 102 88 11 6 89 82 0 0
Streptomyces macrosporus Z68099 141 152 98 89 106 107 42 37 95 138 40 36 89 62 31 31
Streptomyces mashuensis X79323 130 130 89 80 109 146 92 77 102 103 59 48 100 104 60 46
Streptomyces megasporus Z68100 149 135 88 77 106 154 50 39 94 115 44 38 87 69 30 27
Streptomyces neyagawaensis D63869 139 129 99 90 109 134 43 38 102 99 18 6 96 120 23 23
Streptomyces nodosus AF114033 144 135 100 91 106 123 51 40 102 118 17 12 93 108 24 13
Streptomyces odorifer Z76682 138 120 90 81 109 142 56 46 94 117 23 19 86 79 20 13
Streptomyces ornatus X79326 140 111 71 64 109 151 33 28 102 108 29 12 90 108 7 7
Streptomyces pseudogriseolus X80827 144 125 98 81 106 155 64 53 102 107 23 19 92 91 20 13
Streptomyces purpureus X53170 116 103 76 64 66 117 29 22 63 82 15 12 59 56 6 6
Streptomyces rimosus X62884 137 124 87 78 106 160 56 51 99 104 22 17 96 106 22 16
Streptomyces rutgersensis Z76688 138 116 92 83 109 134 68 57 94 111 29 19 86 100 22 13
Streptomyces sampsonii D63871 145 132 97 88 109 145 56 46 102 118 23 19 90 84 20 13
Streptomyces scabiei D63862 141 139 102 98 107 134 52 52 102 105 23 13 98 103 27 27
Streptomyces setonii D63872 146 132 94 85 109 158 62 57 102 100 29 19 89 86 10 10
Streptomyces sp. D63866 144 124 89 78 109 153 69 58 102 107 60 49 90 105 49 46
Streptomyces subrutilus X80825 144 132 90 81 109 151 61 50 102 100 29 19 89 92 7 7
Streptomyces tendae D63873 144 129 101 92 109 146 70 59 102 118 22 12 90 85 13 6
Streptomyces thermodiastaticus Z68101 132 124 77 73 108 143 54 43 94 112 30 24 94 72 29 19
Streptomyces thermolineatus Z68097 140 139 96 87 109 149 44 44 94 118 19 15 89 55 20 13
Streptomyces thermoviolaceus Z68096 135 119 86 82 109 170 56 50 94 99 28 24 94 68 35 25
Streptomyces thermovulgaris Z68098 144 127 96 80 107 161 61 43 94 106 35 30 91 69 33 19
Synechococcus sp. PCC 6301 X03538 134 130 85 83 111 148 60 48 97 106 19 12 87 79 25 5
Synechocystis sp. PCC 6803 D64000 D90916 139 138 102 92 109 140 36 36 98 122 28 26 86 60 18 9
Thermomicrobium roseum M34115 149 132 111 100 104 149 24 22 100 102 29 25 89 100 33 25
Thermotoga maritima M21774 158 147 126 119 114 145 74 74 99 113 40 40 90 103 40 31
Thermus aquaticus L09663 145 124 112 94 104 143 65 60 93 118 52 48 86 80 30 20
Thermus thermophilus X07998 154 131 107 91 99 132 55 52 101 136 48 46 91 86 33 25
Treponema pallidum (rRNA A) AE001204 157 158 122 111 108 155 54 43 101 93 25 20 89 74 24 16
Tropheryma whipplei X99636 141 123 110 96 112 108 48 48 102 148 43 38 89 92 28 28
Ureaplasma urealyticum AE002112 151 137 118 101 108 147 65 54 91 113 44 38 83 76 36 20
Vibrio cholerae X76337 150 144 120 109 108 176 57 53 80 89 29 18 106 71 38 21
Vibrio parahaemolyticus X56580 122 132 77 66 92 132 32 27 99 145 23 13 104 36 11 4
Xanthomonas albilineans X95918 138 131 96 87 109 163 28 28 89 113 21 19 98 59 28 6
Xanthomonas campestris NPA 136 106 89 80 106 138 57 45 79 129 34 34 102 88 34 18
Xylella fastidiosa AE003861 142 126 94 83 110 150 31 31 97 116 15 13 99 96 30 13
Yersinia pestis L37604 141 119 101 95 101 168 51 42 74 81 24 17 107 97 41 21
Yersinia pseudotuberculosis Z21939 137 130 97 86 101 153 52 43 95 78 40 23 101 108 49 28
Eukaryotic Chloroplast   Hairpin Loop Closing Internal Loop Closing Multistem Loop Closing Bulge Loop Closing
C1 P M ME C P M ME C P M ME C P M ME
Apodanthes sp NPA 144 108 107 84 91 174 47 47 89 73 12 5 92 125 32 24
Astasia longa X14386 134 143 77 75 110 150 26 20 90 114 15 13 94 69 20 7
Babesia bovis U06105 142 111 67 61 81 164 26 26 80 92 29 22 95 76 43 13
Chlamydomonas humicola AF374186 128 112 81 74 70 115 40 35 85 97 22 22 85 69 9 0
Chlamydomonas reinhardtii J01395 123 125 78 67 107 155 58 53 94 99 55 32 94 69 31 23
Chlorella vulgaris AB001684 138 125 106 91 114 150 89 66 90 81 51 37 89 118 58 48
Corethron criophilum NPA 138 124 93 79 90 168 45 45 88 108 41 33 96 61 21 5
Cryptomonas sp. X56805 145 140 97 87 87 137 25 18 91 112 18 18 98 76 17 9
Cyanidium caldarium X52985 147 123 72 58 88 181 59 50 86 95 14 14 100 47 29 4
Cyanophora paradoxa X81840 142 149 102 100 108 136 47 41 89 103 28 27 89 69 35 11
Cynomorium coccineum U67743 135 127 60 50 84 121 7 7 90 128 16 16 92 72 16 12
Cytinus ruber U47845 136 121 83 78 89 118 40 30 89 114 11 11 99 82 17 6
Emiliania huxleyi X82156 140 133 98 88 92 126 52 52 86 120 53 52 95 78 54 34
Euglena gracilis X12890 V00159 135 99 59 57 112 212 9 9 95 83 5 5 83 60 6 3
Glaucocystis nostochinearum X82496 148 132 94 91 85 174 48 48 94 98 42 34 100 67 47 16
Gloeochaete wittrockiana X82495 148 157 100 100 86 163 41 34 90 106 38 35 104 51 35 13
Heterosigma akashiwo M82860 154 137 108 91 90 142 30 30 92 104 18 18 92 74 16 3
Hydnora africana U67745 147 146 95 84 85 118 53 48 83 129 29 23 86 54 6 3
Marchantia polymorpha X04465 146 118 110 93 86 138 21 21 90 109 47 45 88 91 41 31
Mitrastema yamamotoi U67742 134 124 70 53 83 155 36 36 78 107 2 2 98 56 0 0
Nicotiana tabacum V00165 146 134 85 67 84 130 28 21 92 118 19 19 92 76 14 6
Palmaria palmata Z18289 139 130 79 79 83 176 45 45 87 89 24 24 102 69 27 7
Pilostyles thurberi U67741 128 96 43 40 73 179 31 28 66 106 16 16 111 73 27 20
Plasmodium falciparum (plastid-like) X57167 X95275 140 115 58 52 96 136 27 19 92 128 6 0 81 56 12 6
Plasmodium vivax AF040974 76 85 42 42 85 105 44 44 54 69 39 30 45 26 24 11
Polytoma obtusum AF374187 131 108 89 66 72 150 26 26 79 105 11 11 86 27 2 2
Polytoma oviforme AF374188 125 102 84 75 78 124 45 40 85 90 59 39 82 93 48 27
Polytoma uvella AF374189 150 123 73 65 118 147 39 39 87 125 4 0 82 110 10 0
Pylaiella littoralis X14873 141 149 78 75 87 118 19 19 90 135 6 6 98 55 14 0
Ricinus communis L37580 128 109 74 60 106 131 46 35 89 101 15 11 84 89 11 8
Skeletonema pseudocostatum X82155 141 117 96 82 88 186 41 34 88 84 41 33 96 68 34 9
Toxoplasma gondii U87145 137 122 69 55 93 166 37 33 84 125 9 2 106 42 20 4
Zea mays Z00028 139 148 89 79 108 101 40 40 95 117 27 25 81 95 12 8
Eukaryotic Mitochondrion   Hairpin Loop Closing Internal Loop Closing Multistem Loop Closing Bulge Loop Closing
C1 P M ME C P M ME C P M ME C P M ME
Acanthamoeba castellanii U03732 138 128 72 53 85 113 30 20 83 127 13 7 99 93 12 5
Afrixalus fornasini NPA 72 69 26 26 47 55 21 16 36 87 12 12 54 30 6 0
Albinaria caerulea X83390 68 85 33 24 32 50 3 0 40 52 4 4 38 39 0 0
Alligator mississippiensis L28074 74 70 35 28 33 85 5 5 41 61 0 0 60 20 14 0
Amblysomus hottentotus M95108 77 92 32 32 47 57 19 19 50 70 11 11 55 51 0 0
Anas platyrhynchos L16770 84 72 30 30 40 81 4 4 49 68 0 0 60 36 0 0
Anopheles gambiae L20934 73 61 35 35 38 104 12 9 39 40 0 0 48 33 0 0
Anopheles quadrimaculatus L04272 74 85 36 36 37 84 12 9 39 48 0 0 48 34 10 0
Antilocapra americana M55540 67 89 34 34 65 39 30 15 63 95 26 21 51 34 12 8
Apis mellifera L06178 S51650 70 59 18 18 47 120 9 9 37 43 0 0 30 23 0 0
Artemia franciscana X69067 57 41 9 9 31 70 0 0 34 43 0 0 47 56 0 0
Ascaris suum X54253 56 46 23 23 36 104 7 0 31 31 7 0 35 34 10 2
Aspergillus nidulans J01393 131 146 73 69 68 104 19 14 76 106 15 6 112 77 9 0
Asterina pectinifera D16387 71 74 45 39 28 92 7 7 49 60 0 0 53 16 16 2
Balaenoptera musculus X72204 79 81 54 44 46 82 28 21 52 78 13 13 55 28 11 2
Bos taurus J01394 V00654 80 82 51 48 43 72 9 6 51 66 20 7 55 39 24 18
Bufo boreas boreas Thesis, Goebel A. 61 56 12 9 53 63 8 3 52 55 0 0 51 56 0 0
Bufo peltocephalus Thesis, Goebel A. 60 58 18 14 53 106 37 22 52 64 18 18 49 30 20 3
Caenorhabditis elegans X54252 62 52 20 20 29 100 5 5 35 31 0 0 40 34 15 4
Cafeteria roenbergensis AF193903 142 123 58 46 103 217 47 40 70 100 0 0 102 67 20 20
Ceratophrys sp. Thesis, Goebel A. 66 57 36 28 50 81 24 18 39 53 3 0 48 39 5 2
Chlamydomonas eugametos AF008237 110 119 67 55 113 99 33 24 43 91 6 6 74 84 32 29
Chlamydomonas reinhardtii X54860 101 87 51 34 68 108 20 20 51 82 12 12 52 70 10 10
Chondrus crispus Z30950 Z47547 139 110 55 44 66 123 18 10 77 104 18 15 88 78 7 0
Chorthippus parallelus ESC X95574 60 60 20 20 29 103 0 0 39 40 8 0 61 43 0 0
Chorthippus parallelus NOR X95575 60 60 20 20 29 103 0 0 39 40 8 0 61 43 0 0
Chrysodidymus synuroideus NPA 151 150 79 74 87 163 23 23 88 135 14 8 101 30 30 3
Chrysodidymus synuroideus mg AF222718 154 144 83 73 114 184 35 35 89 126 32 20 86 30 25 3
Coscoroba coscoroba S76216 83 91 49 41 42 48 3 3 51 81 10 10 60 37 19 13
Coturnix coturnix X57245 74 66 36 31 39 75 26 17 48 59 8 8 57 44 31 16
Crithidia fasciculata X02548 30 38 12 7 11 72 5 5 0 46 0 0 14 19 0 0
Crossostoma lacustre M91245 79 73 44 40 40 73 14 7 51 60 21 14 66 66 42 13
Cygnus melancoryphus S76217 86 74 50 42 42 82 21 19 51 74 10 10 60 29 5 2
Cyprinus carpio X61010 66 70 38 34 40 67 13 8 49 53 13 6 73 50 30 13
Damaliscus pygargus M86499 77 78 43 40 46 49 19 3 50 76 14 7 55 51 35 16
Daphnia pulex Z15015 59 82 10 10 32 68 0 0 41 39 0 0 51 51 9 0
Dictyostelium discoideum D16466 129 125 63 58 81 142 28 17 77 105 8 8 66 57 15 3
Didelphis virginiana Z29573 77 74 36 36 47 66 29 20 52 50 5 5 55 73 21 16
Drosophila teissieri X54011 73 89 31 26 24 83 0 0 42 48 0 0 59 30 9 0
Drosophila virilis X05914 72 74 25 25 51 74 0 0 51 72 0 0 48 16 12 6
Drosophila yakuba X03240 73 89 31 26 24 87 0 0 42 47 0 0 59 30 9 0
Eleutherodactylus coqui NPA 57 65 23 20 47 51 17 5 30 64 5 5 50 37 12 8
Equus caballus X79547 80 93 46 46 43 56 12 9 51 63 3 3 55 23 12 3
Farfantepenaeus notialis X84357 68 80 35 35 32 75 0 0 41 73 0 0 68 22 6 0
Felis catus U20753 77 76 35 35 42 71 19 19 52 54 2 2 56 23 10 10
Gallus gallus X52392 79 81 41 36 39 72 8 6 48 68 10 10 57 24 10 5
Glycine max M16859 125 146 60 60 104 233 0 0 87 145 14 14 98 124 8 5
Harpactes ardens U94810 68 51 29 24 48 80 19 13 45 59 6 6 53 56 5 5
Harpochytrium sp. JEL94 AY182005 115 127 49 42 65 136 33 26 70 77 15 10 72 69 22 11
Herpetomonas megaseliae U01006 14 30 5 0 6 91 0 0 0 20 0 0 14 29 0 0
Homo sapiens J01415 71 90 49 49 53 60 16 9 63 87 18 5 49 21 12 0
Katharina tunicata U09810 64 64 25 21 42 99 7 7 42 49 0 0 30 35 5 0
Latimeria chalumnae Z21921 74 68 43 39 36 58 7 3 47 68 0 0 55 33 0 0
Leishmania tarentolae M10126 31 49 9 9 11 59 0 0 0 43 0 0 13 50 0 0
Locusta migratoria X80245 57 66 10 10 27 105 0 0 37 46 0 0 57 27 4 0
Loxodonta africana U60182 D50847 79 74 30 30 39 75 9 3 52 51 6 6 58 47 11 0
Lumbricus terrestris U24570 62 75 30 26 17 46 0 0 40 62 0 0 53 18 6 0
Lutreolina crassicaudata U33494 78 70 29 29 47 53 19 0 53 69 15 15 60 65 21 14
Macropus giganteus X86941 74 66 37 34 44 64 19 3 49 58 18 9 61 57 10 10
Magicicada tredecim NPA 61 42 15 11 38 102 0 0 27 22 0 0 44 56 0 0
Marchantia polymorpha M68292 128 163 75 62 111 237 47 47 79 105 13 13 89 120 19 4
Metridium senile S75445 99 85 46 41 71 104 17 11 43 99 0 0 67 44 13 10
Monosiga brevicollis AF538053 130 122 69 51 87 181 32 24 69 103 0 0 91 63 13 6
Mus musculus J01420 75 80 34 34 44 84 13 4 51 54 18 15 55 23 24 7
Muscardinus avellanarius X84384 76 71 35 33 48 86 32 23 51 47 13 0 55 52 12 12
Mytilus edulis M83756 71 72 32 32 42 124 7 7 49 56 5 0 35 42 0 0
Nephroselmis olivacea AF110138 138 126 96 85 97 133 40 23 91 96 10 7 97 112 15 6
Neurospora crassa L33367 136 147 70 40 51 152 22 12 76 160 11 11 67 112 12 9
Ochromonas danica AF287134 156 125 53 43 102 171 42 36 86 94 16 9 96 108 15 15
Oenothera berteriana X61277 128 136 66 61 99 164 15 10 87 147 6 6 98 142 20 5
Oncorhynchus mykiss L29771 76 76 47 43 48 92 14 14 48 57 7 0 54 31 5 2
Ornithorhynchus anatinus U33498 X83427 79 86 31 31 42 66 9 3 46 59 5 0 55 28 7 2
Pan troglodytes D38113 82 77 37 37 45 52 21 6 50 79 0 0 53 41 5 0
Paracentrotus lividus J04815 64 60 29 24 40 77 22 18 41 52 0 0 57 53 11 8
Paramecium tetraurelia K01751 118 152 22 22 72 166 11 8 74 134 6 0 87 52 8 0
Pedinomonas minor AF116775 125 110 49 49 77 141 30 18 73 69 0 0 51 59 0 0
Penicillium chrysogenum Z23072 145 162 86 69 54 134 19 12 78 108 12 12 68 48 12 0
Petromyzon marinus U11880 70 72 27 22 34 55 10 10 54 61 4 4 46 37 8 0
Phalanger orientalis U33496 73 70 24 21 46 63 15 6 52 80 18 18 55 30 11 8
Phascogale tapoatafa U33497 85 60 44 44 45 114 10 10 52 48 0 0 60 54 13 8
Phoca vitulina X63726 77 69 20 20 41 82 20 7 52 53 0 0 55 30 12 2
Physarum polycephalum X75592 111 146 43 42 99 200 10 7 85 112 6 6 103 113 10 4
Phytophthora infestans U17009 137 117 77 72 111 156 77 77 85 119 7 7 96 59 20 10
Pichia canadensis D49702 D31785 121 121 55 33 58 98 32 25 77 125 7 7 62 99 7 7
Podospora anserina X14734 134 155 58 37 60 155 17 14 83 138 9 9 70 111 12 3
Porphyra purpurea AF114794 136 119 72 60 67 102 13 6 75 121 17 17 99 78 34 20
Protopterus dolloi L42813 80 70 34 29 40 105 19 12 42 60 0 0 61 20 6 0
Prototheca wickerhamii X15435 168 168 122 96 101 146 57 34 85 122 33 25 87 108 14 8
Puma concolor U33495 75 73 34 34 43 70 19 9 52 62 5 5 55 46 13 8
Pylaiella littoralis X14874 131 134 56 51 89 123 7 7 69 116 4 4 75 88 13 6
Rana catesbeiana X12841 72 80 47 45 49 51 25 11 52 73 14 14 54 56 25 22
Rattus norvegicus J01438 71 56 22 19 43 82 10 4 51 61 12 12 57 57 7 3
Reclinomonas americana AF007261 178 162 138 130 91 116 65 46 88 122 40 39 111 90 59 36
Rhizopus stolonifer NPA 141 144 101 88 67 124 42 40 77 77 39 36 99 94 49 30
Rhodomonas salina AF288090 123 126 63 53 119 133 53 52 76 116 18 13 89 70 5 5
Saccharomyces cerevisiae V00704 139 156 87 84 54 154 6 6 75 139 16 16 105 84 36 21
Salmo salar U12143 77 69 43 39 50 103 16 16 46 55 8 8 53 33 10 8
Sceloporus undulatus L28075 76 89 54 49 30 41 7 0 48 70 13 13 61 27 18 6
Schizosaccharomyces pombe X15738 151 121 78 74 78 145 38 30 83 93 0 0 70 68 3 3
Scyliorhinus canicula Y16067 87 93 44 34 34 86 6 0 51 33 6 6 53 47 11 5
Secale cereale Z14059 131 129 42 42 98 267 13 7 87 138 5 0 98 75 11 11
Sphenodon punctatus L28076 78 68 37 30 40 69 15 15 41 68 3 3 49 14 12 3
Spizellomyces punctatus AF404303 102 100 58 53 65 101 23 14 63 73 22 22 94 108 18 14
Stenella coeruleoalba X78169 79 92 37 37 45 58 15 12 51 79 3 0 54 20 2 0
Suillus sinuspaulianus L47584 140 171 56 52 185 212 49 29 68 113 6 6 122 120 38 14
Tetrahymena pyriformis M12714 132 118 81 54 57 149 28 21 72 102 17 14 111 131 35 24
Trachemys scripta L28077 75 66 40 40 37 95 28 11 39 59 2 2 56 26 16 10
Triticum aestivum Z14078 131 174 65 65 98 186 23 12 87 151 19 14 98 101 17 5
Trypanosoma brucei X02547 33 42 0 0 11 87 0 0 0 21 0 0 15 29 0 0
Williopsis saturnus var. mrakii X71392 126 153 49 33 57 132 20 17 76 137 27 27 65 75 14 3
Xenopus laevis M27605 74 78 46 39 49 66 28 28 54 54 10 5 52 51 8 2
Zea mays X00794 130 157 76 59 115 208 26 15 91 131 23 16 90 117 14 5
Eukaryotic Nuclear   Hairpin Loop Closing Internal Loop Closing Multistem Loop Closing Bulge Loop Closing
C1 P M ME C P M ME C P M ME C P M ME
Acanthamoeba castellanii U07413 176 196 81 68 137 224 37 10 73 108 0 0 104 216 6 6
Agmasoma penaei NPA 102 91 54 39 63 92 30 15 55 70 38 19 60 77 32 21
Ahnfeltia plicata Z14139 174 145 89 77 111 200 49 40 83 118 6 0 76 98 12 12
Alexandrium fundyense U09048 125 156 59 57 83 174 19 11 76 120 0 0 109 131 5 3
Amblyospora sp. U68474 129 121 55 53 71 160 19 12 84 87 12 5 92 53 11 9
Ameson michaelis L15741 112 114 32 28 61 119 11 8 65 90 4 4 90 72 3 3
Androctonus australis X77908 140 150 71 71 106 156 44 44 72 124 7 7 105 136 40 30
Antonospora scoticae AF024655 129 86 62 43 73 140 15 15 87 127 0 0 75 66 5 0
Artemia salina X01723 132 122 51 47 113 208 39 36 73 126 0 0 105 128 28 22
Audouinella dasyae L26181 161 170 100 91 108 188 43 31 84 99 6 2 95 106 24 16
Audouinella hermannii AF026040 177 163 120 103 108 172 48 40 84 119 12 10 79 82 16 12
Aulacoseira ambigua X85404 146 133 50 50 113 191 26 26 77 106 4 4 105 143 15 10
Babesia bigemina X59604 146 116 64 48 90 251 44 44 81 108 8 8 80 56 9 0
Bacillidium sp. AF104087 123 93 43 28 91 128 51 36 82 97 8 6 58 85 9 3
Balamuthia mandrillaris AF019071 167 183 83 80 112 182 54 40 70 132 0 0 93 132 12 6
Balbiania investiens AF132294 164 148 92 75 113 163 56 40 74 119 8 6 76 116 14 12
Bangia sp. (Northwest Territories/NWT) AF043355 160 136 75 59 121 190 43 26 81 131 7 3 86 85 16 8
Bangiopsis subsimplex AF168627 142 185 87 82 116 176 52 37 77 87 3 0 107 102 44 23
Batrachospermum gelatinosum AF026045 168 151 110 87 115 218 59 51 84 99 16 10 77 89 16 12
Batrachospermum macrosporum AF026048 168 148 89 70 101 174 14 2 84 129 2 0 89 105 25 19
Bonnemaisonia hamifera L26182 169 156 93 69 113 193 62 38 84 135 14 10 76 97 9 9
Bostrychia moritziana AF203893 153 146 77 68 96 187 38 38 84 112 2 0 114 100 28 14
Candida albicans M60302 154 154 90 75 117 192 67 64 81 125 9 7 98 90 29 29
Ceramium rubrum L26183 153 164 72 69 118 203 43 35 84 117 16 6 92 81 23 12
Chlorella luteoviridis X73998 148 143 72 70 113 172 51 48 75 105 4 4 99 170 34 34
Chondrus crispus Z14140 169 169 106 90 108 218 54 40 84 99 8 0 87 82 23 13
Compsopogon coeruleus AF087124 139 146 71 62 107 182 30 20 78 116 2 0 106 104 34 21
Corallina officinalis L26184 171 165 93 82 103 216 14 14 84 121 0 0 97 65 29 12
Crossodonthina koreana Z36893 142 139 63 56 122 214 51 46 72 103 4 4 85 86 20 16
Cryptocercus punctulatus NPA 141 165 72 68 121 220 50 44 76 118 0 0 100 157 15 15
Cryptococcus neoformans var. neoformans L05428 169 153 102 89 116 228 74 66 77 109 8 8 86 71 21 16
Culicosporella lunata AF027683 148 89 89 66 65 173 33 33 81 62 6 6 83 116 18 10
Cyanophora paradoxa X68483 174 151 95 77 97 197 45 39 76 122 4 4 99 102 20 18
Cymatosira belgica X85387 148 153 63 60 118 230 60 50 72 180 5 5 103 156 21 21
Cyrtohymena citrina AF164135 142 136 71 65 118 202 46 41 81 124 10 8 101 86 28 12
Dixonielloa grisea L26187 157 183 84 73 120 169 35 16 83 138 11 11 81 63 10 10
Drosophila melanogaster M21017 142 163 69 66 146 185 69 50 82 149 17 11 88 118 7 3
Echinococcus granulosus U27015 132 142 50 45 104 334 30 22 69 118 0 0 112 196 14 11
Edhazardia aedis AF027684 125 101 72 54 93 193 23 20 81 65 10 3 114 93 41 22
Encephalitozoon cuniculi X98467 134 67 52 37 64 190 5 5 80 80 0 0 77 62 2 0
Encephalitozoon hellem AF118143 134 87 48 30 77 192 7 7 83 62 4 4 62 66 0 0
Encephalitozoon sp. L16867 125 96 48 38 71 156 1 0 84 89 5 5 69 50 2 0
Endoreticulatus schubergi L39109 129 103 66 53 63 150 22 12 81 81 0 0 73 35 3 3
Engelmanniella mobilis AF164134 141 140 82 77 118 173 39 39 81 120 15 11 102 112 32 15
Enterocytozoonidae gen. sp. AF201911 122 97 57 55 72 121 37 24 73 106 40 30 66 72 14 14
Erythrotrichia carnea L26189 147 160 87 74 131 189 53 47 82 88 5 3 96 132 27 27
Euglypha rotunda X77692 144 123 75 70 124 222 78 63 78 103 9 9 95 125 34 21
Euplotes aediculatus M14590 135 129 61 61 110 198 35 24 83 130 12 4 105 131 3 1
Flabelliforma montana AJ252962 97 92 48 40 44 111 12 8 71 65 5 0 58 69 6 0
Fragaria x ananassa X15590 149 117 59 47 116 262 30 22 78 95 6 4 101 89 28 14
Gastrostyla steinei AF164133 141 137 69 66 118 193 41 39 81 115 8 8 101 104 27 11
Gelidium vagum L26190 169 139 94 66 103 217 49 33 84 120 8 0 89 98 21 13
Genicularia spirotaenia X74753 150 147 75 67 120 198 57 55 77 116 8 8 93 104 25 21
Giardia ardeae Z17210 153 102 77 51 59 173 12 12 71 86 5 3 69 114 7 0
Giardia intestinalis X52949 138 87 44 31 73 186 14 7 78 97 2 0 66 112 5 5
Giardia muris X65063 133 114 70 65 61 135 21 19 70 108 0 0 80 75 3 3
Glaucocystis nostochinearum X70803 155 155 82 72 120 170 41 35 76 123 4 4 94 117 24 22
Gloeochaete wittrockiana X81901 161 138 80 63 107 215 62 62 76 115 4 4 100 114 25 23
Glomus intraradices X58725 158 183 94 85 78 159 43 40 58 110 4 4 100 105 33 26
Glugea atherinae U15987 124 100 74 56 77 148 27 12 86 94 23 13 58 49 9 3
Glugea stephani AF056015 119 77 68 50 71 114 40 28 53 63 17 9 45 74 3 3
Gracilariopsis sp. M33639 171 162 90 74 117 167 52 36 84 122 2 0 76 116 12 12
Halymenia plana U33133 170 127 96 67 103 209 43 35 84 108 12 10 90 113 23 18
Hexamita sp. Z17224 144 124 46 39 59 153 23 11 73 93 15 10 82 112 17 0
Hildenbrandia rubra L19345 170 160 103 82 104 183 26 13 80 107 2 0 95 131 26 18
Homo sapiens K03432 152 155 62 58 123 213 48 45 80 112 0 0 111 126 32 25
Ichthyosporidium sp. L39110 117 99 49 36 73 115 16 9 74 89 10 0 71 97 17 10
Janacekia debaisieuxi AJ252950 125 97 51 45 91 137 39 28 80 111 8 6 64 76 15 0
Lecanora dispersa NPA 126 123 46 44 90 218 27 27 50 94 8 8 84 73 4 1
Lilioceris lilii NPA 136 139 77 72 155 201 100 70 70 115 7 7 85 124 22 17
Loma acerinae AJ252951 130 102 67 45 80 121 28 16 86 85 19 6 55 89 3 3
Mastigamoeba balamuthi L23799 223 234 153 102 90 347 50 50 81 185 10 10 96 141 10 6
Microgemma sp. AJ252952 125 100 77 49 79 148 27 13 77 73 14 0 62 81 11 5
Microsporidium 57864 U90885 134 75 54 32 72 136 13 11 78 95 18 7 71 79 5 3
Mus musculus X00686 154 153 57 57 133 218 72 64 73 112 0 0 88 123 21 21
Mytilus edulis L24489 152 147 72 65 110 211 68 60 75 133 4 4 96 95 24 20
Naegleria gruberi Thesis, Mullican J. 141 205 44 44 84 177 31 20 80 166 11 11 85 80 15 3
Nemalion helminthoides L26196 174 155 120 95 104 177 43 35 84 117 12 10 85 86 22 12
Nemalionopsis shawii AF506272 176 165 116 92 98 175 46 35 79 122 7 5 86 93 23 13
Nosema algerae AF069063 144 104 84 61 98 190 17 12 91 85 2 0 61 65 2 0
Nosema apis U97150 135 92 66 44 66 139 11 9 74 86 9 7 69 51 20 3
Nosema necatrix U11051 136 84 41 26 50 136 14 6 73 92 13 8 63 66 3 3
Okanagana utahensis U06478 141 132 74 66 142 236 78 69 75 99 4 4 99 134 22 18
Onychodromus quadricornutus X53485 139 125 51 48 118 186 26 24 81 95 8 8 102 153 28 17
Ophiopholis aculeata L28056 132 119 47 29 92 186 33 33 68 127 0 0 98 142 12 8
Oxytricha granulifera AF164122 139 132 72 69 117 182 50 45 81 127 14 7 102 110 32 15
Oxytricha longa AF164125 141 147 80 70 117 178 44 42 81 121 15 11 102 112 32 21
Palmaria palmata Z14142 177 152 108 89 102 204 51 39 84 105 4 0 84 102 24 18
Paraurostyla weissei AF164127 141 130 71 60 118 187 44 42 81 114 12 8 101 119 27 11
Paruroleptus lepisma AF164132 136 130 59 58 118 203 33 33 81 112 9 7 105 88 15 9
Paulinella chromatophora X81811 150 138 76 66 103 209 48 40 75 100 12 12 115 121 35 21
Placopecten magellanicus X53899 153 138 68 55 105 178 36 28 73 125 4 4 97 125 18 16
Plasmodium falciparum (A gene) M19172 161 173 112 95 158 244 101 75 87 135 10 5 97 99 14 6
Plasmodium falciparum (S gene) M19173 176 184 91 68 141 242 31 22 71 136 5 5 104 96 8 3
Plasmodium vivax (A gene) U07367 149 154 84 70 169 260 107 89 87 124 5 0 83 111 17 7
Plasmodium vivax (O gene) U93095 139 131 44 32 189 352 112 109 87 127 21 11 90 133 16 10
Plasmodium vivax (S gene) U07368 155 191 96 87 187 237 80 59 87 124 0 0 80 142 9 9
Pleistophora hippoglossoideos AJ252953 131 123 57 51 65 110 17 17 86 124 9 9 79 44 29 7
Pleistophora sp. U10342 118 89 71 54 61 144 31 18 79 66 3 3 71 64 4 4
Pleurotricha lanceolota AF164128 140 152 73 70 118 140 34 34 81 133 8 8 101 115 22 15
Plocamiocolax pulvinata U09618 176 148 90 65 100 193 39 35 86 117 12 10 91 95 29 22
Polydispyrenia simulii AJ252960 113 95 55 47 69 137 16 9 84 83 5 0 67 77 8 0
Porphyra miniata AF175540 155 137 61 47 129 203 27 19 81 97 2 0 79 121 5 5
Porphyridium aerugineum L27635 154 138 83 65 130 244 67 62 79 119 6 4 79 56 3 3
Reticulitermes flavipes NPA 147 157 78 72 120 190 59 54 75 123 2 2 105 115 34 31
Rhodella maculata U21217 147 162 79 76 125 196 52 34 75 117 7 7 89 85 17 9
Rhodochaete parvula AF139462 147 150 79 69 143 210 79 79 70 109 5 3 76 81 17 17
Rhodogorgon carriebowensis AF006089 173 154 109 83 111 221 46 32 85 130 12 10 98 79 24 16
Rhodymenia leptophylla U09621 172 135 88 70 117 212 60 52 84 115 2 0 76 104 12 12
Saccharomyces cerevisiae U53879 154 150 86 63 123 179 68 65 81 153 15 10 93 53 17 11
Spraguea lophii AF033197 123 97 55 40 79 157 28 23 75 91 11 9 68 54 0 0
Staurastrum sp. M752 X74752 152 154 71 61 125 204 49 43 76 137 8 8 82 66 13 9
Strongylocentrotus purpuratus L28055 124 118 56 53 102 229 37 37 66 126 0 0 98 100 31 25
Stylonychia lemnae AF164124 141 129 59 58 118 212 50 48 81 133 10 8 102 74 29 18
Stylonychia mytilus AF164123 140 122 61 54 118 193 24 24 81 107 10 8 102 123 29 17
Thalassiosira eccentrica X85396 148 132 69 69 123 209 61 56 75 102 0 0 93 115 26 22
Thelohania solenopsae AF031538 130 75 48 22 85 184 25 25 90 103 19 9 79 58 1 1
Thelohania sp. AF031537 106 80 25 24 51 67 3 3 40 107 6 0 59 77 13 2
Thorea hispida AF506273 173 139 107 83 105 212 53 45 81 108 18 5 78 95 23 23
Thorea violacea AF026042 199 172 117 86 111 206 31 20 99 128 10 2 89 99 22 18
Thorea violacea AF506274 169 133 109 90 120 233 67 59 81 104 18 5 67 88 15 15
Toxoplasma gondii (P) X75453 136 143 80 71 113 206 44 42 62 95 4 4 101 134 26 24
Trachipleistophora hominis AJ002605 129 94 70 53 65 142 28 24 85 108 31 23 76 56 9 3
Tritrichomonas foetus M81842 171 103 95 67 58 215 33 33 76 76 13 13 92 107 22 15
Uroleptus gallina AF164130 141 154 84 80 118 176 46 44 81 124 12 8 101 98 31 15
Uroleptus pisces AF164131 141 123 68 64 118 211 46 44 81 116 9 7 101 77 28 12
Urostyla grandis AF164129 138 122 54 54 116 231 44 39 81 125 6 4 102 62 28 7
Vairimorpha necatrix Y00266 M24612 140 79 41 26 61 145 7 5 77 92 11 7 60 61 10 3
Vairimorpha sp. Argentina AF031539 128 86 64 47 46 136 21 21 56 62 0 0 73 99 0 0
Vavraia culicis AJ252961 135 97 62 45 74 139 24 24 86 106 9 9 59 61 12 12
Visvesvaria acridophagus AF024658 156 125 110 77 68 141 13 13 84 90 6 0 91 84 26 23
Weiseria palustris AF132544 140 119 80 63 78 133 19 19 84 96 5 0 67 80 8 0
Xenopus laevis X04025 148 137 64 64 130 218 65 60 70 138 4 4 81 93 18 10
  1. C (Comparative), Number of comparative canonical base-pairs predicted; P (Predicted), Number of base-pairs in the MFold optimal structure prediction; M (Matched), Number of comparative base-pairs in a given loop environment predicted correctly without any consideration of the loop environment of predicted base-pairs; ME (Matched Exactly), Number of comparative base-pairs matched where the predicted base pairs are in the corresponding loop environment as well.
  2. NPA, Not Publically Available - The sequence used for analysis has not been deposited in Genbank.