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Table 1D: Sorted by Intron Position for 23S rRNA [Expanded View]

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Structure File Format:PS  PDF  BPSEQ 

EX	IP	# IIP	RC	# IRC	RISL	L	# PG	Phylogeny	Org [TaxID]	Acc	Structure	Comment
23S	TBD	1	IB4	1	700	N	1	cellular organisms » Bacteria » Thermotogae » Thermotogae (class) » Thermotogales » ... »	Thermotoga neapolitana DSM 4359 [309803]	CP000916
	323	5	U	5	379 - 640	N	1	cellular organisms » Archaea » Crenarchaeota » Thermoprotei » Thermoproteales » ... »	Thermoproteus sp. IC-033 [70772]	AB178781		Archaeal
									Thermoproteus sp. IC-070 [278053]	AB178791		Archaeal
									Thermoproteus sp. IC-031 [278048]	AB178782		Archaeal
									Pyrobaculum sp. M1T [278051]	AB178788		Archaeal
									Thermoproteus sp. IC-061 [70773]	AB178789		Archaeal
	471	2	U	2	192 - 1056	N	1	cellular organisms » Archaea » Crenarchaeota » Thermoprotei » Thermoproteales » ... »	Caldivirga maquilingensis [76887]	AB178785		Archaeal
									Pyrobaculum sp. M1T [278051]	AB178788		Archaeal
	569	1	I	1	907	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Amoebozoa » Mycetozoa » Myxogastria » ... »	Fuligo septica [159720]	AJ584697
	575	2	IIB	2	2410 - 2411	M	1	cellular organisms » Eukaryota » stramenopiles » PX clade » Phaeophyceae » ... »	Pylaiella littoralis [2885]	Z48620	a.I2
										AJ277126
	580	1	IA3	1	1257	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Agrocybe aegerita [5400]	AF087656
	674	1	U	1	326	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Echinoplaca strigulacea [394997]	DQ782905		spliceosomal
	677	1	U	1	51	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Letrouitia domingensis [157776]	AY584648		spliceosomal
	678	34	U	34	52 - 243	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Gyalecta jenensis [146295]	AF279391		spliceosomal
										AF465450		spliceosomal
									Chaetosphaeria sp. 17 [146320]	AF279416		spliceosomal
										AF279417		spliceosomal
									Cyphelium tigillare [140094]	AY453642		spliceosomal
										AY453641		spliceosomal
									Punctelia rudecta [271831]	AY584636		spliceosomal
									Physcia aipolia [50936]	AY773914		spliceosomal
									Porina guentheri [146306]	AF279405		spliceosomal
									Melanelixia fuliginosa [180412]	AJ421428		spliceosomal; synonym: Melanelia fuliginosa
									Punctelia hypoleucites [271830]	AY584646		spliceosomal
									Xanthoparmelia pulla [172623]	AJ421433		synonym Neofuscelia pulla; spliceosomal
									Parmotrema tinctorum [235862]	AY584635		spliceosomal
									Calicium montanum [262416]	AY453635		spliceosomal
									Lecanora hybocarpa [394998]	DQ782910		spliceosomal
									Chaetosphaeria sp. 8 [146322]	AF279419		spliceosomal
									Lobaria quercizans [146301]	AF279397		spliceosomal
									Chaetosphaeria sp. 7 [146321]	AF279418		spliceosomal
									Trapeliopsis percrenata [133179]	AF279302		spliceosomal
									Cyphelium notarisii [262920]	AY453640		spliceosomal
									Hymenelia lacustris [196135]	AY640953		spliceosomal
										AY533006		spliceosomal
									Placynthiella icmalea [129542]	AY212846		spliceosomal
									Flavoparmelia caperata [172615]	AY584639		spliceosomal
									Melanochaeta sp. 8 [146324]	AF279421		spliceosomal
									Mycoblastus sanguinarius [312200]	DQ782915		spliceosomal
									Tremolecia atrata [273074]	AY533007		spliceosomal
									Linocarpon appendiculatum [252208]	AY346291		spliceosomal
									Melanelia disjuncta [180415]	AJ421431		spliceosomal
									Menegazzia terebrata [180482]	AY584637		spliceosomal
									Lobaria pulmonaria [86794]	AF401965		spliceosomal
										AF183934		spliceosomal
									Melanochaeta sp. 2 [146323]	AF279420		spliceosomal
									Calicium quercinum [262418]	AY453636		spliceosomal
	681	1	U	1	57	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Stictis radiata [38076]	AF356663		spliceosomal
	704	3	U	3	50 - 56	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Cyphelium tigillare [140094]	AY453641		spliceosomal
										AY453642		spliceosomal
									Hilberina caudata [260657]	AY436406		spliceosomal
	711	3	U	3	54 - 60	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Gyalecta thelotremella [185328]	AF465455		spliceosomal
									Gyalecta jenensis [146295]	AF465450		spliceosomal
										AF279391		spliceosomal
	730	3	I	1	NSEQ	C	1	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Chlorophyceae » ... »	Chlamydomonas indica [28457]	Z17228		LIT: J. Mol. Biol. 232:446-467 (1993).
			IA3	2	629 - 866	C	1	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Chlorophyceae » ... »	Stigeoclonium helveticum [55999]	L49157
									Haematococcus lacustris [107616]	L49151
	767	1	U	1	64	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Pertusaria oculata [267812]	AY568005		spliceosomal
	775	3	U	3	53 - 59	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Dibaeis baeomyces [83478]	AF279385		spliceosomal
									Pertusaria pupillaris [267815]	AY568007		spliceosomal
									Flavoparmelia caperata [172615]	AY584639		spliceosomal
	776	7	U	7	51 - 69	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Bacidia rosella [93112]	AY300829		spliceosomal
									Pertusaria kalelae [133180]	AF279298		spliceosomal
Pertusaria coccodes [133176]									AF279295		spliceosomal
Pertusaria hymenea [133177]									AF279297		spliceosomal
Lecanora hybocarpa [394998]									DQ782910		spliceosomal
Petractis luetkemuelleri [185330]									AF465454		spliceosomal
Capronia pilosella [45095]									AF279378		spliceosomal
777	7	U	7	49 - 67	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Calicium quercinum [262418]	AY453636		spliceosomal
								Calicium adaequatum [262410]	AY452502		spliceosomal
									AY452503		spliceosomal
								Placynthiella icmalea [129542]	AY212846		spliceosomal
								Rinodina tunicata [144718]	AY773920		spliceosomal
									AF457568		spliceosomal
								Anaptychia runcinata [116789]	AY773919		spliceosomal; unannotated
779	14	I	12	184 - 213	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Physconia grisea [114791]	AY773921
								Buellia geophila [205604]	AY773917
								Physcia aipolia [50936]	AY773914
								Rinodina milvina [205640]	AY773922
								Rinodina atrocinerea [144699]	AY773923
								Physcia stellaris [116821]	AY773912
								Physconia enteroxantha [114787]	AY773909
								Rinodina capensis [299119]	AY773924
								Physcia tenella [116822]	AY773908
								Diplotomma epipolium [501307]	AY773916
								Diplotomma alboatrum [205613]	AY452500
								Buellia griseovirens [205605]	AY773910
		IA3	1	455	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Streptophyta » Streptophytina » ... »	Chara vulgaris [55564]	AY267353
		ID	1	1462	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Agrocybe aegerita [5400]	AF087656
780	1	U	1	55	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Pertusaria tejocotensis [133185]	AF279301		spliceosomal
782	1	U	1	56	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Caloplaca flavorubescens [140092]	AY300831		spliceosomal
783	5	U	5	50 - 95	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Gyalecta jenensis [146295]	AF465450		spliceosomal
								Gyalecta thelotremella [185328]	AF465455		spliceosomal
								Annulatascus triseptatus [246472]	AY346257		spliceosomal
								Sagaaromyces abonnis [213797]	AF539469		spliceosomal; synonym Halosarpheia abonnis
								Sagaaromyces ratnagiriensis [213798]	AF539470		spliceosomal; synonym Halosarpheia ratnagiriensis
784	7	U	7	56 - 528	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Tremolecia atrata [273074]	AY533007		spliceosomal
								Melanelixia glabra [180411]	AJ421427		spliceosomal; synonym: Melanelia glabra
								Melanochaeta sp. 8 [146324]	AF279421		spliceosomal
								Phaeographina chrysocarpa [185318]	AF465448		spliceosomal
								Parmotrema tinctorum [235862]	AY584635		spliceosomal
								Bellemerea subsorediza [273080]	AY532983		spliceosomal
								Pertusaria lactescens [267811]	AY568004		spliceosomal
786	1	U	1	52	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Pertusaria kalelae [133180]	AF279298		spliceosomal
787	2	IIB	1	718	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Streptophyta » Streptophytina » ... »	Marchantia polymorpha [3197]	M68929
		U	1	56	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Dibaeis baeomyces [83478]	AF279385		spliceosomal
796	1	IB2	1	265	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Chytridiomycota » ... »	Rhizophydium sp. 136 [60187]	AF404306
798	111	I	43	185 - 479	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Coenogonium leprieurii [185321]	AF465442
								Endocarpon pallidulum [396380]	DQ823097
								Verrucaria pachyderma [168926]	AF356668
								Bacidia rosella [93112]	AY300829
								Physcia aipolia [50936]	AY773914
								Physconia distorta [114786]	AY773913
								Physcia tenella [116822]	AY773908
								Physconia enteroxantha [114787]	AY773909
								Pyrgillus javanicus [279161]	DQ823103
								Physcia stellaris [116821]	AY773912
								Dermatocarpon miniatum [172328]	AY584644
								Arthrorhaphis citrinella [146290]	AF279376
								Gyalecta jenensis [146295]	AF465450
								Pertusaria oculata [267812]	AY568005
								Pyrenula pseudobufonia [271832]	AY640962
								Melanelixia fuliginosa [180412]	AJ421428		synonym: Melanelia fuliginosa
								Bacidia schweinitzii [161808]	DQ782911
								Pertusaria kalelae [133180]	AF279298
								Rhizoplaca huashanensis [239500]	AY648105
								Biatoridium monasteriense [286569]	AY640947
								Anzina carneonivea [129529]	AY212829
								Physconia perisidiosa [114789]	AY773911
								Hymenelia lacustris [196135]	AY640953
									AY533006
								Rhizoplaca chrysoleuca [112062]	AY648104
								Cladonia caroliniana [174049]	AY584640
								Porina guentheri [146306]	AF279405
								Buellia griseovirens [205605]	AY773910
								Trapelia chiodectonoides [223410]	AY212847
								Stictis radiata [38076]	AF356663
								Pertusaria hymenea [133177]	AF279297
								Koerberiella wimmeriana [273088]	AY532986
								Acarospora schleicheri [88748]	AY640945
								Hymenelia epulotica [146300]	AF279394
								Tholurna dissimilis [211490]	AY453644
								Ostropa barbara [271838]	AY584642
								Roccella boergesenii [279123]	AY548814
								Protoblastenia rupestris [258902]	AY533008
								Trichoglossum hirsutum [265104]	AY533014
									AY640976
								Gyalecta hypoleuca [185327]	AF465453
								Gyalecta thelotremella [185328]	AF465455
								Glypholecia scabra [286398]	AY640951
		IC1	68	304 - 631	N	4	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Myriosclerotinia caricis-ampullaceae [87227]	AJ226082
								Sclerotinia tetraspora [87234]	AJ226091		str. 1993.1
									AJ226092		str. 2006.1
									AJ226090		str. 642.1
								Sclerotinia sclerotiorum [5180]	AJ226089	a.I1	str. 1837.P
									AJ226088		str. 926.P
									AY187067
									AY187079
								Myriosclerotinia ciborium [87232]	AJ226084
									AJ226083
								Myriosclerotinia luzulae [87233]	AJ226087
								Botrytis tulipae [87230]	AJ226078
								Naohidea sebacea [112072]	AF522176
								Botryotinia porri [87229]	AJ226077		anamorph: Botrytis porri
								Myriosclerotinia curreyana [87228]	AJ226085
									AJ226086
								Encoelia fascicularis [54680]	AJ226080
								Rhizoscyphus ericae [5183]	U06869		synonym Hymenoscyphus ericae
								Ditopella ditopa [187255]	AF408360
								Cryptodiaporthe corni [148327]	AF408343
								Grovesinia pyramidalis [54682]	AJ226081
Henningsomyces sp. C58569 [269176]	AY571011
Exobasidium gracile [190086]	DQ663699
Hemimycena gracilis [378190]	DQ457671
Mycena galopus [41248]	AY207250
Mycena leptocephala [230808]	AY207253
Fibulorhizoctonia sp. LA082103L [282313]	AY635779
Henningsomyces puber [269163]	AY571009
Capronia pilosella [45095]	AF279378
	DQ823099
Mycena amicta [380012]	DQ457692
Dictyopanus pusillus [135782]	AY014291
Mycena galericulata [71905]	AY647216
	AY207251
Mycena capillaripes [230804]	AY207247
Mycena plumbea [378280]	DQ470813
Mycena renati [230811]	AY207256
Panellus stypticus [5636]	AY014292
	AY398745
Mycena tintinnabulum [230813]	AY207258
Mycena niveipes [230800]	AY207242
Clavicorona taxophila [71850]	AF115333
Fabrella tsugae [66499]	AF356694
Protomyces inouyei [27332]	AY548294
Mycena pura [153505]	AY207244
Entyloma holwayi [63376]	AY745721
Mycena crocata [220801]	AY207241
Entyloma arnoseridis [189583]	DQ645528
Entyloma calendulae [84748]	DQ663687
Hydnopolyporus fimbriatus [378272]	DQ457673
Mycena aurantiidisca [154518]	DQ470811
Dumontinia ulmariae [87231]	AJ226079
Exophiala dermatitidis [5970]	DQ823100
Cintractia sorghi-vulgaris [293803]	AY745726
Megacollybia platyphylla [182000]	AY702016
	AY635778
Peltula umbilicata [169193]	AF356689
Mycena amabilissima [378279]	DQ457691
Cintractia axicola [63370]	DQ631906
Mycena aff. pura PBM 2665 [378278]	DQ457689
	DQ457688
cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Chlorophyceae » ... »	Dictyochloris fragrans [179863]						AY206712
	Dictyochloris pulchra [179864]						AY206713
	Dunaliella viridis [140095]						DQ015754		misannotated
	Dunaliella sp. SPMO 980625-1E [327078]	DQ015750		misannotated; synonym: Dunaliella sp. SPMO
	Halosarcinochlamys cherokeensis [327047]	DQ015760		misannotated; synonym: chlamydomonad sp. SPMO-BS
cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Chytridiomycota » ... »	Spizellomyces punctatus [109760]	AY546692
cellular organisms » Eukaryota » Rhodophyta » Florideophyceae » Hildenbrandiales » ... »	Hildenbrandia rubra [31481]	AF419136
800	18	I	18	61 - 246	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Calicium glaucellum [262413]	AY453646
								Acarospora laqueata [286393]	AY640943
								Acarospora hilaris [286392]	AY640942
								Acarospora complanata [168909]	AF356654
								Acarospora cervina [286391]	AY640941
								Sarcogyne regularis var. regularis [286403]	AY640964
								Polysporina simplex [286400]	AY640961
								Calicium adaequatum [262410]	AY452503
									AY452502
								Rinodina tunicata [144718]	AY773920
									AF457568
								Nephroma arcticum [48859]	AF286828
								Hypocenomyce scalaris [318760]	DQ782914
								Pleopsidium chlorophanum [247144]	AY640960
								Massalongia carnosa [161978]	AF286827
								Notolecidea subcontinua [273062]	AY532987
								Umbilicaria vellea [87287]	AY645340
								Tremolecia atrata [273074]	AY533007
801	1	U	1	51	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Megalospora tuberculosa [271826]	AY584650		spliceosomal
824	1	U	1	58	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Stictis radiata [38076]	AF356663		spliceosomal
829	1	U	1	60	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Placynthiella icmalea [129542]	AY212846		spliceosomal
830	1	U	1	43	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Coenogonium leprieurii [185321]	AF465442		spliceosomal
858	2	U	2	52 - 66	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Trapeliopsis granulosa [129519]	AF279415		spliceosomal
								Trapeliopsis percrenata [133179]	AF279302		spliceosomal
898	2	U	2	56 - 70	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Calicium tricolor [39939]	AY453637		spliceosomal
								Calicium abietinum [262409]	AY452501		spliceosomal
958	3	I	1	NSEQ	C	1	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Chlorophyceae » ... »	Chlamydomonas indica [28457]	Z17228		LIT: J. Mol. Biol. 232:446-467 (1993).
		IA1	1	1716	C	1	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Chlorophyceae » ... »	Chlamydomonas callosa [51692]	L43501
		IE	1	330	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Exobasidium gracile [190086]	DQ663699		misannotated
978	3	U	3	50 - 61	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Gyalecta jenensis [146295]	AF279391		spliceosomal
									AF465450		spliceosomal
								Gyalecta herrei [185326]	AF465449		spliceosomal
1024	1	U	1	59	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Ocellularia alborosella [185314]	AF465452		spliceosomal
1025	32	I	32	177 - 333	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Rinodina tunicata [144718]	AY773920
								Physconia distorta [114786]	AY773913
								Physconia enteroxantha [114787]	AY773909
								Melanelixia fuliginosa [180412]	AJ421428		synonym: Melanelia fuliginosa
									AJ421435		synonym: Melanelia fuliginosa
								Rinodina capensis [299119]	AY773924
								Porpidia albocaerulescens [168922]	AY532938
									AF356676
								Porpidia albocaerulescens var. polycarpiza [273122]	AY532937
								Coccotrema pocillarium [129502]	AF274093
								Lecanora cenisia [273117]	AY532992
								Lecanora concolor [108937]	AY640954
								Rinodina milvina [205640]	AY773922
								Tholurna dissimilis [211490]	AY453644
								Buellia geophila [205604]	AY773917
								Physconia grisea [114791]	AY773921
								Pyrgillus javanicus [279161]	DQ823103
								Buellia muriformis [196133]	AY773925
								Buellia griseovirens [205605]	AY773910
								Gyalecta jenensis [146295]	AF279391
									AF465450
								Calicium montanum [262416]	AY453635
								Protoblastenia rupestris [258902]	AY533008
								Calicium abietinum [262409]	AY452501
								Mycoblastus sanguinarius [312200]	DQ782915
								Cladonia rangiferina [111670]	AY533000
								Strangospora pinicola [286408]	AY640971
									AY640970
								Melanohalea elegantula [172622]	AJ421437		synonym: Melanelia elegantula
								Melanohalea exasperatula [180417]	AJ421436		synonym: Melanelia exasperatula
								Melanohalea exasperata [180418]	AJ421438		synonym: Melanelia exasperata
								Calicium adspersum [57086]	AY452504
1054	5	U	5	47 - 141	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Chroodiscus coccineus [185312]	AF465441		spliceosomal
								Coenogonium leprieurii [185321]	AF465442		spliceosomal
								Rinodina tunicata [144718]	AY773920		spliceosomal; misannotated
									AF457569		spliceosomal
								Physcia aipolia [50936]	AY773914		spliceosomal
1065	6	I	1	NSEQ	C	1	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Chlorophyceae » ... »	Chlamydomonas indica [28457]	Z17228		LIT: J. Mol. Biol. 232:446-467 (1993).
		IA1	4	488 - 1585	C	1	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Chlorophyceae » ... »	Dunaliella parva [3048]	L43540
								Haematococcus lacustris [107616]	L49151
								Chlamydomonas sp. SAG 66.72 [163103]	L43539
								Stigeoclonium helveticum [55999]	L49157
		IB2	1	352	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Chytridiomycota » ... »	Spizellomyces punctatus [109760]	AF404303
1066	1	IB2	1	1931	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Agrocybe aegerita [5400]	AF087656
1085	9	U	9	198 - 202	N	1	cellular organisms » Archaea » Crenarchaeota » Thermoprotei » Desulfurococcales » ... »	Aeropyrum pernix [56636]	AB019554		Archaeal; strain:TB7
									AB078022		Archaeal
									AB078017		Archaeal
									AB078018		Archaeal
									AB078019		Archaeal
									AB078020		Archaeal
									AB019553		Archaeal; strain:TB1
									AB078021		Archaeal
									AP000062		Archaeal; replaces AB008745; strain:K1
1090	34	I	34	201 - 733	N	3	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Melanohalea elegantula [172622]	AJ421437		synonym: Melanelia elegantula
								Melanohalea exasperatula [180417]	AJ421436		synonym: Melanelia exasperatula
								Parmotrema tinctorum [235862]	AY584635
								Buellia geophila [205604]	AY773917
								Coenogonium leprieurii [185321]	AF465442
								Buellia alboatra [116790]	AY773915
								Diplotomma epipolium [501307]	AY773916
								Thelocarpella gordensis [286411]	AY640974
								Porina guentheri [146306]	AF279405
								Calicium tricolor [39939]	AY453637
								Diplotomma alboatrum [205613]	AY452500
								Scoliciosporum umbrinum [93123]	AY640967
								Melanelia disjuncta [180415]	AJ421431
								Physcia aipolia [50936]	DQ782904
								Fuscidea lygaea [286414]	AY640950
								Mycoblastus sanguinarius [312200]	DQ782915
								Xanthoparmelia pulla [172623]	AJ421433		synonym Neofuscelia pulla
								Polysporina simplex [286400]	AY640961
								Biatoridium monasteriense [286569]	AY640947
								Calicium glaucellum [262413]	AY453646
								Acarospora macrospora subsp. macrospora [286395]	AY640944
								Lecanora hybocarpa [394998]	DQ782910
								Acarospora clauzadeana [286396]	AY640946
								Acarospora schleicheri [88748]	AY640945
								Immersaria usbekica [273086]	AY532985
								Porpidia carlottiana [273093]	AY532940
								Gyalecta hypoleuca [185327]	AF465453
								Phaeophyscia orbicularis [116805]	AY773926
								Hymenelia lacustris [196135]	AY533006
								Rhizoplaca chrysoleuca [112062]	AY648104
								Acarosporina microspora [271836]	AY584643
								Glypholecia scabra [286398]	AY640951
							cellular organisms » Eukaryota » Amoebozoa » Mycetozoa » Myxogastria » ... »	Fuligo septica [159720]	AJ584697
							cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Fungi incertae sedis » ... »	Coemansia reversa [61392]	AY546689
1091	1	U	1	54	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Coenogonium luteum [146297]	AF279387		spliceosomal; synonym Dimerella lutea
1092	3	U	3	53 - 69	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Calicium abietinum [262409]	AY452501		spliceosomal
								Physcia aipolia [50936]	AY773914		spliceosomal
								Calicium denigratum [262412]	AY452505		spliceosomal
1093	2	U	2	56 - 101	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Lopezaria versicolor [271828]	AY584651		spliceosomal
								Ocellularia alborosella [185314]	AF465452		spliceosomal
1094	29	I	29	204 - 293	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Physcia stellaris [116821]	AY773912
								Physconia distorta [114786]	AY773913
								Acarospora canadensis [286390]	AY640940
								Rinodina milvina [205640]	AY773922
								Acarospora cf. dissipata [168908]	AF356656
								Symbiotaphrina buchneri [40220]	DQ248313
								Melanelia stygia [112444]	AJ421434
								Rhizoplaca huashanensis [239500]	AY648105
								Rinodina atrocinerea [144699]	AY773923
								Trapeliopsis granulosa [129519]	AF279415
								Calicium adaequatum [262410]	AY452502
								Acarospora complanata [168909]	AF356654
								Acarospora hilaris [286392]	AY640942
								Lecanora cenisia [273117]	AY532992
								Sarcogyne regularis var. regularis [286403]	AY640964
								Amandinea punctata [116786]	AY773918
								Verrucaria pachyderma [168926]	AF356668
								Anaptychia runcinata [116789]	AY773919
								Dermatocarpon miniatum [172328]	AY584644
								Physconia perisidiosa [114789]	AY773911
								Physconia grisea [114791]	AY773921
								Rinodina tunicata [144718]	AY773920
									AF457569
								Tremolecia atrata [273074]	AY533007
								Dermatocarpon luridum [172326]	AY640948
								Gyalecta jenensis [146295]	AF279391
									AF465450
								Stictis radiata [38076]	AF356663
								Physcia tenella [116822]	AY773908
1098	2	U	2	45 - 60	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Coenogonium leprieurii [185321]	AF465442		spliceosomal
								Bacidia schweinitzii [161808]	DQ782911		spliceosomal
1100	1	U	1	51	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Pertusaria oculata [267812]	AY568005		spliceosomal
1102	2	U	2	60 - 113	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Roccella boergesenii [279123]	AY548814		spliceosomal
								Lecanactis abietina [40113]	AY548812		spliceosomal
1255	4	IA1	4	447 - 1464	C	2	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Chlorophyceae » ... »	Chlamydomonas callosa [51692]	L43501
								Chlamydomonas komma [28459]	L43502
								Chlamydomonas frankii [28455]	L43352
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Trebouxiophyceae » ... »	Neochloris aquatica [3099]	L49155
1685	1	IC2	1	603	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Suillus luteus [5384]	L47586	a.I1
1699	5	IA1	1	1544	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Podospora anserina [5145]	X14735
		U	4	389 - 622	N	1	cellular organisms » Archaea » Crenarchaeota » Thermoprotei » Thermoproteales » ... »	Thermoproteus sp. IC-031 [278048]	AB178782		Archaeal
								Thermoproteus sp. IC-033 [70772]	AB178781		Archaeal
								Thermoproteus sp. IC-070 [278053]	AB178791		Archaeal
								Pyrobaculum sp. M1T [278051]	AB178788		Archaeal
1766	1	IA1	1	1035	C	1	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Chlorophyceae » ... »	Chlorococcum echinozygotum [48000]	L44123
1773	1	IB2	1	298	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi/Metazoa incertae sedis » Ichthyosporea » ... »	Amoebidium parasiticum [4881]	AF538042
1787	4	IIB	4	740 - 2438	M	3	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Metazoa » Placozoa » ... »	Placozoan sp. BZ10101 [401703]	DQ889456
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Pedinophyceae » ... »	Pedinomonas minor [3159]	AF116775
							cellular organisms » Eukaryota » stramenopiles » PX clade » Phaeophyceae » ... »	Pylaiella littoralis [2885]	AJ277126
									Z48620	a.I2
1809	6	U	6	607 - 638	N	1	cellular organisms » Archaea » Crenarchaeota » Thermoprotei » Thermoproteales » ... »	Pyrobaculum organotrophum [2278]			Archaeal; LIT: Gene 121(1):103-110 (1992).
								Thermoproteus neutrophilus [70771]	AB178792		Archaeal
								Thermoproteus sp. IC-033 [70772]	AB178781		Archaeal
								Thermoproteus sp. IC-031 [278048]	AB178782		Archaeal
								Thermoproteus sp. IC-070 [278053]	AB178791		Archaeal
								Vulcanisaeta distributa [164451]	AB178784		Archaeal
1849	1	U	1	65	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Cordyceps prolifica [94209]	AB044640		spliceosomal
1898	1	IC	1	424	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Amoebozoa » Mycetozoa » Myxogastria » ... »	Fuligo septica [159720]	AJ584697
1903	3	U	3	70 - 74	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Physcia aipolia [50936]	AY773929		spliceosomal
								Physconia enteroxantha [114787]	AF457573		spliceosomal
									AY773931		spliceosomal
1911	1	IC	1	432	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Amoebozoa » Mycetozoa » Myxogastria » ... »	Fuligo septica [159720]	AJ584697
1915	1	IB	1	431	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Chytridiomycota » ... »	Rhizophydium sp. 136 [60187]	AF404306
1917	8	IB4	8	287 - 898	N	1	cellular organisms » Bacteria » Proteobacteria » Gammaproteobacteria » Legionellales » ... »	Coxiella burnetii RSA 331 [360115]	CP000890
								Coxiella burnetii [777]	EF632073
								Coxiella burnetii CbuG_Q212 [434923]	CP001019
								Coxiella burnetii CbuK_Q154 [434924]	CP001020
								Coxiella burnetii RSA 493 [227377]	AE016828
									AE016960
					M	1	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Streptophyta » Streptophytina » ... »	Chaetosphaeridium globosum [96477]	AF494279
					C	1	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Chlorophyceae » ... »	Chlorosarcina brevispinosa [163096]	L49150
1921	19	I	8	223 - 292	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Symbiotaphrina buchneri [40220]	DQ248313
								Buellia aethalea [205603]	AY773927
								Buellia alboatra [116790]	AY773928
								Physconia distorta [114786]	AY773930
								Rinodina atrocinerea [144699]	AY773932
								Physcia aipolia [50936]	AY773929
								Physconia enteroxantha [114787]	AY773931
									AF457573
		IC1	11	332 - 474	N	2	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Cordyceps kanzashiana [94210]	AB044639
								Pneumocystis carinii [4754]	L13614	a.I1
									AF236872
									M86760	a.I1
									L13615	a.I1
								Symbiotaphrina kochii [40221]	DQ248314
								Cordyceps prolifica [94209]	AB044640
								Cordyceps sp. 97009 [94216]	AB044641
								Gaeumannomyces graminis var. avenae [36778]	U17161
								Cordyceps bassiana [176275]	AB044638		GenBank anamorph Beauveria bassiana
							cellular organisms » Eukaryota » Heterolobosea » Schizopyrenida » Vahlkampfiidae » ... »	Naegleria sp. [37103]	AJ001316		IP from LIT: Nucleic Acids Res. 26(2):456-461 (1998).
1923	17	I	1	NSEQ	C	1	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Chlorophyceae » ... »	Chlamydomonas indica [28457]	Z17228		LIT: J. Mol. Biol. 232:446-467 (1993).
		IB4	12	258 - 1344	M	2	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Russulaceae sp. Type T [103200]	AF176829
								Suillus luteus [5384]	L47586	a.I1
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Streptophyta » Streptophytina » ... »	Chara vulgaris [55564]	AY267353
					C	1	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Chlorophyceae » ... »	Stigeoclonium helveticum [55999]	L49157
								Carteria lunzensis [160071]	L42986
								Chlorococcum echinozygotum [48000]	L44123
								Scenedesmus obliquus [3088]	L43360
								Ankistrodesmus stipitatus [3109]	L42984
								Chlamydomonas mutabilis [47905]	L42859
								Chlorogonium elongatum [52029]	L42860
								Lobochlamys segnis [52035]	L43503		synonym Chlamydomonas pallidostigmatica
								Chlamydomonas monadina [47904]	L49149
		IE	3	379 - 623	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Candida albicans [5476]	X74272
								Candida dubliniensis [42374]	Z70663
									AF405231
		U	1	NSEQ	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Byssoporia terrestris [80630]	AD001572
1925	9	IC1	9	399 - 941	N	2	cellular organisms » Eukaryota » Alveolata » Ciliophora » Intramacronucleata » ... »	Tetrahymena silvana [5918]			Engberg et al. (1988) Molecular Genetics (Life Sci. Adv.)
								Tetrahymena malaccensis [5901]	X03105	a.I1
								Tetrahymena cosmopolitanis [5921]	X03107	a.I1
								Tetrahymena hyperangularis [5899]	X03106	a.I1
								Tetrahymena pigmentosa [5907]	J01210	a.I1
								Tetrahymena sonneborni [5910]	X03108
								Tetrahymena thermophila [5911]	V01416 J01235	b.I1
								Tetrahymena thermophila (SCHEM) [600401]		s.I1
							cellular organisms » Eukaryota » Amoebozoa » Mycetozoa » Myxogastria » ... »	Physarum polycephalum [5791]	L03183	a.I1
1926	5	IE	5	415 - 868	N	4	cellular organisms » Eukaryota » stramenopiles » Bacillariophyta » Coscinodiscophyceae » ... »	Skeletonema pseudocostatum [41457]	Y11512
							cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Chytridiomycota » ... »	Spizellomyces punctatus [109760]	AY546692
							cellular organisms » Eukaryota » Rhizaria » Foraminifera » Rotaliida » ... »	Rotaliella elatiana [35210]	X78521
							cellular organisms » Eukaryota » Heterolobosea » Schizopyrenida » Vahlkampfiidae » ... »	Naegleria sp. NG874 [159476]	AJ311176
								Naegleria sp. [37103]	AJ271406
1927	9	U	9	56 - 586	N	2	cellular organisms » Archaea » Crenarchaeota » Thermoprotei » Desulfurococcales » ... »	Aeropyrum pernix [56636]	AB078021		Archaeal
									AB078020		Archaeal
									AB078019		Archaeal
									AB019554		Archaeal; strain:TB7
									AP000062		Archaeal; replaces AB008745; strain:K1
								Staphylothermus marinus [2280]	M38363		Archaeal
									M86623		Archaeal
							cellular organisms » Archaea » Crenarchaeota » Thermoprotei » Thermoproteales » ... »	Pyrobaculum sp. M0H [278049]	AB178786		Archaeal
								Vulcanisaeta distributa [164451]	AB178783		Archaeal
1929	2	U	2	57 - 73	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Physcia aipolia [50936]	AY773929		spliceosomal; unannotated
								Buellia capitis-regum [144685]	AF457572		spliceosomal
1931	45	IB	5	658 - 873	N	1	cellular organisms » Bacteria » Chlamydiae/Verrucomicrobia group » Chlamydiae » Chlamydiae (class) » ... »	Simkania negevensis [83561]	U68460	a.I1
					M	2	cellular organisms » Eukaryota » Amoebozoa » Centramoebida » Acanthamoebidae » ... »	Acanthamoeba castellanii [5755]	U03732	a.I1
									U12386
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Prasinophyceae » ... »	Nephroselmis olivacea [31312]	AF110138
					C	1	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Chlorophyceae » ... »	Lobochlamys segnis [52035]	L36830	a.I1	synonym Chlamydomonas pallidostigmatica
		IB4	39	183 - 1485	C	5	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Trebouxiophyceae » ... »	Neochloris aquatica [3099]	L49155
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Chlorophyceae » ... »	Dunaliella parva [3048]	L43540
								Chlamydomonas callosa [51692]	L43501
								Chlamydomonas komma [28459]	L43502
								Chlamydomonas mexicana [28460]	L49148
								Chlorosarcina brevispinosa [163096]	L49150
								Lobochlamys segnis [52035]	L43503		synonym Chlamydomonas pallidostigmatica
								Chlamydomonas frankii [28455]	L43352
								Oedogonium cardiacum [55995]	EU677193
									EU677193
								Haematococcus lacustris [107616]	L49151
								Chlamydomonas geitleri [28456]	L43353
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Pedinophyceae » ... »	Pedinomonas tuberculata [160064]	L43541
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Prasinophyceae » ... »	Pterosperma cristatum [38836]	L43359
								Monomastix sp. OKE-1 [141716]	L49154		synonym Monomastix sp. CL-1997
								Monomastix sp. M722 [141717]	L44124
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Chlorophyta incertae sedis » ... »	Oltmannsiellopsis viridis [51324]	DQ291132
									DQ291132
					M	4	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Streptophyta » Streptophytina » ... »	Chara vulgaris [55564]	AY267353
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Streptophyta » Mesostigmatophyceae » ... »	Mesostigma viride [41882]	AF353999
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Trebouxiophyceae » ... »	Chlorella vulgaris [3077]	AY008337		IP noted by authors in manuscript
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Prasinophyceae » ... »	Monomastix sp. M722 [141717]	AY008340		IP noted by authors in manuscript
								Monomastix sp. OKE-1 [141716]	AY008339		IP noted by authors in manuscript
					N	1	cellular organisms » Bacteria » Thermotogae » Thermotogae (class) » Thermotogales » ... »	Thermotoga petrophila [93929]	AJ556786
									AJ872269
								Thermotoga naphthophila [93930]	AJ556785
									AJ872268
								Thermotoga neapolitana [2337]	AJ556787
									AJ556784
									AJ556788
									AJ872266
									AJ872267
								Thermotoga sp. SG1 [126739]	AJ872271
									AJ556792
								Thermotoga sp. FjSS3-B.1 [228343]	AJ556789
								Thermotoga sp. RQ7 [126738]	AJ872270
									AJ556790
								Thermotoga sp. SL7 [228344]	AJ556791
								Thermotoga subterranea [39100]	AJ556793
		IC2	1	1287	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi/Metazoa incertae sedis » Ichthyosporea » ... »	Amoebidium parasiticum [4881]	AF538042
1939	1	IB	1	1593	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Trimorphomyces papilionaceus [5221]	X73672	a.I1
1943	3	IB	2	263 - 789	M	2	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Streptophyta » Streptophytina » ... »	Chara vulgaris [55564]	AY267353
							cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Chytridiomycota » ... »	Rhizophydium sp. 136 [60187]	AF404306
		IB1	1	1178	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi/Metazoa incertae sedis » Ichthyosporea » ... »	Amoebidium parasiticum [4881]	AF538042
1949	13	IB1	1	573	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Amoebozoa » Mycetozoa » Myxogastria » ... »	Didymium iridis [5793]	X60210
		IC1	1	389	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Heterolobosea » Schizopyrenida » Vahlkampfiidae » ... »	Naegleria sp. [37103]	AJ001314		IP from LIT: Nucleic Acids Res. 26(2):456-461 (1998).
		IC2	7	539 - 1317	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Suillus grisellus [48572]	L47591
								Suillus luteus [5384]	L47593
									L47592
									L47586	a.I1
								Suillus viscidus [85998]	L47589
									L47590
								Suillus pungens [48582]	L47588
		IC3	4	496 - 637	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Amoebozoa » Mycetozoa » Myxogastria » ... »	Physarum polycephalum [5791]	X60211
									V01159
								Fuligo septica [159720]	AJ584697
								Physarum flavicomum [35220]	X78959
1951	11	IA3	11	720 - 899	N	1	cellular organisms » Bacteria » Proteobacteria » Gammaproteobacteria » Legionellales » ... »	Coxiella burnetii [777]	EF632073
								Coxiella burnetii CbuG_Q212 [434923]	CP001019
								Coxiella burnetii CbuK_Q154 [434924]	CP001020
								Coxiella burnetii RSA 493 [227377]	AE016828
									AE016960
					M	2	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Trebouxiophyceae » ... »	Chlorella vulgaris [3077]	AY008338		IP noted by authors in manuscript
							cellular organisms » Eukaryota » Amoebozoa » Centramoebida » Acanthamoebidae » ... »	Acanthamoeba castellanii [5755]	U03732
									U12386
					C	2	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Chlorophyceae » ... »	Chlorosarcina brevispinosa [163096]	L49150
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Prasinophyceae » ... »	Monomastix sp. OKE-1 [141716]	L49154		synonym Monomastix sp. CL-1997
								Monomastix sp. M722 [141717]	L44124
1952	4	U	4	549 - 622	N	2	cellular organisms » Archaea » Crenarchaeota » Thermoprotei » Thermoproteales » ... »	Thermoproteus sp. IC-031 [278048]	AB178782		Archaeal
								Thermoproteus sp. IC-061 [70773]	AB178789		Archaeal
								Pyrobaculum sp. 14b [278050]	AB178787		Archaeal
							cellular organisms » Archaea » Crenarchaeota » Thermoprotei » Desulfurococcales » ... »	Desulfurococcus mobilis [2274]	X03263		Archaeal
1974	2	IB2	1	549	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Suillus luteus [5384]	L47586	a.I1
		U	1	NSEQ	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Byssoporia terrestris [80630]	AD001572
2059	4	IIB	4	669 - 1784	M	3	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Suillus luteus [5384]	L47586
								Agrocybe aegerita [5400]	AF087656	a.I2
							cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Chytridiomycota » ... »	Rhizophydium sp. 136 [60187]	AF404306
							cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Blastocladiomycota » ... »	Allomyces macrogynus [28583]	U41288
2066	6	IE	6	219 - 383	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Buellia alboatra [116790]	AY773928
								Symbiotaphrina buchneri [40220]	DQ248313
								Physcia aipolia [50936]	AY773929
								Cordyceps sp. 97009 [94216]	AB044641
								Cordyceps kanzashiana [94210]	AB044639
								Cordyceps prolifica [94209]	AB044640
2067	1	IB2	1	143	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Chytridiomycota » ... »	Rhizophydium sp. 136 [60187]	AF404306
2069	1	I	1	230	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Rinodina atrocinerea [144699]	AY773932
2076	1	U	1	53	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Buellia muriformis [196133]	AF457571		spliceosomal
2256	1	IB2	1	247	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Chytridiomycota » ... »	Rhizophydium sp. 136 [60187]	AF404306
2262	7	IB4	7	297 - 1505	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Streptophyta » Streptophytina » ... »	Chara vulgaris [55564]	AY267353
					C	2	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Chlorophyceae » ... »	Chlamydomonas callosa [51692]	L43501
								Chlamydomonas frankii [28455]	L43352
								Lobochlamys segnis [52035]	L43503		synonym Chlamydomonas pallidostigmatica
								Chlamydomonas sp. SAG 66.72 [163103]	L43539
								Chlamydomonas monadina [47904]	L49149
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Trebouxiophyceae » ... »	Trebouxia aggregata [160068]	L43542
2409	5	U	5	584 - 638	N	1	cellular organisms » Archaea » Crenarchaeota » Thermoprotei » Thermoproteales » ... »	Pyrobaculum sp. M1T [278051]	AB178788		Archaeal
								Thermoproteus sp. IC-031 [278048]	AB178782		Archaeal
								Thermoproteus sp. IC-033 [70772]	AB178781		Archaeal
								Thermoproteus sp. IC-070 [278053]	AB178791		Archaeal
								Pyrobaculum sp. M0H [278049]	AB178786		Archaeal
2445	1	U	1	50	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Hymenelia lacustris [196135]	AF457570		spliceosomal; synonym: Ionaspis lacustris
2449	61	I	7	198 - 273	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Symbiotaphrina buchneri [40220]	DQ248313
								Rinodina tunicata [144718]	AY773939
								Amandinea punctata [116786]	AY773934
								Buellia alboatra [116790]	AY773933
								Rinodina capensis [299119]	AY773938
								Physconia enteroxantha [114787]	AY773937
								Buellia penichra [205607]	AY773936
		IA1	41	274 - 2404	C	2	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Pedinophyceae » ... »	Pedinomonas tuberculata [160064]	L43541
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Chlorophyceae » ... »	Chlamydomonas pseudopertusa [160059]	L43355
								Chlamydomonas sp. SAG 66.72 [163103]	L43539
								Lobochlamys segnis [52035]	L43503		synonym Chlamydomonas pallidostigmatica
								Chlorococcum echinozygotum [48000]	L44123
								Chlorosarcina brevispinosa [163096]	L49150
								Dunaliella parva [3048]	L43540
								Carteria olivieri [52037]	L43500
					M	5	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Zygosaccharomyces rouxii [4956]	AJ229050
								Torulaspora pretoriensis [35629]	AJ229051
								Saccharomyces servazzii [27293]	AJ430679
								Saccharomyces paradoxus [27291]	AJ229046
								Saccharomyces douglasii [46617]	X53520
								Saccharomyces cariocus [109211]	AJ229045
								Torulaspora globosa [48254]	AJ229053
								Kluyveromyces lactis [28985]	AY654900
									X51805 AJ229055
								Kluyveromyces dobzhanskii [51656]	AJ229054
								Suillus luteus [5384]	L47586	a.I1
								Agrocybe aegerita [5400]	AF087656
								Saccharomyces cerevisiae [4932]	AJ011856		ORF for SCEI
									V00699
									X00149	a.I1
								Torulaspora delbrueckii [4950]	AJ229052
								Pichia canadensis [4907]	D31785		was Hansenula wingei
								Zygosaccharomyces bisporus [4957]	AJ229056
								Cryptococcus neoformans var. neoformans [40410]	AY560611
								Penicillium marneffei [37727]	AY347307
								Emericella nidulans [162425]	J01390		synonym Aspergillus nidulans
								Penicillium chrysogenum [5076]	U44726 D13859
								Penicillium urticae [29844]	D14567
								Metarhizium anisopliae [5530]	AY884128
								Torrubiella confragosa [40604]	AF487277		synonym Verticillium lecanii
								Hypocrea jecorina [51453]	AF447590
								Neurospora crassa [5141]	J01427
								Podospora anserina [5145]	X14735
							cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Blastocladiomycota » ... »	Allomyces macrogynus [28583]	U41288
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Trebouxiophyceae » ... »	Prototheca wickerhamii [3111]	X68722
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Chlorophyceae » ... »	Chlamydomonas moewusii [3054]	M90640
							cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Chytridiomycota » ... »	Rhizophydium sp. 136 [60187]	AF404306
					N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Fusarium oxysporum [5507]	AY874423
		IC1	8	411 - 688	N	3	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Arxula adeninivorans [37620]	Z50840	a.I1
								Cordyceps kanzashiana [94210]	AB044639
								Cordyceps prolifica [94209]	AB044640
								Cordyceps sp. 97009 [94216]	AB044641
								Gaeumannomyces graminis var. avenae [36778]	U17161
								Gaeumannomyces graminis var. tritici [36779]	U17160
							cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Fungi incertae sedis » ... »	Coemansia reversa [61392]	AY546689
							cellular organisms » Eukaryota » Amoebozoa » Mycetozoa » Myxogastria » ... »	Didymium iridis [5793]	X60210
		IC3	4	943 - 1184	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Amoebozoa » Mycetozoa » Myxogastria » ... »	Fuligo septica [159720]	AJ584697
								Physarum polycephalum [5791]	V01159
									X60211
								Physarum flavicomum [35220]	X78959
		IIB	1	573	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi/Metazoa incertae sedis » Ichthyosporea » ... »	Amoebidium parasiticum [4881]	AF538042
2451	2	IIB	2	1171	M	1	cellular organisms » Eukaryota » stramenopiles » PX clade » Phaeophyceae » ... »	Pylaiella littoralis [2885]	AJ277126
									Z48620	a.I2
2455	2	IIB	2	608	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Chlorophyceae » ... »	Scenedesmus obliquus [3088]	X17375	a.I2
									AF204057
2499	1	I	1	4238	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Cryphonectria parasitica [5116]	AF068139
2500	48	IA3	1	1104	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Prasinophyceae » ... »	Nephroselmis olivacea [31312]	AF110138
		IB	19	235 - 1118	M	2	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Chytridiomycota » ... »	Rhizophydium sp. 136 [60187]	AF404306
							cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Hebeloma crustuliniforme icg 4 [92391]	AF174467
									AF174465
									AF174464
								Hebeloma crustuliniforme icg 3 [91700]	AF174476
									AF174461
									AF174473
									AF174474
									AF174475
								Hebeloma crustuliniforme icg 2 [91699]	AF174462
									AF174471
									AF174463
									AF174470
									AF174469
								Hebeloma crustuliniforme icg 1 [91698]	AF174472
									AF174460
									AF174466
									AF174468
					C	1	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Chlorophyceae » ... »	Chlamydomonas applanata [35704]	L06107		synonym Chlamydomonas humicola
		IB1	1	243	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi/Metazoa incertae sedis » Ichthyosporea » ... »	Amoebidium parasiticum [4881]	AF538042
		IB4	26	301 - 1522	C	7	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Pedinophyceae » ... »	Pedinomonas tuberculata [160064]	L43541
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Streptophyta » Streptophytina » ... »	Chara sp. CL-2002-1 [184708]	AF393584
								Chara sp. CL-2002-2 [184707]	AF393586
								Chara vulgaris [55564]	DQ229107
									DQ229107
								Chara corallina [43696]	AF393579
								Nitella sp. CL-2002 [184709]	AF393603
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Chlorophyceae » ... »	Chlamydomonas starrii [28463]	L43504
								Chlamydomonas frankii [28455]	L43352
								Dunaliella parva [3048]	L43540
								Chlamydomonas monadina [47904]	L49149
								Chlamydomonas zebra [28464]	L43356
								Chlamydomonas applanata [35704]	L42989		synonym Chlamydomonas humicola
								Ankistrodesmus stipitatus [3109]	L42984
								Stigeoclonium helveticum [55999]	L49157
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Trebouxiophyceae » ... »	Trebouxia aggregata [160068]	L43542
								Neochloris aquatica [3099]	L49155
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Ulvophyceae » ... »	Trichosarcina mucosa [141643]	AY008341
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Prasinophyceae » ... »	Monomastix sp. OKE-1 [141716]	L49154		synonym Monomastix sp. CL-1997
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Chlorophyta incertae sedis » ... »	Oltmannsiellopsis viridis [51324]	DQ291132
									DQ291132
					M	4	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Agrocybe aegerita [5400]	AF087656
								Suillus luteus [5384]	L47586	a.I1
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Streptophyta » Streptophytina » ... »	Chara vulgaris [55564]	AY267353
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Chlorophyta incertae sedis » ... »	Oltmannsiellopsis viridis [51324]	DQ365900
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Ulvophyceae » ... »	Pseudendoclonium akinetum [160070]	AY359242
		IC1	1	397	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Amoebozoa » Mycetozoa » Myxogastria » ... »	Fuligo septica [159720]	AJ584697
2504	7	IA1	7	348 - 1273	M	5	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Suillus luteus [5384]	L47586	a.I1
								Cryptococcus neoformans var. neoformans [40410]	AY560611
							cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Blastocladiomycota » ... »	Allomyces macrogynus [28583]	U41288
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Trebouxiophyceae » ... »	Prototheca wickerhamii [3111]	X68722
							cellular organisms » Eukaryota » Amoebozoa » Mycetozoa » Dictyosteliida » ... »	Dictyostelium discoideum [44689]	D16466 AB000109
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Chlorophyceae » ... »	Scenedesmus obliquus [3088]	X17375
									AF204057
2509	3	IIB	3	965 - 2484	M	2	cellular organisms » Eukaryota » stramenopiles » PX clade » Phaeophyceae » ... »	Pylaiella littoralis [2885]	AJ277126
									Z48620	a.I2
							cellular organisms » Eukaryota » Rhodophyta » Bangiophyceae » Bangiales » ... »	Porphyra purpurea [2787]	AF114794
2533	1	IA3	1	444	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Streptophyta » Streptophytina » ... »	Chara vulgaris [55564]	AY267353
2534	1	U	1	699	N	1	cellular organisms » Archaea » Crenarchaeota » Thermoprotei » Thermoproteales » ... »	Vulcanisaeta distributa [164451]	AB178784		Archaeal
2552	1	U	1	598	N	1	cellular organisms » Archaea » Crenarchaeota » Thermoprotei » Thermoproteales » ... »	Pyrobaculum organotrophum [2278]			Archaeal; LIT: Gene 121(1):103-110 (1992).
2563	11	IC1	2	919 - 940	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Heterolobosea » Schizopyrenida » Vahlkampfiidae » ... »	Naegleria sp. [37103]	AJ001315		IP from LIT: Nucleic Acids Res. 26(2):456-461 (1998).
								Naegleria morganensis [159475]	AJ311175
		IE	9	218 - 510	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Rinodina capensis [299119]	AY773938
								Buellia geophila [205604]	AY787754
								Dimelaena oreina [116793]	AY773940
								Rinodina tunicata [144718]	AY773939
								Cordyceps sp. 97009 [94216]	AB044641
								Gaeumannomyces graminis var. tritici [36779]	U17160
								Cordyceps brongniartii [118266]			LIT: Curr. Genet. 27(1):38-45 (1994).
								Cordyceps kanzashiana [94210]	AB044639
								Cordyceps prolifica [94209]	AB044640
2571	1	IB	1	535	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Streptophyta » Streptophytina » ... »	Chara vulgaris [55564]	AY267353
2584	4	IB1	1	321	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Streptophyta » Streptophytina » ... »	Chara vulgaris [55564]	AY267353
		IB2	1	220	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi/Metazoa incertae sedis » Ichthyosporea » ... »	Amoebidium parasiticum [4881]	AF538042
		IC1	1	504	N	1	cellular organisms » Eukaryota » Amoebozoa » Mycetozoa » Myxogastria » ... »	Fuligo septica [159720]	AJ584697
		IIB	1	2193	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Candida stellata [45594]	AY445918
2585	2	I	1	1084	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Chytridiomycota » ... »	Rhizophydium sp. 136 [60187]	AF404306
		ID	1	1186	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Fungi » Dikarya » ... »	Agrocybe aegerita [5400]	AF087656
2586	3	IIB	3	730 - 1232	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Fungi/Metazoa group » Metazoa » Placozoa » ... »	Placozoan sp. BZ2423 [401705]	DQ889458
								Placozoan sp. BZ10101 [401703]	DQ889456
								Trichoplax adhaerens [10228]	DQ112541
2593	31	IA3	31	300 - 1260	C	6	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Chlorophyceae » ... »	Chlamydomonas nivalis [47906]	L42990
								Chlamydomonas callosa [51692]	L43501
								Chlamydomonas mexicana [28460]	L49148
								Chlamydomonas peterfii [28462]	L43538
								Carteria lunzensis [160071]	L42986
								Scenedesmus obliquus [3088]	L43360
								Chlamydomonas reinhardtii [3055]	X01977
									FJ423446
									FJ423446
								Carteria olivieri [52037]	L43500
								Haematococcus lacustris [107616]	L49151
								Chlamydomonas agloeformis [160058]	L43351
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Streptophyta » Streptophytina » ... »	Anthoceros formosae [48387]	AB073981
									AB086179
								Anthoceros punctatus [3234]	AF393576
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Prasinophyceae » ... »	Scherffelia dubia [3190]	AF393609
									L44126
								Monomastix sp. M722 [141717]	L44124
								Monomastix sp. OKE-1 [141716]	L49154		synonym Monomastix sp. CL-1997
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Chlorophyta incertae sedis » ... »	Oltmannsiellopsis viridis [51324]	DQ291132
									DQ291132
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Ulvophyceae » ... »	Trichosarcina mucosa [141643]	AY008341
								Pseudendoclonium akinetum [160070]	AY835431		replaces L44125
									AY835431		replaces L44125
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Trebouxiophyceae » ... »	Chlorella vulgaris [3077]	L43357
									AB001684
								Neochloris aquatica [3099]	L49155
					M	3	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Streptophyta » Mesostigmatophyceae » ... »	Mesostigma viride [41882]	AF353999
							cellular organisms » Eukaryota » Amoebozoa » Centramoebida » Acanthamoebidae » ... »	Acanthamoeba castellanii [5755]	U12386
									U03732
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Prasinophyceae » ... »	Nephroselmis olivacea [31312]	AF110138
2596	8	I	1	NSEQ	C	1	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Chlorophyceae » ... »	Chlamydomonas indica [28457]	Z17228		LIT: J. Mol. Biol. 232:446-467 (1993).
		IA3	7	847 - 1396	C	2	cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Trebouxiophyceae » ... »	Trebouxia aggregata [160068]	L43542
							cellular organisms » Eukaryota » Viridiplantae » Chlorophyta » Chlorophyceae » ... »	Chlorosarcina brevispinosa [163096]	L49150
								Chlamydomonas monadina [47904]	L49149
								Oedogonium cardiacum [55995]	EU677193
									EU677193
								Lobochlamys segnis [52035]	L43503		synonym Chlamydomonas pallidostigmatica
								Chlorococcum echinozygotum [48000]	L44123
2601	2	U	2	54	N	1	cellular organisms » Archaea » Crenarchaeota » Thermoprotei » Desulfurococcales » ... »	Staphylothermus marinus [2280]	M38363		Archaeal
									M86623		Archaeal
2610	1	IIB	1	2479	M	1	cellular organisms » Eukaryota » Rhodophyta » Bangiophyceae » Bangiales » ... »	Porphyra purpurea [2787]	AF114794